Salih Zeki Bey nesnel bir yaklaşımda Türklerin ve Müslümanların bilime katkılarını tespit etmeye çalışmış ve çağdaş Türk bilim tarihçiliğinin kurucusu olmuştur. Araştırmacılar için bugün de güvenilir bir kaynak olan Asar-ı Bakiye (Ölmez Eserler) adlı eseri bırakmıştır. Bilim felsefesi ile uğraşmış, Henri Poincaré ve Alexis Bertrand'ın eserlerini çevirerek bilim felsefesinin Türkiye'de tanınması ve yaygınlaşmasına katkıda bulunmuştu.