Open Source Bioinformatics: 2010
Bioinformática: Como a genética vai mudar nossas
Sandro José de Souza - Bioinformática: Como a genética vai mudar nossas vidas (TEDxSP) from MonkeyBusiness on Vimeo.
Postado por Cleysinho às 09:06 2 comentários
AMOS é um ferramenta para infraestrutura de montagem de genomas. É um software livre e de código aberto licenciado pela GNU/Linux.
AMOS é composto por três pacotes importantes:
* AMOScmp - Um comparativo de montagens;
* Minimus - Uma montagem básica para pequenas bases de dados;
* ABBA - Montagem impulsionada por sequencia de aminoácidos.
Postado por Cleysinho às 09:11 2 comentários
Por José Cleydson Ferreira da Silva
O PhyML é um software utilizado para se fazer estimativa e probabilidade filogênica em alinhamento de sequências nucleotídicas ou sequências de anino ácido. Atualmente está na versão 3.0, seu desenvolvimento teve participação de diversos cientistas de algumas universidades no mundo.
Postado por Cleysinho às 12:38 0 comentários
Um dos melhores softwares da área da bioinformática é o Mr Bayes. Seu maior dilema é o processamento em ambiente paralelo, portanto este documento relata a instalação do MrBayes em sua versão para processamento paralelo e adaptação para arquitetura 64 bits de versão do MrBayes para processamento paralelo.
Postado por Cleysinho às 04:16 0 comentários
O software Clustalw-MPI é a ferramenta mais popular na implementação de múltiplo alinhamento de sequência de DNA. Sua principal diferença entre o software ClustalX dá-se a que ele possui uma melhor performance computacional devido realização do processamento em paralelo ou distribuído.
Postado por Cleysinho às 12:20 0 comentários
O Clustalx é um software para o alinhamento de sequências nucleotídicas, peptídicas e analises filogênicas. O Clustalx é software semi-livre segundo a sua forma de licenciamento. Embora possua características de software livre como permissão de execução de programa, não há permissão de uso para fins comerciais.