O conflito tem a sua origem no facto de, apesar de o Sultanato de Aceh nunca ter sido tecnicamente incorporado nas Índias orientais neerlandesas ter sido um dos territórios devolvidos pelos Países Baixos à Indonésia, em 1949, na sequência das conversações patrocinadas pela ONU entre a Indonésia e os antigos poderes coloniais. A população de Aceh, embora irmãos muçulmanos, começou, praticamente de imediato, a lutar pela independência, tendo a província obtido um estatuto especial. A instabilidade é exacerbada pela exploração, por parte do Governo Indonésio, dos recursos de gás e petróleo desta província, assim como pela política de transmigração que fez com que muitos javaneses viessem instalar-se e trabalhar nas cinturas costeira e industrial da província. O referido cessar-fogo, que visava, em parte, do ponto de vista da UE, assegurar o apoio da Indonésia à luta mundial contra o terrorismo, protegendo simultaneamente os direitos humanos da população de Aceh, foi agora quebrado. A Presidente Megawati Sukarnoputri deseja, compreensivelmente, evitar que a Indonésia se desmorone. O exército parece tê-la persuadido, de forma insensata, de que uma solução militar seria possível.