Uma delas está em um vetor de struct e foi lida com o fgets, portanto está com quebra de linha. A outra é informada pelo teclado.
Gostaria de saber se existe alguma função para ler essa segunda struct com quebra de linha, para que eu possa compará-la a primeira.
Uma solução, ao invés de alterar uma das strings e remover as quebras de linha, pode passar por implementar uma comparação sua.