No início do século XVI a Primeira Ordem cindiu-se em três ordens independentes. Em 1517 o Papa Leão X dividiu-a em Ordem dos Frades Menores da Observância (que passaram a ser designados habitualmente como Franciscanos) e Ordem dos Frades Menores Conventuais. Oito anos depois nasceu entre os primeiros um movimento de reforma que o Papa Clemente VII em 1528 aprovou como Ordem dos Frades Menores Capuchinhos.
O Liberalismo interrompeu abruptamente mais de seis séculos de vida conventual franciscana. Em 1833 proibiu-se a admissão de noviços e no ano seguinte suprimiram-se todos os conventos e institutos masculinos. Os mosteiros femininos, impedidos de aceitar noviças, iam-se despovoando à medida que as religiosas morriam e eram extintos após o falecimento da última, ficando o Estado na posse dos edifícios.
Na segunda metade do século XIX, apesar da interdição da lei civil, a Primeira Ordem começou a reorganizar-se com os frades de Varatojo (Torres Vedras). Paralelamente, apareceram quatro congregações femininas da Ordem Terceira Regular, ainda hoje com destacada presença entre nós: as Franciscanas Hospitaleiras de Calais, atualmente Franciscanas Missionárias de Nossa Senhora, e as Franciscanas Missionárias de Maria, originárias da França; e as Franciscanas Hospitaleiras Portuguesas, agora da Imaculada Conceição, e as Franciscanas de Nossa Senhora das Vitórias, fundadas, respetivamente, em Lisboa e no Funchal pela Beata Maria Clara do Menino Jesus e pela Venerável Irmã Maria de S. Francisco Wilson.