Biyo-Teknoloji Ünitesi
Biotechnology Laboratory
Ünitemiz moleküler biyoloji, genom bilimi ve biyoteknoloji alanındaki en son teknolojik cihazlarla donatılmış olup, amacı ulusal ve uluslararası alanda kişisel yada kurumsal araştırma ve geliştirmeye destek vermektir. Laboratuarlarımız ağırlıklı olarak genetik bozulmalara bağlı hastalıkların tespiti, genler, genler üzerindeki anomaliler, DNA/RNA ve protein izolasyonu ve çoğaltılması, gıdalarda genetiği değiştirilmiş organizma tespiti, besin zehirlenmelerinde bakteri türünün tespiti, tarımsal ürünlerde saﬂık analizleri, genetik karakterizasyon, adli numunelerden otomatik DNA/RNA izolasyonu vb. analizleri yapılmaktadır. Laboratuarımız, temel olarak sağlıklı ve kanser hücre hatları üzerinde en güncel test yöntemleri kullanılarak laboratuar ortamında hücrenin biyolojik değişimini incelemek için tasarlanmıştır. Ayrıca hücrelerin genetik bilgisine ulaşabilmek amacıyla her türlü işlenmiş ve işlenmemiş biyolojik materyalden doku izolasyonu yapılabilmektedir.
Birçok tez çalışmasının ve araştırma projesinin yürütüldüğü Laboratuarımızda; karanlık oda, hazırlık odası ve genel çalışma odaları bünyelerinde, şu cihazlar bulunmaktadır.
HOMOJENİZATÖR: MARKA-MODEL:
SpeedMill PLUS-Analytik Jena
Tekrarlanabilir, soğutmalı tam bir homojenizasyon ile numuneyi koruyarak DNA, RNA ve protein izolasyonu ve saﬂaştırılması için kullanılacak olan çeşitli biyolojik materyal için etkin homojenleştirme işlemi gerçekleştirir. 12 numuneyi aynı anda homojenize edebilmektedir. Homojenizasyon süresi: 30 sn- 4 dk (başlangıç materyaline göre değişir) Homojenizasyon hızı: 50 Hz (50 s-1) Numune kapasitesi: Eşzamanlı 12 numune ( 0,5-2,0 ml) Numune ortamı: Kuru veya ıslak homojenizasyon yapılabilir.
SOĞUTMALI SANTRİFÜJ CİHAZI:
MARKA-MODEL: SİGMA 3-30KS
Hücre ve doku kültürü, nükleik asit izolasyonu ve diğer çöktürme işlemleri ile sıvı ortamdaki disperse veya süspanse haldeki katı partikülleri ayırmak için kullanılır.Çalışılan hızın santrifüj kuvvetini, kalan zamanı görebilme imkanı, dijital gösterge mevcuttur.
OTOMATİK İZOLASYON ROBOTU:
MARKA-MODEL: QIAGEN-Qıacube
Cihaz spin kolon protokolü ile izolasyon yapabilen tüm manuel kitleri tam otomatik olarak çalışabilmektedir. Spin kolon kitleri kullanılarak nükleik asit veya rekombinant protein püriﬁkasyonu için robotik bir sistemdir.
Jel Görüntüleme Sistemi Marka model:
BİO-RAD Universal Hood II
Yatay Jel Elektroforez Sistemi Marka model:
Thermo Scientiﬁc OWL A1
Uygun kitler ile PCR püriﬁkasyonu, viral DNA/RNA izolasyonu, Jel ekstraksiyonu, Total Glycoprotein izolasyonu, dışkıdan izolasyon, bitkiden DNA/RNA izolasyonu ve PAXgene RNA izolasyonu yapılabilmektedir.
Genomik DNA, total RNA, viral nükleik asit, plazmid DNA, protein püriﬁkasyonu DNA veya RNA clean up işlemlerini otomatik olarak yapabilir. Düşük işlem hacimli örneklerin hazırlanması için uygundur. Aynı anda 12 örnek çalışılabilir. Cihaz üzerinde, dışa doğru sallanan ve maksimum 45o’lik açıya ulaşan 12 adet pozisyona sahip olan “swing-out” özellikte rotoru olan ve ayarlanabilir hızı olup, maksimum 12,000 g hızına da çıkabilen bir santrifüj, 12 adet 2 ml’lik tüplerin yerleşebileceği bir bloğu bulunan, hızı 100 ila 2000 rpm arasında ayarlanabilen ve sıcaklığı oda sıcaklığı ile 70 oC ayarlanabilen bir ısıtmalı çalkalayıcı mevcuttur. İstenildiğinde bu parçalar izolasyon çalışmalarının haricinde kullanılabilme özelliğine sahiptir.
NANODROP SPEKTROFOTOMETRE:
MARKA-MODEL: MaestroNano ® MaestroGen
230nm, 260nm ve 280nm yalnızca dalga boylarını kullanarak dsDNA/ssDNA/RNA ve protein konsantrasyon ve kalite ölçümü
Örnek hacmi maksimum 2ul
Konsantrasyon ölçümü 2 ile 2000 ng/ul arasında Ölçüm sonuçları, OD230nm, OD260nm, OD280nm, Sample Concentration (ng/µL), OD260nm/OD230nm, OD260nm/OD280nm formatlarında
YATAY ELEKTROFOREZ
Northern, Southern blotting, RFLP, mikrosatelit, STS screening, DNA ﬁngerprinting ve standart agarose çalışmaları yapabilme özelliğine sahip. 1,5 mm kalınlıkta bir adet 8 ve bir adet 15 kuyulu tarak mevcut Buffer hacmi maksimum 0,27 litre ISO, EC, (IEC1010, (EN 61010)) standartlarına uygun
JEL GÖRÜNTÜLEME SİSTEMİ:
RNA/DNA görüntülerini yüksek kalitede kaydederek, gen ve protein analizlerini yapabilen görüntüleme sistemidir Kompakt karanlık oda, UV transillüminatör çalışma istasyonu, CCD kamer
Yatay Jel Elektroforez Sistemi
Gradiyent PCR Cihazı (Thermal Cycler)
Real time görüntüleme
4 farklı illüminasyon modu (Trans-UV, beyaz ışık, epi beyaz ışık ve trans mavi) UV radyasyonuna maruz kalmadan çalışma yapabilme.
Kamera tamamıyla motorize
GRADİYENT PCR CİHAZI (THERMAL CYCLER):
Marka model: Sensoquest
Örneklerden elde edilen DNA’nın çoğaltılması ve istenilen ısıda tutulmasını sağlayan cihazdır. Cihazda 96 tane 0.2 ml’lik tüpün aynı anda işleme tabi tutulabileceği 96 kuyulu örnek yükleme ünitesi vardır. PCR reaksiyonu ile DNA ampliﬁkasyonu, DNA denatürasyonu, termal hücre lizasyonu gibi termal döngü gerektiren işlemlerde kullanılabilir.
Sıcaklık programlama aralığı -5ºC – 99.9ºC, sıcaklık rezolüsyonu 0.01ºC Elektrik kesintilerinden sonra tekrar açılma, proﬁlin kaldığı basamaktan devam etmesi. Isıtmalı kapak
GERÇEK ZAMANLI PCR CİHAZI (RT-PCR):
Marka Model: Roche- LightCycler 480 II
96 kuyucuklu ve 384 kuyucuklu değiştirilebilir blok özelliği Yalnızca LightCycler® 480’de bulunan Therma Base teknolojisi ile blok üzerinde her noktada ve kuyucukta homojen ısı koşullarını sağlayabilme Soğutmalı CCD kamera Benzersiz optik ünitesiyle Gen tarama (HRM) çalışmaları. DNA’da gerçek zamanlı ampliﬁkasyon, erime noktası tayini, genotipleme, Ürünlerin kalitatif ve kantitatif analizleri 96 örneğin aynı anda analizi.
DNA SEKANS CİHAZI MARKA-MODEL:
QIAGEN PyroMark Q24
DNA birincil yapılarının tayininde ve nükleotid baz diziliminin belirlenmesi. Gen mutasyonları tespiti, metilasyon analizi, mikrobiyal tanımlamalar ya da rekombinant DNA oluşum yapılarının tayini. Ayrıca gen regülasyonunda yer alan genetik kontrol bölgeleri ve protein kodlayan ekzon bölgelerindeki mutasyonların belirlenmesi. Kalıtsal hastalıkların tayini Pyrosequencing yöntemi In Vitro Diagnostik calışmalar için CE-IVD belgesine sahip PCR reaksiyonundan sonra, cihaza yüklenmeden önce örneklerin hazirlanmasi,
Otomatik Nükleik Asit İzolasyon Cihazı
Gerçek zamanlı PCR cihazı (RT-PCR)
denatürasyon ve yıkama basamakları için vakum istasyonu mevcut Aynı anda paralel olarak 24 örnek çalışılabilme özelliği
CLASS II BİOGÜVENLİK KABİNİ MARKA-MODEL:
Class II biosafety cabinet
Kapalı-güvenli çalışma ortamı. Ön cam elektrikli, eğimli ve giyotin tipte olup, UV lamba çalıştırıldığı zaman tamamen kapanabilir. Cihazın iki HEPA ﬁltresi vardır. Havanın % 75′ i sirküle edilip çalışma yüzeyine, % 25′ i eksoz HEPA ﬁltresinden odaya verilmektedir. HEPA ﬁltreler % 99,99 verimlilikte 0,3 mikron ve daha büyük partikülleri tutabilmektedir.
CO2 İNKÜBATÖRÜ MARKA-MODEL:
ESCO CCL170B-8
Hücre ve doku kültürlerinin büyümesi için ihtiyaç duyulan uygun sıcaklığı ve CO2 gazı atmosferini sağlar. İç hacim 170 L, Cihaz ortam sıcaklığı +3oC ve +60o C aralığındadır. 0,1-0,2 mikron partiküllerde etkili %99,999 tutuculuğa sahip ULPA ﬁltreye sahip Dekontaminasyon özelliği mevcut.
DERİN DONDURUCU
MARKA-MODEL: ESCO
Sıcaklık aralığı -50oC ile -86oC 439,7 L kapasite Mail- alarm fonksiyonu
UV/VİS SPEKTROFOTOMETRE/ MİKROPLAKA OKUYUCU
Marka model: Spectrostar Nano BMG Labtech GmbH
Spektrometre-tabanlı absorbans mikroplaka okuyucu 1 sn/kuyu süreden daha hızlı olarak tüm bir UV-görünür spektrumu yakalar. Bireysel tahlil protokollerini saklama kapasitesi sayesinde absorbans ölçümleri için ideal mikroplaka okuyucudur 1 saniyeden kısa sürede tam-spektrum UV/Vis absorbans ölçümleri 1536-kuyulu mikroplakalara kadar ölçüm alabilme Bireysel örnekler için entegre küvet odası Lineer, orbital, çift-orbital çalkalama ve 45°C’ye kadar düzenli inkübasyon Çoklu kullanıcı kontrolü ve MARS Veri Analizi Yazılımı içerir Düşük hacim (2µl) örnekler için LVis Plate uyumlu . Hem mikroplaka kuyucuk hem 1 ml’lik kuvartz biyokimya küvetlerini okuyabilme Well tarama, kinetik ve endpoint ölçüm 3 tip shake özelliği (lineer, orbital, ikili orbital)