Tom Sawyer adlı kişi, St. Ptersburg kasabası içerisinde Polly teyzesi, üvey kardeşi Sid ve Polly teyzesinin kızı olan Mary ile beraber hayatını devam ettirmektedir. Tom, haylazlığı sebebiyle kasabada tanınan biri haline gelmiştir. Polly teyzesi onu oldukça fazla sever. Fakat ona kızmadan da edemez. Tom’un, Amy adında bir kız arkadaşı mevcuttur. Ancak kasabaya yeni taşınmış olan Becky, Tom’un gönlünü çalar. Tom, ders esnasında almış olduğu cezanın ardından Becky ile tanışma şansı bulmuştur ve Becky’nin yanında oturmaya başlamıştır. Bu süre zarfında Becky’i etkilemiş ve onun gönlüne girmeyi başarmıştır. Söz konusu ikili okulun haricinde de zaman geçirmeye başlamışlardır. Tom, Becky’e evlenme teklifinde bulunmuş ve kendi aralarında nişanlı olduklarını söylemişlerdir. Tom, eski sevgilisi olan Amy ile de nişanlı olduğunu ağzından kaçırır ve Becky ise Tom’a bu konu yüzünden oldukça sinirlenmiştir. Bu olayın ardından da onu kovmuştur. Duyduğu bu mesele yüzünden oldukça canı sıkılan Tom, dışarıda gezdiği esnada kasabadaki en nefret edilen çocuk olan Huck’a denk gelir ve Huck’ın elinde ölü bir kedi mevcuttur. Bu iki kişi arkadaş olmuştur ve ölü kedinin siğilleri temizlediğine inanmalarından dolayı dolunay esnasında kediyle birlikte mezarlığa gitme kararı alırlar. Mezarlığa gittikleri esnada karanlıktan bazı seslerin geldiğini duymuşlardır ve kasabadaki en kötü haydutlarından Muf Potter’ı, Kızılderili Co’yu ve Doktor Robinson’u bir mezarı kazdıkları esnada görürler. Haydutların, Doktor Robinson’dan para istemeleri sonucunda kavga çıkmıştır. Aniden Kızılderili Co Potter’a vurmuştur ve Potter bayılmıştır. Co, doktoru kalbinden bıçaklamış ve bıçağı da Potter’ın eline tutuşturmuştur. Potter uyandığı zaman sarhoş olması sebebiyle de cinayeti kendinin yaptığını kabul etmiştir. Bu durumdan korkan çocuklar, olayın yaşandığı bölgeden koşup buradan kaçmıştır.
Tom evinde rahat değildir. Becky ile olan ilişkinin bozulması sebebiyle iyiden iyiye canı sıkılmaktadır. Tom, bulunduğu bölgeden gitmeyi ve zengin olma konusunda kendisine hedef koyar. Huck ile birlikte korsan olma kararı alırlar ve Tom ’un kankası olarak bilinen Joe Harper’ı da alıp gece yarısında adaya sandalla yola çıkarlar. Belli bir zaman geçtikten sonra tüm kasaba bu çocukların nehir üzerinde boğulduğu konusuna inanmıştır ve derin bir acı yaşayarak cenaze töreni düzenleme kararı alırlar. Tom, bu habere kimlerin ne denli üzüldüğünü merak etmiş ve bir gece yarısında eve gelmiştir. Teyzesinin çok kötü durumda olduğunu görmüş ve bu duruma üzülerek adaya dönmüştür. Adada var olan koşullardan bıkmış ve üç çocukla beraber geri dönme kararı alırlar. Pazar gününde kilisede yapılan cenaze törenine giriş yaparlar. İlk olarak herkes buna oldukça sevinmiştir fakat ardından da onlara çok kızmışlardır. Tom gittiği okulunda oldukça havalı biri olmuştur ve tüm herkes ona karşı saygı duyar. Sadece bir kişi hariçtir ve bu kişi de Becky ’den başkası olmamıştır. Becky, Tom ile Amy arasında var olan yakın ilişkiyi kıskanmıştır ve o da başka bir çocukla yakınlaşma kararı alır. Bütün bu olaylar meydana geldiğinde diğer taraftan da Muf Potter’ın davası yapılır. Muf Potter’a hapiste de destek olmaya çalışan Tom vicdanının sözünü dinler ve yaşamını tehlikeye atıp mahkemede, görmüş olduğu her şeyi tek tek söyler. Kızılderili’nin hakkında ölüm kararı alınır. Ancak Kızılderili kaçmıştır. Tom’un endişe ve korku dolu zamanları oluşmuştur. Bu olaydan sonra Tom kasaba içimde kahraman olarak görülmüştür. Tom akıllı durmayacaktır ve arkadaşı olan Huck ile birlikte hazine aramak amacıyla bir harabeye gider. Harabede yabancı gelmeyen bir simaya denk gelirler. Kaçak olan Kızılderili Joe ve yanında bulunan bir arkadaşı perişan bir halde altın ve paralarını gömmek amacıyla harabeye gelmiştir. Bu esnada saklanmış olan çocuklar Joe’nın altınlarını alma konusunda karar alırlar.
Joe ve yanındaki arkadaşı ortadan kaybolur ve olaylar bir süre durur. Tom, Becky ile barışma kararı alırlar ve Becky’nin ailesi liderliğinde yapılan pikniğe katılım yaparlar. Mağara dehlizlerinde Tom ve Becky kaybolmuştur. Tüm çocuklar vapura biner ve kasabaya dönüş yapılır. Çocuklar arkadaşlarında kalmalarını ailesine söylemelerinden dolayı anneleri onların bir sonraki gün yokluklarını fark etmelerine sebep olacaktır. Tüm halk kayıp olan iki çocuğun bulunması için aramaya katılır. Çocuklar ise mağarada kaybolmuştur ve bir çıkış yolu bulmak amacıyla etrafa bakarlar. Ancak zaman geçtikçe açlık ve susuzluğu ardından gelen ümitsizlikte çocukların yıkılmasına sebep olur. Tom mağaranın dehlizlerinde gezip bir çıkış yolu bulmaya çalışırken Kızılderili Joe’ya denk gelir. Bu olay ise işlerin daha zor bir hal almasına sebebiyet verir. Daha sonra çocuklar tam ölmek üzere oldukları anda bir çıkış yolu bulmuşlardır. Kasabaya döndükleri zaman bütün halk onları karşılamıştır. Tüm halk bu duruma oldukça fazla sevinmiştir. Becky’nin babası, mağaranın bütün giriş kısımlarını demirle kapattırmaya karar verir ve bu işi yaptırır. Bu olayın ardından Tom mağara içinde Kızılderili Joe’nun olduğunu dile getirir. Mağaraya gidildiği zaman Kızılderili Joe’nun cesedine denk gelinir. Tom güvenli olmanın yarattığı rahatlığa karşın kendisinin yaşamış olduğu durumları aklından geçirip aç ve susuz şekilde ölen haydut için üzülmüştür. Tom’un aklına Joe’ya ait olan altın ve paralar gelmiştir. Huck’a bu durumu anlatır ve mağaraya giderek hazineyi çıkarma kararı alırlar. Ekstra olarak kaybolmamak amacıyla yanlarına ip ve ve mum alırlar. Kızılderili’ye ait sembolü bularak kazarlar ve altınları bulurlar. Bu durumun ardından ikisi de zengin olmuştur. Tom’un mağarada olduğu zamanlarda Huck birçok olaya maruz kalmıştır. Huck, haydutları takip ettikten sonra Bayan Daglıs’ı ölümden kurtarır. Tek başına hayatına devam eden Bayan Daglıs evsiz Huck’ı evlat edinir. Huck alışmış olduğu yaşamdan oldukça değişik görünen bu düzene alışma konusunda büyük zorluk çekmiş ve buradan kaçmıştır. Tom arkadaşını bularak geri dönmesi adına ikna etmiştir. Yeni maceralar için söz veren iki arkadaş evlerine geri dönmüşlerdir.