AutoDock ücretsiz ve kolay kullanımı ile oldukça popüler bir moleküler docking yazılımıdır. Pek çok bakımdan önemli özellikleri içerisinde barındıran AutoDock Vina, ilaç keşif çalışmalarında özellikle ilgi çekmektedir. Litaratürde oldukça sıklıkla karşılaşılan ve kendini kanıtlamış bu yazılım kolay kullanımı ile dikkat çekmektedir.
Konsol ekranından basit komutlarla çalışan AutoDock’un başlıca özelliği basit ve etkili olmasıdır. Ücretsiz olarak sunulan bu yazılım ve beraberinde gelen araçlar, temel işlemlerde herhangi bir kullanıcının tüm ihtiyacını karşılamaktadır. AutoDock’unTools Aracı ile protein yapının görselleştirmesi yapılabilmekte ve kafes(yani ligandların kenetleneceği bölgelerin) belirlenmesi işlemleri yapılabilmektedir.
AutoDock Vina ile çalışmak için gerekli olan dosyaların yazılma işlemi gerçekleştirildikten sonra konsol ekranından bu dosyalar Vina yazılımına okutularak docking işlemi gerçekleştirilmektedir. Konsol ekranından reseptör dosyası, ligand dosyası vb. dosyalar yazılıma gösterilir ve docking işlemi gerçekleşir.
Ligandların Torsiyon Açıları
Autodock ile çalışmak için gerekli olan dosyaların nasıl hazırlandığını ve temel şeyleri öğrenmeye başlayabiliriz. Ligandların moleküler docking için hazırlanması gerekmektedir. Burada temel işlem ligandlarda dönebilen bağların belirlenmesi ve yazılıma bildirilmesidir. Ligandların dönebilen bağları aşağıdaki görselde görlen yeşil bağlar gibi bağlardır. Bu durum, bu konuda temel bilgilerin bilinmesini zorunlu kılmaktadır. Örnek olarak temel kimya bilgisi bize karbon-karbon tek bağının dönebildiğini söylerken karbon-karbon çift bağının dönmesi mümkün değildir. Ayrıca amid bağı gibi bağlarda dönme özelliğine sahip değildir.
Peki bunları neden yapıyoruz? Bağların dönmesinin moleküler docking ile ilgilisi nedir? Ligandların hazırlanmasında bu konu oldukça önemlidir çünkü bağların dönmesi ligandın farklı konformasyonlar oluşturmasını sağlamaktadır. Autodock gibi Moleküler docking yazılımları dönebilen bu bağları kullanarak ligandımızın farklı konformasyonunu protein yapıya en düşük enerji ile kenetlemeye çalışmaktadır.
Sonuç
Ligandıların torsiyon seçimi tamamlandıktan sonra(genelde otomatik olarak AutoDock Tools‘un verdiği dönebilen bağlar doğru olmaktadır ancak her zaman kontrol etmekte faydadır) ligandların pdbqt uzantısı ile kaydedilmelidir. Bu uzantıda kaydettiğimiz dosyayı konsol ekranından ligand olarak göstereceğimiz için bu adım önemlidir. Bir başka önemli adımsa protein yapının hazırlanması olup bu konuya bir sonraki yazıda değineceğiz. Bir sonraki yazı hazırlanana kadar Yanaştırma Nedir? Moleküler Docking Nasıl Yapılır? ve Moleküler Docking Uygulamaları yazılarına göz atmanı faydalı olacaktır. Ayrıca superpeer profilimden birebir eğitimler için randevu seçeneği ve abonelik ile özel video içeriklerini inceleyebilirsiniz.