De acordo com o comunicado, Covas morreu "em decorrência de um câncer da transição esôfago gástrica, com metástase ao diagnóstico, e suas complicações após longo período de tratamento." O tucano estava no hospital desde 2 de maio. No dia seguinte, ele foi intubado e levado à UTI (Unidade de Terapia Intensiva) após ter diagnosticado um sangramento no local onde foi constatado o câncer pela primeira vez.
Ele permaneceu um dia na UTI e posou com o filho em 4 de maio para celebrar a melhora. Nos dias seguintes, o prefeito recebeu as visitas do governador de São Paulo, João Doria (PSDB), e do prefeito em exercício Ricardo Nunes (MDB), mas o quadro teve uma piora nesta sexta-feira (14) e Covas não resistiu, deixando um filho de 15 anos. Nunes assumirá a prefeitura em seu lugar