على الرغم من أن مشرف تخلى عن منصب رئيس القادة المشتركين في عام 2001 إلا أنه ظل رئيس الجيش حتى تقاعده من الجيش في عام 2007 6 أصبح رئيس باكستان في 20 يونيو 2001 فقط للفوز في إستفتاء مثير للجدل في 1 مايو 2002 الذي منحته خمس سنوات من الرئاسة 7 في أكتوبر من العام نفسه أشرف على الإنتخابات العامة في عام 2002 والتي شهدت انتصار الجيش بدعم الجماعة الإسلامية الباكستانية