Katma Değer Vergisi Kanunu’nun 8/2 maddesi gereği olarak, “Vergiye tabi bir işlem söz konusu olmadığı veya Katma Değer Vergisi’ni fatura veya benzeri vesikalarda göstermeye hakkı bulunmadığı halde, düzenlediği bu tür vesikalarda Katma Değer Vergisi’ni gösterenler, bu vergiyi vergi idaresine ödemekle yükümlüdürler.” Bu koşul, kanuna göre borçlu oldukları vergi tutarından daha yüksek bir meblağı gösteren mükellefler için de geçerlidir. Bu gibi durumlarda fazla ödenen vergiler Maliye Bakanlığı tarafından belirlenen usul ve esaslara göre ilgililere iade edilmektedir.
Kural olarak fazla veya yersiz hesaplanan vergi bulunması halinde gerek satıcı, gerekse alıcının kendi aralarında Katma Değer Vergisi ile ilgili gerekli düzeltme işlemlerini yapmaları mümkündür. Bir başka anlatımla; “fazla ve yersiz olarak hesaplanan vergi öncelikle satıcı tarafından alıcıya iade edilebilir.” Ancak alıcının indirim hakkı bulunan bir mükellef olmaması halinde satıcının söz konusu fazla ve yersiz Katma Değer Vergisi’ni alıcıya ödediğini gösterir bir belge ile vergi dairesine başvurması gerekmektedir.
Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu’na ekli cetvelde yer alan idare, kurum ve kuruluşlar tarafından yapılan teslim ve hizmetler nedeniyle fazla ve yersiz uygulanan Katma Değer Vergisi, söz konusu idare, kurum ve kuruluşlar tarafından düzenlenecek yazı gereği vergi dairesince yukarıda yer alan açıklamalar doğrultusunda alıcıya iade edilecek. Bu bağlamda söz konusu yazının genel bütçeli idarelerde konuya ilişkin tutarın tahsil edildiği ve gelir hesaplarına aktarıldığı, diğer idare, kurum ve kuruluşlarda söz konusu miktarı beyan ederek vergi dairesine ödedikleri hususunu kanıtlamaları (belgelendirmeleri) gerekmektedir.
Diğer yandan satıcının, fazla veya yersiz olarak hesaplanan vergiyi alıcıya ödediğini gösterir belge ve indirim hakkı bulunan alıcıların düzeltmeyi yaptığını gösterir vergi dairesi yazısı ile birlikte beyanlarını yeni duruma göre düzeltmeleri zorunlu olmaktadır. Dolayısıyla yapılan işlemler doğrultusunda fazla veya yersiz hesaplanan Katma Değer Vergisi ilgili dönem beyannamesinde tenzil edilir (düşülür) ve sonraki dönemler de buna göre düzeltilir.
Fazla veya yersiz olarak ödendiği iddia edilen Katma Değer Vergisi’nin satıcı tarafından iade olarak talep edilebilmesi için Katma Değer Vergisi beyannamesinde hesaplanan vergi olarak beyan edilmesi ve beyana konu edildiği dönem ile iadesi istenen dönem arasında asgari söz konusu Katma Değer Vergisi tutarı kadar ödenecek Katma Değer Vergisi çıkması gerekmektedir.
Beyan edilen dönemle iade talep edilen dönem arasında fazla veya yersiz uygulanan Katma Değer Vergisi tutarından daha düşük tutarda ödenecek Katma Değer Vergisi çıkması durumunda sadece bu tutar iadeye konu edilebilmektedir.
Beyan edilen dönemle iade talep edilen dönem arasında ödenecek Katma Değer Vergisi çıkmaması durumunda ise sadece düzeltme yapılacak, buna karşılık iade işlemi yapılamayacak.
İthalat sırasında fazla veya yersiz uygulanan Katma Değer Vergisi, söz konusu kanunun 48’inci maddesi gereği olarak indirim hakkına sahip olmayan mükelleflere Gümrük Kanunu’na göre iade edilmektedir.
İthalat sırasında fazla veya yersiz uygulanan verginin indirim hakkına sahip mükelleflere iadesi, mükelleflerin beyanlarının düzeltilmesi üzerine bağlı olduğu vergi dairesi tarafından gerçekleştirildiğinden indirim hakkına sahip mükellefler öncelikle bir dilekçe ile gümrük idaresine başvurmakla yükümlüdürler.
İndirim hakkına sahip mükelleflerin ithalat matrahında transfer fiyatlandırması yoluyla örtülü kazanç dağıtıldığının tespit edildiği durumlar da dahil olmak üzere fazla veya yersiz ödenen vergiler bu mükellefler tarafından indirim hesaplarına alındığından iade edilmemektedir. Bu bağlamda da ithalat sırasında fazla veya yersiz ödenen söz konusu vergiler ile ilgili olarak indirim hesaplarında herhangi bir düzeltme yapılmasına gerek yoktur. Bu uygulama yurt dışından temin edilen hizmetlere ilişkin sorumlu sıfatıyla beyan edilerek ödenen vergiler için de geçerlidir.