Júlio César Leal, baiano, escritor, em artigo veiculado no Jornal do Brasil, agosto de 1897, diz ser o governador Rodrigues Lima o primeiro culpado pela hecatombe sangrenta, tanto quanto os “dois enviados de S. Exa. Revma. o Sr. Arcebispo Metropolitano”. Érico Coelho, deputado federal pelo Rio de Janeiro, na sessão de 4 de julho de 1897, diz que o Clero Católico Romano semeou o germe da guerra por motivos religiosos e que, em conluio com o governador, despachou dois missionários “que trouxeram oculto na manga do hábito o mapa estratégico de Canudos que foi oferecido ao presidente da República”.
Destruído o Belo Monte onde se aglomeravam em torno de 10 mil almas católicas, sob o fogo de canhões, morteiros, obuses, mortos seus habitantes, degolados seus últimos defensores, derrubados seus monumentos à força de explosão de dinamite, incendiado o arraial, nem uma só palavra do clero a favor dos desgraçados aglomerados em torno de um beato que rezava o terço, estendia a mão aos desventurados, pregava um autêntico cristianismo. Ao contrário, a Igreja de Roma mostrou-se satisfeita e feliz com a hecatombe e participou ativamente das comemorações. O general Savaget, ao voltar ferido de Canudos, hospedara-se no palácio do Arcebispo, em Salvador.
Em agosto de 1897 o clero ordenara a realização de preces públicas em todo o Estado da Bahia em apoio à ação devastadora do exército republicano. No Pará, quando do embarque da milícia paraense com destino ao sertão baiano, houve missa campal e o arcebispo deu as bênçãos da Igreja aos soldados. Com certeza, igualmente às armas. Por ocasião do retorno das tropas vitoriosas, foi realizada missa campal na capital da Bahia, no Campo Grande, junto aos heróis do 2 de Julho de 1823.
Em São Paulo, o batalhão policial paulista foi recebido com missa na Igreja da Sé. O Cônego Valois de Castro, em nome do Seminário episcopal proferiu oração e homenageou os algozes de Canudos com um ramalhete de flores artificiais. Mesmo após a morte, permaneceu o martírio dos conselheiristas. Quando os habitantes de Monte Santo foram buscar em Canudos os cadáveres dos parentes mortos para serem enterrados na Vila, o vigário local determinou que qualquer seguidor de Antônio Conselheiro não fosse sepultado no cemitério de Monte Santo obrigando-os a procurar terreno na imediações da Vila, onde surgiu novo campo santo sem as bênçãos da Igreja.