İlk 10 Şubat 1998'de zaman gazetesi Fethullah Gülen'in Papa II. John Paul'a yazdığı mektubunu yayınladı. Bu mektubu en iyi analiz eden Sayın Prof. Dr. Haydar Baş
Bey televizyon, gazete, dergi ve yazmış olduğu kitaplarla tüm Türk ve İslam dünyasını bu fitneye karşı uyarmıştı.
Din âlimi diye geçinen insanlar, cübbeli sarıklılar, Prof. Dr. Haydar Baş Bey'e Fetullah Gülen'i savunarak savaş açtılar. O dönemdeki iktidar Sayın Haydar Baş Bey'in kurucusu olduğu kurum ve iş yerlerine saldırıda bulunarak onu susturmaya, yıldırmaya çalıştılar. Ancak Sayın Prof. Dr. Haydar Baş gerçek iman sahibi Müslüman Türk evladı olduğu için asla vatanını, milletini ve dinini satmadı ve satanlara da baş eğmedi.
Cübbe ve sarıkla din adamı olmaz. Salya sümük ağlamakla Allah (c.c.) adamı olmaz. Dün dediğini bugün inkar eden, dün savunduğunu bugün karalayan, sözüm ona âlimler, hocalar, köşe yazarları, cübbe ve sarıklılar Prof. Dr. Haydar Baş Bey'in feraseti, ufku ve gönül dünyasının derinliklerinde kaybolurlar.
Sakal bırakmakla, cübbe giymekle, asa taşımakla yıllardır dini kılık, kıyafete indiren şarlatanların maskeleri bugün bir, bir düşmektedir. Yüz kızartıcı suçtan tutuklanan sözüm ona din adamı olan zevatı içeri attıran FETO idi. Onu içerden çıkaran da FETO oldu. Adam tutuklanmadan evvel FETO'yu kâfir ilan ediyordu. Hapisten çıktı rüyasında (FETO'dan) Hocaefendi hazretlerini gördüm diye bahsederek onu yere göre sığdıramıyordu. Kütahyalı ve cübbeli bir TV programında FETO'yu yere göğe sığdıramazken, FETO'nun gerçek yüzünü ortaya koyan Sayın Haydar Baş Bey'e saldırıyorlardı.
Darbe kalkışmasında adı geçen Fetullahçı Terör Örgütü (FETÖ) hususun da, Sayın Haydar Baş 20 yıldır 'siyaset'i ikaz etti. Bu illegal örgütün, vatanın birliğine ve bütünlüğüne karşı hareketleri ile ilgili klasörler dolusu bilgiyi dönem dönem 'siyaset'e sunmuştu. Ne hazin bir tecelli ki, son noktaya gelene kadar ikazlar dikkate alınmadı. Sayın Cumhurbaşkanımızı da FETO'ya karşı 2001 yılında Beylerbeyi Yakamoz Restaurant'da ilk uyaran Sayın Prof. Dr. Haydar Baş olmuştur.
Biz yıllardır her kesime FETO ve dinlerarası diyalogun gerçek yüzünü anlatırken insanlar bize "Olmaz öyle şey Hocaefendi hizmet ediyor onun yaptıklarının vardır bir hikmeti" diyorlardı. Bize inanmayanlar hikmeti gördüler. Hikmet'i ne imiş; Milleti askerle, askeri askerle, askeri polisle savaştırarak, Türkiye Cumhuriyeti Devleti'ni yok etmek imiş.
Hala bundan sonra hikmet arayanlar varsa ben hikmeti nerede arayacaklarını onlara buradan bildireyim:
Asla araştırma yapmayan tam bir teslimiyetle her bir işte hikmet arayan adamın biri evine gelmiş, bakmış kapıda bir erkek ayakkabısı var! Demiş, ya bu ayakkabı benim değil, neyse vardır bir hikmeti. Eve girmiş paltosunu çıkarmış askıya asarken orda bir erkek paltosu görmüş! Demiş bu benim değil, neyse vardır bir hikmeti. Bakmış yatak odasının ışığı yanıyor. Odadan erkek, kadın sesleri geliyor! Allah, Allah vardır bir hikmeti diyerek kapıyı açmış. Bakmış ki hanımı ile hikmeti aynı odada!!!