Önceleri Bakırköy ilçesine bağlı iken 1992 yılında ilçe olmuştur. Osmanlı döneminde çoğunlukla Rumların yaşadığı Mahmutbey Nahiyesi köylerinden biri olmuştur. İstanbul Belediyesi İstatistik Müdürlüğü tarafından hazırlanan İstanbul Şehri İstatistik Yıllığı 1930-31 adlı eserde Mahmutbey’e bağlı olan 6 köyden biri olan Bağcılar’ın o dönemdeki adı Çıfıtburgaz’dır. 1924 yılında yapılan mübadele anlaşması gereğince Mahmutbey ve Bağcılar’daki birçok yere Yunanistan’ın Selânik kentinden gelen Türkler yerleştirilmiştir. Ardından 1929 yılında Bulgaristan’ın Varna kentinden gelen Türkler Çıfıtburgaz Çiftliği denen mevkiden yaklaşık 17,000 dönümlük arazi almışlar ve buraya yerleşmişlerdir. 1925’te adı “Yeşilbağ” olarak değişmiş ve bu ad yaklaşık 1970’lerin sonunda şehirleşme sonucu bağcılık yok oluncaya kadar kullanılmıştır.
1975 yılına kadar geçimini bağ ve bostan işleriyle sağlayan halk, Anadolu’dan İstanbul’a başlayan göç dalgası nedeni ile aşırı ve plânsız büyümüş, 90’lı yıllara dek hiçbir alt yapısı olmayan büyük bir çarpık kente dönüşmüştür. 1992 yılından itibaren ilçe statüsüne yükselmesi ile Bağcılar’da modern şehirciliğe geçiş çalışmaları yapılmış ve bugün büyük ölçüde altyapı problemleri çözülmüştür.