Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 17.03.2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan, 01.03.2006 tarih ve 5467 sayılı Kanunla kurulmuştur. Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Lisansüstü eğitimini düzenlemek, yürütmek ve denetlemek üzere 12.10.2009 tarihinde Enstitü müdürü atanarak faaliyete başlamıştır. Enstitü yürütme görevini yapan Enstitü Yönetim Kurulu; Enstitü Müdürü, Enstitü Müdür Yardımcıları ve Enstitü Kurulunca seçilmiş olan üç öğretim üyesi olmak üzere altı üyeden oluşmaktadır. Enstitü Müdürü’nün başkanlığını yaptığı Enstitü Kurulu ise Enstitü Müdür Yardımcıları ile Anabilim Dalları Başkanları’ndan oluşmakta ve üst akademik organ olarak Yükseköğretim Kanunu ile fakülte kurullarına verilmiş olan görevleri Enstitü bakımından yerine getirmektedir. Enstitümüz bünyesinde Histoloji & Embriyoloji, Beden Eğitimi ve Spor, Tıbbi Biyokimya,Tıbbi Biyoloji ve Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalları mevcuttur.
Enstitünün organları, Enstitü Müdürü, Enstitü Kurulu ve Enstitü Yönetim Kuruludur.