No século XX, a ligação entre ontologia e metafísica geral deu lugar a novos conceitos, como o de Husserl, que vê a ontologia como ciência formal e material das essências. Para Heidegger, a ontologia fundamental é o primeiro passo para a metafísica da existência.
Ao longo do tempo, inúmeros filósofos utilizaram metodologias e classificações diferentes para responder a essas e outras perguntas.
Através das diferentes posições filosóficas que abordam as questões acima, a ciência ontológica organiza-se em diversas dicotomias (divisões), tais como:
A ontologia monista (monismo ontológico) entende que a realidade é composta por apenas um elemento, o universo. Para esta teoria, todas as demais coisas são diferentes formas de o universo se estruturar.
A ontologia dualista (dualismo ontológico) defende que a realidade é formada por dois planos: um material (corpo) e outro espiritual (alma). Os principais defensores desta corrente foram Platão e Descartes.