A história passa-se três anos após os eventos da primeira temporada: uma nova geração de digiescolhidos — composta por Daisuke "Davis" Motomiya e Veemon, Miyako "Yolei" Inoue e Hawkmon, Iori "Cody" Hida e Armadillomon, Takeru "T.K." Takaishi e Patamon, Hikari "Kari" Kamiya e Tailmon — é destinada a salvar o digimundo combatendo o autoproclamado Imperador Digimon (mais tarde revelado Ken Ichijouji, que se junta a nova turma de digiescolhidos junto com seu parceiro Wormmon) e, depois, MaloMyotismon.[7][60][92] Situado no mesmo universo da primeira temporada, Digimon Adventure 02 usa elementos da temporada antecessora, como, principalmente, o uso de portais entre dois mundos e a aparição de personagens carismáticas.[93]
Digimon Tamers, a terceira temporada, foi originalmente transmitida no Japão entre 1 de abril de 2001 e 31 de março de 2002 pela Fuji TV[51] e teve um total de 51 episódios.[79] Ela foi dirigida por Yukio Kaizawa, sucedendo Mamoru Hosoda e Hiroyuki Kakudō, diretores da primeira e segunda temporada respectivamente.[33][94] Foi marcada por uma grande diferença de conceitos estilísticos e de roteiro em comparação com as duas temporadas anteriores.[31][51] Com essa mudança, foram obtidos novos telespectadores, apesar de parte do público ter preferência da forma feita nas primeiras temporadas.[94] No geral, a temporada foi bem recebida pela imprensa, que ressaltou especificamente a animação e as características marcantes das personagens.[94][95][96]
No enredo, Digimon é para as personagens uma franquia comercial, com produtos como jogo de cartas e digivice — nomeado como D-arc.[31][93][94] A temporada introduz novas protagonistas e seus digimons, cujas principais são Takato Matsuda e Guilmon, Ruki Nonaka e Renamon, Henry Wong e Terriermon.[31][97] Digimon Tamers possui um enredo que se relaciona, mesmo não sendo continuação, com as duas temporadas anteriores e a ação ocorre em maior parte do tempo no mundo real.[93] As protagonistas enfrentam uma entidade governamental de combate a ameaças digimon denominado Hypnos e depois alcançam o digimundo, onde se reúnem com os digimons supremos e são ensinadas da existência de um vírus de computador devastador chamado D-Reaper.[93]
No início de 2002, a Toei Animation anunciou uma quarta temporada que foi primeiramente transmitida no sábado, 7 de abril de 2002, às nove horas da manhã pela Fuji TV.[98] Takeo Haruna, ao lado de seus colegas Kyotaro Kimura, Tooru Usuki, Hiromi Seki e Atsunari Baba, ficaram responsáveis pelo projeto.[99] Yukio Kaizawa, diretor da temporada anterior, também contribuiu para a produção dessa temporada.[100] Digimon Frontier, como foi denominada a quarta temporada, foi primeiramente transmitido na televisão japonesa, contando com um total de 50 episódios, de 7 de abril de 2002 a 30 de março de 2003 pela Fuji TV.[60][101]
A temporada foi bem recebida pelos espectadores e pela imprensa especializada, destacando a transformação de humano para digimon.[102][103] O enredo consta com seis novos personagens de idades diferentes — Takuya Kanbara, Kouji Minamoto, J.P. Shibayama, Izumi "Zoe" Orimoto, Tommy Himi e, mais tarde, Kouichi Kimura — e são acompanhados por dois guias Bokomon e Neemon. Os novos personagens são capazes de se transformarem em digimons usando aparelhos chamados D-tectors, tornando-se capazes de combater com outros digimons.[60]