Yayoi dönemi (弥生時代), Jōmon döneminden sonra başlamış ve MÖ 300 ile MS 300 tarihleri arasında sürmüş tarih öncesi dönemdir. Bu dönem, Jōmon dönemindeki avcı-toplayıcı yaşam tarzının yerini çeltik tarımına bıraktığı ve tunç ile demir kullanımının Japonya’da ilk defa ortaya çıktığı dönemdir. Çin ve Kore ile fazla sayıda etkileşimler yaşanmış ve bu etkileşimlerin getirisi olan teknik gelişmeler Kyushu‘nun kuzeyinden başlayarak takımadaya yayılmıştır.
Mütevazı komüniteler hâlinde yaşayan Japonya halkları arasındaki sosyal tabakalaşmalar da ilk defa bu dönemde oluşmaya başlamıştır ve Yayoi döneminin sonlarına doğru Japonya, kuni denen ve ayrı şeflerin kontrolünde olan pek çok küçük yerel yönetime ayrılmıştır.
Jōmon döneminden kalma yontma taşlar, oklar, baltalar ve bıçak görevi gören sivri taşlar, Yayoi döneminde de kullanılmaya devam edilmiş olsa da bu dönemin de kendine has pek çok alet edevatı bulunmaktadır. Jōmon insanlarının askine, Yayoi insanları demir dövmeyi biliyorlardı ve demirden aletler ve silahlar üretiyorlardı. Döneme ait baltalar, Jōmon’dakilere göre daha büyük ve ağdalılardı, çünkü bu aletler sadece kesme amaçlı değil; aynı zamanda toprağı işleme amacıyla da kullanılmaktaydı. Baltaların yanı sıra çapalar ve keskiler de Yayoi döneminden kalma sık rastlanan aletlerdir. Yayoi çömlekçiliği ise, geometrik desenlere sahip uzun boyunlu vazolar ve geniş ağızlı çanaklar şeklinde evrilmişlerdi.
Özellikle tunç aynalar gibi bazı eşyalar, başlarda ana kıtadan elde edilmekteydi, fakat Yayoi döneminin sonlarına doğru Japonlar da kendi tunç işlemeyi öğrenip kendi aynalarını, doutaku adı verilen devasa törensel çanlarını ve tunç silahlarını üretmeye başlamışlardı. Bu dönemde işlenmişliğine rastlanan bir başka madde de yeşim taşıydı ve ağırlık olarak magatama isimli virgül şeklindeki dini boncukların üretiminde kullanılıyordu.
Temel kıyafet malzemeleri, keten dokuması kumaş ve kâğıtdutu ağacı lifleriydi. Erkekler günlük kıyafetlerine ek olarak, kumaşı sarmalayıp güneşten korunma amaçlı başlarına geçirirlerdi, kadınlar ise magatama şeklinde kolyeler ve bileziklerin yanı sıra tunç veya deniz kabuklarından yapılma yüzükler takarlardı. İnsanlar besinlerini avlamak ve toplamak yerine tarım yaparak kendileri üretmeye geçiş yaptıklarından dolayı, yiyecek alışkanlıkları da buna bağlı olarak değişti. Çeltik tarlaları çitlerle çevriliydi ve ilkel sulama teknikleri kullanılıyordu. Pirincin yanında darı, fasülye ve kabak tarımı da yapılmaktaydı. Bundan dolayı Yayoi dönemine ait çoğu yerleşim yeri geniş nehirler ve nemli araziler üzerine kurulmuştur. Bu yerleşim yerlerinde ortak kullanılan tahıl ambarları ve kuyular da bulunmaktaydı. Evler ise hâlâ taş veya topraktan taban ile sazdan çatılara sahip basit tateanajūkyo tarzındaydı ve birbirlerine yakın inşa edilmişti.
Yayoi dönemindeki inançlarla Joumon dönemindekilerin son derece farklı oldukları gözlemlenebilir. Bulunan objelerden yola çıkılarak, Yayoi halkının farklı ilahlara adanmış pek çok dini ritüele sahip oldukları anlaşılmaktadır. Sadece seremonik amaçlarla kullanılmış olan tunç çanlar, hançerler ve mızraklar geliştirmişlerdi. Kehanetler, geyik kemiklerinin yakılmasıyla ortaya konmaktaydı. Yayoi halkı, ölülerini gömdükten bir süre sonra ikinci bir ritüel yaparlardı. Ölünün kemikleri mezardan çıkarılır, yıkanır, kırmızı toprakla boyanır ve vazolara yerleştirilirdi. Ardından bu vazolar geniş çukurlara gömülür ve etraflarına hendekler kazılırdı. Gömütlerde aynalara, boncuklara ve tunç silahlara da rastlanırdı.
Japonya’nın yazılı tarihte ilk ortaya çıkışı, Yayoi döneminin sonlarına denk gelmektedir. Beşinci yüzyılda Fan Ye‘nin derlediği Hou Han Shu gibi önemli Çin kayıtlarında, Fukuoka yakınlarında kurulmuş ve MS 57 yılında Han imparatoru Guangwu tarafından altın mühür bahşedilmiş “Na Ülkesi” (Nakoku veya Na no kuni) isminde bir yer anlatılmaktadır. Shan Hai Jing isimli coğrafi notlarda Japonya’dan Wa adı altında değinilmektedir. MS 200-265 arasını içeren Wei kayıtlarında ise varlıklı toprak sahiplerinin halkı yönettiği Yayoi dönemi sonları Japon toplum yaşantısı hakkında bilgiler yer almaktadır. Wei kayıtları aynı zamanda Yamatai isimli bir krallıktan bahsetmektedir. Her biri bir “şef” veya “kral” tarafından yönetilmekte olan otuz kadar bölgenin de kontrolünü elinde tutmuş olan bu krallık bazı kaynaklarda Yamataikoku ve Yamaichikoku olarak de geçer. Yamatai’ın en önemli yöneticisi, şaman kraliçe Himiko‘dur. Himiko yıllarca süren iç savaşlardan sonra Wa Krallığı’nın kraliçesi olarak seçilmiş ve Çin saltanatı ile Silla kralı (bugünkü Kore) ile ilişkileri sağlamlaştırmıştır. Bunlara ek olarak Wei kayıtları, Wa marketlerinin gelişmiş olduğunu, bir vergi sistemi bulunduğunu ve suçluların cezalandırıldığı bir hukuk sistemi yaratılmış olduğunu belirtmektedir. Tüm bunlar, Yayoi halkının gayet kompleks ve iyi organize olmuş bir toplum olduğunu göstermektedir. Sosyal, politik, ekonomik ve askeri gelişmeler, Kofun dönemine geçişte büyük rol oynamıştır.