O protagonista desta reforma será o confessor do rei, Frei António da Silva, dito de Lisboa, religioso dos Jerónimos de Guadalupe. D. João III obtém também da Santa Sé o direito de os reis portugueses advirem perpetuamente mestres da Ordem de Cristo.
Quando Portugal perde a sua independência, em 1580, o rei espanhol Filipe II, herdeiro do trono português, torna-se também mestre da Ordem de Cristo, assim como os monarcas espanhóis que lhe sucederam.