O que de mais relevante aconteceu, durante este período, e que iria influir na morte rápida do P. Felipe Maroto, foram os acontecimentos da guerra civil espanhola. A Congregação começou a tingir-se de vermelho, com o sangue dos seus mártires, a partir de julho de 1936. Tudo isto derivou do chamado Levantamento Nacional, de 18 de julho. Ficaram suspensos todos os ministérios e foram mortos 271 professos, entre sacerdotes, estudantes e Irmãos. Sofreram-se também enormes perdas materiais. Em todo caso, esta dolorosa hecatombe tornou-se uma glória para a Congregação, que teve no seu seio tantos filhos mártires, muitos deles já beatificados. Neste período, foram quase totalmente canceladas as expedições missionárias para o ultramar.