Çin kaynaklarından edinilen bilgilere göre en eski Türk kabilelerinden olan Kırgızlar ilk devletlerini Ki-Ku, Kien-Kun veya Gen-gün, Gegun adıyla bugünkü Kırgızistan’ın doğusunda ve kuzeydoğusunda milâttan önce II. yüzyılda kurmuşlardır. Bir süre sonra bu devletin yıkıldığı ve Kırgızlar’ın Hun İmparatorluğu yönetimine girdiği anlaşılmaktadır. Hunlar’ın zayıflaması üzerine Baykal gölünden Tibet’e kadar uzanan sahada Hakas Devleti’ni kuran Kırgızlar, VI. yüzyılın ikinci yarısında Göktürk Devleti’nin idaresi altına girdiler.
Ancak Göktürkler’in duraklama devrinde biraz serbestlik kazanınca müstakil hareket edip Çin’le ikili ilişkiler kurdularsa da bir süre sonra tekrar Göktürk Devleti’ne bağlandılar. Göktürk kitâbelerinden edinilen bilgilere göre Yukarı Yenisey’de Kögmen dağlarının kuzeyinde oturan Kırgızlar Göktürk hâkimiyetini kolay kabul etmemişler, Göktürkler’i epeyce uğraştırmışlardı. Kırgızlar, Göktürkler zamanında ticaret sayesinde zenginleştiler ve onların zayıflamasının ardından Uygurlar’ın hâkimiyetini benimsediler (758). Fakat Uygur Devleti’nin ağır vergi talebinden dolayı zor durumda kaldıklarından ayaklanarak Uygurlar’ın kuzeydeki topraklarını ele geçirdiler.
Şamanlığı kabul eden Kırgızlar arasında İslâmiyet, (VIII.) yüzyılda Fergana’da gerçekleştirilen fetihler sırasında yayılmaya başladı. Önce Fergana havzasında yaşayan Kırgızlar, daha sonraki asırlarda özellikle Karahanlı hâkimiyeti sırasında ülkenin merkezinde ve kuzeyindeki Kırgızlar’ın bir kısmı İslâm’a girdi. (XVII.) yüzyıldan itibaren tasavvufun etkisiyle Kırgızlar arasında İslâmiyet hızla yayıldı. Müslüman Kırgızlar Hanefî mezhebine mensuptur.
840’ta Moğolistan’ın kuzeyinde Ötüken bölgesinde kurulan bu ikinci Kırgız Devleti zamanında Kırgız Türkleri hayvancılık ve ziraatla uğraşırlar, altın ve demir işlerlerdi. Başlıca ihracat maddeleri miskti. Çin’e hâkim olan Liao sülâlesi zamanında 920’lerde Çin orduları Türk ülkelerini ve Moğolistan’ı işgal ederken bu saldırılardan Kırgızlar da etkilendi. Büyük bir kısmı daha batıya bugünkü Kırgızistan’a doğru çekildi. Karahanlılar’a bağlı olan Kırgızlar’ın ülkesi Karahıtaylar’ın istilâsına uğradı.
XIII. yüzyılın başlarında Cengiz Han tarafından kurulan imparatorluğun Çağatay ulusuna katıldılar. Bir ara Moğol hâkimiyetine karşı ayaklandılarsa da ayaklanma 1217’de kanlı bir şekilde bastırıldı. Ancak Oyratlar’la birlikte başlattıkları ikinci isyan sonunda yeniden istiklâllerine kavuştular (1399). Fakat bu bağımsızlık da uzun sürmedi; Timur, Kırgızistan topraklarını kurduğu imparatorluğa dahil etti. Bu arada Moğol kabilelerinin sürekli saldırıları Kırgızlar’ı çok zor durumda bıraktı, hatta bazı Kırgızlar, Kazakistan bozkırlarına çekilerek onlarla iç içe yaşamaya başladı ve bu yüzden kendilerine Kazak-Kırgızlar adı verildi. Kazak-Kırgızlar’dan ayrılması için esas Kırgızlar Kara Kırgızlar diye anılmıştır.
XVII. yüzyıl ortalarına kadar Kazak Türkleri ile birlikte yaşayan bu Kırgızlar Moğol kabilelerinin doğudan, Ruslar’ın kuzeyden tehdidine mâruz kaldı. Kazan, Astarhan ve Başkırdistan’ı işgal eden Ruslar, Kazakistan’a doğru ilerledikleri gibi Moğolistan’da uzunca bir süredir huzursuzluk içinde bulunan Kalmuklar da hızlı bir şekilde Kırgız ve Kazak bozkırlarını işgal ettiler.
Kalmuklar’ın yağma ve işgali karşısında halkın itirazına rağmen Küçük Orda Hanı Ebülhayr Ruslar’dan yardım istedi. 1730’larda Kazakistan’a giren Ruslar, Kazak topraklarının en verimli bölgelerini işgal ederek buralara Rus göçmenlerini yerleştirdiler. Bu sırada bazı Kırgız boyları da Kazaklar’la birlikte Ruslar’a esir düştüler. 1848 ve 1856 yıllarında Ruslar Kazakistan’ın tamamını, Kırgızistan’ın ise kuzeybatı bölgelerini işgal ettiler.
Diğer bölgelerdeki Kırgız Türkleri, Buhara ve Hîve devletlerinin mücadelesinden bıkan bir grup Türk halkı tarafından 1700 yılında Fergana vadisinde kurulan Hokand Hanlığı’nın hâkimiyetine girmişlerdi. Bu hanlığın halkının çoğunluğunu kendileri teşkil ettiğinden çok geçmeden Hokand’ın idaresi Kırgız Türkleri’nin eline geçti. Böylece Hokand Hanlığı, Kırgız nüfusu ağırlıklı bir devlet haline geldi. Kısa sürede güçlenen Hokand Devleti, XVIII. yüzyılın ortalarında Çin’in istilâsına uğradıysa da bir süre sonra yeniden toparlandı. Ancak Yenisey yöresinin İli vadisindeki Kırgızlar bir daha Kırgızistan’a dönemeyerek Kazak ve Altay Türkleri ile birlikte Çin idaresinde kaldılar.
Kırgızlar için asıl tehlike XIX. yüzyılda Ruslar’ın Hokand Hanlığı’nı istilâsıyla başladı. Ruslar, Orta Asya Türk ülkelerini işgalden sonra Taşkent merkez olmak üzere bir Türkistan genel valiliği kurmuşlardı. Bu valiliğe bağlı yerlerden biri de Hokand (Fergana) idi. Ruslar’a karşı ayaklanan Hokandlılar yenildilerse de Kırgızlar’ın mücadelesi Altay bölgesinde devam etti. Kurbancan Datha adında bir kadın kahramanın önderliğinde yürütülen Altay isyanı yıllarca sürdü. Sonunda Kurbancan Datha’nın ömrünün sonuna kadar ülkesinin başında kalması şartıyla Rusya ile anlaşan Kırgızlar, Rus hâkimiyetini kabul etmek zorunda kaldılar.
Fakat Rus baskısından bıkan halk 1885’te tekrar isyan etti. Oş şehrinde başlayan isyan kısa sürede yayılarak millî bir karaktere büründü. 1898’de Andican kasabası halkı ayaklandı. İşgalcileri zor durumda bırakan bu ayaklanmalar Ruslar tarafından kanlı bir şekilde bastırıldı. Kırgızlar arasında Cedîdcilik hareketi ise Tatarlar’ın da gayretiyle 1905 ihtilâlinin ardından başladı. Kırgızistan’ın kuzeyindeki Semireçie’de Cedîd okulları açıldı. Böylece Türkçülük ve İslâmcılık fikirleri yayıldı. Ancak Ruslar Kırgızistan’a yerleştirdikleri binlerce göçmeni silâhlandırdılar. 1916’da Kırgızlar’ın başlattığı Semireçie isyanı böyle bir olaya karşı hazırlıklı Rus kuvvetleri tarafından kanlı bir şekilde bastırıldı.
1917 Bolşevik İhtilâli’nden sonra Türkistan’daki Rus idarecileri ihtilâl hükümetinin direktifiyle bir işçi, asker ve köylü şûrası kurarak ülkeyi yönetmeye başladılar. Yine Moskova’nın emriyle kurulan Geçici Hükümet Encümeni’ne sadece birkaç Türk aydını kabul edilmişti. Bunun üzerine Türkler 1917 yılında millî kongre ve şûralar tertiplediler ve Bolşevikler’le mücadeleye giriştiler. Ekim 1917’de Kerenski hükümetini deviren Bolşevikler Türkistan Komünist Partisi’ni, bir ay sonra da Türkistan Sovyet Komiserliği’ni kurarak Türkler’in bağımsızlık çabalarını önlemek istediler.
1 Mayıs 1918’de düzenlenen kongrede Sovyetler’e bağlı Türkistan Otonom Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti’ni oluşturan Ruslar böylece amaçlarını gerçekleştirmek için bir adım daha attılar. Bütün Türk grupları 1921’de Türkistan Millî Birliği’ni kurdular ve bunun başına Zeki Velidi’yi (Togan) getirdiler. Ancak Ruslar’ın şiddetli baskısı yüzünden Zeki Velidi ve birliğin öteki ileri gelenleri Türkistan’dan uzaklaşmak zorunda kaldılar. Bu arada Ruslar Türk birliğini önlemek için Kırgız, Kazak, Özbek ve Türkmen grupları arasında yoğun bir propaganda faaliyetine girişip eski geçimsizlik konularını tekrar ortaya çıkardılar ve Sultan Hoca’nın uyarılarına rağmen bunda başarılı oldular.
Türkistan’da Kırgız, Özbek, Türkmen, Kazak ve Tacik cumhuriyetleri ortaya çıktı. Bunlardan Kırgızistan’a Evliyaata’nın bir bölümü, Namangan ile Andican’ın önemli kısımları, Fergana ve Hokand’ın bazı bölgeleriyle Oş ve Pamir’in kuzeyi düşmüştü. Başşehri Bişkek olan Sovyet tipi Kırgızistan hükümetinin başına milliyetçi aydınlardan Kasım Tınıstanoğlu getirildi. Bunun sebebi Kırgız Türkleri’ne komünist rejimi sempatik göstermekti; fakat hem halk hem de Kırgız komünistleri bunun farkındaydı.
Moskova güdümündeki komünistlerin isteğiyle Moskova’da yapılan toplantıda Kırgızistan Komünist Partisi lideri Abdülkerim Sıddıkoğlu, Sovyet usulü eğitim görmemiş Kırgızlar’ı komünist yönetime ortak etmekle suçlandı ve bazı arkadaşlarıyla birlikte 1925’te sürgüne gönderildi. Ertesi yıl K. Kudoykulov ve D. Babakhanov’un önderliğindeki bir grup Kırgız komünisti, Kırgız yöneticilerin idareden uzaklaştırılmasını sert bir dille eleştirince özel bir mahkemede yargılanarak hapsedildi.
Kırgızlar’ın büyük çoğunluğu hayvancılıkla uğraşıyordu. Ellerindeki malların devletleştirilmeye başlanması halk arasında büyük panik doğurdu. Halkın bir kısmı malını vermemek için direnirken bir kısmı da hayvanlarıyla birlikte Çin hâkimiyetindeki Doğu Türkistan’a geçmeye başladı. Bu zoraki “kolhozlaştırma” faaliyeti yıllarca sürdü. 1933 yılına gelindiğinde halkın % 67’si kolektif tarım işletmelerine (kolhoz) yerleştirilmişti.
Kırgızistan, 1936 yılı sonlarında Sovyet Sosyalist Cumhuriyetleri Birliği’nden biri haline getirildi. Halkın zorla devlet çiftliklerine ve kolhozlara yerleştirilmesinin ardından aydınları sindirme kampanyası başlatıldı. Halkın menfaatlerine göre hareket eden bakanlar ve bazı milliyetçi yazarlar çeşitli suçlamalarla öldürüldü. Bu durum II. Dünya Savaşı’na kadar devam etti. Bunun yanında Kırgızistan’da endüstri, sağlık ve eğitim hizmetlerinde iyileştirme yolunda ilk adımlar da atıldı.
II. Dünya Savaşı Kırgızlar’ı büyük sıkıntılar içine soktu. Bir süre sonra toparlanan Kırgızlar, Sovyet yönetimine karşı haklarını koruma mücadelesinde daha ciddi bir tutum sergilemeye başladılar. Kendi dil ve kültürlerini savunan Kırgız edip ve şairleri burjuva milliyetçiliği ithamıyla sürgüne gönderildi. Öte yandan Kırgızistan hükümetinin önemli mevkilerinde ve önemli devlet görevlerinde Ruslar’ın bulunması ve nüfusun % 70’ini oluşturan Kırgız halkının Sovyetleştirilmeye çalışılması kamuoyunda derin rahatsızlık meydana getiriyordu. Özellikle basın yoluyla yapılan bu faaliyetler Kruşçev zamanında çok arttı. Rusça, Kırgızistan’da ve öteki Türk cumhuriyetlerinde âdeta ikinci ana dili oldu.
Diğer taraftan çeşitli bilimleri Rusça tahsil etmelerine rağmen Kırgız Türkleri’ne devlet dairelerinde ve bilhassa adalet mekanizmasında görev verilmemeye başlandı. Kırgızistan’da adlî olaylara Sovyet mahkemeleri bakıyordu. Fakat giderek Sovyet rejiminin tam bir çıkmaza girmesi ve Gorbaçov’un 1986 yılında başa geçmesiyle takip edilen açıklık (glasnost) ve yeniden yapılanma (perestroika) hareketi Kırgızistan için yeni bir başlangıç oldu. Mevcut sistemi kurtarmakta başarılı olamayan açıklık politikası diğer cumhuriyetler gibi Kırgızistan’a da bağımsız bir devlet olma yolunu açtı. 15 Aralık 1990 tarihinde hâkimiyetini ve 31 Ağustos 1991’de bağımsızlığını ilân eden Kırgızistan Cumhuriyeti’nin başında halen aynı zamanda bir fizik bilgini olan Askar Akayev bulunmaktadır.