Şeyhulislam Mustafa Efendi, Sultan İkinci Mustafa Han’ın hocası Şeyhulislam Feyzullah Efendi’nin ikinci oğludur. 1679 tarihinde İstanbul’da doğdu. 4 Mart 1745’de vefat etti. Vefâtına “Rıdvânullâhi aleyh” ibaresi tarih düşürüldü. Karaca Ahmed kabristanında medfundur.
Babasından ve devrinin âlimlerinden ilim tahsil etti. Selanik Kadılığı, Anadolu Kazaskerliği ve Mekke Kadılığı vazifelerinde bulundu. 13 Nisan 1736 tarihinde Şeyhulislâm oldu ve hayatının sonuna kadar (9 sene) bu vazifede kaldı.
Mustafa Efendi, İranlıların Ehl-i Sünnet akidesine muhalif olan Caferiyye’nin beşinci mezhep olarak kabulünü teklif etmeleri üzerine toplanan meşveret meclislerinde bulundu ve Şia’yı şiddetle reddetti. Bu hâdiseler Osmanlı siyasi ve dini çevresini hayli meşgul etmiştir.
Hayatı boyunca topladığı kitaplarını Birinci Mahmut Han’ın Ayasofya Camii içinde kurduğu kütüphaneye bağışlamıştır.
Pek çok hayır eserleri bırakmış olan Mustafa Efendi’nin en büyük eserlerinden biri de İstanbul Eyüp Sultan’da Nişanca semti Baba Haydar mahallesindeki tekkesidir. Mustafa Efendi, Mekke Kadılığı sırasında Nakşibendî şeyhi Ahmet Efendi’ye intisap etmişti. Bu tekkeyi de Nakşibendî şeyhlerinden Tokatlı Hacı Musa Efendi için yaptırmıştır.
Uzun müddet metruk halde kalıp harabeye dönen tekke, 2008 tarihinde Boğaziçi İlim ve Kültür Vakfı tarafından aslına uygun olarak restore edilmiş ve ilim talebelerinin hizmetine tahsis edilmiştir.