Çapraz kontaminasyon riski, gıda tedarik zincirinde önemli bir endişe kaynağıdır. Potansiyel olarak ölümcül bakteri, virüs veya diğer toksik maddelerin kontamine gıda maddeleri veya yüzeylerden transferi, felaket niteliğinde sonuçlar doğurabilir, bu nedenle katı gıda güvenliği uygulamalarına sıkı sıkıya bağlı kalarak bu ihtimalin asgari düzeye indirilmesi elzemdir.
Söz konusu riskler, temel ürünün yaygın bir bakteri taşıyıcısı olmasına bağlı olarak yeterli önleyici önlemlerin gerektiği gibi alınmasını zorunlu kılan et işleme ortamlarında bilhassa yaygındır.
Zincirin her halkasında çoklu potansiyel tehlikelerin yaygınlığına rağmen, iyi üretim uygulamalarını içeren eksiksiz bir kalite sistemi mevcut olduğu sürece, çapraz kontaminasyon vakalarının çoğu tamamen önlenebilirdir.