Marques estreiou como futebolista em 1992, pelo Corinthians, onde jogou por três anos, e teve breves passadas pelo Flamengo e pelo São Paulo.
Apesar de também ter conquistado títulos por Corinthians e Flamengo, foi somente com os títulos no Atlético que o jogador viria a se destacar nacionalmente, além de se identificar para sempre com o clube. Em seu primeiro ano no Galo, Marques foi Campeão Sulamericano Invicto naquele grande time comandado pelo treinador Emerson Leão. Em duas passagens pelo Atlético, Marques atuou em mais de 350 jogos e marcou cerca de 130 gols. É o 9º maior artilheiro da história do clube, participou do segundo turno da vexaminosa queda do Galo para a segunda divisão em 2005. Mas se transferiu para o futebol japonês sem a oportunidade de ver o Galo subir com recorde nacional de público nas séries A, B e C e 7 pontos de vantagem para o vice.
Ídolo incontestável da torcida atleticana, Marques viveu suas melhores fases enquanto esteve no clube mineiro, o que acabou lhe rendendo oportunidades na Seleça. Jogador veloz e habilidoso, além de marcar muitos gols, sabia servir como ninguém os companheiros de ataque. Guilherme (artilheiro do Campeonato Brasileiro de 1999, do Campeonato Mineiro em 2000 e Copa Sul Minas em 2001) e Valdir "Bigode", artilheiro da Copa Conmebol em 1997, muitas vezes foram bem servidos pelo garçon Marques.