Karaman seferinden dönüşte yeniçerilerin küstahça bir gösterisi, genç sultana bu asker üzerinde hakkıyla oteritesini kurma fırsatını verdi. Hatırlanacağı üzere, Halil Paşa’nın nüfuzu altında olan yeniçeriler, 1446’da çıkardıkları isyanla Sultan Mehmed’in tahttan inmesine başlıca sebep olmuşlardı. Bu defa padişahın yolu üzerinde müsellah olarak iki saf halinde durdular. Sultan aralarından geçerken ”Padişahımızın ilk seferidir ihsan gerek” diye bağrıştılar.
Ruhi’ye göre ‘‘Turahan Bey ile Hadım Şehabettin Paşa, padişaha bunların kaziyyelerin arz edüp mecmusın kırmak gerek deyü igva edicek padişahın gazabını dahi gazabı biraz sakin olub bunlara on kese akçe ihsan” etti.
Burada, genç sultanın yeniçerilere rakip çevrelere mensup bu iki kumandana başvurmuş olması anlamlıdır. Yeniçerilerin 1446’da öldürmeye teşebbüs ettikleri Şehabeddin Paşa’nın onlara karşı düşmanlığı şüphe götürmez. Turahan Bey ise kapıkulunun daimi rakibi olan uc kuvvetlerinin en nüfuzlu ve kıdemli başbuğu idi. Bir an önce Rumeli’ne geçmeye çalışan Sultan Mehmed, bu tehdit dolu küstahça hareket karşısında hiddetini yenmek zorunda kaldı.
Fakat birkaç gün sonra padişah bir konakta, Chalkokondyles’e göre Gelibolu’ya geçtikten sonra bir Divan topladı ve mesele tartışıldı (bu toplantıda şüphesiz Çandarlı Halil de hazırdı). Yunan tarihçiyi takip edersek, yeniçeriler arasında seferden kaçanları tespit için genel bir yoklama yaptırdıktan sonra padişah, Yeniçeri Ağası Kurtçu Doğan’ı sıkı bir dayak cezasına çarptırdı. Bununla da kalmayarak azletti ve Amasya’ya sürgün gönderdi. O, aynı zamanda bu harekete meydan veren yayabaşılarını da aynı şekilde yüzer sopa vurdurarak cezalandırdı ve vazifelerine son verdi. Bu şiddetli cezalandırmalar, yeni padişahın azim ve cesaretini ispat etmekteydi. Sultan, bununla yeniçerilere, babasının sağlığında kendisi bir çocuk olarak tahtta iken yapmış olduklarını tekrar etmelerine müsaade etmeyeceğini göstermiş oluyordu.
Sultan Mehmed, vaktiyle Halil Paşa ile işbirliği ederek yeniçerileri ayaklandırmış ve kendisinin tahttan inmesine sebep olmuş olan kudretli yeniçeri ağasını böyle cezalandırmış, karşıtlarından birine daha işten el çektirmiş oluyordu. Kurtçu Doğan’ın yerine yeniçeri ağalığına Mustafa Ağa getirildi.
Fatih Sultan Mehmed Han