Slovakya'daki üniversiteler; ekonomi üniversiteleri, teknik üniversiteler, güzel sanatlar ve müzik akademileri ve genel üniversiteler gibi ana gruplara ayrılabilir. Üniversiteler, devlete bağlı olmakla beraber, kendi içlerinde özerk bir yapıya sahiptirler.
Birçok Avrupa ülkesinde olduğu gibi, Slovakya’da da üniversiteler, yabancı dil düzeyleri yetersiz olan öğrenciler için geliştirdikleri programlar sayesinde öğrencilerin, tahsil hayatları boyunca Slovakya’da kendilerini rahat bir şekilde ifade edebilmelerine olanak tanımaktadırlar.
Oldukça ekonomik şartlar sunan Slovakya üniversiteleri lisans, yüksek lisans ve doktora düzeyinde eğitim verirler. Lisans eğitimi 3 yıl, yüksek lisans 2 yıl ve doktora 3 yıldır. Bazı üniversiteler lisans diploması vermeden 5 yıllık eğitimden sonra doğrudan yüksek lisans diploması verirler.