Ergenekon davası kapsamında devam eden 'İnternet Andıcı' ile 'AKP ve Gülen'i Bitirme Planı' soruşturmasının uzandığı son isim İlker Başbuğ oldu. Eski Genelkurmay Başkanı Orgeneral Başbuğ, hükümet aleyhinde kara propaganda yapmak amacıyla Karargâh'ta kurulan internet siteleriyle ilgili soruşturmada 'şüpheli' sıfatıyla ifade verdi. 'Darbeye teşebbüs ve terör örgütü kurmak ve yönetmek' suçlarından tutuklanması talebiyle İstanbul Nöbetçi 12. Ağır Ceza Mahkemesi'ne sevk edilen Başbuğ, mahkeme sorgusunun ardından Silivri Cezaevi'ne gönderildi. Başbuğ, sivil yargıya hesap vererek tutuklanan ilk Genelkurmay başkanı oldu.
İlker Başbuğ, mahkemede hakkındaki bütün iddiaları yalanladı. Andıç belgesinde parafının olmadığını söyledi. Başbuğ, adliyeden götürülürken gazetecilere yaptığı açıklamada ise "Türkiye Cumhuriyeti'nin 26. genelkurmay başkanı tutuklandı, takdiri yüce Türk milletine bırakıyorum." ifadelerini kullandı. Başbuğ'un avukatı İlkay Sezer, müvekkiline, 'İrticayla Mücadele Eylem Planı'nın da sorulduğunu aktardı. Savcının, 'kâğıt parçası' ve 'boru' açıklamalarını hatırlattığı Başbuğ'un, "Ben Türk Silahlı Kuvvetleri'nin başkanıydım. İyi niyetli açıklamalardır. Başka bir niyet yoktur. Komutan olarak TSK'ya moral vermek niyetiyle yapılmış açıklamadır." dediği öğrenildi.
Mahkeme, davanın 30 Aralık 2011 tarihli duruşmasında, sanıkların savunmalarıyla ilgili beyanlarda ve belgelerde adı geçen İlker Başbuğ hakkında gereğinin takdir ve ifası için özel yetkili İstanbul Cumhuriyet Başsavcı Vekilliği'ne yazı yazılmasına karar verdi. Başsavcılık, söz konusu yazıya istinaden 2 Ocak'ta İlker Başbuğ hakkında soruşturma başlattı. Tebligat yapılan Başbuğ, dün savcının istediği saatte 13.30'da avukatıyla birlikte İstanbul Adliyesi'ne geldi. Soruşturma Savcısı Cihan Kansız'ın yaptığı sorguya zaman zaman İstanbul Özel Yetkili Başsavcı Vekili Fikret Seçen de eşlik etti. Başbuğ'un sorgusu yaklaşık 7 saat sürdü. Savcının, 60 soru sorduğu öğrenildi. Başbuğ'un tüm soruları ayrıntılı bir şekilde cevapladığı belirtildi. Sorgusunun tamamlanmasının ardından Başbuğ, 'Türkiye Cumhuriyeti hükümetini ortadan kaldırmaya veya görevini yapmasını engellemeye teşebbüs etme' ve 'terör örgütü yönetmek' suçlarından tutuklanması talebiyle mahkemeye sevk edildi.
İlker Başbuğ'un mahkeme sorgusu yaklaşık 2 saat sürdü. Mahkeme sorgusunda hakkındaki bütün suçlamaları reddeden Başbuğ, "Bu andıç bana arz edilmedi. Arz edilmiş olsa muhakkak üzerinde imzam ya da parafem olurdu." şeklinde konuştu. İlker Başbuğ, İstanbul Nöbetçi 12. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki sorgusunun ardından 'darbeye teşebbüs ve terör örgütü kurmak ve yönetmek' suçlamasıyla tutuklandı. 01.10 sularında adliyeden götürülürken gazetecilere konuşan Başbuğ, "Türkiye Cumhuriyet'in 26. genelkurmay başkanı tutuklandı. takdiri yüce Türk milletine bırakıyorum." ifadelerini kullandı. Sanıklar Başbuğ'u suçlamıştı: Andıç ona sunuldu
Davanın 29 Aralık 2011'de görülen duruşmasında Bilgi Destek Dairesi Destek Şubesi'nde görev yaparken dava konusu 'İnternet Andıcı'nı hazırlayan tutuksuz sanıklardan Yüzbaşı Murat Uslukılıç'ın savunması alınmıştı. Andıç hazırlama emrini Dursun Çiçek'ten aldığını söyleyen Uslukılıç, "Andıcı taslak olarak hazırlayıp Dursun Albay'a gönderdim. Bildiğim kadarıyla andıç, Genelkurmay 2. Başkanı (Hasan Iğsız) tarafından Genelkurmay Başkanı'na (İlker Başbuğ) arz edildi. Genelkurmay Başkanı onayladıktan Dursun Albay andıcı bize getirdi.'' demişti. Kaos Planı'nın altında imzası bulunan Dursun Çiçek, mahkemedeki ifadesinde İnternet Andıcı'nın gerçek bir belge olduğunu itiraf etmişti. Savcılığa verdiği 13 sayfalık ifadede ise andıçtan sıralı komutanlarını sorumlu tutmuş, belgenin emir-komuta zinciri içinde hazırlandığını söylemişti. Çiçek, Korgeneral Mehmet Eröz, Korgeneral İsmail Hakkı Pekin ve Tümgeneral Hıfzı Çubuklu'yu kastederek, "Sıralı amirler benim kadar sorumludur." ifadesini kullanmıştı.
İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nde görülen davanın 46. duruşmasında sanıklardan Genelkurmay Adli Müşaviri Tümgeneral Hıfzı Çubuklu da 2009'da hazırlanan andıcın yasaya uygun olup olmadığına baktığını söylemişti. Çubuklu, "Bizdeki işlem sadece hazırlıktır. Parafladığım andıçta hukuka aykırı bir şey yok. Bu andıç, 5651 sayılı yasaya göre hazırlanmış gerçek bir evraktır. Benim parafımdan sonraki işlem, belgeyi hazırlayan başkanlığa aittir. Bu da komuta katının imzasından sonra olur.'' diyerek üstlerini işaret etmişti. Çubuklu, İlker Başbuğ'un Kaos Planı belgesi için 'kâğıt parçası' ifadesini kullanmasının talihsizlik olduğunu söylemişti.