Em agosto de 2005 foi fundada, por integrantes do grêmio da empresa Motorola, a Associação Jaguariunense de Atletas - AJA. Liderados por Carlos Alberto Pagoti, pela ex-jogadora de futebol Rosana Izufino da Silva e apoiados por outros esportistas de Jaguariúna e de outras cidades, criaram um time de futebol feminino, que vinculado a Federação Paulista de Futebol, chegou a conquistar o vice-campeonato Paulista no ano de 2007.
Passando por dificuldades financeiras, em 22 de dezembro de 2008, a entidade foi reorganizada com novos associados, permanecendo apenas um grupo de esportistas da cidade de Jaguariúna.
Em 01 de Abril de 2009, foi eleita pelo grupo a primeira direção dessa nova fase, com William Zidane como Presidente da Diretoria Executiva, Mauro de Jesus como Presidente do Conselho Deliberativo, Rodrigo Roda como tesoureiro e o José Luiz Carpi, como presidente do Conselho Fiscal.
Nesse momento, como uma das primeiras decisões da nova direção formalmente constituída e em atendimento aos anseios dos esportistas da cidade, iniciou-se o processo de criação de um clube de futebol profissional. Em 04 de Maio de 2009, a entidade foi reestruturada, tendo seu estatuto alterado, visando atualizá-lo quanto às normas desportivas vigentes, relacionadas às Federações organizadoras, além dos Conselhos Federais, Estaduais e Municipais.
Também não podemos nos esquecer da colaboração da família Terenzio, sendo determinante para o avanço do projeto. Os senhores Izidoro Terenzio, Marcílio Terenzio, Cleusa Rui Terenzio e Fernanda Terenzio, decidiram ceder gratuitamente o antigo e histórico "CAMPO DA BARRA", como sede esportiva para jogos e treinos, com participações voluntárias de professor de educação física.
Todo esse esforço de estruturação foi realizado para que o clube pudesse participar de competições e campeonatos oficiais e que pudesse ser inscrito junto a FIFA - Fédération Internationale de Football Association, CBF - Confederação Brasileira de Futebol e FPF - Federação Paulista de Futebol. Nesse mesmo momento, foi alterado o nome da entidade para Associação Desportiva Jaguariúna - A.D. Jaguariúna, tendo como nome fantasia Jaguariúna Futebol Clube.
Fonte: Site do clube
Presidentes
2019: William Zidane
2009: William Zidane
Hino
Escudos na linha do tempo Clique aqui para ver os escudos e sedes usados por este time na linha do tempo