Avrupa Birliği Yatırımları Dairesi Başkanlığı’nın görevleri şunlardır:
a) Avrupa Birliği ile mali ilişkiler çerçevesindeki operasyonel programları yürütmek ve fonların uygulanmasını koordine etmek.
b) İlgili mevzuat, Avrupa Birliği müktesebatı ve uluslararası anlaşmalar çerçevesinde operasyonel programları hazırlamak ve uygulamak.
c) Desteklenecek proje ve faaliyetlere ilişkin olarak; projelerin seçimini yapmak, önceliklendirmek, ihale ve sözleşmelerini yapmak ve yürütülmesini sağlamak, ödemelerini gerçekleştirmek ve muhasebeleştirmek, buna ilişkin kontrol, izleme ve değerlendirmeleri yapmak.
ç) İlgili kurum ve makamlara görevleri ile ilgili bilgi, belge ve raporların intikalini ve operasyonel programın özelliğine göre yapısal fonların kullanımı için gerekli hazırlıkları yapmak.
d) Bakan tarafından verilen benzeri görevleri yapmak.
Avrupa Birliği çevre müktesebatına uyum sağlanması, AB programları ve sağlanan destekler çerçevesinde Bakanlığın faaliyet alanına giren konulardaki dış kaynaklı projelerin program, bütçe ve uygulanmasına ait iş ve işlemlerin yürütülmesi, Bakanlık ile Avrupa Birliği Komisyonu başta olmak üzere diğer ulusal ve uluslararası kurum ve kuruluşlar arasında işbirliğinin düzenlenmesi, güçlendirilmesi ve eşgüdümün sağlanması hedeflenmektedir.