13’üncü yüzyılın sonlarında yaptırıldığı kabul edilen Mesreseye, Selçuklu Sultanı Alaaddin Keykubat’ın kızı Hundi Hatun veya İlhanlı Hanedanları’ndan Padişah Hatun tarafından yaptırılmış olabileceği düşüncesi ile adına Hatuniye Medresesi de denilmekte.
Yaklaşık 35×46 m boyutlarında olan medrese iki katlı, dört eyvanlı ve açık avlulu medreseler grubunun en önemli örneği olarak gösteriliyor.
26×10 m ölçülerindeki avlusu, dört yönden revaklarla çevrili olan Çifre Minareli Medrese’nin avlusunun her iki tarafında öğrenci ve öğretmen odaları sıralanıyor.
Medresenin zemin katında on dokuz, birinci katında ise on sekiz odası bulunuyor.
Girişin batısındaki kare mekânı, mescid olarak kullanılan yapının, güneyde ana eyvanla birleşen, altında mumyalığı bulunan kümbet, Anadolu’da çağdaşları arasındaki en büyük türbe olma özelliğine sahip.
Gövdesi on iki köşeli olan kümbet dıştan külah, içten kubbe ili örtülü bu tarihi eserin saçağı, süsleme şerit ve silmelerle bezenmiş.
Çifte Minareli Medrese’nin özellikle taç kapısında bulunan bezemeler, Selçuklu taş süslemesindeki derinliğin ve estetik anlayışın muhteşem örneklerini oluşturuyor.
Bezemelerde ağırlıklı olarak bitkisel ögeler kullanılmış.
En çok palmet ve rumi motifleri kullanılırken, her ikisinin de birbiri ile uyumu dikkat çekiyor.
Taç kapının batı tarafına Orta Asya Türkleri’nin simgesi olan çift başlı kartal, ağzı açık iki yılan ve dilimli yapraktan oluşan hayat ağacı işlenmiş.
Doğu tarafında bulunan simetriğinde ise yaprak ve kartal işlemesi yer alıyor.
Taç kapının iki yanında yükselen sırlı tuğla ve tuğla ile örülü, motiflerle bezeli minareler göz kamaştırıcı bir estetik anlayışı sunmakta.
Şerafelere kadar yapılmış minarelerde turkuaz rengiyle dikkat çeken panonun içinde Arapça “Allah” yazısı bulunuyor.
Osmanlı padişahlarından 4. Murad’ın emri ile bir süre “Tophane” olarak, daha sonra da “Kışla” olarak kullanılan medrese, 1942-1967 yılları arasında Erzurum Müzesi, günümüzde ise hem müze hem de resim sergi salonu olarak hizmet veriyor.