Prof. Dr. Bayraklı'nın cenazesi OMÜ Tıp Fakültesi Hastanesi morgundan alınarak Mühendislik Fakültesi önüne getirildi. Buradaki törene, Prof. Dr. Bayraklı'nın ailesi ve yakınlarının yanı sıra Rektör Prof. Dr. Hüseyin Akan, Amasya Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Zafer Eren, Büyükşehir Belediye Başkanı Yusuf Ziya Yılmaz, OMÜ Rektör yardımcıları Prof. Dr. Sait Bilgiç, Prof. Dr. Ahmet Bulut, dekanlar, yüksekokul müdürleri, il ve ilçe belediye başkanları, öğretim üyeleri ve öğrenciler katıldı. Bitkin olduğu gözlenen Bayraklı'nın eşi Belkiya Bayraklı ve 4 çocuğunu, Bayraklı'nın meslektaşları teskin etmeye çalıştı.
Rektör Akan, yaptığı konuşmada, Prof. Dr. Bayraklı'nın üniversitelerinde 22 yıldır hizmet verdiğini belirterek, “Yapabileceği en iyi hizmeti yapmıştır. Bir alimin ölümü, bir alemin sönmesidir. Mevlana'nın bir sözü var, 'hayat ölümden çaldığımız zamanlardır' diyor. Hocamız da ölümden bu kadar zaman çalmıştır. Kendisi iyi bir bilim adamı olarak örnek bir kişidir. 4 tane değerli evlat yetiştirdi ama bunun yanında binlerce öğrenci yetiştirdi. Herkesin örnek alacağı bir kişilikti” dedi.
Oğlu Muzaffer Bayraklı ise, “Babam sadece bize babalık değil, öğrencilere, herkese babalık yapmaya çalışırdı. Ölümünden sonra da, giderken de bize örnek bir ders verdi. Organları ile insanlara yeni yaşamlar sundu, 3 kişiye hayat verdi” diye konuştu.
Kürsüye gelen öğretim üyeleri de Prof. Bayraklı ile ilgili anılarını anlattı. Prof. Dr. Kurtman Ersanlı, yazdığı şiiri okurken pek çok kişi göz yaşlarını tutamadı. Prof. Dr. Bayraklı'nın naaşı OMÜ Kurupelit Yerleşkesi'ndeki Üniversite Cami'nde kılınan cenaze namazının ardından toprağa verilmek üzere Kıranköy Mezarlığı'na götürüldü.