1969 yılında Apollo 11 uçuşundaki komut ve ay modüllerini milyon kilometre uzaktaki aya götürüp getiren, 145,000 satır assembly kodunu hem tasarlamış, hem yazmış, hem yazan ekibi yönetmiş. tek deneme şansı olan bu kod da işini düzgün yapmış. tamamen otomasyon olmasa da (astronot kontrollü) en ufak bir hatanın sapıttırabileceği bu kadar hassas bir işi assembly gibi ilkel bir dilde 1960'ların koşullarında sorunsuz kotarmak gerçekten yazılım tarihindeki en büyük başarılardan olabilir.
Halen uzay aracı yazılımları assembly'de yazılıyor ama günümüzde sonsuz emülasyon, verifikasyon, test altyapısı, teknolojisi var. Sonsuz tecrübesi olan yazılımcılar var. Margaret Hamilton'ınki günümüzdeki başarılarla kıyaslanamayacak kadar üstün bir performans.
Kodun yazıldığı dönem bugünlerde bile kulağa modern konseptler gibi gelen "asenkron işletim", "öncelikli işlem kuyrukları", "hata toleranslı sistemler", "yazılım test otomasyonu" konularında tarihin ilk modellerini geliştirmiş.
Kendisi aynı zamanda "yazılım mühendisliği" (software engineering) tabirinin de mucidiymiş. Bence buna isim koyacak biri varsa da oymuş zaten.
Apollo 11 için yazdığı kod ile resmi