Alguns historiadores afirmam que o ambiente em que se vivia na nobreza e sociedade daquela época estava repleto de fraude, vício, crime e luxúria. Por isso, São Luís se submeteu a uma ordem rigorosa e práticas de piedade constantes, sem descurar de suas responsabilidades na corte.
Por assuntos de seu pai, teve que viajar para a Espanha e, na igreja dos jesuítas em Madri, ouviu uma voz que lhe dizia: “Luís, ingressa na Companhia de Jesus”. Sua mãe recebeu com alegria os projetos de Luís, mas o pai ficou furioso e não aceitou facilmente a inquietude vocacional do filho.
Mais tarde, depois de tê-lo enviado a várias viagens e lhe dado cargos importantes, o pai teve que ceder e escreveu ao superior dos jesuítas dizendo: “Envio o que mais amo no mundo, um filho no qual toda a família tinha colocado suas esperanças”.
São Luís entrou para o noviciado da Companhia de Jesus. Continuou com suas penitências e mortificações que já tinham afetado a sua saúde. Com o tempo, tornou-se um noviço modelo, manteve-se fiel às regras e sempre buscava exercer as tarefas mais humildes. Em algumas ocasiões, durante o intervalo ou no refeitório, caia em êxtase.
Naquela época, a população de Roma foi afetada por uma epidemia de febre, os jesuítas abriram um hospital onde os membros da ordem atendiam. Luís começou a mendigar mantimentos para os doentes e conseguiu cuidar dos enfermos até que contraiu a doença.
Recuperou-se desse mal, mas ficou afetado por uma febre intermitente que em poucos meses levou-o a um estado de grande debilidade. Acompanhado por seu confessor São Roberto Belarmino, foi se preparando para a morte.