No pleito de outubro do ano seguinte, Almir Gabriel concorreu a governador pela Frente Popular Novo Pará, resultado da aliança entre PSDB, Partido Socialista Brasileiro (PSB), Partido Comunista Brasileiro (PCB), Partido Comunista do Brasil (PCdoB), PDT e PT. Com a vitória do peemedebista Jáder Barbalho, obteve o terceiro lugar, continuando no exercício do seu mandato de senador.
Em outubro de 1994 candidatou-se novamente a governador do Pará, na legenda do PSDB em coligação com o Partido da Frente Liberal (PFL), PDT, Partido Trabalhista Brasileiro (PTB), Partido Popular Socialista (PPS), PSB, PCB e PCdoB. Em novembro, disputando o segundo turno com o candidato do PDS, Jarbas Passarinho, obteve o apoio do PT, cujo candidato, Valdir Ganzer, ficara em terceiro lugar no primeiro turno. Eleito, deixou o Senado em 31 de dezembro de 1994, e no dia seguinte assumiu o governo paraense. Nesse mesmo mês solicitou recursos federais para finalizar obras de grande porte, como a rodovia Transamazônica, a usina de Tucuruí, entre outras. Em artigo de sua autoria publicado na Folha de S. Paulo, no mês de abril de 1995, pronunciou-se contra a privatização da Companhia Vale do Rio Doce. Em outubro pediu mais rapidez na implantação da reforma agrária no seu estado e no país, com o uso de terras das forças armadas e da Igreja.
Em abril de 1996, a rodovia PA-150, que liga Marabá a Carajás, no sul do estado, foi bloqueada por integrantes do Movimento dos Trabalhadores Rurais Sem Terra (MST) que reivindicavam assentamento em terras do chamado Complexo Macaxeira (região formada pelos municípios de Eldorado do Carajás, Parauapebas e Curionópolis). Através de uma operação desenvolvida pela Polícia Militar, autorizada por Almir Gabriel, a estrada foi desobstruída, ocorrendo um massacre que resultou na morte de 19 pessoas. Almir Gabriel recebeu críticas da Comissão de Direitos Humanos da Câmara dos Deputados que considerou o episódio como uma “tragédia anunciada”, pois o governador teria sido alertado por alguns parlamentares, no mês anterior, do risco de um conflito entre o MST e fazendeiros da região. Considerando a “burocracia federal” como a “grande culpada” pela questão fundiária no Pará, Almir Gabriel recusou-se a assumir a responsabilidade sozinho, já que 70% das terras do seu estado pertenceriam à União. Contrário à recriação do Ministério da Reforma Agrária, proposta do governo federal ainda em abril, definiu-a como uma “bobagem”, manifestando-se a favor de mudanças na estrutura do Instituto Nacional de Colonização e Reforma Agrária (INCRA).