Pode-se afirmar, entretanto, que a Maçonaria é uma instituição que, baseada em símbolos e rituais secretos, não é uma seita religiosa na acepção comum do termo.
Com o tempo, embora tendo presente seus princípios fundamentais e seu esquema original, essa instituição passou a apresentar diversas ramificações. As diferenças na interpretação e na prática ritual do que se pode considerar o núcleo maçônico básico – as Constituições de Anderson – e o trabalho simbólico dos ritos iniciáticos aos três primeiros graus – aprendiz, companheiro e mestre -, se refletiram na divisão da Maçonaria em numerosas denominações e ritos, muitas vezes antagônicos entre si. Essas divisões nos afastam, portanto, da compreensão da Maçonaria num sentido unívoco. O fato de não haver um órgão controlador internacional que seja reconhecido por todas as potências maçônicas[7], acarreta uma falta de clareza quanto aos princípios básicos que fundamentariam o que poderia se considerar como Maçonaria “autêntica ou regular”. (AMARAL, 2005).
Pelo que foi até aqui exposto, constata-se que estabelecer uma definição satisfatória e completa do que vem a ser hoje a Maçonaria não é tarefa fácil. Essa instituição adaptou-se, inclusive, à mentalidade de cada época e país que a praticou, pois ora assumiu um caráter de difusão da crença na existência de Deus, ora representou um movimento filosófico que busca a Verdade, livre de orientação e de opinião.
No Brasil, por vezes, as contradições entre o discurso e a prática maçônica resultaram da manipulação por parte desta instituição, das demandas de alguns setores da sociedade e dos poderes locais e regionais como forma de ampliar suas fileiras e aumentar seu poder e influência, estando muito ligada à vida política do país e à parcela da elite intelectual. No entanto, nos documentos aqui analisados muito é dito sobre o fato de a maçonaria não ser considerada uma associação política, que se envolva com partidos políticos, como pode ser constatado na exposição a seguir:
Nos paizes regidos por instituições livres a Maçonaria não é, e nem deve ser uma associação política. Ahi os sacrosantos princípios por que sempre pugnou têm por defensores a imprensa, a tribuna, toda a organisação política e social. Ella, portanto não precisa, nem deve, envolver-se nas lutas dos partidos, lutas muitas vezes de interesses pessoaes e transitórios, lutas travadas sempre entre homens que, de accôrdo sobre as bases fundamentaes do direito publico, divergem mais ou menos na sua applicacão, conforme o ponto de vista pratico ou theorico em que se collocam. A razão e os interesses de sua causa aconselham-lhe esta abstenção. […] Mas, si a Maçonaria deve em geral affastar-se dos pleitos dos partidos, não se segue que deve, que possa mesmo ficar indiferente quando, por uma aberração inqualificável, se tente n’esses paizes aniquilar os princípios que, mais do que ninguém, ella proclamou e defendeu, procurando tornal-os os guias seguros e invioláveis das sociedades modernas. (BOLETIM DO GRANDE ORIENTE DO BRAZIL,1891, p. 2).
No entanto, não há como negar sua atuação e influência como um autêntico grupo de pressão que aglutinou expressiva parcela da elite imperial e republicana (BARATA, 1999). Sua estrutura organizacional respaldou sua atuação política como grupo assim como as iniciativas de maçons que atuavam na política nacional. Os maçons debateram nas lojas, na imprensa, no Parlamento e nas instituições das quais faziam parte, temas relativos à defesa da liberdade de consciência, da laicização da educação e do progresso do país, do fim do escravismo[8] e da implantação da República.