Mais perguntas surgem e o perigo aumenta na segunda temporada de Kyle XY. Kyle começa a saber a verdade sobre seu passado, mas sob o treinamento rígido de Tom Foss, ele pode também saber a abrangência de suas habilidades. Tudo isso precisa ser mantido em segredo, até mesmo dos Trager, pois eles querem ajudá-lo a ter uma vida normal de novo. Kyle tem que aprender a viver sua vida dupla e com os perigos desconhecidos que rondam a família. O perigo aumenta quando a garota na cápsula é libertada e segue em busca de Kyle.