Antes de sua triunfal entrada em Viena, Hitler pretendia apenas deixar a Áustria como um Estado independente com um governo leal ao nazismo, mas a recepção estrondosa que teve do povo nas ruas o fez mudar de ideias e decidiu-se por anexar o país à Alemanha como província da Marca Oriental, sob o comando de Arthur Seyss-Inquart, (ver Anschluss) que também recebeu o posto honorário de SS-Gruppenführer e em maio de 1939 foi empossado como Ministro-sem-Pasta no governo alemão.
Após uma rápida passagem pelo governo nazista de ocupação da Polônia como chefe-administrativo sob o comando de Hans Frank, ele foi enviado para a Holanda ocupada em maio de 1940, para dirigir a administração civil, criar uma colaboração econômica com a Alemanha e defender os interesses do Reich.
Como Gauleiter do pais, ele apoiou o partido nazista holandês e baniu a existência de todos os outros, prendeu antigos integrantes do governo, permitiu que fosse criada uma polícia paramilitar pró-nazista, introduziu medidas de combate ao "terror" da resistência, sendo pessoalmente responsável pela execução de mais de oitocentas pessoas e pelo massacre de 106 civis holandeses em represália ao atentado contra o líder SS Hanns Albin Rauter. Criou dois pequenos campos de concentração e campos de "trabalho voluntário", onde durante seu governo 530.000 civis holandeses trabalharam para os alemães, sendo que 250 mil destes foram enviados para fábricas na Alemanha durante a guerra.
Anti-semita, Seyss-Inquart adotou rapidamente medidas contra os judeus após sua chegada ao país, removendo-os do governo, da imprensa e da indústria local. Em 1941 intensificou essas medidas, obrigando o registro de 140 mil judeus e criando um gueto em Amsterdam; em seguida, enviou seiscentos judeus para Buchenwald e Mauthausen e nos anos seguintes para Auschwitz. Foi para evitar seu envio aos guetos criados por Seyss-Inquart que a família de Anne Frank escondeu-se por quatro anos em um sótão da cidade de Amsterdam. Descoberta em 1944, foram todos enviados para campos na Alemanha e apenas o pai de Anne sobreviveu à guerra.
Com a aproximação das forças aliadas em 1945, os restantes nos guetos foram mandados para Theresienstadt; dos 140 mil judeus registrados, apenas 44 mil sobreviveram à guerra.