Fen Bilimleri Enstitüsünde 2012 yılında açılan Mimarlık Bütünleşik Doktora Programı, lisans ve yüksek lisans mezunları için, öğretim kadrosunun uzmanlıkları çerçevesinde Mimarlıkta Doktora derecesine yönelik lisansüstü eğitim ve araştırma çalışmalarını yürütmektedir. Program, Mimarlık anabilim dalı tarafından belirlenen uzmanlık alanlarında araştırmacı veya akademisyen olarak yetişmek isteyen farklı disiplinlerden (mimarlık, kentsel tasarım, şehir ve bölge planlama, endüstri ürünleri tasarımı, iç mimarlık ve peyzaj tasarımı) lisans ve lisansüstü mezunlarının başvurularına açıktır.
Program, Mimari Tasarım, Yapı Bilimleri ve Koruma ve Restorasyon olmak üzere üç ayrı odak alanı içermektedir. Doktora tezi çalışmaları öncesi alınan dersler, bilimsel araştırma ve mimarlık konuları, odak alan konuları ve seçilen doktora konusu ile ilgili olmak üzere üç grupta toplanmaktadır.
Nitelikli bir araştırmacı ve akademisyen olmak için gereken, bireysel veya bir grubun üyesi olarak araştırma konusu tanımlama ve araştırma etkinliklerini yürütme, bilimsel akıl yürütme, araştırmalarda var olan veya özgün teknoloji ve yöntemler kullanma gibi becerilerin edinilmesi beklenmektedir. Tez araştırmalarının ve üretilen bilginin özgünlüğü ve uluslararası niteliği vurgulanmaktadır. Bu bilgilerin tez araştırmaları sırasında ve sonrasında değişik yollarla toplumla paylaşılmasına önem verilmektedir. Araştırmaların, Üniversite ile uygulama alanının etkileşim ve işbirliğine katkı sağlaması da istenmektedir.