Outra novidade no Baianão 2017 está no sistema de definição das vagas para as competições nacionais. Os presidentes de Bahia de Feira, Thiago Souza, e Jacuipense, Felipe Sales, propuseram que todas as vagas para Copa do Brasil, Copa do Nordeste e Série D sejam definidas no Estadual, sem a cessão de vagas para a Copa Governador do Estado.
Em nova votação, a sugestão dos dois dirigentes foi aprovada por 49 pontos contra 17, com votos favoráveis dos próprios Bahia de Feira e Jacuipense, e mais Atlântico, Flamengo, Bahia, Vitória, Galícia, e Juazeirense. Posicionaram-se contra e defenderam a manutenção de vagas na Copa Governador do Estado apenas o Vitória da Conquista, Fluminense e Jacobina.
Assim, ficou definido que o campeão, o vice-campeão e o 3º colocado do Baianão 2017 garantirão vagas nas Copas do Nordeste de 2018. O campeão, o vice-campeão e o 4º colocado garantirão vagas na Copa do Brasil de 2018. Já os três melhores colocados em toda a competição, excluindo Bahia e Vitória, terão direito às vagas na Série D do Brasileirão 2018.
Com a escolha da maioria do colegiado pela definição de todas as vagas no Estadual, a Copa Governador do Estado, ou qualquer outra competição que seja realizada em seu lugar, no segundo semestre de 2017, será disputada em categoria Sub-23, sem premiação com vagas. Bahia e Vitória garantiram antecipadamente que participarão desta competição.
3º Lugar – Mais uma novidade do Baianão 2017 diz respeito à definição do 3º colocado. Não haverá mais confronto entre os derrotados da semifinal para a definição. Entre as equipes derrotadas na semifinal, será declarada 3ª colocada do Baianão aquela que obtiver melhor campanha em toda a competição, após o somatório de todas as fases.