Handan Ağa Kuşkonmaz Camii; İstanbul Boğazı’nın Rumeli yakasında Haliç’in kuzey sahilinde Hasköy Caddesi’nin devamında, Hasköy Cami Sokağı üzerinde, sahilde yer alır. Caminin kuzeyinde sahil boyunca Hasköy Parkı uzanır. Doğusunda ise Silahtar Yahya Efendi Çesmesi yer almakta olup, camiyle çeşme arasından Hasköy Cami Sokağı geçmektedir. Batı yönündeki sahil, askeri tersane tarafından toprak doldurularak kapatılmış ve tersaneye dahil edilmiştir. Handan Ağa Cami, Fatih Sultan Mehmet’in saltanat yılları arasında, Fatih’in hizmetinde bulunan Handan Ağa tarafından yaptırılmıştır. Yapı, Sultan III. Ahmet döneminde bir onarım görmüştür. Sultan III. Selim zamanındada yenilenen camiye bir hünkar kasrı eklenmiştir. Minarenin üst kesiminde gözlenen ayrıntılar, 19. yüzyılın ortalarında ya da ikinci yarısında onarım geçirdiğini kanıtlar niteliktedir. Cami, son olarak 1960’lı yılların sonunda Vakıflar idaresi tarafından onarılmıştır. Handan Ağa Cami, fevkani olarak inşa edilmiştir. Kareye yakın dikdörtgen planlı olan caminin üzeri kiremit döşeli kırma çatı ile örtülüdür. Kayıkhane olarak kullanılan bodrum kat sahilin askeri tersane tarafından doldurulmasıyla bu özelliğini kaybetmiş, ibadet mekanı olarak kullanılmaya başlanmıştır. Caminin iki katlı hünkar kasrı, kuzeydoğu kösesinde, yapıya bitişik olarak yer almaktadır. Caminin kuzeyinde bulunan tuğla minare, sıvalı ve boyalıdır. Kare bir kaide üzerinde yer alır ve prizmatik üçgenlerle silindirik gövdeye geçiş sağlanır. Minarenin gövde başlangıcında, tas bir silme dolanır. Şerefe altında tas konsollar görülür. Ahşap külahı, kursun kaplıdır. Son cemaat yeri düz ahşap çatılıdır ve bu mekana dikdörtgen çerçeveli bir kapıdan girilir. Göncüoglu’na göre, basık kemerli olan harim kapısı ile kapının doğu ve batısındaki pencereler, ilk inşa tarihine ait özgün kısımlardır. Mahfil, harimin kuzey duvarı boyunca uzanır ve buraya doğu yönündeki merdivenle ulaşılır. Melling’in gravüründe, kayıkhanenin beş adet basık kemerle denize açılmakta olduğu görülmektedir. Bodrum katın tavanı ise, geçirmiş olduğu değişimden sonra, ahşap iken betonarmeye dönüştürülmüştür. Kuzey ve doğu duvarında, altta ve üstte üçer pencere, batı duvarında ise, dörder pencere yer alır. Güney duvarında, mihrabın iki yanında birer pencere, üst sırada da üç pencere bulunur. Alt sıradaki pencereler dikdörtgen ve tas söveli, üst sıradakiler ise basık kemerli ve sıvalı tuğla sövelidir. İç mekanda, mihrap duvarını bütünüyle kaplayan çiniler görülür. Çiniler, mihrap nişine ve pencere iç yüzeylerine kadar uzanır. Mihrap nişi yarım silindir biçimindedir ve yarım bir kubbe ile son bulur. Minber ise ahşaptır.