Com um jogador a mais, o Santos voltou a se achar em campo e começou a dominar a partida. Mesmo assim, o time errava sempre o último passe antes da conclusão e não chegava a dar trabalho para o goleiro Flávio.
O Atlético se aproveitava dos espaços cedidos pelo adversário para armar contra-golpes. Aos 30min, o pentacampeão Klébersoncruzou uma bola na cabeça de Kleber, que perdeu um gol feito ao cabecear por cima do gol.
A melhor chance do Santos na primeira etapa aconteceu um minuto depois: Alberto tabelou com Robinho e bateu muito perto da trave esquerda do goleiro Flávio.
Os donos da casa ainda tentaram o empate no restante da primeira etapa, mas o time rubronegro fazia uma marcação implacável e nem parecia estar com um homem a menos em campo.
O Santos voltou do intervalo com uma alteração: o treinador Emerson Leão colocou o atacante William no lugar de Fabiano Souza.