A foz do rio Boyne está classificada como zona de protecção especial, ao abrigo da directiva relativa à conservação das aves selvagens. Isso implica que qualquer intervenção na foz do Boyne ou na zona envolvente que possa ter impacto na zona de protecção especial deve obedecer às disposições que protegem a zona e que estão definidas na directiva comunitária relativa aos habitats. Desde 1998, têm chegado à Comissão várias queixas, alegando que as obras do porto irão afectar a área de Stegrennan, que está incluída na zona de protecção especial, e que não estão a ser respeitadas as disposições aplicáveis em matéria de ambiente. Depois de analisar essas queixas, em 1998 e no princípio do ano passado - período em que o projecto não recebeu apoio dos Fundos Estruturais - a Comissão concluiu, no Verão de 1999, que as obras do porto cumpriam as disposições aplicáveis em matéria de protecção ambiental. Fora realizado um extenso estudo de impacto ambiental. O impacto mais negativo do projecto, a perda de terreno na faixa de Stegrennan, será apenas temporário, estando o empreiteiro obrigado a repor integralmente a situação anterior. Por iniciativa da Comissão, a faixa de Stegrennan foi formalmente integrada na zona de protecção especial da foz do rio Boyne, que anteriormente não a incluía. Para compensar os efeitos negativos, para as populações de aves, do desaparecimento temporário da camada natural, acordou-se que fossem beneficiados outros locais de habitat da zona da foz. No entanto, desde o Verão do ano passado, esta última medida tem vindo a ser posta em causa. Primeiro, as autoridades irlandesas anularam o seu anterior compromisso de fazer melhoramentos na zona. Depois, quando uma organização não governamental de defesa do ambiente apresentou queixa num tribunal irlandês, renovaram o compromisso. Porém, o novo compromisso consistia em alterações menores, o que motivou nova queixa em tribunal.