A FEMA foi fundada em 21 de abril de 1949, sob a denominação de Instituto Machado de Assis, por iniciativa de líderes educacionais, empresariais, comunitários e autoridades do 1º RC MEC, para atender à demanda de alunos que trabalhavam durante o dia e necessitavam de um curso ginasial à noite.
O primeiro diretor, um dos fundadores da FEMA, professor Fioravante Pedrazani, chega em Santa Rosa, em 1º de março de 1948, para lecionar no departamento masculino do Ginásio Santa Rosa de Lima e, após ser indicado para o turno da noite no Curso de Alfabetização de Adolescentes e de Adultos, percebe a necessidade de ter, na cidade, um colégio com aulas noturnas. Com a ajuda de vários santa-rosenses, cria o Instituto Machado de Assis.
Naquele tempo, as primeiras aulas do Instituto Machado de Assis são ministradas na Prefeitura Municipal e em um anexo de uma fábrica de sabão. Com o passar dos anos, esse espaço não suporta mais a demanda dos alunos, alugando-se, assim, parte das dependências do antigo Hotel Joner. Pelo fato de os fundadores desejarem construir algo significativo para Santa Rosa, em 1952, é oficializada a Escola Técnica Machado de Assis, pioneira nesse tipo de ensino na região, tendo, em 1954, formado a primeira turma de Técnicos em Contabilidade.
Em 1961, é estabelecida a atual denominação: Fundação Educacional Machado de Assis e, no mesmo ano, Fioravante Pedrazani inicia o processo de implantação do Ensino Superior em Santa Rosa. Autorizado, em 1969, na vinda da extensão da PUC de Porto Alegre, o Curso de Ciências Contábeis e, em 1989, o Curso de Educação Artística, habilitação em Artes Plásticas e Desenho. Mais tarde, implantam-se os cursos de Administração – habilitação em Comércio Internacional, Serviço Social, Direito, Gestão de RH e Gestão da Tecnologia da Informação.
Atualmente, sob a presidência do Sr. Danilo Polacinski, as Faculdades Integradas Machado de Assis oferecem os Cursos Superiores em Administração, Ciências Contábeis, Direito, Enfermagem, Gestão de Recursos Humanos e Gestão da Tecnologia da Informação. Ainda, oportuniza a sequência dos estudos em cursos de Pós-graduação.
Já a Escola Técnica Machado de Assis ministra Cursos Técnicos em Administração, Enfermagem, Farmácia, Informática, Logística e Segurança do Trabalho, planejando novas propostas. Ainda, oferece o Ensino Infantil, Fundamental I e II e Médio.