Endemik Flora
Güney Ege adalarının endemik florasına ilişkin olarak, gerek adaların orijini gerekse adaların oluşum şekli ve yeri, biyoçeşitlilik açısından son derece zengin yerel floranın gelişimine altyapı oluşturmuşlardır; Kiklades için bu çeşitlilik 1.400 tür içerir ve bunların 83'ü endemiktir. Onikiada da dahil Doğu Ege için yaklaşık 2.200 çeşittir ve bunun 86'sı endemiktir. Rodos'ta, Attaviros dağının kireçtaşı kayalıklarında etkileyici Centaurea lactucifolia 'ya (mor top çiçekli bitki) ve ender sadece yılda bir kez çiçek açan Asyneuma giganteum'a rastlanır, ki bu nesli tükenen bir türdür zira yayılma alanı çok küçüktür (Rodos, Halki, Karpathos), nüfusu çok küçüktür ve otlanma bu türü çok sarp ve zor erişilir kayalara sınırlamaktadır. Ayrıca, Allium türü (sarımsak türleri) Ege bölgesinde yüksek sayıda endemik türden temsil edilir. Antik türlere Allium brulloi ve Allium luteolum da dahildir.
İlki sıkı endemik olup Astypalaia'da kaya aralarında görülür. Ancak ikincisi birçok adada Phrygana (çalılık) ve kayalık arazilerde daha yaygındır: Amorgos, Anafi, Andros, Koufonisia, Naksos ve Paros. Ege adalarında bazı yeni endemik türe, yani kısa süre önce farklılaşan ve oldukça küçük alanları kaplayan zira yayılmaya vakitleri henüz olmamış olan türlere rastlanır. Güney Ege bölgesinin yeni endemik türlerine Nigella arvensis aristata, Nigella carpatha (Kasos, Karpathos) ve Nigella doerfleri (Antikithira, Velopoula, Kiklades ve Girit) dahildir. Ege'nin farklı ebat, yükseklik ve kökene sahip adaları ve -adaların karmaşık jeolojik tarihinin sonucu olarak - özellikle kayalar ve büyük kireçtaşı kayalık sistemleri, örneğin Anafi'deki Kalamos ve Amorgos'taki Krikelas gibi, endemik bitki türlerinin farklılaşmasını ve oluşmasını sağlayan yetişme ortamı çeşidi sunarlar.
Saria Palatia'sı adlı kolay erişilir kanyon 20'den fazla endemik ve nadir bodur bitkinin karakteristik örneğini teşkil eder; örneğin, Hirtellina fruticosa çalılıkları (Astipalaia, Karpathos, Kasos, Girit, Simi), devasa Seseli gummiferum subsp. crithmifolium (yaban kerevizi türü, Güney Ege'de nadir) ve Dianthus fruticosus subsp. carpathus (Karpathos'un çalılık türü yaban karanfili) ara ara rastlanır. Ege'de 30 Yunan endemik taxa tarafından temsil edilen minik çanlar da yeni endemizmin karakteristik bir örneğidir. Bazıları tek bir adaya sınırlı kalır, örneğin Campanula carpatha Karpathos'ta kayalık olan her yerde vardır. Başkaları birçok adada bulunur, ancak her bir adada az sayıdadır, örneğin Campanula laciniata, Folegandros'ta mustamavla olarak bilinir. Başka endemik çanlar Campanula pinatzii (Karpathos, Kasos) ve Campanula rhodensis (Rodos)'tir.
Ayrıca selvi ormanlarında ve sadece orada, ender ve nesli tükenen Rodos şakayıkı, Paeonia clusii subsp. rhodia veya yerlilerin flaskanoura olarak bildiği tür yetişir.Rodos'un beyaz bahar siklameni (tavşan kulağı), Cyclamen rhodium subsp. rhodium Rodos ve Kos'ta orman ve çalılıklarda sıkça görülür.
Son olarak, Ege'nin kayalık adalarında yetişen endemik türler özel ilgi toplamaktadır. Genelde deniz suyunun serpiştirildiği sahile yakın bölgede bulunurlar. Silene holzmannii 34 adacıkta bulunmuştur. Halofitik çayırlarda bulunurlar ve adacıkların papatyası Anthemis scopulorum ile Mikro Kalapodi, Folegandros'da Dio Adelfia, Karpathos'ta Tristomo ve Megalo Fokionisi'de birlikte yaşarlar.