Başkent Üniversitesi1980 yılından beri sağlık alanında çağdaş düzeyde hizmet veren Türkiye Organ Nakli ve Yanık Tedavi Vakfı'nın deneyim ve birikimleriyle birlikte mevcut tesislerinin üniversiter bir yapıya dönüştürülmesi kararı oluşmuştur.
1993 yılı ortalarında Haberal Eğitim Vakfı ile birlikte kurulması kararlaştırılan Başkent Üniversitesi' nin kuruluş işlemleri başlatılıp kısa sürede tamamlanmıştır.
Üniversite 13 Ocak 1994 tarihinde 3961 sayılı kanunla kurulmuştur.
Üniversite eğitim dili Türkçe'dir; ancak akademik ve mesleki ingilizce dersleri ile yoğun ingilizce eğitimine ağırlık verilmektedir.
Başkent Üniversitesi'nin amacı, bilgi çağının gerektirdiği evrensel " bilgiye ulaşım" ve " bilgi- kullanım" yeteneklerine sahip; sağlık, insan bilimleri, sanat, çevre, endüstri, ticaret ve teknoloji alanlarında bilgili ve deneyimli; araştırmacı, dinamik, ülke sorunlarına duyarlı; mesleklerinde ve iş dünyasında başarılı; rekabete açık; uluslararası çevrelerle yakından ilişkili; sanatsal, kültürel ve tarihsel değerlerimize sahip çıkan; çevre korumasına duyarlı insanlar yetiştirmektir.