A redução de níveis hierárquicos vai achatar a pirâmide estrutural do ministério, aproximando os dirigentes dos servidores. Além de estar mais alinhado às boas práticas de gestão, a nova estrutura trará mais agilidade e eficiência na execução dos projetos estratégicos para a defesa Meio Ambiente, assim como melhor atender às necessidades do ministério em cumprir suas competências.
Ganham maior relevância temas importantes para o meio ambiente, como a criação da Secretaria da Amazônia e Serviços Ambientais, a criação de uma secretaria para tratar de Áreas Protegidas e uma outra para tratar do Clima. Também foi criado um departamento específico para coordenar a política de educação ambiental e uma coordenação de Proteção e Defesa Animal.
A Secretaria de Biodiversidade vem com duas novidades. A criação da Coordenação-Geral Nacional de Proteção e Defesa Animal, ligada ao Departamento de Espécies, visa proteger e defender animais que estão em situação de risco, especialmente animais como cães e gatos que vivem em situação precária e abandono. E a criação do Departamento de Educação e Cidadania Ambiental, que vai coordenar, acompanhar e avaliar a implementação da Política Nacional de Educação Ambiental.