Em um relatório feito no segundo semestre de 2013, o TCU já mostrava preocupação com o financiamento. O ministro do TCU, Valmir Campelo, escreveu que o orçamento da obra poderia sofrer acréscimos "sem que as fontes de recursos necessárias para angariar tal numerário estivessem devidamente explicitadas."
Os dados levantados pelo TCU ao longo do segundo semestre de 2013 ajudam a explicar porque as obras atrasaram tanto a ponto de receberem um ultimato do secretário-geral da Fifa, Jérôme Valcke. De acordo com o ministro Campelo, muitas decisões sobre a obra foram tomadas com base em um "projeto básico em estágio ainda embrionário de maturação".
Ao falar sobre os atrasos que já eram evidentes em outubro, o ministro Campelo levantou 13 motivos para o problema da reforma da Arena da Baixada. O relatório mostra que em setembro faltou concreto e estruturas metálicas no canteiro de obra.
O TCU aponta, ainda, falta de mão de obra, atrasos na liberação de terrenos vizinhos e a interdição de uma grua. Embora estivesse pronto no segundo semestre, o voto de Campelo com as providências que deveriam ser tomadas pelo TCU só foram votadas em 5 de fevereiro.