Ajansımızın teşkilat yapısı; Yönetim Kurulu, Kalkınma Kurulu, Genel Sekreterlik ve Yatırım Destek Ofislerinden oluşmaktadır.
Yönetim Kurulu
Yönetim Kurulu, Ajansın karar organıdır. Ajans Yönetim Kurulu; İl Valileri, İl Merkez Belediye Başkanları, İl Genel Meclisi Başkanları ve Ticaret ve Sanayi Odası Başkanlarından oluşmaktadır. Yönetim Kurulu başkanı vali olup İl Valileri tarafından birer yıl süreyle dönüşümlü olarak yürütülmektedir.
Kalkınma Kurulu
Kalkınma Kurulları bölgesel gelişme hedefine yönelik olarak; bölgedeki kamu kurum ve kuruluşları, özel kesim, sivil toplum kuruluşları, üniversiteler ve yerel yönetimler arasında işbirliğini geliştirmek ve Ajans’ı yönlendirmek üzere oluşturulmaktadır.
Genel Sekreterlik
Genel Sekreterlik Ajansın icra organıdır. Genel Sekreterlik bünyesinde; Sektörel Destekler ve Programlama Birimi, Program Yönetim Birimi, İzleme ve Değerlendirme Birimi, İdari ve Mali İşler Birimi, Kurumsal Koordinasyon Birimi ve her ilde ayrı ayrı olmak üzere Yatırım Destek Ofisleri yer almaktadır.