O projeto E-99M é conduzido pela Comissão Coordenadora do Programa Aeronave de Combate (COPAC) junto à Embraer e fornecedores internacionais, como a SAAB, Aeroelectronica International (AELI) e Rohde & Schwarz. Além da modernização, o projeto também possui acordos de transferência de tecnologia que possibilitarão avanços tecnológicos na área de defesa da indústria brasileira.
A Atech, empresa do grupo Embraer, participa do projeto no desenvolvimento de parte do sistema de comando e controle. Também foram adquiridas seis estações de planejamento e análise de missão, que serão empregadas no treinamento e aperfeiçoamento das tripulações.
Desenvolvido sobre a plataforma do bem-sucedido jato regional ERJ 145, com mais de 1.200 unidades entregues e 30 milhões de horas de voo, o E-99 da FAB é capaz de detectar, rastrear e identificar alvos em sua área de cobertura e transmitir essas informações via Data Link. A aeronave realiza missões de vigilância do espaço aéreo, controle e gerenciamento de interceptação, inteligência eletrônica e monitoramento de fronteiras.