O PPGEP funciona nas instalações da DIAC – Diretoria Acadêmica de Ciências- cujos espaços estão construídos de acordo com as normas de acessibilidade. A estrutura destinada ao funcionamento do referido Programa é descrita a seguir.
uma sala de aula com trinta cadeiras, trinta mesas, um bureau, 01 cadeira fixa, um computador ligado à internet, um projetor de multimídia, um estabilizador de tensão, um quadro branco, um equipamento de som;
uma sala para secretaria com duas estantes, dois computadores ligados à internet, dois estabilizadores de tensão, uma impressora multifuncional a laser de médio porte, dois bureaus, duas cadeiras giratórias, duas cadeiras fixas, um aparelho de ar condicionado;
uma sala para coordenação com uma estante, um computador ligado à internet, um estabilizador de tensão, um bureau, uma cadeira giratória, três cadeiras fixas, uma televisão de 42 polegadas, uma mesa para reuniões, um aparelho de ar condicionado;
uma sala de orientação com oito armários de duas portas, oito bureaus, oito cadeiras giratórias, oito cadeiras fixas, oito computadores ligados à internet, oito estabilizadores de tensão, uma impressora monocromática de pequeno porte, um bebedouro, quatro quadros brancos, um aparelho de ar condicionado;
um laboratório de informática com 22 computadores ligados à internet, 22 estabilizadores de tensão, uma impressora multifuncional a laser, um bureau, uma cadeira giratória, um aparelho de ar condicionado, um quadro branco, um projetor de multimídia;
uma sala de estudos para alunos, com três armários guarda-volumes com oito portas, um bebedouro de água do tipo garrafão, vinte cadeiras fixas, seis computadores ligados à internet, seis estabilizadores de tensão, uma impressora monocromática laser de pequeno porte, vinte mesas de escritório, um quadro branco e um aparelho de ar condicionado;
uma biblioteca setorial com 297 títulos e 624 exemplares, dois armários de duas portas, doze estantes para biblioteca, um carrinho para transporte de livros, vinte caixas para periódicos, oitenta bibliocantos, um expositor para livros e periódicos, um quadro branco, duas cadeiras giratórias, dois bureaus, duas mesas de reunião redondas, dez cadeiras fixas, dois computadores ligados à internet, dois estabilizadores de tensão, uma impressora laser monocromática de pequeno porte, duas estantes, dois aparelhos de ar condicionado, um sofá para dois lugares, um sofá para três lugares;
um mini auditório com capacidade para 100 pessoas sentadas para realização de projeções, palestras e defesas das dissertações.
O PPGEP situa-se na DIAC que funciona, atualmente, em um prédio com uma área total construída de 1.631 m2. Contiguamente, está sendo finalizado um novo prédio com 714 m2 que também integrará a estrutura dessa diretoria. Esse novo prédio abrigará alguns dos espaços necessários ao funcionamento do PPGEP: salas de aula e ambientes para professores.