Bakoyani’nin, Bulgaristan’da yapılan Güneydoğu Avrupa zirvesinde, gelecekte olası bir KKTC devletine örnek teşkil etmemesi için tanımadığı Kosova’nın Dışişleri Bakanı İskender Huseni ile gizli görüşmesi Atina’da büyük tepki çekti. Ana muhalefetteki Pasok Partisi’nden yapılan açıklamada "Bakoyani suçüstü yakalandı" denildi.
Başbakan Kostas Karamanlis’in bu görüşme için önceden haberdar olmadığı ve memnuniyetsizliğini dile getirdiği öne sürüldü. Hükümet Sözcüsü Yardımcısı Evangelos Andonaros, birkaç dakika süren bu görüşme için açıklama yapma gereği duymadıklarını belirterek, tepkileri yatıştırmaya çalıştı. Dışişleri Bakanlığı sözcüsü Yorgos Kumuçakos ise görüşmenin önceden programlı olmadığını söyledi.