A produção de frutos por planta é bastante variável e pode chegar até 40 unidades. A produção média estimada é de cerca de 12 frutos por planta em cultivos implantados em solos de baixa fertilidade. Em um hectare de cupuaçu, em condições ideais de plantio, é possível prever uma produtividade em torno de 10 toneladas de fruta por ano.
A poda de formação é importante porque provoca a brotação dos ramos laterais e dá um aspecto de taça à copa, facilitando sensivelmente os tratos culturais. Quando atingirem dois metros de altura, os ramos das trifurcações devem ser podados até a altura de 1,70 metros do solo. A árvore deve permanecer com, no máximo, duas ou três trifurcações no tronco. Faça também a eliminação dos brotos ladrões.
A poda de limpeza consiste em eliminar os ramos secos dos cupuaçuzeiros e os ramos e brotos afetados pela vassoura-de-bruxa ou outras doenças. Esta deve ser realizada no período de chuvas e após a colheita. É imprescindível que todo material eliminado da planta seja queimado ou enterrado.
Deve-se tomar cuidado para não realizar a poda quando a planta estiver em repouso, ou seja, durante o inverno, para não prejudicar o seu desenvolvimento. Da mesma forma, não se deve fazer a poda quando a planta já estiver emitido botões florais para não retardar o início da produção.