Aalborg Byråds forligspartier har ikke kunnet opnås flertal for at give Museet tilsagn om et tilskud der kan sikre Museets fortsatte eksistens. Derfor er museet truet af lukning. Bestyrelsen arbejder stadig på en redning, så derfor er der åbent så længe der er penge. - Bestyrelsen har besluttet at fortsætte driften i 2007 så længe Museets egenkapital måtte række. Bestyrelsen må fortsat være af den opfattelse, at en lukning af Museet vil være et meget uheldigt signal for en by, der satser på øget turisme og oplevelsesøkonomi, skriver museets direktør John Hansen i en pressemeddelse. Museet har 25.000 gæster årligt, og museet er i dag det eneste sted, hvor man søge viden om Aalborgs fortid som en af landets største søfartsbyer og om Aalborg Værft, der på et tidspunkt var byens største industrivirksomhed. Hertil kommer, at Museet i sin 15-årige levetid faktisk har udviklet sig til at være et af Europas bedste maritime Museer På denne baggrund er der i Museets bestyrelse enighed om, at man må forsøge at skaffe de 690.000 kr., der er nødvendige for at kunne drive Museet videre i 2008. Herefter håber man, at kommunens økonomiske situation vil være en sådan, at byrådet vil kunne bevilge de nødvendige midler til Museets drift fremover. Museet har i øvrigt indledt et samarbejde med forskere på Aalborg Universitets Center for Interaktive Digitale Medier (InDiMedia). For at styrke Museets bestyrelse i bestræbelserne for at skaffe de fornødne økonomiske midler er lektor ved det nævnte center, Peter Kofoed, indtrådt i bestyrelsen. Endvidere er næstformanden i skole og kulturudvalget, Mads Sølver Pedersen indtrådt i bestyrelsen som repræsentant for Aalborg Kommune.
Bestyrelsen for Aalborg Søfarts- og Marinemuseum har besluttet at fortsætte driften af museet så længe pengene rækker.