Ancak sadece faydalı görünen bu sistemin bazı zararları vardır. 3D Secure güvenli alışveriş sağlamanın yanında oldukça zaman kaybına neden olan bir sistemdir. İnternet kullanıcıları çoğu şifrelerini bast karakterlerden oluşan ve kolay hatırlanabilen şifreler yapmaktadır. Çünkü internette uzayan işlemler kullanıcıların hoşuna gitmez. Hızlıca tamamlanamayan işlemler müşterileri bunaltabiliyor.
Bu durumda bazı kullanıcılar güvenli olduğu için sistemi kullanmanın yanında bazıları da sıkılıyor ve uzaklaşıyor. Ayrıca internette işlem yapılmasının en büyük sebeplerinden biri 'zamandan tasarruf' olması gerekirken 3D Secure buna ters düşüyor.
Tabi ki bu sistemden en çok satıcılar zarar görüyor. 3D Secure nedeniyle alışveriş yapmaktan vazgeçen kullanıcılar genellikle şifresini unuttuğu için, cep telefonu yanında olmadığı için, telefon numarası değişikliği, farklı sayfalara açılma endişesi ve karmaşıklığı nedeniyle vazgeçiyor. Bu durumu önemsemeyen girişimciler hala 3D Secure'u zorunlu tutuyor.