O declínio da URSS na década de 1980 e sua eventual dissolução trouxeram a questão nacional da região novamente à tona, com a realização de um plebiscito que aprovou a separação da região. Dessa forma, teve início a chamada Guerra de Nagorno-Karabakh, entre forças militares do Azerbaijão e um autoproclamado governo local, apoiado pela Armênia. O conflito durou até 1994.
Após o cessar fogo, a região manteve seu governo autônomo, inicialmente com a denominada República de Nagorno-Karabakh, renomeada em 2107 como República de Artsaque. Internacionalmente, região é majoritariamente reconhecida como parte do Azerbaijão, mantendo controle de facto sobre seu território. A Armênia, apesar de não reconhecer oficialmente o Artsaque por motivos diplomáticos, mantém próxima relação com suas forças governamentais. Já o Azerbaijão continua sua luta diplomática pela retomada de controle sobre o território, e as negociações são mediadas pelo Grupo de Minsk, da Conferência sobre Segurança e Cooperação na Europa (CSCE).
Segundo diversas reportagens, Henrikh Mkhitaryan não participaria do jogo em Baku por ser armênio, tendo em vista as tensões entre os dois países. No entanto, “Micki” entrou na lista de pessoas proibidas de entrar no Azerbaijão devido à sua visita à região de Nagorno-Karabakh como parte de uma delegação da seleção armênia em 2010 que distribuiu presentes para moradores da região. Na ocasião, a delegação foi recepcionada pelo presidente do governo local, Bako Sahakyan, e por Samvel Karapetyan, Ministro da Defesa e Presidente da então nomeada Federação de Futebol do Karabakh, que conferiu a Mkhitaryan uma medalha de “Defensor da Pátria”.
De acordo com uma reportagem armênia, o então jogador do Shakhtar Donetsk afirmou na ocasião que a iniciativa partiu dele mesmo. “Tive essa ideia no verão em que me mudei para Shakhtar. Queríamos ajudar a Armênia e a República de Nagorno-Karabakh, as famílias dos defensores da liberdade, para ser mais exato, porque acredito que eles necessitam de tais iniciativas. (…) Espero ser capaz de ajuda-los no futuro também. Estou planejando visitar orfanatos localizados em Yerevan quando retornar para a Armênia no próximo verão” (Fonte).
Pode-se perceber que a ligação de Mkhitaryan com a causa de Nagorno-Karabakh não é mera especulação azerbaijana. Sua imagem é publicamente ligada à questão, tanto que no jogo de volta contra o Qarabag, em Londres, diversos torcedores exibiram a bandeira de Artsaque nas arquibancadas, e um deles chegou a invadir o gramado exibindo o símbolo nacional, enquanto apontava para “Micki”, que estava no banco de reservas (Fonte).