Lain, uma jovem adolescente solitária, desenvolve um fascínio pela informática e pelo Wired (uma versão melhorada da Internet), após a morte de uma das suas colegas de escola. Um e-mail enviado por esta, após a sua morte, explica que o seu corpo deixou de viver e que ela vive agora no wired. Lain retrata a situação de dupla personalidade entre o mundo real e o mundo “Wired”. O anime em si é bastante complexo.