No entanto, chamamos a atenção para alguns aspectos particulares e cuidados especiais, que é preciso ter em conta nesta actividade. É que a aquicultura não deve ser comparada com qualquer outra indústria mas sim com a agricultura e a pecuária, dado que as suas implicações se ligam directamente ao desenvolvimento das espécies e do meio natural, designadamente as orlas costeiras e os usos alternativos do espaço. Por outro lado, as possibilidades de intensificação e verticalização da produção podem gerar riscos importantes para a saúde humana e animal, que têm que ser controlados para prevenir uma qualquer espécie do género "vacas-loucas" ao nível dos peixes.