Oh dear.  I'll be frank with you: the reason why you haven't received an answer to this question is because the answer would be enormous.   You could spend the rest of your life studying how these questions apply to but a single group of people - like the Maya - and never arrive at a definitive conclusion.

I'm a bit occupied at the moment but I want to point you in the direction of [a series of posts I made a while back.](_URL_0_)  A redditor asked why people in the United States do not say that native peoples were conquered, another user replied incorrectly, and I offered a brief overview of how Europe responded to the conquest.  I think the linked reply will give you a taste of how complex the "motivation" question is.  

But the real issue I want to discuss is the "why couldn't indigenous peoples defend themselves".  Again, I want to point you to [a post](_URL_1_) I made on that thread which contextualizes the topic you are talking about.  After you have read that material, why don't we see what questions you have and we can go from there?
අහෝ හිතවත. මම ඔබ සමඟ අවංක වන්නෙමි: ඔබට මෙම ප්‍රශ්නයට පිළිතුරක් නොලැබීමට හේතුව පිළිතුර අතිවිශාල වනු ඇති බැවිනි. ඔබට මෙම ප්‍රශ්න අදාළ වන්නේ කෙසේදැයි අධ්‍යයනය කරමින් ඔබේ ජීවිතයේ ඉතිරි කාලය ගත කළ හැකි නමුත් - මායා වැනි තනි පුද්ගලයන් පිරිසකට - කිසිදා නිශ්චිත නිගමනයකට නොඑනු ඇත. මම මේ මොහොතේ ටිකක් කාර්ය බහුලයි, නමුත් මට ඔබව යොමු කිරීමට අවශ්‍යයි [මම කලකට පෙර කළ පළ කිරීම් මාලාවක්.](_URL_0_) එක්සත් ජනපදයේ මිනිසුන් ස්වදේශිකයන් යැයි නොකියන්නේ මන්දැයි රෙඩ්ඩිටර් කෙනෙක් ඇසුවා. ජයග්‍රහණය කරන ලදී, වෙනත් පරිශීලකයෙකු වැරදි ලෙස පිළිතුරු දුන් අතර, යුරෝපය ජයග්‍රහණයට ප්‍රතිචාර දැක්වූ ආකාරය පිළිබඳ කෙටි දළ විශ්ලේෂණයක් ඉදිරිපත් කළෙමි. සම්බන්ධිත පිළිතුර ඔබට &quot;පෙළඹවීමේ&quot; ප්‍රශ්නය කෙතරම් සංකීර්ණද යන්න පිළිබඳ රසයක් ලබා දෙනු ඇතැයි මම සිතමි. නමුත් මට සාකච්ඡා කිරීමට අවශ්‍ය සැබෑ ප්‍රශ්නය නම් &quot;ආදිවාසීන්ට තමන්ව ආරක්ෂා කර ගැනීමට නොහැකි වූයේ ඇයි&quot; යන්නයි. නැවතත්, ඔබ කතා කරන මාතෘකාව සන්දර්භගත කරන එම ත්‍රෙඩ් එකේ මා සෑදූ [පළ කිරීමක්](_URL_1_) වෙත ඔබව යොමු කිරීමට මට අවශ්‍යය. ඔබ එම තොරතුරු කියවූ පසු, ඔබට ඇති ප්‍රශ්න මොනවාදැයි අපට නොපෙනෙන්නේ ඇයි සහ අපට එතැනින් යා හැකිද?