Muharrem Güneş, Akademik, Diğer Kategoriler, İnsan ve Toplum kategorilerinde eserler yazmış popüler bir yazardır.
Başlıca kitapları alfabetik sırayla; Antakya Kent Sorunları ve Çözüm Arayışları, Belediyecilik Sanatı, Kent ve Politika, Kent Üzerine Özgür Yazılar, Sivil Toplum ve Yönetişim Tartışmaları Sürecinde Kent ve Kadın, Yerel Gündem 21'den Kent Konseylerine olarak sayılabilir.
Muharrem Güneş kitapları; Bağlam Yayınları, Detay Yayıncılık, Detay Yayıncılık - Akademik Kitaplar aracılığıyla kitapseverlerle buluşmuştur.
Muharrem Güneş tarafından yazılan son kitap "Kent ve Politika", Detay Yayıncılık tarafından okurların beğenisine sunulmuştur.