يذكر أن محيي الدين كان أحد أبرز الضباط الأحرار على الساحة السياسية في مصر منذ قيام ثورة يوليو، وشغل منصب رئيس الوزراء كما عين نائبا للرئيس المصري جمال عبدالناصر.
وعندما تنحى عبد الناصر عن الحكم عقب هزيمة يونيو 1967 ليلة التاسع من الشهر نفسه، أسند الحكم إلى زكريا محيي الدين، لكن الجماهير خرجت في مظاهرات حاشدة تطالب ببقاء عبد الناصر في الحكم.
قدم محيي الدين استقالته، وأعلن اعتزاله الحياة السياسية عام 1968.
عرف زكريا محيي الدين في مصر باعتباره صاحب قبضة قوية وصارمة نظرا للمهام التي أوكلت إليه إذ عمل وزيرا للداخلية ومديراً لجهاز المخابرات العامة، وكان يتم الترويج له على أنه يميل للسياسة الليبرالية.
ولد زكريا محيي الدين في 5 يوليو عام 1918 في كفر شكر بمحافظة القليوبية، وتلقي تعليمه الأولي في أحد كتاتيب قريته، ثم انتقل بعدها لمدرسة العباسية الإبتدائية، ليكمل تعليمه في مدرسة فؤاد الأول الثانوية.
تخرج محيي الدين بكلية أركان الحرب عام 1948، وسافر مباشرة إلى فلسطين، فأبلي بلاءً حسناً في معارك المجدل وعراق وسويدان والفالوجا ودير سنيد وبيت جبريل.
وقد تطوع أثناء حرب فلسطين ومعه صلاح سالم بتنفيذ مهمة الاتصال بالقوة المحاصرة في الفالوجا، التي كان جمال عبد الناصر ضمنها، وتوصيل إمدادات الطعام والدواء إليها.
بعد انتهاء الحرب عاد للقاهرة ليعمل مدرساً في الكلية الحربية ومدرسة المشاة.
انضم زكريا محيي الدين إلى تنظيم الضباط الأحرار قبل قيام ثورة 1952 بحوالي ثلاثة أشهر، وكان ضمن خلية عبد الناصر.
شارك في وضع خطة التحرك للقوات وكان المسؤول عن عملية تحرك الوحدات العسكرية، وقاد عملية محاصرة القصور الملكية في الإسكندرية.
تولي محيي الدين منصب مدير المخابرات الحربية بين عامي 1952 و1953، ثم عين وزيراً للداخلية عام 1953.
أُسند إليه إنشاء جهاز المخابرات العامة المصرية من قبل الرئيس الراحل جمال عبد الناصر في 1954.
عين بعد ذلك وزيراً لداخلية الوحدة مع سوريا 1958، وتم تعيينه رئيسا للجنة العليا للسد العالي في 26 مارس 1960.
قام الرئيس جمال عبد الناصر بتعيين زكريا محيي الدين نائباً لرئيس الجمهورية للمؤسسات ووزيراً للداخلية للمرة الثانية عام 1961.
وفي عام 1965 أصدر جمال عبد الناصر قراراً بتعيينه رئيسا للوزراء، ونائبا لرئيس الجمهورية.
شهد زكريا محيي الدين، مؤتمر باندونغ في إندونيسيا، الذي كان النواة الأولي لحركة عدم الانحياز، وكذلك جميع مؤتمرات القمة العربية والإفريقية في ذلك الوقت.