A primeira é que a comunidade científica apoia, sem reservas, a ideia de um espaço comum de investigação. Mas, por outro lado, alimenta sérias dúvidas quanto ao efeito de sinergia e de valor acrescentado a nível europeu receando que possa perder-se através de uma concentração dos vários projectos de investigação; ou seja, quanto menor for o núcleo, quanto mais concentrados estiverem esses projectos, mais dificilmente essas sinergias se produzirão a nível europeu. A segunda questão é relativa aos instrumentos. Estão previstos três instrumentos: as redes de excelência, por um lado, os projectos integrados e o recurso ao artigo 169º. A comunidade científica está preocupada com o facto de estes três instrumentos serem novos e serem os únicos previstos. Receia que se percam outros, que se utilizavam até agora, e aos quais a comunidade científica já estava habituada.