Bunu izleyen yılların siyasal gelişmeleri yüzünden kayser, Worms Meclisinin kararının yerine getirilmesini ne istiyordu, ne de buna olanak bulabiliyordu. Fransa ile uzun bir savaşa sürüklendi. Papa, Fransa’nın tarafını tuttuğu için, kayserin çoğunlukla Luther yanlısı olan Alman askerleri. Roma’ya ve papalık sarayına dek gidip, onun bir bölümünü yıktılar. Öte yandan, Tuna boyunca ilerleyen Türklerin Avusturya’ya girme tehlikesi vardı. Bu yüzden kayser yıllardır Almanya’da bulunamıyordu. Kayser’e vekalet eden hükümetinin en güçlü adamı, 1525 yılında ölen Akıllı Fredrik idi. Onun yerini dük Johan aldı. Böylece reform serbestçe yayılıyordu. Luther , dük George’un topraklarında bulunduğu zaman kılık değ1ştirerek onun tuzaklarına düşmemeyi başardı.
Buna karşın, bu yıllar Luther için Worms yılından da daha güç oldu; sağlam kişilik isteyen çabalama ve çekişme yıllarıydı. 1521 yılında Luther bütün halkının hayran olduğu bir kahramandı, ama sonraki olaylarda arkadaşları yavaş yavaş kendisinden uzaklaşmaya başladılar.
O yılların en büyük bilgini Rotterdamlı Erasmus ilk önce Luther’in ortaya çıkışını memnunlukla karşıladı, papalık kilisesi üzerine sert ve iğneli sözler söyledi. Onun örneğine uyarak hümanistler ve şövalyeler (bunlardan Franz von Sickingen ve Ulrich von Hutten’le daha önce karşılaştık) Luther’e yandaş oldular, kiliselerin ve özellikle manastırların temizlenmesini istediler. Ama Luther’in durumunu görünce. Erasmus korktu. Onda kişiliğin sağlamlığı yoktu, kendi ün ve geleceği gerçekten daha önemliydi. Etkili kişiler aracılığıyla. Romadakilere hala öğretilerine bağlı olduğunun söylenmesi için yalvarıp yakardı. Papa yine kendisinden kuşkulanınca Luther’e karşı “Özgür istekten” adlı bir kitap yazdı. Luther buna “Kulca istekten” adlı bir kitapla karşılık verdi, böylece “hümanizm kralıyla)> reformcunun araları açıldı. Erasmus’un yandaşları da doğal olarak reformcudan uzaklaştılar.
Öğretisel sorunlar daha çözülmeden,Luther canların kurtulmasını sağlayan müjdesini toplumsal ve siyasal olaylara karıştırmak isteyen siyasal sürtüşmelere de katılmak zorundaydı. Ortaçağların sonlarında Alman çiftçileri dayanılmaz bir duruma düştü. Onların üzerinde kilisenin sonsuz para ,istekleri, hükümdarların vergi ve zorbalıkları, şövalyelerin yağma ve keyfi hareketleri hümanistlerin alaylı sözleri, kavgacı memurlar vardı. Yoksulun işine kimse bakmıyordu, her şey para ve zorbalıkla yapılıyordu. Çiftçilerin toprağı ve özgürlüğü seven yüreklerinin kin ve devrim istekleriyle dolu olduğu herkesçe bilinen bir şeydi. Onu ateşlemek için bir tek kıvılcım gerekiyordu. İnsanın vicdan özgürlüğünü savunan Luther’in ortaya çıkışı, sevinçle karşılandı. Luther’in kendisi de bir çiftçi aileden geliyordu. Luther’in “Bir Hıristiyanın özgürlüğü” adlı kitabının toprak köleliğine karşı yazıldığı düşünülüyordu. Luther Kutsal Kitabın tek bir yaşam ilkesi olduğunu öğretince, çiftçiler devlet yasalarıyla ekonomi ve toplum ilkelerini de Musa’nın yasalarına göre düzeltme gerekliliğini duymuşlardı.
Patlama noktasına ulaşan devrim hareketinin önderliği, kimi aşırı kişilere kaldı. Wittenberg’ten çıkartılan “düş kurucular” da Thomas Münzer önderliğinde bunlara katıldı. Bunlar bütün devlet ve kilise kurallarını tiksintiyle karşılayıp Tanrının ‘bin yıllık hükümranlığını bekliyorlardı. Bu da ayrıcalıklı sınıfların ateş ve kanla yok edilmesinden sonra kurulacaktı.
Ayaklanma 1524 yılında güney Almanya’da başladı. Kontlar ve şövalyeler birbirleriyle kavgacı ve kıskanç oldukları için, ayaklananlar çabuk ilerleyip devletin büyük bir bölümünü ele geçirdiler. Bunlar isteklerini on iki madde olarak açıkladılar. Kana susamış çiftçiler yağma ederek, yakarak, işkence ederek, öldürerek şatodan şatoya, kentten kente ilerliyordu. Önlerinde, Münzer ateşli vaazlar ederek gidiyordu. “Acıma duymayın! Kılıcınızın kanı soğumasın!” Her iki yan Luther’e bakıyordu. Luther çiftçilerden yana çıktı, şövalyeleri yaptıkları zorbalık ve kötülüklerden dolayı azarladı, ama aynı zamanda çiftçileri de güç kullanmamaya çağırdı. Bunun yararı olmayınca, kendi canını tehlikeye atarak tehdit yağdıran, kuduran insanlarla konuştu. Ama tek başına iyi, sessiz, dindar olan bu kişiler şimdi akılsız, yırtıcı bir hayvan sürüsü gibi olmuşlardı. Luther’in sevdiği Almanya tüten yıkıntılara dönüşüyordu, kendi yaşamı da tehlikedeydi. O zaman tiksinti, Luther’i de sardı. Kutsal Kitabın ilk bölümlerinde bulunan kimi yerlere benzeyen, öç dolu “Çiftçilerin yağma eden katil çetelerine karşı” diye bir kitap yazdı. Tehlike anında şövalyeler kendi kavgalarını bir yana bırakıp güçlerini birleştirerek, çiftçileri büyük bir bozguna uğrattılar. Luther’in uyarılarına karşın, şövalyeler şimdi çiftçilere acımasız bir kıyıcılıkla davrandılar. Münzer yakalanıp idam edildi.
Şövalyeler Luther’i ayaklanmadan sorumlu tuttular. Çiftçiler ise, onu ihanetle suçladılar. Halkın, önceleri Luther’e karşı göstermiş olduğu hayranlık, büyük bir ölçüde azaldı. Luther de Alman halkına olan güvenini yitirdi. Reformcuların önünde, uzun ve zor bir eğitim görevi olduğunu anladı. Ama tek başına kalan Luther sarsılmıyordu. Kargaşalık yılları içinde. aydınlık bir yol gösteriyordu: İncil müjdesi, iman, kişinin sonsuz yaşam davası, devletin ve toplumun siyasal davalarıyla karıştırılmamalıydı.
Çiftçilerin ayaklanmasından sonra, Luther kiliselerdeki ayinlerde kendi reformlarını gerçekleştirdi. Onun halk diliyle yapılan “Alman ayini” denilen kutsal ayin, Lüteryen kiliselerin çoğunda hala kullanılıyor. Bu ayinde eski kiliselerin mirası korundu, ancak papalık Kilisesinin yanlışlıkları çıkartıldı. Komünyon ayininin yerine vaaz en önemli yeri aldı. Vaaz, günah sorununun ve Tanrı merhametinin halk diliyle sade biçimde açıklanmasıydı. Luther’in kendisi, yetenekli bir vaizdi. Okulların reformunu Luther Melanchton’a bıraktı. Böylece okulların gelişmesinde de reformun büyük etkisi vardı. Halkın dinsel eğitimi için Luther, “Küçük ilmihal” adlı bir kitap yazdı. Bu kitaptan her sabah çocuklarıyla on buyruğu, iman açıklamasını. Rabbin Duası’nı derin derin düşünerek, dua ederek okudu. Kitabı yazdığı zaman Luther, kendi çocuklarına Kutsal Kitabın gerçeklerini öğretmek isteyen Thüringenli çiftçi Petrus’u gözlerinin önüne getiriyordu. Ona bu gerçekleri genç kuşak için sade olarak nasıl anlatabileceğini açıkladı. Birçok yerde bu kitap hala en önemli kitaplardan biri sayılıyor. Bu kitaptaki konuları tam olarak açıklamak için Luther “Büyük İlmihal”i yazdı. Luther güvenlik görevlilerinden Kiliselerdeki huzurun sağlanmasını istiyordu, ama güç kullanmalarını, kilise işlerine karışmalarını istemiyordu.
Luther’in 1525 yılında beklenmedik bir anda evlenmesi, hem arkadaşlarını, hem de düşmanlarını düşündürdü. Bir keşişin manastırdan kaçan rahibeyle evlenmesi, kuşkusuz insanları şaşkınlık içinde bıraktı.
Luther’in de aşırı gruplar gibi bütün kutsal ayinlere karşı olduğu düşüncesine kapıldılar. Andreas Karlstadt, Luther’in öğretilerini böyle açıklıyordu. Benzeri düşünceleri İsviçre’nin reformcusu Ulrich Zwingli de yaydı. Zwingli düşüncelerinin çoğunu Luther’den almış, ama başarı tutkusuyla dolu olduğu için aralarındaki ayrılıkları ortaya atarak reformun başına geçmek istiyordu. Hessen eyaletinin dükü Filip onun yandaşıydı. Filip yetenekli bir devlet adamı idi, özellikle Zwingli’nin reformun silahlarla gerçekleştirilmesi düşüncesini destekliyordu. Filip’in isteği üzerine, Luther ve Zwingli 1529 yılında komünyon konusunu tartışmak için Marburg’ta bir araya geldiler. İsviçre’deki önderliğini Luther’e kaptırmaktan korkan, bu yüzden Hessen’le güney Almanya’nın kimi eyaletlerini kendine çekmek için Luther’le arayı açmak isteyen politikacı Zwingli ile politikadan tiksinen, yalnızca dinsel konular üzerinde durmak isteyen Luther, artık karşı karşıyaydı. Luther kavga, etmeyerek ortak öğretilerden bir öneri yapmıştı. Bunlardan on dördü üzerine anlaştılar, ama ana konuda anlaşamadılar. Zwingli komünyon yalnızca İsa’nın ölümünü anma töreni olduğunu ve “Bu benim bedenimdir” sözlerinin “Bedenimi temsil eder” ya da “Bedenimi simgeler” anlamında olduğunu söyledi. Luther ise, büyük acılar çekerken İsa’nın gerçek huzurundan avunma bulduğunu bilerek, İsa’nın gerçekten komünyonda hazır bulunduğunu, kendisini bize sunduğunu söyledi. Luther, önündeki masaya tebeşirle şu sözleri yazdı: “Bu benim bedenimdir.” Bu konuda bir anlaşma sağlanamadıysa da, her iki taraf “Vicdanın izin verdiği sürece birbirlerine sevgi gösterecek. Tanrı gerçeği açıklansın diye dua edeceklerdi”.
Ama Luther’in bu anlaşmadan edindiği olumlu düşünceler biraz sonra suya düştü. Zwingli’nin önderlik ettiği hareket, silahlı savaşa dönüştü ve Zwingli şehit oldu. Zor gecen bir süreden sonra Fransız Jean Calvin, İsviçre’nin başlıca reformcusu oldu.