Logo, alguns cuidados necessários são importantes quando se tem um CNPJ. Um deles, por exemplo, é fazer a organização da empresa, separando as contas da pessoa física e da pessoa jurídica, o que é um dos princípios básicos da contabilidade (princípio da entidade).
Para ajudar a simplificar alguns processos, é interessante que o MEI busque estudar sobre como preencher as guias, quais as melhores formas de gestão financeira para sua empresa, bem como, se possível, ter acesso à um sistema de gestão, que pode ser um ERP online, a fim de auxiliar no gerenciamento financeiro, cadastro de clientes, suporte especializado, emissão de notas fiscais, boletos bancários, entre outras funções. Além disso, dispor de um sistema de gestão também facilita na hora de comprovar renda e justificar gastos apresentados no Imposto de Renda.