2004 के बाद अटल जी ने सक्रिय राजनीति से सन्यास ले लिया। अब यह आडवाणी जी थे, जो इस अवधि के दौरान भाजपा का नेतृत्व कर रहे थे। 2005 की अपनी पाकिस्तान यात्रा के दौरान, आडवाणी जी ने मुहम्मद अली जिन्ना की प्रशंसा की और उन्हें एक महान व्यक्ति कहा। यह टिप्पणी पार्टी नेतृत्व को स्वीकार्य नहीं थी जिसने उनके इस्तीफे की मांग की। उन्होंने सोचा था कि एक हिंदू राष्ट्रवादी छवि से वह लगभग 140 सीटें जीतेंगे, लेकिन अगर किसी तरह वे एक धर्मनिरपेक्ष छवि दिखा सकते हैं तो भाजपा अगले चुनावों में 50 अतिरिक्त सीटें जीत सकती है और वे प्रिय बन सकती हैं।