O primeiro nome é homenagem a São Luís, rei da França. Dizia-se, antes, que Quitunde era uma corruptela de “condunde”, palavra africana (herança dos escravos negros dos engenhos da região), atribuída a um peixe encontrado no Rio Santo Antônio. Nei Lopes, contudo, diz, com sua autoridade, que “condunde”, palavra de origem bantu quer dizer montanha. Dirceu Lindoso tem uma terceira versão. Ele defende a tese que quitunde surge para designar o baixio fluvial onde surgiu o antigo povoado, uma paliçada de mucambo, portanto, um quilombo fluvial.
O território no qual se situam a cidade e o município à margem direita do Rio Santo Antônio Grande, começou a se devassado antes da invasão holandesa. As crônicas assinalam a presença desses colonizadores, principalmente na área onde hoje fica Barra de Santo Antônio, então parte de seu território. Naquela área, existem vestígios da passagem dos batavos, entre os quais um canal no Rio Getituba, no Engenho Guindaste, parecendo ter assim sido feito para evitar que viesse a ser forrado. Ali se processava o embarque de madeira por meio de um guindaste tosco, que motivou o nome daquele engenho.
Em 1832, com seus povoados vizinhos da Barra de Santo Antônio e Paripueira, abrigou fugitivos da revolução Cabana, que os tangeu de Porto Calvo e Porto de Pedras. Em 1834, tomou parte no movimento denominado Lisos e Cabeludos, facções que disputavam a hegemonia política da Província. O engenho Santo Antônio Grande, de propriedade do poderoso coronel José Paulino, chefe de uma das correntes em luta, foi atacado, havendo, na ocasião, grave derramamento de sangue.