BPF और भाजपा के बीच रिश्तों में खटास तब आई जब श्री मोहिलरी ने नॉर्थ ईस्ट डेमोक्रेटिक अलायंस (NEDA) की बैठक में सर्बानंद सोनोवाल को 2021 के चुनावों के बाद असम का मुख्यमंत्री बनने का समर्थन किया। NEDA भाजपा द्वारा संचालित क्षेत्रीय दलों का कांग्रेस विरोधी मोर्चा है।