Em relação aos produtos da pesca e da aquicultura enfrentam-se alguns desafios bem específicos. Talvez nem sempre seja apropriado transferir simplesmente medidas de controlo destinadas aos animais das explorações agrícolas e aplicá-las aos produtos da pesca e da aquicultura. Por exemplo, alguns dos problemas e desafios que têm a ver com doenças que infectam os peixes, níveis de dioxinas, etc., são muito específicos e requerem pareceres científicos devidamente fundamentados e regularmente actualizados, com base nos quais se possa proceder a controlos dos níveis de toxinas. Os moluscos bivalves, pelas suas características, apresentam problemas específicos, e talvez não deva ser adoptado nos testes das vieiras, por exemplo, o mesmo procedimento que se utiliza para analisar os mexilhões ou outras espécies. Nos sistemas de controlo deve ter-se em conta o tipo específico do molusco bivalve.