Amasya‘nın en büyük ilçesi olan Merzifon, bulunduğu konumdan dolayı çok eski tarihlerden itibaren önemli bir yerleşim yeri olmuş. Şimdiye kadar elde edilen bulgular Merzifon tarihinin M.Ö. 5500′lü yıllara kadar götürmektedir. Bu da bize 7500 yıldır bu bölgede uygarlıklar kurulduğunu göstermekte.
Önemli yerleşimleri ve limanları birbirine bağlayan bir yol üzerine oluşunun yanısıra, topraklarının verimli oluşu da Merzifon’u ve çevresini yerleşim açısında cazip kılmaktaydı. Merzifon’da Hititlerin bölgeyi terk etmesinden sonra Frigler yerleşmiştir. Daha sonra Friglerden başka uygarlılara geçen Merzifon, Pontus Devleti’nin başkent olarak Amasya’yı kurması ile tekrar gözde bir ticaret kenti olmuş. M.Ö. 47 yılında Roma’lılar Pontus’luları yenerek bölgeye hakim olmuşlar ve 395 yılında Roma İmparatorlu’ğu Batı ve Doğu Roma olarak bölünene kadar Roma yönetiminde kalan Merzifon bu dönemde, Pontus’lularla yapılan savaşlarda ve zamanla hasar gören eski yapıların onarılması ve yenilerinin de yapılmasıyla giderek gelişmiştir. Roma ikiye bölününce Doğu Roma yani Bizans yönetiminde kalan Merzifon mevcut durumunu devam ettirmiştir.
8. yüzyıldan itibaren şehir başta Emevi’ler olmak üzere müslümanlar tarafından fethedilmiş ve çeşitli defalar el değiştirmiş. Danişmendlerle birlikte artık müslümanların hakimiyeti altına giren şehirde Camii ve medreseler inşa edilmiş ve şehir müslüman bir kimlik kazanmaya başlamıştır. Mevcut kiliseler ve tarihi yapılar da korunmaya devam edilmiş. Hıristiyan halk tarafından kullanılan kiliselerin dışında kalan ve bakımsız durumdaki kiliseler bakımdan geçirilerek camiye çevrilmiş.
Daha sonraları da sırasıyla Selçuklular, İlhanlılar ve Osmanlılar şehre hakim olmuşlardır.
Merzifonlu Kara Mustafa Paşa bölgeye yaptığı yatırımlarla Merzifon tarihi açısından çok özel bir yere sahiptir. Günümüzde ayakta olan 1666 tarihli Paşa Camii halen Merzifon’un en büyük camisidir. Kara Mustafa Paşa Osmanlı’da çok önenli görevlerde bulunmuş bir devlet adamı. Genç yaşlarda Silahtarlık makamına yükselen Paşa Telhisçilik, 2. Mirahurluk, Kaptan-ı Deryalık, Sadrazam Vekilliği ve sonunda da Sadrazamlığa kadar yükselmiştir. Pekçok başarılı sefere katılan Kara Mustafa Paşa 2. Viyana kuşatmasının başarısız oluşundan sorumlu tutularak idam edilmiş.