Moldova, I. Dünya Savaşı sırasında bağımsızlığını ilan etti. Önceki yüzyılların çeşitli dönemlerinde Moldova, Rusya, Osmanlı İmparatorluğu ve Romanya'nın bir parçası olmuş ve sembolleri, Moldova ve Romanya ile tarihi ve kültürel bağlardan türetilmiştir. Aralık 1917 bayrağı, yatay formatta mavi, sarı ve kırmızının geleneksel üç rengiydi. Ortada, soyu tükenmiş bir Avrupa öküzü olan yaban öküzünün başı vardı. Bu bayrak, Moldova'nın Nisan 1918'de Romanya'ya dahil olması nedeniyle kısa bir süre dalgalandı. Sovyetler Birliği, 1940'ta Moldova'yı satın aldı ve 1944'e kadar Alman ve Romanya işgalinden sonra, Moldova Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti yeniden kuruldu. 1952'de kabul edilen kendine özgü bayrağı, Sovyet Kızıl Bayrak'ın ortasına yeşil bir yatay şerit ekledi.Green'in bölgedeki bağcılık ve diğer tarımsal faaliyetler anlamına geldiği söyleniyordu.
1989'da komünist yönetime karşı ajitasyon Moldova'da güçlüydü ve mavi-sarı-kırmızı Romanya üç rengi popüler bir sembol haline geldi. Resmi olarak Mayıs 1990'da komünist bayrağın yerini aldı. Moldova'nın geleneksel tasarımlara dayanan yeni arması, o yılın 3 Kasım'ında eklendi: Bir kartalın göğsünde bir yaban öküzü başının hilal ile çevrili olduğu bir kalkan var, yıldız ve çiçek. Romanya'nın Walachia topraklarının geleneksel bir amblemi olan kartal, pençelerinde bir asa ve zeytin dalı ve gagasında bir haç tutar. Kalkanın kırmızı, mavi ve altın renkleri ulusal üç rengi yansıtır. Bayrak 1991'de Moldova'nın bağımsızlığını takiben resmi kaldı.