No, two atoms of the same element will not always have the same mass. Two atoms of the same element can have a different number of neutrons in their nuclei. Since neutrons have a significant mass compared to electrons, this can lead to an important difference in mass between the various isotopes of an element. This fact is very important to isotope enrichment, such as is needed to develop nuclear bombs.

Additionally, atoms can be in different ionization states, meaning that they are missing electrons or have extra electrons. Since electrons carry mass, an atom that is missing an electron will have less mass then an otherwise identical atom in the neutral state.

Even if two atoms are the same element, the same isotope, and in same ionization state (they have the same numbers of electrons, protons, and neutrons), they can still have slightly different masses. Due to E = mc^2 , when energy is pumped into an otherwise closed system, the system as a whole gains mass. Therefore, two atoms of the same element, isotope, and ionization state can be in different excitation states and therefore have slightly different masses. All of the pieces of an atom (electrons, neutrons, and protons) can be excited to higher energy levels within the atom.
නැත, එකම මූලද්‍රව්‍යයේ පරමාණු දෙකකට සෑම විටම එකම ස්කන්ධයක් නොමැත. එකම මූලද්‍රව්‍යයේ පරමාණු දෙකකට ඒවායේ න්‍යෂ්ටිය තුළ වෙනස් නියුට්‍රෝන සංඛ්‍යාවක් තිබිය හැක. ඉලෙක්ට්‍රෝන හා සසඳන විට නියුට්‍රෝන සැලකිය යුතු ස්කන්ධයක් ඇති බැවින්, මෙය මූලද්‍රව්‍යයක විවිධ සමස්ථානික අතර ස්කන්ධයේ වැදගත් වෙනසක් ඇති කළ හැකිය. න්‍යෂ්ටික බෝම්බ නිපදවීමට අවශ්‍ය වන සමස්ථානික සුපෝෂණය සඳහා මෙම කරුණ ඉතා වැදගත් වේ. මීට අමතරව, පරමාණු විවිධ අයනීකරණ තත්ත්වයන් විය හැක, එනම් ඒවායේ ඉලෙක්ට්‍රෝන නැති වී හෝ අමතර ඉලෙක්ට්‍රෝන ඇති බවයි. ඉලෙක්ට්‍රෝන ස්කන්ධය රැගෙන යන බැවින්, ඉලෙක්ට්‍රෝනයක් නොමැති පරමාණුවක මධ්‍යස්ථ තත්වයේ වෙනත් ආකාරයකින් සමාන පරමාණුවකට වඩා අඩු ස්කන්ධයක් ඇත. පරමාණු දෙකක් එකම මූලද්‍රව්‍ය, එකම සමස්ථානික සහ එකම අයනීකරණ තත්වයක වුවද (ඒවායේ ඉලෙක්ට්‍රෝන, ප්‍රෝටෝන සහ නියුට්‍රෝන සමාන සංඛ්‍යාවක් ඇත), ඒවාට තවමත් තරමක් වෙනස් ස්කන්ධ තිබිය හැකිය. E = mc^2 නිසා, වෙනත් ආකාරයකින් සංවෘත පද්ධතියකට ශක්තිය පොම්ප කරන විට, පද්ධතිය සමස්තයක් ලෙස ස්කන්ධය ලබා ගනී. එබැවින්, එකම මූලද්‍රව්‍යයේ පරමාණු දෙකක්, සමස්ථානික සහ අයනීකරණ තත්ත්වය විවිධ උද්දීපන තත්ත්වයන් විය හැකි අතර එම නිසා තරමක් වෙනස් ස්කන්ධ ඇත. පරමාණුවක සියලුම කොටස් (ඉලෙක්ට්‍රෝන, නියුට්‍රෝන සහ ප්‍රෝටෝන) පරමාණුව තුළ ඉහළ ශක්ති මට්ටම්වලට උද්දීපනය කළ හැක.