III. Selim tarafından köklü değişikliklerin yapıldığı dönemin hazırlandığı, bazen yüksek bazen düşük ama sürekli bir değişimin olduğu dönem olarak tanımlamak daha doğru olacaktır.
İşte bu değişim döneminde de muhalefet hiçbir zaman kaybolmamış ve her zaman isyan boyutunda olmasa da birçok kez kendini göstermiştir. III. Selim döneminde ise bu muhalefet üç kez belirgin ve çatışma düzeyinde ortaya çıkmıştır.
a) Selimiye Camii Vakası- İsyanı 1805
b) II. Edirne Vakası 1806
c) Nizam-ı Cedit ve Kabakçı Mustafa isyanı (Vaka-yı Selimiye) 1807
II. Edirne Vakası – İsyanı 1806
III. Selim döneminde başlatılan yenilikler aslında sadece İstanbul ile sınırlı kalmamış, tüm imparatorluk topraklarına yayılması planlanmıştı. Fakat merkez yönetiminin otoritesinin zayıflığı, sancaklarda ayanların gücü gibi nedenlerle bu hedefe ulaşılamamıştı. Başlarda sancaklarda bazı kışlalar kurulması ya da en azından yeni Bostani tüfekçiler sancaklara gönderilmesi istenmiş ancak tepkilerden çekinilerek ertelenmişti. Ancak 1806 da tekrar ve özellikle de İstanbul’dan sonra yeniçerilerin en güçlü olduğu ve Balkanlar’daki âyanları doğrudan kontrol altına alabilmek için önemli bir üs olan Edirne den başlayarak bu plan tekrar yürürlüğe koyuldu. Önce eşkıya takibini mazeret göstererek Kadı Abdurrahman Paşa idaresindeki Bostâni Tüfekçisi askerlerini Rumeli’ye gönderilmiş, Dağlı eşkıyası karşısında bazı başarılar kazanan yeni ocağın askerlerinden bir kısmı İstanbul’a geri çağrılmamış, Çorlu’ya ve Lüleburgaz’a yerleştirilmişti .
Bu duruma açık bir tepkinin gelmemesi üzerine de 1806 ilkbaharında Tekirdağ’da asker yazmak ve kışla kurmak için harekete geçildi. Tekirdağ’daki yeniçerilerin Edirne’deki yeniçerilerden de aldıkları destekle asker yazılmasına karşı çıkması ve bu konudaki fermanı uygulamaya çalışan nâibi öldürmeleri karşısında şaşıran III. Selim yönetimi ilk başta Selimiye Camii vakasında olduğu gibi geri adım attı, ancak ardından Kadı Abdurrahman Paşa idaresindeki yeni orduyu donanmanın da desteği ile Tekirdağ ve Edirne’deki âsilerin üzerine yolladı.
Yeni orduya Anadolu’da asker yazılması sürecince gereksiz yere şiddet uyguladığı için eleştirilere uğramış olan Kadı Abdurrahman Paşa’nın aynı tavrına Rumeli’de de devam etmesi, Tekirdağ’ı ablukaya alan Donanma-yı Hümâyun gemilerinin şehri bombardıman etmesi, olayları bir iç savaş şekline sokmuş, geçtiği yerlerde ahalinin pasif ve açıktan direnişi ile karşılaşan Abdurrahman Paşa giderek daha da sert yöntemlere başvurup girdiği yerleşim merkezlerinde ahalinin malına zorla el koyması gibi gelişmeler II. Edirne Vakası olarak adlandırılan bu olayı III. Selim için iyice içinden çıkılmaz hale getirmişti.
Ahaliden destek göremeyen Abdurrahman Paşa kuvvetlerinin iâşe sorunuyla karşılaşmasının yanı sıra İstanbul’da da yeniçerilerin bir isyana kalkışabilecekleri korkusu III. Selim’i en sonun da geri adım atmaya zorlamış, padişah Abdurrahman Paşa kuvvetlerini geri çekerek yeni düzenin Rumeli’de uygulanması politikasından vazgeçtiği sözünü vermişti.