Melikşâh 25 Kasım 1072 tarihinde tahta oturdu. Ordunun bağlılığını sağlamak için kumandanlara çok miktarda hediyeler dağıtılıp, askerin maaşı yükseltildi. Melikşâh babasının naaşını Merv’de dedesi Çağrı Bey’in yanına defnettikten sonra Nişabur’a geldi. Bağdad şahnesi Gevherayin vasıtasıyla bildirilen taht değişikliği ve Melikşâh’ın saltanatının onaylanması talebi, Halife elKaim Biemrillah tarafından tereddütsüz yerine getirildi. Bunun nişânesi olan menşur ve sancak yine şahne aracılığı ile Selçuklu başkentine gönderildi.
Melikşah’ın en büyük destekçisi Nizamülmülktü. Nizâmülmülk, bu desteği ve Kavurt Bey isyanındaki hizmetleri dolayısıyla, iktalarına memleketi olan Tus şehri de ilave edilerek, yeniden vezirlik makamına atandı.
Sultan Alp Arslan’ın Türkistan seferi sırasında şehit düşmesi ve Melikşâh’ın Kavurt isyanı ile meşgul olması, Batı Karahanlı hükümdarına Selçuklu sınırını tecavüz imkânı verdi. Şemsülmülk Nasr Han önce Tirmiz’i ele geçirdi, arkasından Toharistan’ın merkezi olan Belh’e saldırdı. Melik Ayaz bu sırada Gürgân’da bulunduğu için savunmasız kalan şehir düştü. Melik Ayaz durumu haber alınca harekete geçti ve Belh’i geri aldı.
Bu karışıklıklar Gazneliler’e de, Selçuklular’a karşı harekete geçme fırsatı verdi. Toharistan’a giren Gazneli kuvvetleri, Sultan’ın amcası Melikülümerâ Osman’ı yenilgiye uğratıp esir aldılar.
Sultan Melikşâh, bu sınır ihlâllerine son vermek üzere ordusuyla yola çıktı. Melikşâh Ceyhun’u geçtikten sonra, Emir Savtegin kumandasında gönderdiği kuvvetlerle Semerkant yolunu kesti. Daha sonra Han’ın kardeşinin idaresinde bulunan Tirmiz’i kuşatıp aldı. Oradan Semerkant’a doğru ilerledi. Şemsülmülk durumun ciddiyetini anlayınca af dileyip barış talep etti. Melikşâh da bu kadarını yeterli görerek, eski sınır üzerinde anlaşma yapmaya râzı oldu.
Melikşâh’ın harekâtından haberdar olan Gazneli Sultan İbrahim de, erken davranarak, Sultan’ın esir tuttuğu amcasını serbest bıraktı. Bunun üzerine Gaznelilerle her hangi bir çatışma olmadı. Sultan buradan Rey’e dönerken bölgenin güvenliğinin sağlanmasına yönelik bazı görevlendirmeler de yaptı. Kardeşi Tekiş’i Toharistan’a, Böribars’ı Herat’a, Toganşâh’ı Hemedan’a, amcası Osman’ı Velvalic (Kunduz)’e tayin etti.
Sultan Melikşâh bundan sonra devletin başkentini Rey’den İsfahân’a taşıdı. Şehir yeni inşa edilen iki kale ile daha korunaklı hâle getirilirken cami, mescid, medrese ve hankâh gibi eserlerle adeta yeni baştan imar edildi.
Sultan, Kafkasya’da meydana gelen karışıklıklar nedeniyle 1076 ve 1079 yıllarında bizzât Kafkasya/Gürcistan üzerine sefere çıkarak bölgeyi itaât altına aldı.
Yabgulu Türkmenleri’nin Anadolu ve Suriye’de denetim dışı faaliyetleri Selçuklu sultanlarını rahatsız etmekteydi. Onların en büyük başbuğlarından olan Kutalmış’ın oğulları, Alp Arslan’a karşı girdiği taht mücadelesini kaybedince hapsedilmişlerdi.
Kutalmışoğulları, Melikşâh’ın tahta geçtiği sırada yaşanan karışıklıklardan yararlanarak hapisten kaçmış veya kaçırılmışlardı. Nitekim Güney Anadolu bölgesinde kısa bir süre faaliyette bulunduktan sonra, Suriye’de Büyük Selçuklu aleyhtarı bir mücadeleye karıştılar. Bu olayda bir kardeşi yeniden hapse düşen Süleymanşâh, HalepAntakya üzerinden Bizans topraklarına doğru ilerledi. 1075 yılında Bizans’a ait İznik (Nikia)’i fethederek kendisine merkez yaptı.
Anadolu’nun fethi konusunda bu tarihe kadar alınan yol, hiç şüphesiz Büyük Selçuklular’ın eseri idi. Tabiî olarak bu toprakların tümüyle Türk yurdu olmasını istiyorlardı. Ancak kendilerine rağmen bir gelişmeye izin vermek istemedikleri için, Melikşâh 1078 yılında, Anadolu’ya Emir Porsuk idaresinde bir ordu gönderdi. Süleymanşâh’ın ona karşı gönderdiği kardeşi Mansur, bu savaşta hayatını kaybetti, fakat Porsuk amacına ulaşamadı. Türkiye Selçukluları varlıklarını devam ettirdiler.
Anadolu’dakine benzer bir gelişme de Suriye ve Filistin’de yaşanıyordu. Kınık boyundan olan Atsız Bey, Alp Arslan’ın emri ile bölgede fetihlerde bulunmaktaydı. 1071 yılında Fatımîler’den Kudüs’ü, 1076’da ise Dımaşk (Şam)’ı aldı. Atsız Bey ertesi yıl Mısır üzerine yürüdü, fakat Kahire yakınlarında ağır bir yenilgiye uğradı. Bundan cesaret alan Fatımîler’in taarruzları Melikşâh’ın bölgeye müdahalesine yol açtı. Atsız’a dokunmaksızın Suriye’yi, kardeşi Tacüddevle Tutuş’a ikta etti. Fakat Atsız Bey, Fatımîler’e karşı yardımına başvurmak zorunda kaldığı Tutuş tarafından öldürüldü. Böylece 1078 yılında Suriye Selçuklu Melikliği kurulmuş oldu. Tutuş’un, Melikşâh’a sadakâtini sonuna kadar koruduğu görülmektedir. Fakat Tutuş Selçuklu’ya tâbi olmasına rağmen, Irak ve Suriye’de bir Arap devleti kurmak isteyen Müslim b. Kureyş ile şiddetli bir rekabet içerisinde olmuştur. Ayrıca Suriye sınırlarını zorlamakta olan Kutalmışoğlu Süleymanşâh da onunla girdiği savaşta hayatını kaybetti. Tutuş, Melikşah’ın ölümünden sonra Berkiyaruk’a karşı girdiği taht davasında hayatını kaybetti. Oğulları Haleb ve Dımaşk’ta melikliklerini ilân ettiler.
Sultan Alp Arslan zamanında tâbiyet altına alınan Gürcistan’da, Kral Bagrat’ın yerine geçen II. Giorgi zamanında çıkan karışıklıklar, Melikşah’ı Kafkasya seferine çıkmaya mecbur etti. Büyük bir ordu ile Kartli bölgesine girip bazı kaleleri fetheden Sultan, Kafkasya seferinde Alp Arslan’a da mihmandarlık etmiş olan Emir Savtegin’i genel vali olarak atadı (1076).
Ancak Savtegin’in Gürcü kralına yenilmesi, Kars ve Anapa’nın düşmesine, hattâ Ermeni Gagik’in Ani’yi ele geçirmeye yeltenmesine imkân verdi. Bunun üzerine Melikşah 1079’da bir kere daha Gürcistan seferine çıktı. Somkhet bölgesini fetheden Sultan, Gürcü prensi İvane’yi esir aldı. Savtegin’i yeni kuvvetlerle takviye ettikten sonra İsfahan’a döndü. Ancak Savtegin’in Gürcüler’in taarruzuna uğraması, Bizans’ın buradaki zayıf birliğine bile hareket imkânı verdi. Kars ve Erzurum düştü. Sultan bu duruma son vermek için Emir Ahmet idaresinde kuvvetli bir orduyu Gürcistan’a gönderdi. Kralı ard arda yenilgiye uğratan emir, Kars ve Erzurum’u geri aldı.
1086 yılı başında Suriye seferinin hemen öncesinde, bizzât Kafkasya bölgesine giren Melikşah, bölgede Selçuklu egemenliğini güçlendirdi.
El-Ahsa ve Bahreyn bölgesinde yaşanan sünniliğe muhalif hareketler, Melikşah’ın bölgeye bir ordu göndermesine yol açtı. Nitekim Artuk Bey’i, ikta sahası olan Hulvan’dan güneye inerek, bölgeyi itaât altına almakla görevlendirdi. Harekâtın başında el-Ahsa bölgesinde Katîf ele geçirildi. Buradan Bahreyn adalarına geçip, oradaki mahalli güçleri itaât altına alan Selçuklu ordusu, el-Ahsa’ya dönerek Karmatîler’i cezalandırdı.
1092 yılında Bağdad’ı ziyareti sırasında tüm tâbi emir ve beylerini huzuruna kabul eden Melikşah, yeni fetih planları çerçevesinde, Yemen ve Aden’in imparatorluğa bağlanmasını emretti. Bunun için Türşek, Yorunkuş ve Çubuk gibi emirler görevlendirildiler.
Hicaz üzerinden Yemen’e inen Selçuklu ordusu kısa bir sürede Yemen ve Aden bölgesini hâkimiyet altına almaya muvaffak oldu. Bundan sonra Melikşah Hicaz’a su yolları, sarnıçlar ve ribatlar yaptırırken, hacılardan alınan vergileri de kaldırdı.
Türkiye Selçuklu sultanı Süleymanşah, 1081 yılında Bizans ile bir barış anlaşması yaptıktan sonra, Doğu’ya yönelik bir siyaset takip etmeye başlamıştı. Bu çerçevede Çukurova bölgesini fetheden Sultan’a bağlı bazı beyler de, Fırat havzasında paralel bir harekât yürütmekte idiler. Süleymanşah, 1084 yılı sonunda Antakya’yı fethederek, Büyük Selçuklularla komşu olmuştu.
Melikşah bir yandan Süleymanşah’ın ilerleyişini durdurmak, diğer yandan da Fatımîlerle bağlantıları olan Mervanoğulları’nı cezalandırmak üzere Diyarbekir bölgesine bir sefer yapılmasına karar verdi.
Selçuklu meliklerine has yetkilerle donatılan Fahrüddevle, emrine Gevherayin, Altuntak, Dilmaçoğlu, Çubuk ve Artuk gibi meşhur kumandanlar verilerek Diyarbekir seferine memur edildi. Selçuklu ordusu ilk olarak Âmid üzerine harekete geçti. Müslüman ahâlinin Selçuklu ordusuna yardım etmesi üzerine şehir düştü (Mayıs 1085).
Musul Seferi
Kasimüddevle Aksungur ve Artuk Bey gibi komutanlar Musul’da toplandılar. Şehir kısa sürede ele geçirildi. Selçuklu ordusu Musul’u aldığı sırada Sultan da şehre ulaştı. Musul ileri gelenleri tarafından büyük saygıyla karşılanan Melikşah, bu sırada kardeşi Tekiş’in isyan etmiş olduğu haberini aldı. Bunun üzerine Müslim’i huzuruna getirten Sultan, bölge dengelerini dikkate alarak, sahip olduğu yerlerin tamamını kendisine verip, onu yerinde bırakmayı uygun buldu (Kasım 1085).
Tekiş’in İsyanı
Tekiş ilk olarak 1081’de Horasan’ın önemli şehirlerinden Merv ve Nişabur’u ele geçirmeye kalkışıp isyan etmişti. Bir süre önce disiplinsizlik sebebiyle ordudan atılan 7.000 kadar Ermeni de, bu isyan sırasında onu desteklemişlerdi. Fakat Tekiş, Melikşah tarafından Tirmiz şehrinde kuşatılınca af dilemiş ve isteği kabul edilmişti.
Tekiş, Melikşah’ın Musul seferinde bulunmasından yararlanarak bir kere daha isyan etti. Sultan büyük bir orduyla harekete geçti. Tekiş, Melikşah tarafından takip edilerek Tirmiz’de bir kere daha teslim alındı (1085). Yeniden isyana teşebbüs edememesi için gözlerine mil çekilerek hapse atıldı. Tekiş’in yerine Toharistan melikliğine, ilginç bir şekilde onun oğlu Ahmed tayin edildi. Bu durum isyan sırasında oğlunun Tekiş’i desteklemediğine işaret etmektedir.
Türkiye Selçuklu hükümdarının Antakya’yı fethedip Halep kapılarına dayanmış olması onu, Büyük Selçuklu Devleti’nin bölgedeki iki temsilcisi ile karşı karşıya getirdi. Müslim b. Kureyş, Süleymanşah’tan Antakya için kendisine haraç ödemesini istedi. Doğal olarak bu teklifi reddeden Süleymanşah ile Müslim arasındaki gerginlik bir savaşla sonuçlandı. Kurzahil savaşında Müslim’in yanındaki Türkmen askerlerinin Selçuklu sultanın saflarına geçmesi üzerine Müslim yenilip hayatını kaybetti (Temmuz1085). Daha sonra da Tutuş’la Süleymanşah arasında bir savaş oldu. Müslim’in yenilmesine yol açan Türkmen kuvvetler bu defa Tutuş’un saflarına geçince, Süleymanşah mağlûp oldu ve hayatını da kaybetti (Haziran 1086).
Taraflar arasında bu mücadeleler sürerken, Halep hâkimi de Sultan Melikşah’ı, şehri kendisine teslim etmek üzere davet etmiş bulunuyordu. Müslim’in ölümü Selçuklular’ın Suriye hâkimiyetini güçlendirmek konusunda bir fırsat oldu. Süleymanşah’ın ölümü de aynı şekilde, Melikşah’ı rahatlatan bir sonuçtu.
Tutuş bu sırada Haleb’i kuşatmış bulunuyordu. Melikşah bu yüzden olayları kontrol altına almak üzere, önce Kafkasya bölgesinde hızlı bir harekâtta bulunduktan sonra, 1086 sonbaharında Musul üzerinden Harran’a geldi. Emrindeki komutanlardan Bozan Urfa’yı fethetti ve buranın valiliğine atandı. Sultan kendisi Ca’ber ve Menbic kalelerini aldı. Bu sırada Halep iç kalesini kuşatmakta olan Tutuş’un çekilmesi üzerine şehre girdi ve valiliğine Kasimüddevle Aksungur’u tayin etti. Buradan Antakya’ya gelen Melikşah, Süleymanşah’ın vezirinden şehri teslim aldı. Böylece valiliğine Çökermiş’i tayin ettiği Musul’dan Halep’e kadar olan topraklar doğrudan Büyük Selçuklu idaresine bağlanmış oldu.
Sultan Melikşah daha sonra Bağdad’ı ziyaret etmeye karar verdi. 12 Mart 1087 tarihinde geldiği Bağdad’da, ileri gelenler ve halk tarafından büyük gösterilerle karşılandı. Daha sonra İmam-ı Âzam Ebû Hanife, Hz. Ali, Hasan ve Hüseyin’in türbelerini ziyaret eden Sultan, Fırat’tan Necef’e su kanalı açılmasını emretti.
Melikşah’ın Bağdad ziyaretinin bir sebebi de, kızı Mehmelek Hatun’un Halife ile evlenecek olması idi.
Ebû Tahir b. Alik adlı bir Şafiî din adamı Melikşah’a, Ahmed Han’ın zulmünden yakınıp halk ve ulemâ adına yardımını talip etti. Sultan bunun üzerine 1088 yılı sonunda sefere çıktı.
Melikşah muazzam bir orduyla Ceyhun Nehri’ni geçip Buhara’ya geldi. Burayı ele geçirdikten sonra Semerkant’a ulaştı. Başlangıçta çok şiddetli bir direniş olmasına rağmen, burçlardan birisini müdafaa eden komutanın Buhara’da esir düşmüş olan oğlunun öldürülmesinden korkarak Selçuklu ordusuna yardım etmesi üzerine şehre girmeyi başardılar. Ancak Ahmed Han’ın, saklandığı evde yakalanması üzerine savaş sona erdi. Melikşah, eşi Terken Hatun’un da yeğeni olan Ahmed Han’ı tahtına iade etmeyip İsfahan’a gönderip hapse attırdı. Onun yerine bir nâib tayin ederek Batı Karahanlı topraklarını doğrudan Selçuklu Devleti’ne bağladı.
Sultan, Seyhun Nehri’ni geçip Doğu Karahanlı topraklarına girdi. Sultan Özkent’e vardığında değerli hediyeler gönderip, huzuruna gelen Buğra Han , Melikşah adına para kestirip hutbe okutmak kaydıyla bağlılığını arzetti. Böylece İkinci Türkistan Seferi sonunda, Doğu Karahanlılar tâbi olarak, Batı Karahanlılar ise doğrudan Büyük Selçuklu Devleti’ne katılmış oldu. Selçuklu Devleti’nin doğu sınırları Çin’e kadar genişlemiş oldu. Sultan bundan sonra Horasan’a döndü.
Karahanlılar’a bağlı büyük boylardan Çiğiller ayaklandı. Selçuklu nâibi olaylar karşısında aciz kalıp Harizm’e kaçtı. Bunun üzerine Kaşgar Hanı’nın kardeşi ve Atbaşı şehrinin hâkimi Yakup Tegin Semerkant’a davet edildi. Ancak onun Çiğiller’in reisini idam ettirerek işe başlaması isyanın büyümesine yol açtı. Bu durumda ülkenin hükümdarı sıfatıyla, meseleyi hâlletmek bir kere daha Melikşah’a düştü. 1089 yılı sonunda üçüncü defa Türkistan’a sefere çıktı.
Ancak Melikşah, karışık Türkistan hadiselerine doğrudan müdahil olmakla, şöhret ve itibarının zedelenmesi tehlikesi ile karşı karşıya bulunuyordu. Bunun üzerine, Doğu Karahanlılarla arasında bir tampon bölge olmasını da düşünerek, Batı Karahanlı hükümdarı Ahmed Han’ı, bağlılıktan ayrılmayacağına dair söz aldıktan sonra tahtına iade etti.
Sultan’ın Halife Muktedî ile aralarında ciddî bir gerginlik vardı. Selçuklu Devleti’ne karşı siyasî kimlik oluşturma mücadelesi veren Halife, bu tavrını Mehmelek Hatun’a da aksettirmişti. Mehmelek Hatun, Sultan’a kocasının kendisine ve yanındaki Türkler’e kötü muamele ettiğinden şikayette bulundu. Melikşah bunun üzerine kızını ve torununu derhal İsfahan’a getirtti.
Nisan 1092’de İsfahan’a gitmek üzere yola çıkan, Sultan ve Nizâmülmülk arasındaki soğukluk da giderek büyüyordu. Bunda özellikle sivil bürokraside zaten İranlılar’a dayanan Selçuklu Devleti’nin bir nevi İranlı unsurların çatışma alanı hâline gelmiş olmasının da payı vardı. Nizâmülmülk’ün Amidülmülk Kündürî’yi bertaraf edip vezir olması gibi, şimdi de başkaları yaşlı vezirin yerine adaylık yarışı içerisinde bulunuyorlardı. Terken Hatun bu hususta Melikşah’ı etkileyebilecek konumda bulunuyor ve Sultan’a kendi veziri Ebû’l-Ganaim’i tayin etmesi için telkinde bulunuyordu.
Melikşah’ın, Halifelikle ilgili plânları konusunda da Vezir ile ayrı düştüğü görülüyor. Çünkü bir rivayete göre İsfahan’a bir halifelik sarayı inşa edip ileride Cafer’i halife yapmayı düşünen Melikşah’ı, bu konuda Hatun ile onun veziri tahrik ediyorlardı. Bunların yanında Vezir’in oğulları ve adamlarının fütûrsuz davranışları, artık Melikşah’ı da son derece rahatsız etmekte idi. Zira Merv gibi önemli meliklik merkezi olan şehirler bile, Nizâmülmülk’ün oğullarının idaresine geçmiş bulunuyordu. Sultan’ın huzurunda adamlarına hakaret etmekten sakınmıyorlar, hattâ devlet aleyhine artan nüfuzları dolayısıyla, Sultan onlara karşı anında tepki göstermekten imtina ediyordu. Melikşah ile vezirinin arasının tamamen açılmasında, böyle bir hadise bardağı taşıran son damla oldu. Melikşah, onu görevinden almadan veya alamadan Ekim 1092’de Bağdad’a doğru yola çıktı. Büyük Devlet adamı Nizamülmülk de her şeye rağmen, devlet terbiyesi gereği, Sultan’ın arkasından yola çıktı. Ancak Nihavend yakınlarında arzuhâl vermek bahanesiyle yanına gelen bir Batınî fedaisi tarafından şehit edildi.
Nizâmülmülk’ün yerine, Hatun’un veziri Ebû’l-Ganaim atandı. Eski vezirin bir kısım adamları hemen tasfiye edildi. Ancak bu durum, onları daha sonraki hamleleri için güçlendirmekten başka bir işe yaramadı. Devlet’teki kamplaşma artarak devam etti.
Sultan Melikşah, ülkesinin herhangi bir şehri olarak gördüğü Bağdad’a bu son gelişinde, Halife Muktedî ile ilişkilerinde bir denge unsuru olan Nizamülmülk’ün varlığından yoksun bulunuyordu (28 Ekim 1092). Ancak kızı Mehmelek Hatun’a yapılanların hesabını sormak istiyordu. Halifelik üzerindeki otoritesinin açıkça hissedilmesini isteyen Sultan, torunu Cafer’i veliaht ilân etmeyi reddeden Halife Muktedî’ye, hemen Bağdad’ı terketmesini bildirdi. Halife, başka çaresi ve karşı koyacak kuvveti olmadığından, Bağdad’dan ayrılacağını ama hazırlık yapmak üzere, kendisine on gün süre verilmesini istedi. İsteği kabul edildi. Fakat Sultan Melikşah, Halife’ye verilen mühletin dokuzuncu gününde, av etinden zehirlenmek suretiyle hayatını kaybetti (20 Kasım 1092). Bu sırada Sultan sadece 40 yaşı civarında idi.
Sultan Melikşah’ın 20 yıllık iktidarı, Selçuklu Devleti’nin zirvesini oluşturmaktadır. Sınırlarını Çin’den Akdeniz’e kadar genişlettiği Devleti, bir cihan imparatorluğuna dönüştürdü. Ülkenin her tarafı cami, medrese, köprü, su yolu gibi eserlerle imar edildi. Sultan kendisinin de meraklı olduğu astronomi çalışmalarını teşvik için rasathâneler yaptırdı. Kendi adıyla meşhur olan Takvim-i Celâlî, bilimsel bir çalışmanın ürünü olup sonraki dönemlerde de kullanılmıştır. Sağlam, kuvvetli kişiliği sayesinde müslim, gayrı müslim bütün tebası üzerinde adaletli bir yönetim kurmayı başarmıştır.
İsfahan’a götürülen Melikşah’ın naaşı da, burada kendisinin yaptırdığı medreseye defnedildi.