A migração para modais de transporte mais eficientes que o rodoviário se configura como um grande desafio para a APA, que pretende reduzir, até 2030, a participação das rodovias dos atuais 60% para 40%, elevando para os mesmos 60% o uso de ferrovias e hidrovias, combinadamente. Como o uso de ferrovias e hidrovias é ecologicamente mais correto, essa mudança de matriz modal é pré-condição para um futuro mais sustentável.
Os terminais de contêineres possuem capacidade de movimentação de aproximadamente 15 milhões de TEU anuais e guindastes com alcance de 25 contêineres em largura no convés dos navios. A produtividade média é a maior de Europa, com 40 movimentos por hora, por guindaste. Diversas instalações para contêineres vazios também se encontram disponíveis.
Há 16 terminais independentes de armazenagem de granel líquido, representando a maior concentração de tancagem em aço inox do mundo.
Já para carga geral convencional, são 15 terminais dedicados a cargas não conteinerizadas, refrigeradas, de projeto etc, bem como guindastes de última geração, incluindo flutuantes de até 800 toneladas de capacidade.