Os acusados do crime são pai do menino, Leandro Boldrini; a madrasta, Graciele Ugulini, e dois amigos da mulher, os irmãos Edelvânia e Evandro Wirganovicz. A criança, que sofria constantes abusos psicológicos e teve a história marcada por desamparo e negligência, segundo os autos, já havia pedido ajuda ao Ministério Público para não morar mais com o pai e a madrasta. As brigas eram frequentes na casa da família. Algumas foram gravadas pelo pai de Bernardo. Em um dos vídeos, a reação do menino demonstra que essa era uma prática do casal.
A mãe do menino, Odilaine, foi encontrada morta dentro da clínica do então marido, em fevereiro de 2010. A polícia havia concluído que ela cometeu suicídio. A versão foi contestada, mas a nova investigação não apontou indícios de homicídio.