Manco Inca recuou para Ollantaytambo e depois para a selva em Vilcabamba. A conquista teve sucesso por duas razões principais. Em primeiro lugar, Pizarro percebeu que a emoção da recente guerra civil ainda estava alta e decidiu transformar isso em sua vantagem.
Nas primeiras batalhas, os índios foram pavor de cavalos dos espanhóis e armas de fogo primitivas, nenhum dos quais tinha sido visto nos Andes. Demorou Pizarro quase um ano para chegar a Cuzco após a captura Atahualpa.
Em uma tentativa de recuperar sua liberdade, o Inca ofereceu um resgate de uma sala cheia de ouro e duas salas de prata. Este era para ser trazido de Cuzco. Para acelerar o processo, Pizarro enviou três soldados para Cuzco no início de 1533 para tirar Coricancha ou o “Pátio de Ouro”, de sua rica ornamentação.