O domínio do Mediterrâneo oriental permitiu que as forças navais de Mu'awiya atacassem Creta e Rodes em 653. Desde o ataque a Rodes, Mu'awiya remeteu despojos de guerra significativos para Uthman. Em 654/55, uma expedição naval conjunta lançada de Alexandria , Egito e os portos da Síria derrotou uma frota bizantina comandada por Constante II ao largo da costa da Lícia na Batalha dos Mastros . Constante II foi forçado a navegar para a Sicília , abrindo caminho para um ataque naval árabe malsucedido a Constantinopla . Os árabes eram comandados pelo governador do Egito, Abd Allah ibn Abi Sarh, ou pelo tenente de Mu'awiya, Abu'l-A'war .
Enquanto isso, depois de duas tentativas anteriores dos árabes de conquistar a Armênia , uma terceira tentativa em 650 terminou com uma trégua de três anos alcançada entre Mu'awiya e o enviado bizantino Procopios em Damasco. Em 653, Muawiya recebeu a submissão do líder armênio Theodore Rshtuni , que o imperador bizantino Constante II ( r . 641-668 ) praticamente concedeu quando se retirou da Armênia naquele ano. Em 655, o tenente-comandante de Mu'awiya, Habib ibn Maslama al-Fihri, capturou Teodosiópolis e deportou Rshtuni para a Síria, solidificando o domínio árabe sobre a Armênia.
O domínio de Mu'awiya era geralmente imune ao crescente descontentamento que prevalecia em Medina, Egito e Kufa contra as políticas de Uthman nos anos 650. A exceção foi Abu Dharr al-Ghifari , que havia sido enviado a Damasco por condenar abertamente o enriquecimento de Uthman de seus parentes. Ele criticou as somas generosas que Mu'awiya investiu na construção de sua residência em Damasco, o Palácio Khadra , levando o governador a expulsá-lo. O confisco das terras da coroa no Iraque por Uthman e seu nepotismo levaram os coraixitas e as elites despossuídas de Kufa e do Egito a se oporem ao califa.
Uthman pediu ajuda a Mu'awiya quando rebeldes do Egito cercaram sua casa em junho de 656. Mu'awiya despachou um exército de socorro para Medina, mas se retirou em Wadi al-Qura quando soube do assassinato de Uthman. Ali , primo e genro de Maomé, foi reconhecido como califa em Medina, mas logo depois foi combatido por muitos dos coraixitas liderados por al-Zubayr e Talha , ambos companheiros proeminentes de Maomé, e a esposa de Maomé A'isha , que temia a perda de sua própria influência e a de sua tribo sob Ali. O último derrotou o triunvirato perto de Basra na Batalha do Camelo , que terminou com a morte de al-Zubayr e Talha, ambos potenciais candidatos ao califado, e a retirada de A'isha para Meca. Com sua posição no Iraque, Egito e Arábia assegurada, Ali voltou sua atenção para Mu'awiya, que, ao contrário dos outros governadores provinciais, tinha uma base de poder forte e leal, exigiu vingança pela morte de seu parente omíada Uthman e não poderia ser facilmente substituído. Neste ponto, Mu'awiya ainda não reivindicou o califado e seu principal objetivo era manter o poder na Síria.
Durante sete meses a partir da data da eleição de Ali, não houve relações formais entre o califa e o governador da Síria. A vitória de Ali em Basra deixou Mu'awiya vulnerável, seu território espremido entre as forças de Ali no Iraque e no Egito a leste e oeste, enquanto a guerra com os bizantinos continuava no norte. Depois de não conseguir a deserção do governador do Egito, Qays ibn Sa'd , ele resolveu acabar com a hostilidade da família Umayyad a Amr ibn al-As, o conquistador e ex-governador do Egito, a quem acusaram de envolvimento na morte de Uthman. Mu'awiya e Amr, que eram amplamente respeitados pelas tropas árabes do Egito, fizeram um pacto pelo qual este último se juntou à coalizão contra Ali e Mu'awiya concordou publicamente em instalar Amr como governador vitalício do Egito, caso destituíssem o nomeado de Ali.
Embora tivesse o firme apoio do Kalb para escorar o resto de sua base na Síria, Mu'awiya foi aconselhado por seu parente al-Walid ibn Uqba a garantir uma aliança com as tribos iemenitas de Himyar , Kinda e Hamdan , que dominou coletivamente a guarnição de Homs. Ele empregou o primeiro comandante muçulmano e nobre Kindite Shurahbil ibn Simt , amplamente respeitado na Síria, para reunir os iemenitas ao seu lado. Ele então obteve o apoio do líder dominante da Palestina, o chefe judhamita Natil ibn Qays , permitindo que o último confisco do tesouro do distrito ficasse impune. Os esforços deram frutos e as demandas de guerra contra Ali aumentaram em todo o domínio de Mu'awiya. Mu'awiya entregou ao enviado de Ali, o veterano comandante e chefe dos Bajila , Jarir ibn Abd Allah , uma carta que equivalia a uma declaração de guerra contra o califa, cuja legitimidade ele se recusou a reconhecer. Mu'awiya garantiu sua fronteira norte com Bizâncio fazendo uma trégua com o imperador em 657/58, permitindo ao governador concentrar o grosso de suas tropas na batalha iminente com o califa.
Os dois lados se encontraram em Siffin perto de Raqqa na primeira semana de junho de 657 e travaram dias de escaramuças interrompidos por uma trégua de um mês em 19 de junho. Durante a trégua, Mu'awiya despachou uma embaixada liderada por Habib ibn Maslama, que apresentou a Ali um ultimato para entregar os supostos assassinos de Uthman, abdicar e permitir que um shūrā (conselho consultivo) decidisse o califado. Ali rejeitou os enviados de Mu'awiya e, em 18 de julho, declarou que os sírios permaneciam obstinados em sua recusa em reconhecer sua soberania. No dia seguinte, houve uma semana de duelos entre os principais comandantes de Ali e Mu'awiya. A batalha principal entre os dois exércitos começou em 26 de julho. Enquanto as tropas de Ali avançavam em direção à tenda de Mu'awiya, o governador ordenou que suas tropas de elite avançassem e superaram os iraquianos antes que a maré se virasse contra os sírios no dia seguinte com a morte de dois dos principais comandantes de Mu'awiya, Ubayd Allah , filho de Califa Umar e Dhu'l-Kala Samayfa, o chamado "rei de Himyar". A perda de Ubayd Allah foi um golpe para o prestígio de Mu'awiya, já que ele tinha sido a única conexão de sangue não omíada com os primeiros califas a dar a Mu'awiya seu apoio nessa conjuntura.
Mu'awiya rejeitou as sugestões de seus conselheiros de envolver Ali em um duelo e encerrar definitivamente as hostilidades. A batalha teve seu clímax na chamada "Noite do Clamor" em 28 de julho, quando as forças de Ali tiraram vantagem em uma confusão enquanto o número de mortos aumentava em ambos os lados. Isso levou Amr ibn al-As a aconselhar Mu'awiya na manhã seguinte para que vários de seus homens amarrassem folhas do Alcorão em suas lanças em um apelo aos iraquianos para resolver o conflito por meio de consultas. Embora esse ato representasse uma espécie de rendição quando o governador abandonou, pelo menos temporariamente, sua insistência anterior em resolver a disputa militarmente com Ali e perseguir os assassinos de Uthman no Iraque, teve o efeito de semear discórdia e incerteza nas fileiras de Ali.
O califa aderiu à vontade da maioria de seu exército e aceitou a proposta de arbitragem. Além disso, Ali concordou com a exigência de Amr de omitir seu título formal, amīr al-muʾminīn (comandante dos fiéis, o título tradicional de um califa), do documento de arbitragem inicial redigido em 2 de agosto. De acordo com Kennedy, o acordo forçou Ali "a lidar com Mu'awiya em termos de igualdade e abandonar seu direito incontestável de liderar a comunidade", e Madelung afirma que "deu a Mu'awiya uma vitória moral" antes de induzir uma "divisão desastrosa no fileiras dos homens de Ali ". De fato, após o retorno de Ali a Kufa em setembro de 658, um grande segmento de suas tropas que se opuseram à arbitragem desertou, inaugurando o movimento Kharijite . O acordo inicial adiou a arbitragem para uma data posterior. As informações nas fontes tradicionais sobre a hora, local e resultado da arbitragem são contraditórias, mas provavelmente houve duas reuniões entre os respectivos representantes de Mu'awiya e Ali, Amr e Abu Musa al-Ash'ari , a primeira em Dumat al-Jandal e o último em Adhruh . Ali aparentemente abandonou a arbitragem após a primeira reunião em que Abu Musa - que, ao contrário de Amr, não estava particularmente ligado à causa de seu principal - aceitou a alegação do lado sírio de que Uthman foi morto por engano, um veredicto ao qual Ali se opôs. A reunião final em Adhruh fracassou e então Mu'awiya emergiu como um grande candidato ao califado.
Mapa do Primeiro Fitna . As áreas sombreadas em verde e rosa, respectivamente, representam os territórios sob o controle do califa Ali e de Mu'awiya em 658.
Após o colapso das negociações de arbitragem, Amr e os delegados sírios retornaram a Damasco, onde saudaram Mu'awiya como amīr al-muʾminīn . Em abril / maio de 658, Mu'awiya recebeu uma promessa geral de lealdade dos sírios. Em resposta, Ali interrompeu as comunicações com Mu'awiya, mobilizou-se para a guerra e invocou uma maldição contra Mu'awiya e sua comitiva próxima como um ritual nas orações matinais. Mu'awiya retribuiu na mesma moeda contra Ali e seus apoiadores mais próximos em seu próprio domínio.
Em julho, Mu'awiya despachou um exército sob Amr para o Egito após um pedido de intervenção de amotinados pró-Uthman na província que estavam sendo reprimidos pelo governador, filho do califa Abu Bakr e enteado de Ali, Muhammad . As tropas deste último foram derrotadas pelas forças de Amr, a capital da província, Fustat, foi capturada e Muhammad foi executado sob as ordens de Mu'awiya ibn Hudayj , líder dos rebeldes pró-Uthman. A perda do Egito foi um grande golpe para a autoridade de Ali, que estava atolado na batalha contra os desertores Kharijite no Iraque e cujo domínio em Basra e nas dependências do leste e do sul do Iraque estava se desgastando. Embora sua mão estivesse fortalecida, Mu'awiya se absteve de lançar um ataque direto contra Ali. Em vez disso, sua estratégia era subornar os chefes tribais do exército de Ali para o seu lado e atormentar os habitantes ao longo da fronteira ocidental do Iraque. O primeiro ataque foi conduzido por al-Dahhak ibn Qays al-Fihri contra nômades e peregrinos muçulmanos no deserto a oeste de Kufa. Isso foi seguido pelo ataque abortivo de Nu'man ibn Bashir al-Ansari a Ayn al-Tamr , então, no verão de 660, os ataques bem-sucedidos de Sufyan ibn Awf contra Hit e Anbar .
Em 659/660, Mu'awiya expandiu as operações para o Hejaz (oeste da Arábia, onde Meca e Medina estão localizadas), enviando Abd Allah ibn Mas'ada al-Fazari para coletar o imposto de esmolas e juramentos de fidelidade a Mu'awiya do habitantes do oásis Tayma . Esta incursão inicial foi derrotada pelos Kufans, enquanto uma tentativa de extrair juramentos de lealdade dos coraixitas de Meca em abril de 660 também falhou. No verão, Mu'awiya despachou um grande exército sob o comando de Busr ibn Abi Artat para conquistar o Hejaz e o Iêmen. Ele instruiu Busr a intimidar os habitantes de Medina sem feri-los, poupar os habitantes de Meca e matar qualquer um no Iêmen que se recusasse a jurar lealdade. Busr avançou através de Medina, Meca e Ta'if , não encontrando resistência e ganhando o reconhecimento de Mu'awiya dessas cidades. No Iêmen, Busr executou vários notáveis ​​em Najran e arredores por causa de críticas anteriores a Uthman ou ligações com Ali, massacrou numerosos membros de tribos de Hamdan e habitantes da cidade de Sana'a e Ma'rib . Antes que ele pudesse continuar sua campanha em Hadhramawt , ele retirou-se quando uma força de socorro Kufan ​​se aproximou.
As notícias das ações de Busr na Arábia estimularam as tropas de Ali a se unirem em torno de sua campanha planejada contra Mu'awiya, mas a expedição foi abortada como resultado do assassinato de Ali por um carijita em janeiro de 661. Depois disso, Mu'awiya liderou seu exército em direção a Kufa, onde Ali o filho al-Hasan fora nomeado seu sucessor. Al-Hasan abdicou em troca de um acordo financeiro e Mu'awiya entrou em Kufa em julho ou setembro de 661 e foi reconhecido como califa. Este ano é considerado pelas fontes tradicionais muçulmanas como "o ano da unidade" e geralmente é considerado o início do califado de Mu'awiya.
Antes e / ou depois da morte de Ali, Mu'awiya recebeu juramentos de lealdade em uma ou duas cerimônias formais em Jerusalém, a primeira no final de 660 / início de 661 e a segunda em julho de 661. O geógrafo de Jerusalém, do século 10, al-Maqdisi afirma que Mu'awiya havia desenvolvido uma mesquita originalmente construída pelo califa Umar no Monte do Templo e recebeu seu juramento formal de lealdade lá. De acordo com a fonte mais antiga existente sobre a ascensão de Mu'awiya em Jerusalém, as quase contemporâneas Crônicas Maronitas , compostas por um autor siríaco anônimo , Mu'awiya recebeu as promessas dos chefes tribais e então orou no Gólgota e na Tumba da Virgem Maria no Getsêmani , ambos adjacentes ao Monte do Templo. As Crônicas Maronitas também afirmam que Mu'awiya "não usava uma coroa como outros reis do mundo".
Há pouca informação nas fontes tradicionais muçulmanas sobre o governo de Mu'awiya na Síria, o centro de seu califado. Ele estabeleceu sua corte em Damasco e transferiu o tesouro califal de Kufa para lá. Ele confiou em sua soldadesca tribal síria, aumentando seu salário às custas das guarnições iraquianas. Os maiores estipêndios foram pagos de forma hereditária a 2.000 nobres das tribos Quda'a e Kinda, os componentes centrais de sua base de apoio, que receberam o privilégio de consultar todas as decisões importantes e o direito de vetar ou propor medidas. Os respectivos líderes do Quda'a e do Kinda, o chefe Kalbite Ibn Bahdal e Shurahbil baseado em Homs, faziam parte de seu círculo interno na Síria junto com os Qurayshites Abd al-Rahman ibn Khalid , filho do ilustre comandante Khalid ibn al -Walid e al-Dahhak ibn Qays.