Além do óbvio modo Sleep que te permite parar e retomar a jogatina a qualquer momento, há mais salas de saves e também Checkpoints automáticos para que você não perca todo o seu progresso caso morra em um chefão antes de ter tido a chance de salvar. Isso é bem mais difícil para fãs puristas de Metroid aceitarem, porém é mais fácil convencer um jogador a tentar lutar contra um chefe novamente do que refazer todo o seu caminho.