Ikinci Beyazıt Külliyesi içinde bulunan müze, 1488 yılından 1887 yılına kadar aralıksız hizmet veren darüşşifanın yeniden canlandırılması prensibi üzerine kurulmuştur. Ruh ve akıl hastalarının müzik ve su sesi ile tedavi edildiği külliye, bugün Türkiye’nin tek sağlık müzesi olarak hizmet vermektedir. Müze, 2004 yılında Avrupa Konseyi Avrupa Müze Ödülü’nü kazanmıştır. Klasik anlamda eski eserlerin sergilenmemesi, şifa verme ortamının başarıyla yeniden yaratılmış olması, fark yaratan özelliğidir.
II. Beyazıt Külliyesi, şehir merkezine 3 kilometre, tarihi Kırkpınar güreşlerinin yapıldığı Sarayiçi, Osmanlı saray kalıntıları ve Balkan Şehitleri Anıtı’na 1 kilometre uzaklıktadır.