A Mistralton City também possui uma pequena diferença. Próximo à pista do aeroporto, podemos encontrar algumas estufas de plantas em Black 2. Já em White 2, o que pode ser encontrado é um jardim simples e descoberto.
Temos ainda alguns layouts que mudam de uma versão para a outra. Por exemplo, o Plasma Frigate possui um layout que de certa forma é invertido na versão oposta do jogo. Em certa parte do navio, enquanto em uma versão o puzzle é ir pisando em teletransportadores para poder avançar, na outra versão é preciso de um cartão para abrir passagem.
A Victory Road também está invertida de certa forma. O caminho que está bloqueado em uma versão está liberado na outra e vice-versa.

Originalmente introduzidos nos jogos Pokémon Gold & Silver, os Apricorns são frutos de sete coresdiferentes que estão espalhados por toda região de Johto e em partes de Kanto. Esse fruto possuí duas funções: servir de matéria-prima para criação de Pokéballs especiais e de Apricorn Juice, esta ultima introduzida nos remakes HeartGold & SoulSilver.