O uso de bibliotecas no E3 apresenta diversas vantagens quando comparado ao desenvolvimento de projetos que não utilizam este recurso. A construção desses "módulos de software" é altamente recomendável, visto que várias características (como tempo de testes, por exemplo), podem ser minimizadas com uso dessa tecnologia. Depois que uma biblioteca é desenvolvida, seu uso é rapidamente adotado como padrão para projetos onde o foco é coberto por essa biblioteca. Para controles de subestação, por exemplo, existe um conjunto de objetos de dados e de controle que implementam diferentes entidades do setor elétrico (como disjuntores, transformadores, etc.) que possibilita o desenvolvimento rápido de aplicativos desse tipo. Outras áreas também têm sido cobertas por diferentes bibliotecas.
A proteção de execução (Fig. 3) só pode ser habilitada após a proteção de edição ter sido implementada (Fig. 2). A proteção de execução depende de uma senha gravada na hardkey configurado como E3 Server. Para isso, é necessário que a senha seja gravada no hardkey no momento da configuração da chave de produto, o que só pode ser feito pela Elipse Software. Para isso, no momento do pedido, é necessário fornecer a senha de execução. Entretanto, esse processo pode ser feito posteriormente à compra do servidor.