تحوي المكتبة الوطنية الإسرائيلية مجموعة نادرة من المراجع والمخطوطات والمصاحف الإسلامية، مما أثار جدلا واسعا بشأن كيفية حيازتها لهذه الكمية الهائلة من كتب التراث الإسلامي.
ففي المكتبة مصحف يعود تاريخ كتابته إلى ما قبل 1200 عام، مكتوب بالخط الكوفي، ومزخرف بنقوش إسلامية مرصعة بالذهب الخالص، كما يوجد أيضا المصحف الشخصي للسلطان سليم الأول المطبوع في بلاد فارس قبل 600 عام، وعليه ختم السلطان نفسه.
وبالمكتبة أيضا كتاب نادر يجمع ثلاث رسائل للعلامة "ابن تيمية" بخط أحد تلامذته، بالإضافة إلى كتب قيمة بالتركية والفارسية.
وتوجد هذه النوادر ضمن ما يقارب ألفا و184 مصحفا وكتابا ومخطوطة، جمعها باحث يهودي في تاريخ الإسلام يدعى أبراهام شالوبريهما بعد انهيار الإمبراطورية العثمانية.
وتؤكد مسؤولة بالمكتبة تدعى راخيل بوكيليس أن هذه المصاحف تعود للقرن التاسع الميلادي، واصفة إياها بالكنوز التي وصلت القاهرة بعد انهيار الدولة الإسلامية، مشيرة إلى أن أبراهام اشترى قدرا منها.