Galatasaray’a transfer olduktan sonra 28 Eylül 2018’de Erzurumspor maçında ayak tarak kemiği kırılan Emre Akbaba, 129 gün sahalardan uzak kaldı. Tecrübeli oyuncunun 11 Mayıs 2019’da da Rizespor ile deplasmanda oynanan karşılaşmada bu kez kaval ve alt adale kemiğinde kırık meydana geldi ve tam 192 gün oynayamadı.
Son olarak 24 Temmuz’daki Antalyaspor maçında sakatlanan Emre’nin sahalara dönüşü 2 ayı bulacak. Başarılı orta sahaya oyuncusu, sarı-kırmızılı takımda 40 maça çıkıp 9 gol, 5 asistlik performans sergiledi.