Fatımiler tarafından Mısır hakimiyet altına alınından bir yıl sonra El-Muiz tarafından 970 yılında inşasına başlanılmış ve iki yıl gibi çok kısa süre içerisinde tamamlanarak Fatımilerin progpaganda ve eğitim merkezi olarak faaliyet göstermeye başlamıştır.
Dönemin en önemli camilerinden olan bu abidevi yapı harim ve avlu mekanı olmak üzere iki bölümden meydana gelen caminin harim bölümü mihraba paralel beş sahından oluşmaktadır. Bu beş sahını tam mihrap ekseninde dikey bir sahın ile keserek transept plan şeması ortaya çıkartılmıştır. Caminin mihrap önünde olmak üzere ilk sahının doğu ve batı uçlarında birer kubbeye yer verilerek vurgulanmıştır. Yapı avlusunun doğu ve batısında ise revak sistemine yer verilmiştir.
Cevher el-Kâtib Saklebî’nin yaptırdığı maksurede birbirine paralel, sıralar hâlinde beyaz mermerden yetmiş altı sütun vardı. Osmanlı valisi Abdurrahmân Kethüda, 1753 (H. 1167) senesinde camiye 50 mermer sütunlu bir maksure yaptırdı. Böylece caminin namaz kılmaya mahsus maksûreli kısımlarında sütun sayısı 126’ya ulaştı. Caminin, diğer kısımlarındaki sütunlarla birlikte toplam 375 sütunu vardır. Osmanlı valisi Abdurrahmân Kethüda’nın yaptırdığı maksure, öncekinden bir zira’ yüksektir. Her iki maksurenin ahşap tavanı bitişik olup, çok sağlam yapılmıştır. Ayrıca ışık ve hava girmesi için pencereler konulmuştur.
Üzeri açık ve taş döşeme olan caminin avlusu çok geniş olup, cemâat içeriye sığmadığı zaman namaz kılınır. Cami dört taraftan mermer sütunlar üzerine oturtulmuştur ve duvarlarına nefis kûfî hatlarla âyet-i kerîmeler yazılmıştır. Cami ilk inşâ edildiğinde, Kıblet-ül-kadîme denilen bir mihrab yapılmıştı. Sonradan dokuz mihrab daha yapıldı. Bunlardan altısı kalmış olup, iki tanesi meşhûrdur. Biri eski maksure, biri de yeni maksuredir.
Ezher Câmii’nin mahrutî şekilde ahşâb bir minberi vardır. Önceden yapılan minareye, sonra dört daha ilâve edilerek sayısı beşe çıkmıştır.
Ezher Camii, 1302 (H. 702) senesindeki zelzeleden yıkılmaya yüz tutunca, Emir Salar tarafından yeniden inşâ ettirilmiştir 1325 (H. 725) senesinde ise, Kahıre muhtesibi Muhammed bin Hüseyn Is’irdî (Siirtli) tarafından genişletildi. Yine, o senelerde, Taybars ve 1339 (H. 740) senesinde Akboğa Abd’ul-vâhid, Ezher Câmii’nin yakınında medreseler yaptırdılar.
1397 (H. 800) yılında caminin minarelerinden biri yıkılmıştır. Sultân İkinci Berkuk, yıkılan bu minareyi, şahsî parasından harcayarak yaptırmıştır. Bir çok kez harap olan cami, her defasında tamir edilerek yeniden hayay kazandırılmıştır. Hicrî dokuzuncu asırda camiye en çok hizmet eden Kayıtbay oldu. Onun gayreti ve himâyesi ile 1494 (H. 900) senesinde camiye büyük binalar ilâve edildi. Yine Kayıtbay’ın hükümdarlığı zamanında, fakirler ve âlimler için pek çok vakıflar kuruldu.
Osmanlı devrinde de Ezher Câmii’ne gereken alâka gösterilmiştir. Mısır fâtihi Yavuz Sultan Selim Hân, Ezher Camii’nde çok namaz kılmış ve burada Kur’ân-ı kerîm okutarak dinlemiştir. Hattâ, tahsîl gören fakir talebelere hediyeler dağıtıp yardımda bulunmuştur. Osmanlı devrinde Ezher’e yeni binalar ilâve edilmiştir. Kazdağlı Osman Kethüda tarafından 1735 (H. 1148) senesinde Zâviyet-ül-umyân adı ile âmâlar zaviyesi yaptırılmıştır. Abdurrahmân Kethüda adında bir zât, Ezher Camii ve müştemilâtı için büyük yardımlarda bulunmuştur.. Camiye fevkalâde büyük bir maksure (Namaz kılınan yer) yaptırmış, yetimler için bir ilk mekteb, bir sarnıç ve kendisi için de, vefatında defnedileceği bir mezâr yaptırmıştır.