Já vimos que a microbiota desempenha um papel crucial no desenvolvimento do sistema imunológico. A alergia alimentar (AI), ou hipersensibilidade alimentar, ocorre por causa de uma resposta exagerada das reações imunes que são desencadeadas após a ingestão de certos alimentos e que podem levar a danos cutâneos ou gastrointestinais.
A AI causa 1% das doenças de pele e raramente causa doenças no intestino do animal. No entanto, por um lado, foi demonstrado que os sintomas mais comuns em cães que sofrem desse tipo de alergia é o prurido e, por outro lado, parece que, após uma doença inflamatória intestinal, pode haver um problema de AI.