Além dos efetivos militares, os regimentos compreendiam soldados especializados integrados nas filas dos duplicarius ou os sesquiplário ou com a condição de milites immunes ("soldados eximidos", ou seja, isentos das funções ordinárias). Entre estes soldados especializados encontravam-se:[95]
Em comparação com os centuriões das legiões, pouco se conhece a respeito dos centuriões e decuriões auxiliares. As evidências existentes mostram que ambas as classes de oficiais eram soldados nomeados diretamente pelo comandante - homens procedentes da aristocracia provincial - ou ascendidos a estes cargos desde as filas de legionários e auxiliares rasos.[96] Sob a dinastia júlio-claudiana, a divisão entre centuriões e decuriões era similar à existente entre os cidadãos e os peregrini. Em épocas posteriores, estes cargos seriam quase exclusivos dos cidadãos romanos devido ao predomínio da cidadania nas famílias com tradição militar.[82] O modo em que os centuriões e decuriões ascendiam a estes postos desde as filas foi comparada ao modo em que o fazem os oficiais com funções de sargento nos exércitos modernos. Porém, esta comparação subestima o rol social de decuriões e centuriões, bem como as suas funções, não somente militares, mas também administrativas.[97] As modernas categorias de capitão e major ou comandante seriam mais parecidos.
É desconhecido o soldo exato estipulado para centuriões e decuriões, embora sim seja sabido que excedia em mais do duplo do de um miles.[97]
Ao contrário do legado das legiões (legatus legionis; oficial que tinha ao seu cargo a seis tribunos militares (tribuni militum) e a um prefeito do castro (praefectus castrorum)), o prefeito auxiliar não parece ter tido apoio por parte de suboficiais militares, exceto o beneficiarius ("adjunto"), que poderia ser o segundo no comando do prefeito se este cargo fora ordinário e não uma simples nomeação ad hoc realizada para uma tarefa específica.[94] O prefeito também contava no seu estado maior com o vexilário do regimento (portador do estandarte da unidade) e o cornicem (portador do corno -instrumento de música para dar ordens- da unidade).
É provável que em princípios do século II, a maioria dos prefeitos auxiliares fossem ainda de origem itálica, apesar de este povo constituir por esta época uma pequena proporção dos recrutas legionários.[98] Todos os prefeitos eram membros da ordem equestre, quer por nascimento, quer por atingir o estado econômico requerido (100 000 denários, o equivalente a 400 anos de salário bruto para uma ala auxiliar) ou por promoção militar. Estes últimos eram centuriões primipilos (primus pilus, categoria que normalmente era dada aos membros da ordem equestre após um ano de serviço.[99]
Os equestres por nascimento costumavam iniciar o serviço militar aproximadamente à idade de 30 anos. Nas tropas auxiliares, o comando militar era exercido numa série de intervalos de 3 ou 4 anos: prefeito de uma coorte auxiliar, tribuno militar e prefeito de uma ala auxiliar. Sob o reinado do imperador Adriano, acrescentou-se um excepcional comando de quarto grau, prefeito de uma ala miliária. Assim como os oficiais de categoria senatorial, os membros da ordem equestre abandonavam o exército após dez anos de serviço a fim de tratar de se lavrar uma frutífera carreira pública. Por outro lado, os homens não pertencentes à ordem senatorial ou equestre continuavam no exército muito mais tempo, atingindo postos privilegiados dentro das diferentes unidades e províncias. No século III, os prefeitos auxiliares eram exclusivamente funcionários públicos de carreira.[22][100]
O soldo de um prefeito de um regimento auxiliar foi estimado que era, em princípios do século II, cinquenta vezes maior do de um miles (soldado raso).[101] A razão da enorme brecha entre as partes superior e inferior da pirâmide militar romana era devido a que a sociedade romana estava ainda sujeita às diferenças entre as diferentes classes sociais. Um prefeito não era apenas um funcionário público de alto nível, mas um cidadão romano (ao cargo de destacamentos de homens que não o eram) membro da ordem equestre, um aristocrata. O abismo social existente entre o prefeito' e o soldado peregrino era imenso, e a diferença entre os soldos de ambos refletia este fato.
Durante o período republicano, as unidades especiais dos corpos auxiliares romanos eram limitadas aos fundeiros baleares, aos arqueiros cretenses e à cavalaria leve númida. Estas unidades continuariam fazendo parte das tropas auxiliares no século II, embora já se teriam acrescentado algumas novas: