Antes de 1970, as cátedras de Bioquímica ou Química Fisiológica encontravam-se espalhadas pela cidade de São Paulo nas respectivas Faculdades. Com a reforma universitária de 1969 tomou-se a decisão de juntar todos os bioquímicos em um único Departamento de Bioquímica (DBQ) que contribuiu para a formação do Instituto de Química, inaugurado oficialmente em 01/01/1970. A associação dos bioquímicos com os químicos provou ser uma decisão acertada, pois, é crescente a necessidade de conhecimentos estruturais para a compreensão dos mecanismos que regem a vida.
O projeto BIOQ/FAPESP, concebido em 1970, contribuiu decisivamente para impor ao Departamento sua face atual. Jovens doutores passaram a receber financiamento direto sem a interferência da poderosa figura do ex-catedrático e as decisões eram tomadas coletivamente. Privilegiou-se a produção científica e o treinamento de estudantes, valorizando-se a independência científica dos diferentes grupos nascentes. No início, compunham o DBQ 56 docentes que, com aposentadorias ou transferências, passaram a 50 ainda na década de 70. No fim dessa década, o Departamento já contava com 20 grupos de pesquisa, pois, a quase totalidade dos docentes conquistou o doutoramento em conseqüência da institucionalização da pós-graduação.
Desde o início exigiu-se de todos os docentes dedicação exclusiva e a partir de 1977 estabeleceram-se parâmetros para a contratação de novos docentes que teriam que ser portadores, pelo menos, do título de doutor, além de baixar regras bem claras sobre o que se desejava de um professor livre-docente.
Na década de 80 o DBQ, já tendo também apoio institucional importante da FINEP, firmou-se como o mais importante centro de produção científica e de formação de recursos humanos em Bioquímica e Biologia Molecular no Brasil. Nessa década o DBQ passou a contar com apenas 43 docentes. Muito embora, em 20 anos o DBQ tenha perdido 13 docentes nunca repostos não houve diminuição dos grupos de pesquisa existentes.
O brutal corte dos fundos do FNDCT geridos pela FINEP impuseram uma carência, felizmente sanada pela política de implementação de Projetos Temáticos da FAPESP no início da década de 90. Essa política estimulou associações entre grupos e forçou o DBQ a refletir sobre sua vocação, impelindo-o a definir áreas de competência com o conseqüente estabelecimento de uma infraestrutura adequada às suas necessidades. O Departamento deixou de querer abraçar toda a Bioquímica e a Biologia Molecular e passou a adotar uma política acadêmica realista que se reflete nas prioridades de alocação de verbas e nas contratações.
Atualmente o DBQ conta com 42 docentes, 20 técnicos, 64 estudantes de iniciação científica, 144 estudantes de pós-graduação e 42 estagiários de pós-doutoramento.
O DBQ é hoje um dos mais destacados departamentos da USP e, no Brasil, um dos mais equilibrados centros de produção de conhecimento e de formação de pessoal. Essa afirmação é avalizada por indicadores quantitativos e qualitativos. Uma comparação com países desenvolvidos coloca-o no conjunto majoritário de departamentos congêneres. É sua meta tentar ombrear-se com os melhores dentre esses departamentos bem como estreitar os elos com departamentos irmãos das demais universidades brasileiras.