Já o “falso positivo” ocorre quando o sistema aponta duas pessoas distintas em uma coincidência das impressões digitais de apenas um ou dois dedos. Como o sistema é programado para ter um nível de tolerância extremamente baixo, mesmo que apenas uma dentre as dez digitais de uma pessoa coincida com a de outro eleitor, o AFIS emite um alerta para que o juiz eleitoral analise a situação.
Todas as ocorrências são remetidas ao juiz eleitoral da jurisdição na qual o eleitor é cadastrado, para que seja feita a análise das coincidências do título de eleitor. Dependendo de cada caso, o juiz pode determinar o cancelamento de uma ou de todas as inscrições eleitorais, marcar a ocorrência como falso positivo e, no caso de identificação de fraude, solicitar a abertura de processo criminal.