O Programa de Pós-graduação em Agronomia (PPGA) existe desde 1970 e atuou com apenas uma Área de Concentração, denominada Biodinâmica do Solo, até o ano de 1984. Nesse ano, passou a chamar-se Biodinâmica do Solo e Planta e, em 1988, foi estabelecida uma nova área de concentração em Produção Vegetal, com a inclusão de docentes dos Departamentos de Fitotecnia e de Defesa Fitossanitária. Em março de 1999, ocorreu o desmembramento da Área de Concentração de Biodinâmica do Solo, dando origem ao Programa de Pós-graduação em Ciência do Solo. O PPGA foi então re-estruturado em torno de cinco linhas de pesquisa dentro da Produção Vegetal, envolvendo os Departamentos de Fitotecnia, Defesa Fitossanitária e Biologia.
Após a re-estruturação, o PPGA consolidou-se atingindo o conceito 5 na avaliação da CAPES. Houve evolução na qualificação do corpo docente, no número e na qualidade das publicações. Os projetos distribuem-se atualmente em quatro linhas de pesquisa relacionadas com melhoramento genético e propagação de plantas, agroclimatologia, fisiologia e manejo de plantas e biologia e manejo de organismos em sistemas agrícolas. As pesquisas envolvem grandes culturas como a batata, feijão, arroz irrigado, milho, soja, girassol, canola, cana-de-açúcar, maçã e hortaliças. Os resultados são publicados em revistas científicas de circulação regional, nacional e internacional. O Programa tem forte inserção na cadeia produtiva regional e nacional, através da realização e participação em Eventos, dias-de-campo e atividades de difusão de tecnologia. Mantêm convênios de cooperação com instituições nacionais como a EMBRAPA, FEPAGRO, EPAGRI, EMATER e internacionais, especialmente com o Uruguai, Argentina e Paraguai. O Programa tem como metas para os próximos anos a melhoria contínua da qualidade das publicações, a ampliação dos convênios de cooperação nacionais e a internacionalização das atividades de ensino e pesquisa.