FETÖ'nün ülkede kurduğu paralel yapının mağdurlarından birisi olan Yalova Üniversitesi öğretim görevlisi Prof. Dr. Mesut Başak 1980'li yıllarda bu yapı tarafından TSK'dan uzaklaştırıldı. Paralel yapı Yalova Üniversitesi'nde öğretim görevlisi olarak görev yaptığı yıllarda da Prof. Dr. Başak'ın peşini bırakmadı. Prof. Dr. Mesut Başak 15 Temmuz'da yaşanan darbe girişimi sonrasında FETÖ ile her alanda yapılan mücadeleye destek vererek Yalova Üniversitesi içerisindeki yapılanmayı yok etmek için Yalova Üniversitesi Rektörlüğü'ne aday oldu. Yalova Uygulama Oteli'nde bir basın toplantısı düzenleyen Prof. Dr. Başak adaylık sebebini şu sözlerle açıkladı; "15 Temmuz kalkışmasından önce böyle düşüncem yoktu. 15 Temmuz'da yaşanan darbe kalkışmasından sonra FETÖ'nün tüm ülkede paralel bir yapı oluşturması ile birlikte bu yapının üniversitelerde de ne kadar etkin olduğunu gördük. Dolayısıyla bu oran Yalova Üniversitesi'nde de %70'lere varmış durumdaydı. Son zamanlardaki tutuklanma ve açıklanma olayları da bunun en somut göstergeleridir. Ben eski bir Türk Silahlı Kuvvetleri mensubuyum. 1980'den beri TSK'da bu yapılanmayı yakından müşahede etmiştim. Bazı kumpaslarla benimde TSK'dan ayrılmama sebep oldular. Ayrıca Yalova Üniversitesi'ndeki görevim esnasında da, Üniversite Yönetim Kurulu'nda iken 4 yıllık seçim sürecimizin 2 yılda bitirilerek yine bir takım kumpaslarla yönetim kurulundan çıkartılmama neden olundu. Dolayısıyla FETÖ'nün bu yapılanmasına karşı kendimde bir sorumluluk hissettim. Tüm bu yapının Yalova Üniversitesi ve diğer üniversitelerden de yok edilmesi gerektiğini düşünüyorum. Bu nedenle aday oldum.
Öte yandan üniversitemizin kuruluşundan itibaren FETÖ ile olan ilişkileri gördük. Bu yapı üniversitede yapılacak bir çok iyi ve güzel işin önüne geçti. Dolayısıyla bir takım hatalar yapıldı. En basitinden Yalova Üniversitesi'nin kuruluş yeri ile ilgili yanlışlar yapıldı. 940 dönüm bir üniversite için çok küçük bir alan. Kütahya'da sadece bir yerleşkenin büyüklüğü 7 bin 500 dönüm kadar. Burada da üniversite arazisi çevresinde bir takım arazilerin kapatılması ile ilgili düşünceleri olduğu söyleniyor. Bunda FETÖ'nün parmağının olduğu da biliniyor. Bu üniversiteyi daha büyük hedeflerim de vardı. Bu nedenle aday oldum"