Este conflito é uma consequência indireta da Guerra Civil Argelina quando, em busca bases de retaguarda, os rebeldes islamistas argelinos decidiram se estabelecer no deserto a partir do início dos anos 2000.[17] Progressivamente, passariam a realizar ações de guerrilha, terrorismo e tomada de reféns na região[6]; sobretudo, passariam de modo gradual a criar laços com as populações locais e disseminar o islamismo radical que acabará por levar ao recrutamento dos autóctones, ou mesmo ao surgimento de novos movimentos muito ancorados localmente, como o Ansar Dine, MUJAO ou até mesmo Katiba Macina.
A França intervém militarmente em apoio aos Estados da região: primeiro no Mali em 2013 com a Operação Serval, depois em todo o Sahel em 2015 com a Operação Barkhane.[18]
A partir de meados da década de 1990, durante a guerra civil da Argélia, rebeldes islamistas argelinos estabeleceram contatos com traficantes no norte do Mali e Níger, a fim de se beneficiar do apoio logístico em combustível, alimentos e peças de reposição.[17][19] Porém os jihadistas realmente se estabeleceram no Sahel a partir de 2003. Mokhtar Belmokhtar, líder do Grupo Salafista para a Pregação e o Combate (GSPC) no sul da Argélia estava com problemas contra as tropas do Exército Nacional Popular da Argélia. Em dezembro de 2002, após uma emboscada perto de In Salah, onde vários de seus homens foram mortos, Belmokhtar decidiu atravessar a fronteira e se refugiar no Mali.[20] Ele conquistou Lerneb, perto da fronteira da Mauritânia e forjou uma aliança com a tribo árabe dos brabiches, casando-se com uma filha da influente família Hamaha da chefia de Oulad Idriss. Belmokhtar enriquece seus sogros e agora dispõe de uma base local, beneficia-se da proteção da tribo e encontra maneiras de lavar seu dinheiro. Posteriormente, outros jihadistas seguiram seu exemplo, principalmente Nabil Abou Alqama. O governo do Mali, que não quer atrair a hostilidade dos jihadistas, não reage.[21][22].