Mikroenjeksiyon da denilen bu yöntem; yumurtaların (oositlerin) toplanmasının ve etrafındaki granüloza hücrelerinin enzimatik veya mekanik temizlenmesinden sonra yumurtanın içine, yine hazırlık aşamasından geçirilmiş tek bir spermin embriyolog tarafından enjekte edilmesi işlemidir. Bu işlem 400 kat büyütmeli özel bir mikroskop altında ve mikromanipülatör yardımıyla gerçekleştirilir. Başarılı bir mikroenjeksiyon için kullanılan donanımın üst teknolojik seviyede olması, laboratuvar ortamının uygun olması ve embriyoloğun yeterli tecrübede olması çok önemlidir.