You have a mistaken impression about the Spanish conquest. I don't know much about the Mayans and others, but the Spanish didn't genocide the Aztecs, though in other cases, like with the Pueblo, there's certainly a case to be made for genocide. 

The reasons so many Aztecs died were primarily diseases. It's not really clear how many died, but one estimate made by historians at Berkeley University even puts it at 95% of the Aztec population dying because of repeated epidemics. Admittedly, the early Spanish colonial system was filled with abuse as the conquistadors formed their own fiefdoms with the Indians as their servants, a system called the encomienda system, but that system was abolished relatively quickly and replaced by a much more benign system, where Indians generally were left to rule themselves in their own communities, called pueblos de indios, or at least be ruled by Indian mayors called gobernador de indios, who were in turn elected by the local Indian nobility, the caciques, alongside a Spanish administrator called a corregidor.

Mestizos aren't the product of mass rape, they're the product of simply intermixing over the course of several centuries. It's the same reason you have Afro-Indians and Afro-Europeans in Mexico. The early Spanish conquistadors didn't bring their wives along, so they just started marrying native women. Same with slaves and Indians and slaves and Europeans. Though the Spaniards had instituted a racial caste system, race was such a vague system that it was practically useless. Indian nobles were above a poor Spanish farmer de facto, and a village full of black people could be classified as an Indian village simply on basis of location. 

In general, the Spanish king had a very paternalistic view towards Indians, so if they were abused he did try to help them generally, although it was from a somewhat misguided point of view. There are still hundreds of letters in Spain between Indians nobles appealing their cases to the Spanish king. This was one of the reasons the Spanish king abolished the encomienda system, alongside the more practical reason that he didn't want the conquistadors to form independant kingdoms in the New World. 
ස්පාඤ්ඤ ආක්‍රමණය ගැන ඔබට ඇත්තේ වැරදි හැඟීමකි. මායාවරුන් සහ අනෙකුත් අය ගැන මම එතරම් දන්නේ නැත, නමුත් ස්පාඤ්ඤ ජාතිකයන් ඇස්ටෙක්වරුන් සමූලඝාතනය කළේ නැත, නමුත් වෙනත් අවස්ථාවල දී, Pueblo වලදී මෙන්, ජන සංහාරය සඳහා අනිවාර්යයෙන්ම නඩුවක් තිබේ. බොහෝ ඇස්ටෙක්වරුන් මිය යාමට හේතු මූලික වශයෙන් රෝග විය. කොපමණ සංඛ්‍යාවක් මිය ගියාද යන්න පැහැදිලි නැත, නමුත් බර්ක්ලි විශ්ව විද්‍යාලයේ ඉතිහාසඥයින් විසින් කරන ලද එක් ඇස්තමේන්තුවකට අනුව ඇස්ටෙක් ජනගහනයෙන් 95% ක් නැවත නැවතත් වසංගත නිසා මිය යයි. මුල් ස්පාඤ්ඤ යටත් විජිත ක්‍රමය අපයෝජනයෙන් පිරී ගියේ ආක්‍රමණිකයන් ඉන්දියානුවන් ඔවුන්ගේ සේවකයන් ලෙසින්, encomienda ක්‍රමය නම් වූ ක්‍රමයක් ලෙස පිහිටුවා ගත් නිසා, නමුත් එම ක්‍රමය සාපේක්ෂව ඉක්මනින් අහෝසි කර, ඉන්දියානුවන් සිටින වඩාත් යහපත් ක්‍රමයක් මගින් ප්‍රතිස්ථාපනය විය. සාමාන්‍යයෙන් pueblos de indios නමින් හැඳින්වෙන ඔවුන්ගේම ප්‍රජාවන් තුළ තමන්ව පාලනය කිරීමට හෝ අඩුම තරමින් gobernador de indios නම් ඉන්දියානු නගරාධිපතිවරුන් විසින් පාලනය කිරීමට ඉතිරි විය . Mestizos යනු සමූහ දූෂණයේ ප්‍රතිඵලයක් නොවේ, ඒවා ශතවර්ෂ ගණනාවක් පුරා සරලව මිශ්‍ර වීමේ ප්‍රතිඵලයකි. ඔබට මෙක්සිකෝවේ ඇෆ්‍රෝ-ඉන්දියානුවන් සහ අප්‍රො-යුරෝපීයන් සිටින්නේ එකම හේතුවයි. මුල් ස්පාඤ්ඤ ආක්‍රමණිකයන් ඔවුන්ගේ භාර්යාවන් රැගෙන නොගිය නිසා ඔවුන් ස්වදේශික කාන්තාවන් විවාහ කර ගැනීමට පටන් ගත්හ. වහලුන් සහ ඉන්දියානුවන් සහ වහලුන් සහ යුරෝපීයයන් සමඟ සමාන වේ. ස්පාඤ්ඤ ජාතිකයන් වාර්ගික කුල ක්‍රමයක් ස්ථාපිත කර තිබුණද, ජාතිය යනු එතරම් අපැහැදිලි ක්‍රමයක් වූ අතර එය ප්‍රායෝගිකව නිෂ්ඵල විය. ඉන්දියානු වංශාධිපතීන් දුප්පත් ස්පාඤ්ඤ ගොවියෙකුට වඩා ඉහළින් සිටි අතර කළු ජාතිකයන්ගෙන් පිරුණු ගම්මානයක් හුදෙක් පිහිටීම මත පදනම්ව ඉන්දියානු ගම්මානයක් ලෙස වර්ග කළ හැකිය. පොදුවේ ගත් කල, ස්පාඤ්ඤ රජු ඉන්දියානුවන් කෙරෙහි ඉතා පීතෘවාදී දෘෂ්ටියක් දැරූ අතර, ඔවුන් අපයෝජනයට ලක් වුවහොත්, එය තරමක් නොමඟ ගිය දෘෂ්ටි කෝණයකින් වුවද, පොදුවේ ඔවුන්ට උපකාර කිරීමට ඔහු උත්සාහ කළේය. ස්පාඤ්ඤයේ වංශවත් ඉන්දියානුවන් අතර ස්පාඤ්ඤ රජුට ඔවුන්ගේ නඩු ආයාචනා කරන ලිපි සිය ගණනක් තවමත් පවතී. ස්පාඤ්ඤ රජු විසින් නව ලෝකයේ ස්වාධීන රාජධානි පිහිටුවීමට ආක්‍රමණිකයන්ට අවශ්‍ය නොවූ වඩාත් ප්‍රායෝගික හේතුව සමඟින්, ස්පාඤ්ඤ රජු එන්කොමිෙන්ඩා ක්‍රමය අහෝසි කිරීමට මෙය එක් හේතුවක් විය. 