20 Temmuz 2001'de kurulan Saadet Partisi'nin genel başkanlığına, Erbakan'ın siyasi yasaklı olması nedeniyle Recai Kutan getirildi.
Saadet Partisi'nin 11 Mayıs 2003'te gerçekleştirilen 1. Olağan Kongresi'nde aday olan Necmettin Erbakan, genel başkanlığa seçildi.
Erbakan, Yargıtay Cumhuriyet Başsavcılığınca, kesinleşmiş hapis cezası nedeniyle parti üyeliğinden ayrılmasının istenmesi üzerine 30 Ocak 2004'te parti üyeliğinden ve genel başkanlıktan istifa etti. Recai Kutan bu tarihten itibaren genel başkanlık görevini vekaleten sürdürdü.
Kutan, 8 Nisan 2006'da yapılan 2. Olağan Kongrede tekrar genel başkanlığa seçildi.
26 Ekim 2008'de yapılan 3. Olağan Kongre'de aday olan Numan Kurtulmuş genel başkan seçildi.
Kurtulmuş'un 1 Ekim 2010'da Saadet Partisi'nden istifa ettiğini açıklamasının ardından Necmettin Erbakan, partisinin 17 Ekim 2010'da yapılan 4. Olağan Kongresi'nde genel başkanlığa getirildi.
Erbakan'ın 27 Şubat 2011'de vefat etmesinin ardından 5 Mart 2011'de gerçekleştirilen Saadet Partisi'nin 5. Olağan Kongresi'nde, Mustafa Kamalak genel başkan oldu.
30 Ekim 2016 tarihinde gerçekleştirilen Saadet Partisi 6. Olağan Kongresi'nde genel başkan seçilen Temel Karamollaoğlu ise halen partideki görevini sürdürüyor.
- "Partimiz, 20 yıldır kararlı duruşunu sürdürüyor"
Saadet Partisi Genel Başkan Yardımcısı Mesut Doğan, AA muhabirine, Necmettin Erbakan'ın arkadaşlarıyla beraber 1969'da Anadolu'nun özlemini ve hayalini gerçekleştirmek için başlattığı hareketin temsilcisi olduklarını söyledi.
Saadet Partisinin, Milli Görüş hareketinde faaliyet gösteren üç kuşağı barındırdığını kaydeden Doğan, "Partimiz, Erbakan hocamızın o yıllarda savunduğu idealleri bugün yaşatan ve yaşayan bir parti olması hasebiyle kendine has bir yerde duruyor. Türk siyasetine 'adil düzen' gibi özgün bir fikri ve çağrıyı getiren Milli Görüş geleneğinin bugünkü temsilcisi olan partimiz, 20 yıldır kararlı duruşunu sürdürüyor." dedi.
Parti olarak herkesin kendini güvende hissettiği, kimsenin inancından ve kimliğinden dolayı ayrımcılığa uğramadığı, adaletin tam manada tesis edildiği huzurlu bir Türkiye için çalıştıklarını belirten Doğan, "Kutuplaştıran ve ayrıştıran siyaset anlayışına karşı farklılıklara rağmen birliği sağlamanın ve toplumsal barışı tesis etmenin gayreti içindeyiz." ifadesini kullandı.