In case of most organelles (Golgi apparatur, ER, peroxisomes, etc.) the main difference is in proteins so if organisms are relativelly close (in evoilutionary terms) there should be no problem in "transplanting" say ER of a rat into a dog cells but there MIGHT be a problem if you wanted to transplant ER from a fruit fly to dog's cell. 

Anyway since the organelles would be transplanted, all new proteins and lipids would be synthesised as specified in recipient cell's genome so soon enough all proteins and lipids from donor would be degraded and after few cell divisions you would hardly be able to tell a difference between "normal" cells and cells originating from recipient.

As for mitochondria, it has it's own genome and it has it's own genes INSIDE NUCLEAR GENOME. So if there is a specific protein coded inside nuclear genome, you MIGHT have problems with transplanting mitochondria. But again, it all depends on evolutionary distance between organisms. 

As for the last question... Short answear is yes, provided organisms are evolutionary close to each other (e.g. dog and mice). Once you transplant nucleus, all proteins should be synthesised from new DNA and soon enough you won't be able to see the difference between "normal" and "transplanted" embryos.

Also in case of nuclear transplant... Recipient cell should have a diffence mechanism against foreign DNA so you would have to knock that out before transplant. And then there would be no need to destro the original nucleus because soon after transplantation, cell would start synthsising defence mechanism from new nucleus which hopefully would destroy old dna.
බොහෝ ඉන්ද්‍රියයන් (Golgi apparatur, ER, peroxisomes, ආදිය) ප්‍රධාන වෙනස වන්නේ ප්‍රෝටීන වල බැවින් ජීවීන් සාපේක්ෂ වශයෙන් සමීප නම් (පරිණාමයට අනුව) මීයකු බල්ලෙකුට බද්ධ කිරීමේ ගැටලුවක් ඇති නොවිය යුතු බව ER පවසයි. සෛල නමුත් ඔබට ER පළතුරු මැස්සෙකුගේ සිට බල්ලාගේ සෛලයට බද්ධ කිරීමට අවශ්‍ය නම් ගැටලුවක් විය හැක. කෙසේ වෙතත්, ඉන්ද්‍රියයන් බද්ධ කරනු ලබන බැවින්, ග්‍රාහකයාගේ සෛලයේ ජෙනෝමය තුළ නිශ්චිතව දක්වා ඇති පරිදි සියලුම නව ප්‍රෝටීන සහ ලිපිඩ සංස්ලේෂණය වන බැවින් ඉක්මනින් දායකයාගේ සියලුම ප්‍රෝටීන සහ ලිපිඩ හායනය වන අතර සෛල බෙදීම් කිහිපයකින් පසුව ඔබට වෙනස හඳුනා ගැනීමට අපහසු වනු ඇත. සාමාන්‍ය&quot; සෛල සහ සෛල ලබන්නාගෙන් ආරම්භ වේ. මයිටොකොන්ඩ්‍රියාව සම්බන්ධයෙන් ගත් කල, එයට තමන්ගේම ජානයක් ඇති අතර එයට න්‍යෂ්ටික ජෙනෝමය ඇතුළත එයට ආවේණික ජාන ඇත. එබැවින් න්‍යෂ්ටික ජෙනෝමය තුළ නිශ්චිත ප්‍රෝටීනයක් කේතනය කර ඇත්නම්, ඔබට මයිටොකොන්ඩ්‍රියා බද්ධ කිරීමේදී ගැටලු ඇති විය හැක. නමුත් නැවතත්, ඒ සියල්ල ජීවීන් අතර පරිණාමීය දුර මත රඳා පවතී. අවසාන ප්‍රශ්නය සඳහා... කෙටි පිළිතුර ඔව්, ජීවින් එකිනෙකට සමීපව පරිණාමීය නම් (උදා: බල්ලා සහ මීයන්). ඔබ න්‍යෂ්ටිය බද්ධ කළ පසු, සියලුම ප්‍රෝටීන නව DNA වලින් සංස්ලේෂණය කළ යුතු අතර ඉක්මනින්ම ඔබට &quot;සාමාන්‍ය&quot; සහ &quot;බද්ධ&quot; කළල අතර වෙනස දැකීමට නොහැකි වනු ඇත. එසේම න්‍යෂ්ටික බද්ධ කිරීමේදී... ලබන්නාගේ සෛලයට විදේශීය DNA වලට එරෙහිව විභේදක යාන්ත්‍රණයක් තිබිය යුතුය, එබැවින් ඔබ බද්ධ කිරීමට පෙර එය ඉවත් කළ යුතුය. එවිට මුල් න්‍යෂ්ටිය විනාශ කිරීමට අවශ්‍ය නොවනු ඇත, මන්ද බද්ධ කිරීමෙන් පසු ඉක්මනින් සෛල නව න්‍යෂ්ටියකින් ආරක්ෂක යාන්ත්‍රණය සංස්ලේෂණය කිරීමට පටන් ගන්නා අතර එමඟින් පැරණි ඩීඑන්ඒ විනාශ වනු ඇතැයි අපේක්ෂා කෙරේ.