Durante o uso do LSD este sistema passa a ter um funcionamento acima do normal. Estudos apontam que o córtex cerebral é a área mais afetada no processo. Esta é a região do órgão responsável pela consciência, além de estar ligada à percepção de movimentos. O que acontece aos usuários, portanto, é uma perda da capacidade de processar a informação sensorial que chega à consciência.