A prevenção e o monitoramento de incêndios realizados pela Funai em terras indígenas visam evitar a ocorrência de incêndios e valorizar as técnicas tradicionais de manejo do fogo já aplicadas por povos indígenas. O Programa de Capacitação em Proteção Territorial possui um módulo que trata o tema e permite a formação dos Grupos de Prevenção a Incêndios, isto é, grupos formados por indígenas que associam conhecimentos tradicionais a técnicas não indígenas a fim de aumentar a segurança das comunidades e minimizar os prejuízos socioambientais e econômicos causados pela perda de controle do fogo.
O combate aos incêndios em terras indígenas é realizado por brigadas capacitadas e equipadas. Atualmente, duas instituições federais formam e contratam brigadistas indígenas: o Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (Ibama) e o Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio). O Ibama atua em todo o país, e o ICMBio atua exclusivamente em Unidades de Conservação Federais, que podem ser sobrepostas ou contíguas a terras indígenas.
Um Acordo de Cooperação Técnica firmado entre Ibama e Funai em 2013, para implementação do Programa Brigadas Federais Indígenas, estabelece que os brigadistas temporários do programa serão indígenas e poderão atuar tanto em suas próprias comunidades quanto em outras mais distantes, contando com o apoio logístico da Funai no transporte, alojamento e alimentação.
As ações conjuntas entre Funai, Ibama e ICMBio também possibilitam a formação de servidores desta Fundação como instrutores de brigadas de combate a incêndio e como peritos em investigação de causas e origens de incêndios florestais. O combate a incêndios em terras indígenas pode eventualmente contar com o reforço do Corpo de Bombeiros Militar.
Para monitorar focos de calor em todo o país, a Funai utiliza imagens de satélite do Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (Inpe), complementadas por sobrevoos e incursões de equipes regionais e locais.
Os incêndios podem ser provenientes de ações efetuadas no entorno ou dentro das terras indígenas. A identificação da origem é importante para o estabelecimento de estratégias de prevenção e monitoramento. Em casos especiais, peritos podem ser convocados para investigar as causas dos incêndios.