O Arquivo Histórico do MAE possui aproximadamente cinco mil itens documentais em seu acervo, em diferentes tipos de suporte, tais como fotografias, ilustrações, documentos manuscritos e datilografados, fitas, vídeos, mapas e plantas. O acervo é proveniente da própria atividade do Museu ao longo de sua existência, composto por cartas, ofícios, recibos e regulamentos da própria instituição. Além disso, o Arquivo mantém em seu acervo doações feitas por pesquisadores e instituições de áreas e temáticas afins ao MAE.