Emrullah Efendi, Tanzimat sonrasında ortaya çıkan değişik fikir hareketleri içinde “medeniyetçiler” diye bilinen ve günün siyasî icaplarına ayak uydurarak ölçülü bir düşünce tarzını benimseyen, Osmanlı birliğini korumak üzere Osmanlı- İslâm geleneklerine sadık kalarak Batılılaşma’yi amaç edinen, bunu da ancak eğitim ve öğretim yoluyla başaracaklarına inanan kesimin Önde gelenlerindendir.
Münif Mehmed Paşa’dan sonra Osmanlı eğitim sisteminin yenileştiri I meşinde öncü rolü oynayan Emrullah Efendi Maarif nazırlığı döneminde ilk öğretim kanununu çıkarmış, orta ve yüksek öğretimle ilgili birçok yönetmelik hazırlayarak yürürlüğe koymuştur. Maarifin ıslahına dair hazırladığı, pedagoji alanındaki görüşleriyle bu sahadaki yetişmiş-liğini yansıtması bakımından ayrı bir değer taşıyan lâyihalarını mecliste savunmuştur. Dönemin en önemli tartışma konularından olan maarif sisteminin ve kurumlarının ıslahı meselesinde Satı Bey ilk ve orta öğretime öncelik verilmesi gerektiğini savunurken Emrullah Efendi bu işe yüksek öğretimden başlanmasının icap ettiğini, zira her alanda gelişmelerin yukarıdan aşağıya doğru uygulanmasının daha uygun olacağını, dolayısıyla Osmanlı maarifinin en önde gelen meselesinin Darülfünun olduğunu ileri sürmüştür. Eğitimde “tübâ ağacı nazariyesi” adıyla anılan bu görüş Emrullah Efendi’nin ortaya attığı bir nazariye olarak Osmanlı eğitimcileri ve içtimaiyatçıları tarafından uzun süre tartışılmıştır. Onun düşüncesine göre ilk öğretimin yaygınlaştırılması için en az üç neslin geçmesi gerekir. Oysa yüksek tahsil alanındaki ıslahatın beklemeye tahammülü yoktur. Çünkü ülkenin kalkınması ve ilerlemesi için yüksek tahsil seviyesinde iyi yetişmiş gençlere ihtiyaç vardır. Fakat Emrullah Efendi uygulamada karşılaşılan çeşitli engeller yüzünden bu düşüncesini gerçekleştirememiş ve imkânlar Ölçüsünde ilk Öğretimi teşkilâtlandırarak işe başlamak zorunda kalmıştır. Bununla beraber Dârülfünun’da önemli sayılacak bazı ıslahatları yine Emrullah Efendi yapmış, 8 Nisan 1328(21 Nisan 1912) tarihinde neşredilen nizâmnâme ile Dârülfünun’un şube sayısı üçten beşe çıkarılmıştır. Ulûm-i Âliye-i Dîniyye şubesinin adı IHûm-ı Şer’iyye olarak değiştirilmiş ve her şubede okutulacak dersler bazı esaslara bağlanmıştır. Mehmet Ali Ayni, Dârülfünun’un “ciddi ve hayırlı bir terakkiye mazhariyeti birinci olarak bu nizâmnâme ile başlamış olduğu için mürettibi olan Emrullah Efendi merhumun namını kemâl-İ hürmetle yâdetmek” gerektiğini belirtir. Bu arada medreselerde yapılan ıslahatı da yakından takip eden ve 1910’daki ilk ıslahat hareketinde önemli rolü bulunan Emrullah Efendi düzenlenen törende yaptığı konuşmada gerek bakanlık gerekse hükümet olarak bu gibi müsbet faaliyetleri samimiyetle destekleyeceklerini, böyle bir ıslahatın ulemâ tarafından gerçekleştirilmesini takdirle karşıladıklarını belirtmiştir.
Emrullah Efendi, Türk toplumuna uygun bir eğitim sisteminin geliştirileme-mesi ve ezberciliğe dayalı metotlann takip edilmesinden yakınmış, her devirdeki maarif uygulamalarının tenkit edilmiş olmasının temelinde bu kusurlann bulunduğunu belirtmiştir. Kendisi Fransız eğitim sistemini temel alarak merkeziyetçi bir anlayışla teşebbüs gücü yüksek, dinamik insan yetiştirecek bir sistemi savunmuştur. Hem bir fikir adamı ve eğitimci, hem de eğitim kurumlarının başında bulunan bir yönetici olarak giriştiği reform çalışmalarında idadileri sultanîlere çevirerek bu okullarda felsefe ve iktisat derslerini başlatmıştır. Ayrıca ibtidâî programlarına din ve ahlâk bilgisi, ülke coğrafyası ve tarihi, umumi tarihe dair kısa bilgiler, fen bilgisi, köy iktisadı ve sağlığı derslerinin konulmasını sağlamıştır. Bu arada dinî toplumların (azınlıklar) okulları üzerinde bakanlığın denetimini arttırıcı bazı çalışmalar yapmışsa da meclisteki gayri müslim milletvekillerinin karşı çıkması sonucu ayrı bir “cemaat mekâtibi” grubunu kabul etmek zorunda kalmıştır. Ismayıi Hakkı Baltacıoğ-lu Türk maarif tarihinde bir “Emrullah Efendi devri” bulunduğunu, onun orta öğretime Avrupaî karakter verdiğini, modern bir darülfünun fikrinin ona ait bulunduğunu. Ziya GÖkalp’in yarı yanya kişiliğini Emrullah Efendi’ye borçlu olduğunu belirtir. Muallim Cevdet de Emrullah Efendi’nin Satı Bey’den önce pedagoji ve eğitim metodolojisine gereken değeri veren birkaç kişiden biri olduğunu söyler. Emrullah Efendi’nin birçok eleştiriye konu olan “tûbâ ağacı nazariyesi”, ölümünden üç yıl sonra muhtemelen çok yakın ilişki içinde bulunduğu Ziya Gökalp tarafından kaleme alınarak Yeni Mecmua “da yayımlanan bir yazıda tekrar gündeme getirilmiş ve uygulanabilirliği savunulmuştur.