İşgal güçleri ve İstanbul Hükümeti’nin baskıları sonucunda çok sevdiği askerlik mesleğinden ayrılmak zorunda kalan Mustafa Kemal Paşa, milletin sivil ferdi ve Milli Mücadele’nin lideri olarak ülkenin kurtuluşu için çalışmıştır. O, askerlik mesleğinden istifa ettiği 8 Temmuz 1919’dan Başkumandanlık yasasının kabul edildiği 5 Ağustos 1921 tarihine kadar milli kuvvetlerin örgütlenmesinde, düzenli orduların kurulmasında, iç ayaklanmaların bastırılmasında ve düşmanla yapılan muharebelerde örgütleyici ve yönlendirici bir rol oynamasına rağmen askeri harekâtta komutan olarak fiilen ve resmen görev almamıştır.
Bu süre zarfında diğer arkadaşlarını görevlendirmiş, askerî harekâtı ve askerî hazırlıkları savaşın amacına uygun olarak yönlendirmiş, Sakarya Meydan Muharebesi’nden itibaren ise fiilen ve resmen başkomutanlığı devralmış ve Kurtuluş Savaşı’nın sonuna kadar hem harp yönetiminin hem de askerî harekât yönetiminin sorumluluğunu aynı anda taşımıştır.
Batı cephesinde çok üstün kuvvetlerle 10 Temmuz 1921’de başlayan Yunan saldırısı başarıya ulaşmış, Eskişehir düşmüş, İsmet Paşa, Türk ordusunun Alpu-Çifteler hattına çekilmesini emretmişti. Yunanlıların Seyitgazi doğusundaki Kırgız dağını ele geçirmesi üzerine Türk birlikleri daha geriye alınmıştı. 18 Temmuz’da Karacahisar’a nakledilmiş olan Garp Cephesi’ne gelen Mustafa Kemal, duruma müdahale etmek mecburiyetini duymuş ve cephe kumandanına orduyu Sakarya gerisine çekmek üzere Eskişehir’in kuzey ve güneyinde toplanması için talimat vermişti. Savaşan iki ordu arasına nehri sokmak ve Türk ordusuna derlenmek toplanmak için zaman kazandırmayı düşünmüştü. Mustafa Kemal’in yönlendirmesiyle İsmet Paşa, geri çekilme emrini vermiş ve durumu Erkân-ı Harbiye-i Umumiye Reisliği’ne vekâlet eden Fevzi Paşa’ya da bildirmişti. Onun da onayı ile çekilme başlamış ve 25 Temmuz’a kadar Türk birlikleri Sakarya’nın doğusuna çekilmişlerdi.
Sakarya Meydan Muharebesi’nde Türk İstiklâl Savaşı’nın akışını değiştiren büyük bir zafer kazanılmasına rağmen kuşkusuz Yunan kuvvetlerinin tamamen ezilmesi veya imhası söz konusu değildi. Düşman kuvvetlerinin önemli bir bölümü Sakarya’nın batısına geçmişti. Düşmanın yenildiği 13 Eylül günü, gece saat 22.00’de yayınlanan emirde şöyle deniliyordu:
“Tamamen Sakarya batısına atılan düşmanın nehrin batısında mukavemet edip etmeyeceği henüz şüphelidir. Ordunun görevi, durmasına ve düzenlemesine meydan vermeyecek suretle düşman ordusunu bütün kuvvetiyle duraklamadan takip etmektir.” Amaç, Yunan ordusunu takip edip imha etmekti. Oysa zaten sınırlı imkanlara sahip olan Türk ordusu elindeki tüm vasıtaları kullanarak başarılı olmuştu.
Son gün Türk toplarının sesinin fazla çıkmamasının sebebi, mermilerinin tükenmek üzere oluşu idi. Takip vasıtaları ise çok eksikti. Özellikle arada Sakarya gibi geçilmesi zor büyük bir nehrin bulunması, takip harekâtını doğal olarak zorlaştırıyordu. Yunanlılar tüm köprüleri imha etmişlerdi. Sayılı geçit noktalarından yalnız süvari ve çok güçlükle bir kısım piyadeler geçebiliyordu. Köprü kurmak için malzeme bulunmadığından, çok basit imkanlarla ve süratle, uygun yerlerde köprüler inşa etmek gerekiyordu.
Mustafa Kemal, 13 Eylül günü emirle 14/15 Eylül 1921 gece yarısından itibaren bütün ülke genelinde seferberlik ilan etti. Yenilen düşmanı Anadolu içerisinde son ferdine kadar imha etmek için ilan edilen seferberlikte hedeflenen gayeye erişinceye kadar silah altına alımlar yapılacaktı. Nitekim bu emir istikametinde yapılan askere alınanların katılımıyla Türk ordusunun mevcudu 20 Eylül’de 97.524’e yükselmişti. Büyük gayretlerle mevcudu artırılan ordunun beslenip elde bulundurulması ve iyice donatılması Sakarya Meydan Muharebelerinde ortaya çıkan büyük bir sorundu.
Devletin ve milletin kurtuluşu yönündeki ciddi düşünce ve girişimlerin sonuçsuz bırakıldığı, Ermeni Tehciri’nden sorumlu oldukları iddia edilen ittihatçılardan hesap sorulması yolundaki baskılarla, parlamentoya dayanmayan bir siyasi yönetimin hakim kılındığı bugünlerde siyasal eğilimler arasındaki cepheleşmeler de gerginleştirilmişti.
Yine aynı günlerde Mustafa Kemal Paşa ve arkadaşlarının özellikle Ahmet Tevfik Paşa Hükûmeti’nin akim bırakılması ve parlamentonun mutlak surette çalışmasını sürdürmesi yolundaki planlarının sonuçsuz bırakılmasından sonra muhalif taraf şeklinde adlandırabileceğimiz kesimin harekete geçtiğini görüyoruz. Bu hareketin yönü, askerî başarıları ve devlet adamlığı nitelikleriyle kamuoyuna mâl olmuş Mustafa Kemal Paşa ve yakın çevresinin yıpratılmasına odaklanmış, ancak o, böylesi hallerde duyarlı davranarak gerek kendisinin, gerekse ordunun onurunun korunmasına büyük özen göstermiştir.
Sonuçta her geçen gün gelişen ve yaşanan olaylar dönemin ulusçu subaylarından bir kaçı olan Mustafa Kemal Paşa, Kâzım Karabekir Paşa, Ali Fuat Paşa ve Rauf Bey’in Anadolu’da bir şeyler yapılabileceği düşüncelerini haklı çıkarıyordu. Zira geçen sürede gelişen ve yaşanan olaylar düşmanın gerçek amacını ortaya koymakta, Saray ve çevresinde de işbirlikçi bir politikadan başka bir şey beklenemeyeceğini göstermekteydi. Mustafa Kemal Paşa’nın tarihi kararını verip uygun bir zamanda Anadolu’ya geçmeyi tasarladığı günlerde meydana gelen olaylar bu fırsatı yaratmakta gecikmedi.
Gerçek durum tersine olmakla beraber, İtilâf Devletleri Samsun ve yöresinde Türklerin Hıristiyanlara saldırdıklarını iddia ederek hükümetin bunu önlemesini, aksi takdirde duruma kendilerinin el koyacaklarını bildirmişlerdi. Bunun üzerine bölgeye yüksek rütbeli bir subayın gönderilmesi gerekmiş işbaşındaki Damat Ferit Hükûmeti de her yeni hükûmet projesinde adı geçen Mustafa Kemal Paşa’yı İstanbul’dan uzaklaştırmak istediğinden, kendisi için bu göreve atanmak zor olmamıştı. IX. Ordu Müfettişi olarak görevlendirilen Mustafa Kemal Paşa’nın görevleri bir talimatname ile saptanmıştı.
Mustafa Kemal Paşa, başkumandan olduktan sonra, birkaç gün Ankara’da çalıştı. İşlerin uyumlu yürümesi için gerekli çalışmaları yaptı. Vekâletler arasında koordinasyonu sağladı. Başkumandanlık karargâhını kurdu. Ordunun insan ve taşıt araçları bakımından kuvvetinin arttırılması, giyecek ve yiyeceğinin sağlanması ve düzenlenmesi ile ilgili önlemleri almak ve hazırlıkları yapmakla uğraştı. 7-8 Ağustos’ta “Tekalif-i Milliye Emirleri”ni yayınlayarak memleket kaynaklarından ordunun yararlanmasını sağladı.
Bu işleri düzenledikten sonra mevzileri dolaşmak ve hazırlıkları yerinde görmek için cepheye gitti (12 Ağustos 1921). Türk ordusunun yerleştiği cephede, ne şekilde ve nerelerde karşı koyacağını ve muhtemel muharebe sahalarını yerinde incelemek için Ankara güneyinde ve Sakarya civarında bir gezi yaptı. Zihninde, muhtemel Yunan taarruzunun ana hatlarını, düşmanı nerede ve nasıl durdurabileceğini canlandırdı. Stratejik öneme sahip gördüğü bir tepe üzerinde düşmana karşı uygulamayı düşündüğü planı tasarladığı sırada, sevinç telaşıyla atına binerken düştü.
Yerde bulunan irice bir taşa çarptığı için birkaç kaburga kemiği kırılmıştı. Ankara’ya dönerek muayene oldu. Doktorlar, sağlığı açısından mutlaka yatması ve dinlenmesini söyledilerse de hayatını riske atarak yirmi dört saat sonra tekrar cepheye gitti. Ayakta durmakta zorluk çektiği için Ankara’dan bir trenden sökülerek getirilen bir koltukta savaşı yönetti.
Her bakımdan üstün olmalarına rağmen düşman saflarında moral çöküntü her gün biraz daha artarken Türk ordusu bir ölüm kalım savaşına hazırlanıyor ve savaşı kazanmaya kararlı gözüküyordu. Düşman ordusu insan ve silah sayısı bakımından Türk ordusuna göre üç katı bir üstünlüğe sahip olduğu halde başkomutanından erine kadar herkes bu savaşı mutlaka kazanacaklarına dair bir inanca sahiptiler. Hareket üslerinden bu kadar uzaklaşan ve bu kadar açıklarda Türk ordusu gibi çetin bir rakip ile karşılaşacak olan Yunan ordusunun başarısından Anadolu Ordusu Başkumandanlığı’nın bile tereddütleri vardı. Uzayacak bir savaşta, Bursa ve İzmir’den yola çıkarak 400-600 km’lik yolu aşıp ikmal yapmaları çok zordu.
24 Temmuz 1921’de Kral Konstantin başkanlığında Başbakan Konstantin Gunaris, Savunma Bakanı Teotakis, Genelkurmay Başkanı Dusmanis, hükümetin askeri danışmanı Stratikos ve Küçük Asya Ordusu Kumandanı’nın katılımıyla bir toplantı yapıldı. Bu toplantıda Küçük Asya Ordusu Kumandanı Papulas’ın isteksizliğine rağmen Ankara’ya kadar ilerlemeye karar verildi.