Panama tropikal iklim bölgesidir. Ülkede iki mevsim vardır: Ocak’tan Nisan ayına kadar sıcak tropikal iklim ve mayıs-aralık arası yağışlı dönem. Ortalama sıcaklık 27 derece civarı olup, oldukça nemli bir hava mevcuttur. En yağışlı ve soğuk ay kasımdır. En sıcak ay ise mayıs ayıdır.
Atlantik Kıyıları yaklaşık 10 ay yağış alır. Yıllık yağış ortalaması 2500 ila 3000 milimetredir. Pasifik kıyılarında ise yağışlı dönem 8 ay kadar olup, yıllık yağış ortalama 1700 ila 2100 milimetredir.