O conflito continuou e quando não mais existiam os protagonistas da questão das investiduras, foi feito um acordo entre os príncipes alemães e o Papa, que passou à História com o nome de Concordata de Worms (1122). O Concílio de Latrão, portanto, um ano após, encerra a questão das investiduras e determina a proibição da simonia, isto é, venda ilícita de coisas sagradas ou espirituais, tais como sacramentos, dignidades e benefícios eclesiásticos. Nesse meio tempo, em 1231 - 1233, por um decreto do Papa Gregório IX, a Santa Inquisição adquiriu funcionamento próprio para coibir heresias, tais como, feitiçaria, usura, blasfêmia, etc. e seria restabelecida em 1542 com a finalidade principal de deter com violência o avanço protestante em Portugal, Espanha e Itália. (saiba mais sobre a inquisição)
Na fase final da luta entre os Papas e imperadores, destaca-se a França. Felipe, o Belo (1285 - 1314), neto de São Luís, havia dado ao trono francês a autoridade que lhe faltava devido ao poderio das classes nobres. Seus conselheiros tinham sido juristas impregnados de direito romano e, consequentemente, contribuíram para que a monarquia feudal se transformasse em uma monarquia absoluta, nos antigos moldes romanos.