There is a strong connection, almost complete correspondence in fact, between religion and nationality in Bosnia (and Croatia, Serbia, etc.). Usually nations were defined not so much by what they have in common, as by how they are different than others. In this case, language couldn't be the differentiation factor, so religion took the role. 

However, neither Croat nor Serb nationalist recognized Bosnian Muslims (Bosniaks) as a nation, but considered them as islamicized Croats or Serbs. Adding them to either of the two nations would make that nation clearly a majority in Bosnia and Hercegovina. I don't know where is that wikipedia reference coming from, but the separation of nationhood and religion does not fit the time described. It would hardly fit today. Do you know the old joke about the Troubles in Ireland ending with "Yeah, but are you a protestant atheist or catholic atheist"? Change the denominations, and it fits perfectly. 

So, Ustaše wanted a ethnically homogeneous state. Muslims were proclaimed to be Croats. But both Croatia proper and Bosnia and Hercegovina had large native Serbian population. Therefore Ustaše had an unofficial (not written down but consistently implemented) policy to expel one third of the Serbs, to kill one third and to convert one third. 

Soon all those came to their limitations. As both "Independent State of Croatia" (NDH) and Nedić's Serbia were German quisling states, expulsions into Serbia destabilized it, so Germans ordered Ustaše to stop it. And killing in NDH itself resulted in a determined resistance. Establishment of Croatian Orthodox church was an attempt to both pacify some Serbs, and more importantly for Ustaše to disconnect them from the common religious center. 

As for conversions of Serbs from Orthodox to Catholic, it was by no means a guarantee of safety. Many were killed after conversion, and some of the most brutal atrocities (not by the number of victims, but by the method) were done in fact after an invitation to convert. For example in Glina, with significant Serb population, they were invited on two occasions to convert. First group was gathered in the Orthodox church in Glina, trucked to nearby woods and killed. Second group was closed in the church, that was than burned down. 

The topic is still controversial in respect to the relations between Catholic church and Ustaše. Some claim that conversion were mostly done sort of with fingers crossed behind the back, just to save the people who would return to original religion after the war, and that clergy didn't seek benefit in that way from Ustaše regime. Undoubtedly there were some clergy who did so, even saying as much openly to Serbs and stating that Christians no matter the denomination, can't be christened again. But those were minority. Some claim on the other hand that church supported the Ustaše all out, and used an opportunity for a sort of Catholic crusade in Bosnia. Many did, especially among Bosnian Franciscans, but again not all. There are however examples of priest condoning, even personally leading the massacres. 
බොස්නියාවේ (සහ ක්‍රොඒෂියාව, සර්බියාව, ආදිය) ආගම සහ ජාතිකත්වය අතර ප්‍රබල සම්බන්ධයක්, සම්පුර්ණයෙන්ම පාහේ ලිපි හුවමාරුවක් ඇත. සාමාන්‍යයෙන් ජාතීන් නිර්වචනය කරනු ලැබුවේ ඔවුන් අන් අයට වඩා වෙනස් වන්නේ කෙසේද යන්න අනුව ඔවුන්ට පොදු දේවලින් නොවේ. මෙම අවස්ථාවෙහිදී, භාෂාව අවකලනය කිරීමේ සාධකය විය නොහැකි බැවින් ආගම එහි කාර්යභාරය ඉටු කළේය. කෙසේ වෙතත්, ක්‍රොඒට් හෝ සර්බියානු ජාතිකවාදින් බොස්නියානු මුස්ලිම්වරුන් (බොස්නියාක්වරුන්) ජාතියක් ලෙස පිළිගත්තේ නැත, නමුත් ඔවුන් ඉස්ලාමීයකරණය වූ ක්‍රොඒට් හෝ සර්බියානුවන් ලෙස සැලකේ. ඔවුන් ජාතීන් දෙකෙන් එකකට එකතු කිරීමෙන් එම ජාතිය පැහැදිලිවම බොස්නියාවේ සහ හර්සගොවිනාහි බහුතරයක් බවට පත් කරනු ඇත. එම විකිපීඩියා සඳහන පැමිණෙන්නේ කොහෙන්දැයි මම නොදනිමි, නමුත් ජාතිය සහ ආගම වෙන් කිරීම විස්තර කර ඇති කාලයට නොගැලපේ. ඒක අදට ගැලපෙන්නේ නැති තරම්. අයර්ලන්තයේ කරදර පිළිබඳ පැරණි විහිළුව ඔබ දන්නවාද &quot;ඔව්, නමුත් ඔබ විරෝධතාවාදියෙක්ද කතෝලික අදේවවාදියෙක්ද&quot; යනුවෙන් අවසන් වේ. නිකායන් වෙනස් කරන්න, එය හොඳින් ගැලපේ. එබැවින්, Ustaše හට වාර්ගික වශයෙන් සමජාතීය රාජ්‍යයක් අවශ්‍ය විය. මුස්ලිම්වරුන් ක්‍රොඒට් ජාතිකයන් ලෙස ප්‍රකාශ කරන ලදී. නමුත් ක්‍රොඒෂියාව නිසියාකාරව සහ බොස්නියාව සහ හර්සගොවිනා යන දෙකටම විශාල ස්වදේශික සර්බියානු ජනගහනයක් සිටියහ. එබැවින් සර්බියානුවන්ගෙන් තුනෙන් එකක් නෙරපා හැරීමට, තුනෙන් එකක් මරා දැමීමට සහ තුනෙන් එකක් පරිවර්තනය කිරීමට Ustaše හට නිල නොවන (ලිඛිත නොවන නමුත් අඛණ්ඩව ක්‍රියාත්මක වූ) ප්‍රතිපත්තියක් තිබුණි. වැඩි කල් නොගොස් සියල්ලෝම ඔවුන්ගේ සීමාවන්ට පැමිණියහ. &quot;ඉන්ඩිපෙන්ඩන්ට් ස්ටේට් ඔෆ් ක්‍රොඒෂියා&quot; (එන්ඩීඑච්) සහ නෙඩික්ගේ සර්බියාව යන දෙකම ජර්මානු ක්විස්ලින්ග් රාජ්‍යයන් වූ බැවින්, සර්බියාවට නෙරපා හැරීමෙන් එය අස්ථාවර විය, එබැවින් ජර්මානුවන් එය නවත්වන ලෙස උස්ටාසෙට නියෝග කළහ. තවද NDH හි ම මරා දැමීම අධිෂ්ඨානශීලී ප්රතිරෝධයක් ඇති විය. ක්‍රොඒෂියානු ඕතඩොක්ස් පල්ලිය පිහිටුවීම සමහර සර්බියානුවන් සමනය කිරීමට උත්සාහයක් වූ අතර වඩාත් වැදගත් ලෙස උස්තාසේ ඔවුන් පොදු ආගමික මධ්‍යස්ථානයෙන් විසන්ධි කිරීමට උත්සාහ කළේය. සර්බියානුවන් ඕතඩොක්ස් සිට කතෝලික දක්වා පරිවර්තනය කිරීම සම්බන්ධයෙන්, එය කිසිසේත්ම ආරක්ෂාව පිළිබඳ සහතිකයක් නොවීය. ආගමට හැරවීමෙන් පසු බොහෝ දෙනෙක් ඝාතනයට ලක් වූ අතර, වඩාත් ම්ලේච්ඡ ම්ලේච්ඡ ක්‍රියා (වින්දිතයන් සංඛ්‍යාව අනුව නොව ක්‍රමය අනුව) ඇත්ත වශයෙන්ම සිදු කරන ලද්දේ ආගමට හැරවීමට ආරාධනයකින් පසුවය. නිදසුනක් වශයෙන්, සැලකිය යුතු සර්බියානු ජනගහනයක් සිටින Glina හි, ඔවුන්ට පරිවර්තනය කිරීමට අවස්ථා දෙකකදී ආරාධනා කරන ලදී. පළමු කණ්ඩායම ග්ලිනාහි ඕතඩොක්ස් පල්ලියට රැස් කර, අසල වනාන්තරවලට ගෙන ගොස් මරා දමන ලදී. දෙවන කණ්ඩායම පල්ලියේ වසා දමන ලදී, එය පුළුස්සා දමන ලදී. කතෝලික පල්ලිය සහ Ustaše අතර සබඳතා සම්බන්ධයෙන් මාතෘකාව තවමත් මතභේදාත්මක ය. ඇතැමුන් පවසන්නේ යුද්ධයෙන් පසු නැවත මුල් ආගමට පැමිණෙන ජනතාව බේරා ගැනීම සඳහා පමණක් බොහෝ විට අන්‍යෝන්‍ය වශයෙන් ඇඟිලි තුඩ තබාගෙන ආගම හැරවීම සිදු වූ බවත්, පූජ්‍ය පක්ෂය උස්තාසේ පාලනයෙන් ඒ ආකාරයෙන් ප්‍රයෝජන නොගත් බවත්ය. සර්බියානුවන්ට ප්‍රසිද්ධියේ ප්‍රකාශ කළත්, නිකාය කුමක් වුවත්, ක්‍රිස්තියානුවන් නැවත බෞතිස්ම කළ නොහැකි බව ප්‍රකාශ කළත්, එසේ කළ සමහර පූජකවරු සිටි බවට සැකයක් නැත. නමුත් ඒ අය සුළුතරය. අනෙක් අතට සමහරු කියා සිටින්නේ පල්ලිය උස්තාසේට මුළුමනින් සහයෝගය දුන් බවත්, බොස්නියාවේ යම් ආකාරයක කතෝලික කුරුස යුද්ධයක් සඳහා අවස්ථාවක් භාවිතා කළ බවත්ය. බොහෝ දෙනෙක්, විශේෂයෙන්ම බොස්නියානු ෆ්රැන්සිස්කන්වරුන් අතර, නමුත් නැවතත් සියල්ලන්ම නොවේ. කෙසේ වෙතත්, සමූල ඝාතනවලට පුද්ගලිකව පවා නායකත්වය දුන් පූජකයන් සමාව දීමේ උදාහරණ තිබේ. 