A Plenária Nacional é o espaço de deliberação da política geral da AMB e de discussão em torno dos nossos princípios, objetivos e modo de organização. Ela é formada por representantes dos agrupamentos locais e pela coordenação nacional. A Plenária toma decisões políticas a partir de consensos construídos coletivamente e elege a coordenação nacional, que se altera a cada 3 anos, observando critérios de diversidade para sua composição. Os consensos construído nas Plenárias orientam os agrupamentos em suas ações, que atuam conforme a conjuntura local e as possibilidades de atuação das integrantes da AMB.
A coordenação nacional atua a partir dos consensos construídos em Plenárias nacionais e atualmente é composta por seis integrantes da AMB e uma representante da Articulação Feminista Marcosul (AFM), rede feminista através da qual atuamos na esfera latinoamericana e mundial. A coordenação tem como responsabilidades políticas: cuidar da nossa comunicação institucional e das nossas relações interinstitucionais e internacionais; decidir sobre representação da AMB em atividades pontuais; fortalecer a política de finanças internas, bem como coordenar as atividades com financiamento; organizar as Plenárias Nacionais e conduzir consultas nacionais; articular e organizar o diálogo interno da AMB a partir do acompanhamento das lutas e das ações locais e nacionais, fortalecendo assim a nossa organicidade.
As Coletivas de Luta atuam a partir das nossas prioridades políticas decididas nas Plenárias Nacionais, sendo revistas e atualizadas de acordo com a conjuntura. Atualmente, são seis: Coletiva de Luta para o Enfrentamento da Violência Contra as Mulheres; Coletiva de Luta contra o Racismo e em Defesa dos Direitos das Mulheres Indígenas; Coletiva de Luta por Justiça Socioambiental e Econômica; Coletiva de Luta pela Legalização do Aborto; Coletiva de Luta pela Democratização do Poder; Coletiva de Luta por Políticas Públicas, Trabalho e Previdência. As Coletivas são responsáveis por analisar criticamente a conjuntura, traçar estratégias de enfrentamento, mobilizar a militância, manter a AMB informada em relação às lutas e encaminhar resoluções e indicativos para serem discutidas nas nossas Plenárias Nacionais.