İnternet vergi dairesi üzerinden gönderilen belgeler, Gelir İdaresi Başkanlığınca uygun görülen durumlar hariç, kâğıt ortamında ayrıca vergi dairesine verilmez. Vergi dairelerinin muhasebe birimleri tarafından nakden veya mahsuben iade işlemlerinde düzenlenen muhasebe işlem fişine, elektronik ortamda gönderilen listelerin tamamının eklenmesi yerine bu listelerin elektronik ortamda bulunduğunu gösteren "İnternet Vergi Dairesi Liste Alındısı"nın eklenmesi yeterlidir. Ancak, bu durumda söz konusu belgelerin elektronik ortamda gönderildiğine ilişkin, "İnternet Vergi Dairesi Liste Alındısı"nın dökümü iade talep dilekçesi ekinde vergi dairesine ibraz edilir. Şu kadar ki; banka teminat mektuplarının paraya çevrilmeleri konusunda hiç bir sınırlayıcı şart taşımayacak biçimde, Tebliğ ekinde yer alan kesin ve süresiz teminat mektubu örneğine (EK:18) uygun olarak ve 5411 sayılı Bankacılık Kanunu59 hükümlerine göre faaliyette bulunan bankalar tarafından düzenlenmiş olması gerekir. Süresinde düzenlenmiş tam tasdik sözleşmesinin mevcudiyeti halinde, bavul ticareti ve yolcu beraberi eşya ihracatından doğan iadelerde sözü edilen Genel Tebliğlerle belirlenen limitlere göre, diğerlerinde miktara bakılmaksızın vergi inceleme raporu ve teminat aranmadan iade yapılır.
Vergi inceleme raporu ifadesi, vergi incelemesine yetkili olanlarca düzenlenmiş raporu ifade eder. Bu durumda teminatın YMM raporuyla çözüldüğü inceleme elemanına bildirilir. Mükellef tarafından teminat çözümünün YMM raporuyla yapılacağı belirtilmediğinden incelemeye sevk edilmesi, sonradan YMM raporuyla teminatın çözümünü engellemez. Mükelleflerin rapor düzenleninceye kadar, izleyen bölümlerde açıklandığı şekilde teminat göstermeleri halinde ise iade talebi incelemeye sevk edilmeksizin yerine getirilir. Mükelleflerin iade tutarını kısmen mahsup, kısmen nakden almak istemeleri mümkündür. Mahsup sonrası alacağın, borçlarına mahsup yapılabilecekler dışındakilerin borçlarına mahsubunun talep edilmesi halinde, iade hakkı sahibi mükellefe nakden iadeye ilişkin usul ve esaslar uygulanır. İade alacağının üçüncü kişilere nakden veya mahsuben ödenmesinin talep edilmesi halinde de nakden iadeye ilişkin düzenlemeler uygulanır. SGK prim borçlarına mahsup işlemleri, Tebliğde belirtilen belgelerin yukarıda belirtilen süre içerisinde ibrazından sonra, en geç 31/5/2006 tarihli ve 5510 sayılı Sosyal Sigortalar ve Genel Sağlık Sigortası Kanununun56 88 inci maddesinin verdiği yetkiye dayanılarak lehine mahsup talep edilenler için belirlenecek prim borcu vade tarihinden önce tamamlanır.
SGK prim borçlarının tahsilinde de 6183 sayılı Kanun hükümleri uygulandığından, vergi dairesince bu işlemlerin gerçekleştirildiği tarihte prim borcunun vadesinin geçmiş olması halinde, borcun vade tarihi ile SGK'ya ödemenin yapıldığı tarihler arasında gecikme zammı uygulanabileceği hususunun mükelleflerce göz önünde bulundurulması gerekir. KDV iade alacaklarının SGK prim borçlarına mahsubunu isteyen mükelleflerin mahsup dilekçesi ve iade talebinde aranan belgeleri verilmesi mümkün olan en erken tarihte, fakat en geç KDV beyannamelerinin verildiği ayın son gününe kadar vergi dairelerine intikal ettirmeleri gerekmektedir. Bir takvim yılını aşmamak ve her bir döneme ilişkin bilgi ve hesaplamaların ayrı ayrı yer alması kaydıyla birden fazla dönemi kapsayan tek YMM raporu verilmesi de mümkündür. Bu durumda, iade için istenen belgelerin ibraz edilmiş olması kaydıyla öncelikle muaccel hale gelen borçlara mahsup yapılır. Teminat karşılığı iadelerde, teminatın YMM raporu ile çözülebileceği hallerde, süresi içinde YMM raporu ibraz edilmemesi veya ibraz edilmeyeceğinin belirtilmesi halinde, teminat vergi inceleme raporuna göre çözülür. Söz konusu bölümlerde, aranan belgelerin fotokopilerinin verilmesinin mümkün görüldüğü hallerde, bu fotokopilerin aslı ile aynı olduğunun kaşe tatbiki ve imzalanması suretiyle firma yetkililerince onaylanması gerekir.
İlgili vergi dairesince teminat mektuplarının iadesi sırasında teminat mektubunun, uygun bir yerine;"KDV iadesi dolayısıyla alınan bu teminat mektubunun vergi dairemizde olan işlemi sona ermiştir" şerhi düşülerek, tarih yazılmak ve mühür tatbik edilmek suretiyle imzalanır. KDV iade alacağının kesinleştiği (iadeye hak kazanılan) tarih ve tutar itibarıyla, vadesi geçmiş borçlara bu tarihten sonra gecikme zammı uygulanmaz. Vergi dairelerince yapılan işlemler sırasında meydana gelen gecikme nedeniyle zamanında mahsubu yapılamayan, vergi dairesine olan borçlar için gecikme zammı uygulanmaz. 30 günlük ek süreden sonra eksiklikleri/olumsuzlukları gideren mükelleflerin mahsup talepleri ise eksikliklerin/olumsuzlukların giderildiği tarihitibarıyla yerine getirilir ve borcun vadesinden mahsup tarihine kadar geçen süre için gecikme zammı uygulanır. İade için belirlenen limit, bir vergilendirme dönemindeki iade hakkı doğuran işlemlere ilişkin iade taleplerinin toplamına bir defa uygulanır. 3. Maliye Bakanlığınca Belirlenen Sınırı Aşmayan Nakden İadeler İade hakkı doğuran her bir işlem bakımından Tebliğin ilgili bölümlerinde belirlenmiş sınırları aşmayan nakden iade talepleri teminat ve/veya vergi inceleme raporu aranmaksızın yerine getirilir.