Muhakeme genel olarak tanımlanacak olursa, bir hukuki uyuşmazlığın yargısal çözümünde, bu çözüme katılan organlar ve süjeler tarafından yapılan işlemlerin bütünüdür. Muhakeme hukuku ise, muhakemeyi oluşturan işlemleri düzenleyen hukuk normlarının bütününü ifade eder. Her muhakeme hukuku, bir maddi hukuk dalının gerçekleşmesini sağlar ve genel bir kavram olmakla birlikte kamu hukukuna aittir. Medeni muhakeme hukuku, özel hukuk ilişkilerindeki uyuşmazlıkların nasıl çözümleneceğini düzenler ve taraf iradesinin geçerli olduğu bir daldır, talebe bağlıdır. Ceza muhakemesi hukuku ise cezai uyuşmazlıkları konu edinir ve belli istisnalar hariç olmak üzere taraf iradesinin geçerli olmadığı bir daldır. Bu nedenle açılan her ceza davası (şahsi dava yeni yasaya alınmadığından) kamu davası adını alır. Muhakeme, bir anlamda yargı yetkisinin paylaşımını ifade eder. Ceza muhakemesi suçlu, şüpheli ve masum ayrımı yapmaksızın herkese uygulanabilen birtakım katı normlar içerir. Bir ceza muhakemesi normunun masum kişilere uygulanma olasılığı oldukça yüksektir ve bu nedenle ceza muhakemesi kanununa “masumların kanunu”, ceza kanununa ise %1 “suçluların kanunu” denir. Zira ceza muhakemesi sonucunda ancak ve ancak kişinin suçlu olduğu tespit edildiği nispette ceza kanunu uygulama alanı bulur.
Mahkeme makamı, tam yargılama yapan ve hüküm niteliğindeki kararla cezai uyuşmazlığı nihai olarak çözen makamdır. Mahkeme makamının oluşabilmesi için makamı işgal eden yargıç sayısının bir önemi bulunmaz. Örneğin: Asliye Ceza Mahkemesi tek hakimli, Ağır Ceza Mahkemesi üç hakimlidir. Bir mahkeme, mahkeme makamı olarak da yargıçlık makamı olarak da karar verebilir. Örneğin: Asliye Ceza Mahkemesi, mahkeme kararı olarak beraat kararı, yargıçlık makamı olarak tutuklama kararı verebilir. Kural, mahkeme makamının kovuşturma safhasını yürütmesidir. Mahkeme makamı, nihai kararlar da ara kararlar da verebilir. Mahkeme makamının kararları aleyhine kural olarak sadece temyiz yoluna başvurulabilir. Ancak mahkeme makamının verdiği ara kararlara karşı, yasanın açıkça gördüğü hâllerde (görevsizlik kararı gibi) itiraz edilebilir. Halbuki itiraz, kural olarak yargıçlık kararları aleyhine başvurulabilen bir kurumdur. Sadece CMK md. 223’te sayılan nihai kararlar (hükümler) aleyhine temyize başvurulabilir. Eğer mahkeme makamı bir ara karar vermişse ve bu ara kararlara karşı kanun açıkça itiraz yolunu öngörmemişse ve bu ara karar son hükme etki eden bir kararsa, hükmü temyiz ederken hükme etki ettiği gerekçesiyle ara karar için de temyiz yoluna gidilebilir. Teşkilat Kanunu’nda düzenlendiği üzere, ceza mahkemelerinin yargı çevreleri, görev ve yetkileri belirlenmiştir. İdari yapılanmaya adli kolluk, başsavcılık, yazı işleri müdürlüğü gibi
makamlar girer. Yargısal yapılanmada ise ceza mahkemeleri özel ve genel olarak ikiye ayrılır. Özel ceza mahkemeleri, ihtisas mahkemeleridir. Örneğin: Çocuk Ceza Mahkemesi. Teşkilat Kanununa göre genel ceza mahkemeleri ikiye ayrılır: Asliye Mahkemeleri ve Ağır Ceza Mahkemeleri. Asliye ceza mahkemesi, asıl ceza mahkemesidir. Eski yasadaki sulh ceza mahkemesi, artık yargıçlık makamı olarak kabul edilmektedir. Bu mahkemeler, uyuşmazlığı maddi ve hukuki açıdan ilk derece mahkemesi olarak çözer. İkinci derece mahkemesi olarak BAM’lar düzenlenmiştir ve üçüncü derece mahkemesi olarak Yargıtay öngörülmüştür ancak yapılan bu yasal düzenleme fiilen hayata geçirilmemiştir. Bu nedenle henüz istinaf mercii olarak kurulan BAM’lar bulunmamakta, ceza yargılaması iki aşamadan oluşmaktadır: ilk derece mahkemeleri olan asliye ve ağır ceza mahkemeleri ile temyiz mercii olan Yargıtay. İlk derece mahkemeleri, Adalet Bakanlığı tarafından HSYK’nın olumlu görüşüyle bölgelerin coğrafi durumları ve iş yoğunluğu göz önünde bulundurularak her il veya ilçeye kurulurlar. Asliye ceza mahkemeleri tek hakimlidir. Ağır ceza mahkemesi üç asıl ve bir yedek üyeden oluşur. Üyelerden birisi heyet başkanlığı görevini yürütür. Üç üyeden birinin herhangi bir sebeple (ölüm, görevden alınma gibi) heyetten ayrılması hâlinde yeni gelen yargıçla hüküm verilemez. Nihai karar verilebilmesi için yeni gelen yargıçla kovuşturma safhasının baştan itibaren yenilenmesi gerekir. Böylece uyuşmazlık hakkında hiçbir bilgisi bulunmayan hakimin derununda hiçbir kanaat uyanmadan hüküm verilmesi engellenmek istenir. İlçe veya illerde kurulan mahkemeler nüfus yoğunluğu veya suç oranı göz önünde bulundurularak birden fazla olabilir, yargı çevreleri bakımından birbirlerine bağlanabilir. Birden fazla mahkeme kurulduğu takdirde bu mahkemeler dairelere ayrılır. Temyiz mercii olan Yargıtay esasen temyiz merciidir ancak bazı kişilerin yargılanmasında ilk derece mahkemesi olarak da görev yapar. Birinci başkanlık, ceza daireleri, Yargıtay cumhuriyet savcılığı ve idari dairelerden oluşur.
Madde yönünden yetki, yargılanacak cezai uyuşmazlığın konusunu oluşturan suçun mahiyetine, suç için öngörülen cezanın ağırlığına göre yargılamanın ilk derece mahkemeleri arasında paylaşılmasıdır. Madde yönünden yetki, yasa tarafından görev olarak ifade edilmektedir ve bundan yargılama yetkisinin görev olarak hangi mahkemeye verildiği tespit edilir. Madde yönünden yetki, ilk derece mahkemeleri arasında, bu mahkemelerin hangi suçlara bakacağının belli kriterlerle belirlenmesidir. Buna göre bir suça ilişkin yargılamanın asliye cezanın mı ağır cezanın mı görevli olduğuna karar verilir. Madde yönünden yetki, yer yönünden yetkiden farklıdır. Eski düzenlemede yer alan sulh ceza mahkemesi, hakimlik makamına dönüştürülmüştür. Bu nedenle adli mahkemelerinin ceza işlerine bakan mahkemeler asliye ve ağır ceza mahkemeleridir.
Ağır ceza mahkemesinini görevine girmeyen durumlardas Asliye Ceza Mahkemesi Görevlidir. Asliye ceza mahkemesi asıl yetkili mahkemedir. Bu nedenle görevine giren suçlar tahdidi olarak sayılmamıştır. Ağır ceza mahkemesinin görevine girmeyen her cezai uyuşmazlıkta görevli mahkeme asliye ceza mahkemesidir. Mahkemelerin görevleri sadece ve sadece kanunla belirleneceğinden, yasada öngörülmeyen bir görev hiçbir mahkemeye verilemez. Ağır ceza ve asliye ceza mahkemelerinin görevlerini düzenleyen teşkilat kanunun ilgili maddeleri, kanunla ayrıca görevli kılındığı hâllerde de asliye ve ağır ceza mahkemelerinin görevli kılınabileceğini düzenlemektedir. Görev, kamu düzeninden gelir ve temel hak ve özgürlükler ile tabii yargıçlık ilkesi açısından büyük önem arz eder. Kişi, hangi mahkemede yargılanacağını önceden bilmelidir.
Ceza davalarında asliye ceza avukatı veya ağır ceza avukatı şeklinde herhangi bir ayrım bulunmamaktadır. Uzmanlık alanı ceza hukuku olan bir avukat hem asliye ceza davaları hem de ağır ceza davaları ile ilgilenebilmektedir. Ceza muhakemesi uzmanlık gerektiren bir alan olduğundan ve kişinin özgürlüğünü ilgilnedirdiğinden ceza avukatının asliye ceza avukatı veya ağır ceza avukatı şeklinde ayrılması mümkün değildir.