Kızlarağası Mehmet Ağa Medresesi; İstanbul Suriçi Cağaloğlu Divanyolu Alemdar Mahallesi Hoca Rüstem Sokağında 1582 tarihinde inşa edilmiştir. Bu medrese Hoca Rüstem Medresesi olarak ta bilinir. Medrese tam olarak Divan yoluyla Hacı Rüstem ve Bestekar Osman Sokakları arasındaki yapı adasında kalmaktadır. Aynı yapı adası içinde bir çeşme ve bir sıbyan mektebi bulunur. Medrese Sultan III.Murat dönemi Darüssaade ağalarından Mehmet Ağa tarafından yaptırılmıştır. Mehmet Ağa Osmanlı Devletinde görev yapmış ilk Habeş kökenli Darüssade Ağasıdır. Mehmet Ağa’nın Fatih Çarşamba Manyasizade Caddesi üzerinde yaptırdığı büyük bir külliyesi vardır.
Medrese sebil ve mektepten sonra 1582 yılında bitirilip hizmete girmiştir. Mimarının büyük bir olasılıkla Mimar Davut ağa olduğu düşünülmektedir. Çünkü Ağanın yaptırdığı Çarşamba Külliyesi Davut Ağa’nın eseridir. Medrese 11 hücre ve bir dershaneden meydan gelmektedir. Kubbeli ve kare planlı olan medrese dershanesi girişin solunda kalmaktadır. Arazi kot farklarından dolayı dershaneye merdivenle çıkılmaktadır. Dikdörtgen planlı avlunun etrafına dizilen hücreler kagir ve kubbelidir. Hücrelerin formu standart olmadığından dolayı farklılıklar gösterir. Arazinin dar olması sebebiyle hücreler çok dardır. Avludaki sütun başlıkları önemlidir. Sonradan avlunun üstü kapatılmıştır. Mehmet Ağa medresesi 1869 yılında 13 kişi, 1914 teftişinde ise 25 talebe olduğu kaydedilmiştir. Cumhuriyet döneminde Çocuk Esirgeme Kurumu olan bu mekan daha sonra restore edilip Türkiye Yazarlar Vakfına tahsis edilmiştir. Bugün bir Kültür Merkezi olarak hizmet görmektedir.