Esparsos tropeiros gaúchos e paulistas, além de razoável número de ervateiros paranaenses habitavam o interior de Canoinhas quando em 1888, egresso de São Bento do Sul (SC), o agricultor Francisco de Paula Pereira instalou-se a beira do Canoinhas, perto da foz do rio Água Verde. Ele é considerado o fundador do povoado de Canoinhas, que logo em seguida passou a ser conhecido como Santa Cruz de Canoinhas. Entre os primeiros colonizadores também estão José Thomaz de Mattos, a família Marcondes, Dionísia de Jesus Cordeiro, Elias Rodrigues Vaz, Eustachio Affonso Moreira, João Wordell Filho, Antônio Pereira de Camargo,Joaquim Branco de Camargo e muitos outros.
Foi na condição de Santa Cruz de Canoinhas que em 1902 o lugar foi elevado a distrito judiciário de Curitibanos, embora se encontrasse em área contestada pelo Paraná e Santa Catarina, que disputavam a posse do território. A erva-mate e depois a madeira eram sustentáculos da incipiente economia local. Os interesses pelo domínio do território levaram o governo catarinense à criação do município de Santa Cruz de Canoinhas, o que ocorreu em 12 de setembro de 1911, através da lei 907.