Com exceção do branco, quase todo tipo de coloração pode estar presente na pelagem dos cães da raça Pastor Alemão, sendo que preto, marrom avermelhado e cinza são as mais comuns. No caso do Pastor Capa Preta, sua cobertura é caramelada em quase toda a parte inferior do corpo, sendo a parte superior preenchida pela cor preta, dando origem ao termo ‘capa preta’.