Mikotoksinler gıdalarda ve yemlerde sıklıkla rastlanan, insanlarda, hayvanlarda ve bitkilerde yan etkilere, ekonomik kayıplara neden olan küflerin (özellikle Aspergillus, Penicillium ve Fusarium) bırakmış olduğu metobolitlerdir. İnsan ve hayvan sağlığı üzerinde güçlü ve çeşitli toksik etkiler oluşturmaktadırlar. Bazı mikotoksinler kanserojendir ve bazı küfler ise organlarda geri dönüşümü olmayan hasarlara sebep olmaktadır. Düşük seviyede bulunmaları bile karaciğerde depo edildikleri için tehlikelidir. Mikotoksin laboratuvarlarında yapılan analizlere örnek olarak gıda ve yemlerdeki Aflatoksin, Aflatoksin M1, Deoksinivalenol, Okratoksin A, Zearalenon, Fumonisin analizleri, tüm tohumlular ve bunlardan yapılmış tüm ürünlerde Aflatoksin ve Toplam Aflatoksin Tayini; Tahıllar, Tahıl İçeren Gıdalar ve Yemlerde Deoksinivalenol analizleri verilebilir.