No entanto, o conhecimento do reino do Monomotapa, nos arredores de Sofala, onde existia ouro (desde o séc. X, que era conhecida a sua existência), além de marfim e outros artigos de interesse na Europa, levaram os novos senhores da costa Leste a não descurarem os seus interesses nalguns rios existentes na contra-costa, nome usado em oposição a Angola, que era a Costa de África. Assim, entre 1531 e 1534, o Capitão-mor, então chamado, de Moçambique e Rios de Sena, manda ocupar Sena e Quelimane.
Os prazos da Zambézia tiveram origem nestes domínios privados de escravos armados, chikunda, e que foram reconhecidos pela Coroa portuguesa, em 1629. Existiram até ao fim do séc. XIX[21].
Dado que só em 1752 Moçambique se separa administrativamente de Goa, até lá todos os lucros iam para a Índia, e Moçambique nada progredia. Esta mudança foi determinada pelo Marquês de Pombal que em 1761, elevou a praça a vila. Chamava-se então à povoação existente na ilhota, Praça de S. Sebastião.
O foral não delimitou o concelho, pois entregou à administração além da Ilha de Moçambique, toda a terra firme até onde fosse possível chegar com privilégio de aforamento, segundo o regime em vigor.
Em 1897, o Comissário Régio, Mouzinho de Albuquerque começa a mudança da capital para Lourenço Marques e, em 1935, outro golpe foi dado na cidade, a transferência da capital provincial do Niassa passa a ser Nampula.
A cidade-ilha foi perdendo importância e, em 1975, morreu mesmo, ficando, na minha opinião, em piores condições que as encontradas por Vasco da Gama em 1498.
Pela ilha de Moçambique, passaram ao longo dos anos, muitas figuras da História de Portugal, como Vasco da Gama, Afonso de Albuquerque, D. João de Castro, S. Francisco Xavier, Luís de Camões, Fernão de Magalhães, Pedro Álvares Cabral, Mouzinho de Albuquerque e Bocage entre outros portugueses de antanho. Constam ainda em histórias de pedra, lápides e pedras tumulares, a presença de outros portugueses menos conhecidos como Estêvão de Ataíde, Baltazar Pereira do Lago, Garcia de Sá, o Conde da Lousã, o primeiro Bispo do Japão Sebastião Morais, e o poeta Tomás António Gonzaga.[22]