Anakin, junto com Obi-Wan, Mace Windu e Yoda, meditaram na esperança de encontrar as crianças que Bane buscava antes que ele as sequestrasse. Pressentindo o futuro, Anakin e Ahsoka foram designados para Naboo para preparar uma armadilha para Bane na cidade de Jan-gwa, capturando-o enquanto tentava sequestrar Roo-Roo Page. Com a verdadeira criança a salvo, a dupla levou Bane à Resoluta, onde Skywalker, Windu e Kenobi interrogaram o caçador de recompensas com um truque mental combinado; exausto, Bane deu-lhes as coordenadas que Kenobi e Windu deveriam seguir, enquanto Anakin relatou os detalhes para Palpatine em Coruscant. Logo, porém, ele se reuniu com sua Padawan e R2-D2 e começaram a examinar o caça de Bane, do qual deduziram das cinzas sobre ele e seu registro de reabastecimento que Bane tinha ido para Mustafar. Com mais nada para fazer, a dupla Jedi partiu na Crepúsculo para o planeta, onde encontraram as crianças. Embora um dos droides tenha levado o prédio a ser destruído na lava sob as ordens de Darth Sidious, Anakin e Ahsoka salvaram as crianças e retornaram a Coruscant. Anakin admitiu ao Conselho que eles foram incapazes de descobrir quem estava por trás dos sequestros, para os quais Yoda aconselhou cautela no caminho à frente.[52]
Em uma missão para investigar o desaparecimento de uma estação médica em órbita sobre Felucia, o ônibus espacial de Anakin foi atacado por um droide abutre, obrigando ele a pousar no planeta junto de Ahsoka, Obi-Wan e um esquadrão de clones. Presos em Felucia, eles se depararam com uma aldeia agrícola nysillin depois de procurar por um tempo. Eles logo perceberam que os aldeões Felucianos estavam sendo protegidos por um grupo de caçadores de recompensas liderados por Sugi—Embo, Rumi Paramita e Seripas. O ancião da aldeia, Casiss, explicou ao trio Jedi que eles tinham contratado os caçadores de recompensas porque os piratas estavam tomando suas colheitas. Depois de algum debate entre eles, Anakin, Obi-Wan e Ahsoka decidiram ajudar os agricultores a se defenderem.[53]
Naquela noite, eles foram visitados pelos piratas, a gangue de Hondo Onaka, que já era familiarizado com Anakin e Obi-Wan graças a captura de Conde Dookan. Ohnaka então disse ao grupo que ele voltaria, mas a essa altura Anakin havia ensinado os Felucianos a lutarem com cajados—embora com o progresso lento de início. Depois de alguns dias, a gangue Ohnaka retornou como prometido, e houve uma batalha entre as facções. Durante o confronto, Skywalker duelou contra Ohnaka, deixando-o pendurado em um penhasco e implorando por misericórdia. Por código, o Cavaleiro Jedi o puxou de lá e Ohnaka percebeu que seus esforços não eram mais lucrativos, deixando o lugar. Ao lado dos caçadores de recompensas, os próprios Jedi partiram logo depois, para chegar ao posto avançado da República mais próximo.[53]
Durante a longa campanha em Malastare, Anakin discutiu com Palpatine (via holograma) e Mace Windu os efeitos da nova bomba de eletro-prótons, e sobre o exército droide Separatista ter preparado um novo ataque—fazendo a República precisar defender os Dugs para garantir um tratado pelo seu combustível. Apesar de extremamente eficaz, a bomba criou uma cratera, que Windu foi investigar, enquanto que Anakin garantiria o tratado com Doge Urus, apenas para Windu chamá-lo para assistência no buraco. Os dois logo descobriram uma criatura gigantesca cuja pele blindada era impermeável até mesmo para os sabres de luz, a Fera Zillo, da qual eles fugiram, apenas para serem informados por Urus que eles queriam a morte da criatura, mesmo que se pensasse que estivesse extinta. Com o uso dos tanques de assalto RX-200 Falchion, as forças da República colocaram a criatura para dormir, convencendo os Dugs que ela estava morta. Com o tratado assinado e Malastare agora um aliado da República, Palpatine ordenou que a besta fosse enviada para Coruscant para estudo, apesar das objeções de Windu.[54]
Depois que a Fera Zillo foi levada para a capital da República, Obi-Wan e Padmé pediram a Anakin para falar com Palpatine sobre o destino da criatura; relutantemente, ele concordou. Quando tanto ele quanto Amidala se encontraram com o Chanceler, Palpatine e o Vice-Presidente Mas Amedda tentaram justificar que matar a besta era para o bem maior—Padmé objetou a suas alegações, mas Anakin optou por permanecer neutro, em vez de se opor a sua esposa ou seu amigo. No entanto, a besta escapou do cativeiro no laboratório da Dra. Boll e atacou diretamente o próprio Chanceler por suas tentativas de matá-lo. Encurralados pela fera, Skywalker e os outros evacuaram seu escritório em seu ônibus executivo, apenas para a fera agarrá-los na decolagem. Eles foram libertados quando Anakin cortou o ônibus pela metade, fazendo com que todos caíssem de lá. A Fera foi finalmente morta quando as aeronaves lançaram gás em sua boca sob as ordens de Palpatine.[55]
"Não se preocupe, Clovis. É bom saber que você tem coração. Eu queria poder devolver o disco, mas acho que você vai até conseguir sobreviver."