Mas o Palmeiras disputou, ponto a ponto, a taça. Até que ambos chegaram na última rodada empatados, com 63. O campeão, então, seria decidido em uma final no Paulo Machado de Carvalho, o Pacaembu.
O Verdão mostrou, então, que conseguiria fazer frente ao Santos de Pelé. Empate no primeiro jogo, no segundo e a necessidade de um terceiro. Foi um dos grandes jogos da história do Paulista: Pelé abriu o placar para o Peixe, mas Julinho Botelho e Romeiro viraram para os palmeirenses, que derrubaram os favoritos e levantaram a taça.
O título do Paulista de 1959 colocou o Palmeiras já na semifinal da Taça Brasil de 1960. A vaga na final, porém, só veio depois de muito drama contra o Fluminense.
Após empate sem gols no Pacaembu, a decisão da vaga ficou para o jogo do Rio de Janeiro. O jogo estava 0 a 0 até os 44 minutos do segundo tempo, quando Humberto marcou o gol que colocou os palestrinos na decisão.
A decisão foi um passeio contra o Fortaleza. Depois de vitória fora de casa, o Verdão enfiou 8 a 2 no Pacaembu e conquistou seu primeiro título brasileiro.
A conquista colocou a equipe na Libertadores do ano seguinte, a primeira jogada pelo Palmeiras. O time conquistou uma histórica vitória na Argentina sobre o Independiente, derrubou ainda o Santa Fe e fez a final contra o Peñarol, mas acabou sucumbindo e perdeu o título para a equipe do goleador Alberto Spencer.
Em 1963, a Academia ganhou um reforço de peso: Ademir da Guia, filho de Domingos, chegou do Bangu e foi um reforço de peso que ajudou a manter a sequência de títulos da equipe.
Naquele mesmo ano, com a presença também do bicampeão do mundo Vavá, o Verdão voltou a ser campeão paulista, impedindo que o Santos fosse tetracampeão.
Vavá, porém, acabou negociado com o futebol espanhol em 1964. O Palmeiras, mais uma vez, usou certo o dinheiro e trouxe um jogador que se mostraria fundamental para a Academia: Dudu.
Dudu foi o parceiro ideal para Ademir e o Palmeiras formou uma verdadeira seleção. Em 1965, inclusive, representou a seleção brasileira em amistoso no Mineirão contra o Uruguai, dia 7 de setembro, que marcou a inauguração do estádio, que terminou em 3 a 0 para os palmeirenses.
Nos anos seguintes, a Academia voltaria a ofuscar o Santos de Pelé. Campeão do Rio-São Paulo em 1965, campeão paulista em 1966, o time dominou o Brasil em 1967.
No mesmo ano, o Verdão foi duas vezes campeão nacional. Com todo protagonismo de Ademir da Guia, o Palmeiras faturou o Roberto Gomes Pedrosa e a Taça Brasil.