The organization and hierarchy of the Empire were complicated to say the least. It wasn't a Kingdom in the true meaning of the word, like France or England for example. It had some republican characteristics, but it wasn't a republic either. 

In the Empire, there were thousands of settlements: villages, towns, convents, monasteries and hundreds of additional places of worship. All these communities were linked by the imperial constitution, which bound them in a series of hierarchies, often with overlapping jurisdictions. 

Basically, the Emperor was the superior lord over lesser authorities, bound by the chains of vassalage. Those lords who were immediately under the Emperor's jurisdiction (Reichsunmittelbar) ruler over fiefs (Reichslehen) given to them by the Emperor. The Reichslehen were generally composed of lesser holdings, like villages and towns. And on the other hand, the ecclesiastical lords, who had a very close relationship with the Emperor, considered themselves a separate collective within the Empire - the 'imperial church', or Reichskirche. However, a person holding one type of authority wasn't barred from owning another, so a lord of an imperial fief could also hold other land that would bind him in vassalage to one of his peers. In its entirety, the Empire was made up of around 310 fiefs and the rights to rule over them were most often acquired by inheritance and were held by the 50-60.000 noble families in the Empire. Most of these territorial nobles (Landadel), which possessed lesser rights and were subjects of the imperial lords. 

By 1521, all the political subjects within the Empire were organized into three groups. The most senior were the electors - seven lord who held the exclusive right to vote in Imperial elections. Three electors (the Archbishoprics of Mainz, Trier and Cologne) were ecclesiastical, while the other four (Bohemia, Brandenburg, Saxony, and the Palatinate) were secular holdings.

The other fiefs fell into one of two types. 50 spiritual fiefs, and 33 lay fiefs. The lords who ruled over them were called princes, even though their actual titles could range from Landgrave to Duke. The lay fiefs could be transferred through inheritance or purchase, but both required the Emperor's approval. The rulers of ecclesiastical fiefs, on the other hand, were picked by commissions established by the Reichskirche, and were subjected to Papal approval. 
The second group of fiefs, numbering around 220, were smaller still - they consisted of only a few thousand subjects ruled over by a count or prelate, who lacked a princely status.  The Reichsritter - Barons and landed knights, were even smaller, and held 1.500 other fiefs.

There were also cities - communities who fell outside of lordly jurisdiction. There were 80 'free and imperial cities' within the Empire, with tens of thousands of citizens. Their size gave them considerable influence and ensured the mayors of the imperial cities a very close relationship with the Emperor, which guaranteed their sovereignty and preserved them from being incorporated into the neighboring principalities. 

The Imperial Constitution dictated that the Emperor was overlord and sovereign, holding considerable power that he derived from his title rather than his fiefs. His prerogatives were left vague on purpose, so as not to limit the Emperor's 'holy, universal' pretensions. However, the need to deal with pressing problems forced the definition of the relationship between the Empire and his vassals. 

The lords of note secured representation in the Reichstag, or imperial diet, and were recognized as imperial Estates, which gave them precedence over those who weren't. The Reichstag was basically a proto-Parliament, which embodied the principle of representation through the Emperor's obligation to consult with his noteworthy subjects on matters of state. But this is the Holy Roman Empire we're talking about, it *has* to be more complicated. 

The consultations with the Reichstag took place in three separate colleges - the Elector's college, the cities' college and the princely college. Each college took a decision by a majority vote, but beforehand, every representative spoke in turn according to a strict order of precedence. After all three colleges had separately reached a decision, they consulted each other in pairs. Electors talking to princes and mayors, and so on. After this entire process was finished, the decision was presented to the Emperor as a recommendation, which he could accept or reject. Even though the Emperor didn't have to consult the Reichstag, it was a useful tool for testing public opinion and further proving imperial legitimacy. Though cumbersome, Emperors called the Reichstag into session fairly often, especially when it came to matters about the entirety of the Empire. 

**TL;DR:** The Emperor was sovereign which delegated control to lesser lords who ruled overhundreds of holdings with separate and overlapping authorities, which sometimes banded in a type of proto-Parliament to decide on matters of state.

Source: Peter H. Wilson: The Thirty Years' War - Europe's Tragedy

PS: Even though my source is a book about the Thirty Years' War, it includes a huge preface about the political organization in the Empire.

Edit: Oh, and if this doesn't answer your question and you want a more precise answer, feel free to ask a follow-up question. 
අධිරාජ්‍යයේ සංවිධානය සහ ධුරාවලිය අවම වශයෙන් පැවසීමට සංකීර්ණ විය. උදාහරණයක් ලෙස ප්‍රංශය හෝ එංගලන්තය වැනි වචනයේ සැබෑ අර්ථයෙන් එය රාජධානියක් නොවීය. එහි ජනරජ ලක්ෂණ කිහිපයක් තිබුණත් එය ජනරජයක් ද නොවීය. අධිරාජ්‍යය තුළ ජනාවාස දහස් ගණනක් තිබුණි: ගම්, නගර, කන්‍යාරාම, ආරාම සහ අමතර පූජනීය ස්ථාන සිය ගණනක්. මෙම සියලු ප්‍රජාවන් අධිරාජ්‍ය ව්‍යවස්ථාව මගින් සම්බන්ධ කරන ලද අතර, ඒවා බොහෝ විට අතිච්ඡාදනය වන අධිකරණ බලතල සමඟින් ධුරාවලියන් මාලාවකට බැඳී ඇත. මූලික වශයෙන්, අධිරාජ්‍යයා වාසල දම්වැලෙන් බැඳුණු අඩු බලධාරීන්ට වඩා උසස් ස්වාමියා විය. අධිරාජ්‍යයාගේ බල ප්‍රදේශය (Reichsunmittelbar) යටතේ සිටි එම අධිපතීන් අධිරාජ්‍යයා විසින් ඔවුන්ට ලබා දුන් ෆයිෆ්ස් (Reichslehen) පාලනය කරයි. Reicslehen සාමාන්‍යයෙන් ගම් සහ නගර වැනි අඩු ඉඩම් වලින් සමන්විත විය. අනෙක් අතට, අධිරාජ්‍යයා සමඟ ඉතා සමීප සම්බන්ධතාවයක් ඇති පල්ලියේ ස්වාමිවරුන් තමන් අධිරාජ්‍යය තුළ වෙනම සාමූහිකයක් ලෙස සැලකූහ - &#39;අධිරාජ්‍ය පල්ලිය&#39; හෝ රීච්ස්කිර්චේ. කෙසේ වෙතත්, එක් වර්ගයක අධිකාරියක් දරන පුද්ගලයෙකුට තවත් අධිකාරියක් හිමි කර ගැනීමට බාධාවක් නොතිබුණි, එබැවින් අධිරාජ්‍ය හොරෙකුගේ ස්වාමියෙකුට ඔහුගේ සම වයසේ මිතුරන්ට යටත් වන වෙනත් ඉඩමක් ද අල්ලා ගත හැකිය. සමස්තයක් වශයෙන් ගත් කල, අධිරාජ්‍යය 310 ෆයිෆ් වලින් සමන්විත වූ අතර ඒවා පාලනය කිරීමේ අයිතිය බොහෝ විට උරුමයෙන් ලබා ගත් අතර අධිරාජ්‍යයේ වංශවත් පවුල් 50-60.000 විසින් හිමි කර ගන්නා ලදී. මෙම භෞමික වංශාධිපතීන්ගෙන් බොහෝ දෙනෙක් (ලන්ඩඩෙල්), අඩු අයිතිවාසිකම් ඇති සහ අධිරාජ්‍ය ස්වාමිවරුන්ගේ යටත්වැසියන් වූහ. 1521 වන විට අධිරාජ්‍යයේ සියලුම දේශපාලන විෂයයන් කණ්ඩායම් තුනකට සංවිධානය විය. වඩාත්ම ජ්‍යේෂ්ඨයන් වූයේ ඡන්දදායකයින් - අධිරාජ්‍ය මැතිවරණ වලදී ඡන්දය ප්‍රකාශ කිරීමේ තනි අයිතිය හිමි හත් ස්වාමිවරු ය. ඡන්දදායකයින් තිදෙනෙකු (මයින්ස්, ට්‍රයර් සහ කොලෝන්හි අගරදගුරු පදවිය) පල්ලියට අයත් වූ අතර අනෙක් හතර (බොහීමියා, බ්‍රැන්ඩන්බර්ග්, සැක්සොනි සහ පැලටිනේට්) ලෞකික හිමිකරුවන් විය. අනෙක් ෆයිෆ් වර්ග දෙකෙන් එකකට වැටුණි. අධ්‍යාත්මික ෆයිෆ් 50 ක් සහ ගිහි පිහාටු 33 ක්. ඔවුන් පාලනය කළ ස්වාමිවරුන් කුමාරවරුන් ලෙස හැඳින්වූ අතර, ඔවුන්ගේ සැබෑ පදවි නාම ඉඩම් සොහොන් බිමේ සිට ආදිපාදවරයා දක්වා විය හැකි වුවද. ගිහියන් උරුමයෙන් හෝ මිලදී ගැනීමෙන් මාරු කළ හැකි නමුත් ඒ දෙකටම අධිරාජයාගේ අනුමැතිය අවශ්‍ය විය. අනෙක් අතට, පල්ලියේ පල්ලිවල පාලකයන් රීච්ස්කිර්ච් විසින් පිහිටුවන ලද කොමිෂන් සභා මගින් තෝරා ගන්නා ලද අතර, පාප්ගේ අනුමැතියට යටත් විය. 220 ක් පමණ වූ දෙවන ෆයිෆ් කණ්ඩායම තවමත් කුඩා විය - ඔවුන් සමන්විත වූයේ රාජකීය තත්වයක් නොමැති ගණන් කිරීම හෝ නාහිමියන් විසින් පාලනය කරන ලද යටත්වැසියන් කිහිප දහසකින් පමණි. Reichsritter - බාරොන්ස් සහ ගොඩබිම් නයිට්වරු, ඊටත් වඩා කුඩා වූ අතර, තවත් ෆයිෆ් 1.500ක් අල්ලාගෙන සිටියහ. නගර ද තිබුණි - ස්වාමියාගේ අධිකරණ බලයෙන් බැහැර වූ ප්‍රජාවන්. දස දහස් ගණනක් පුරවැසියන් සමඟ අධිරාජ්‍යය තුළ &#39;නිදහස් සහ අධිරාජ්‍ය නගර&#39; 80 ක් තිබුණි. ඔවුන්ගේ ප්‍රමාණය ඔවුන්ට සැලකිය යුතු බලපෑමක් ලබා දුන් අතර අධිරාජ්‍ය නගරවල නගරාධිපතිවරුන්ට අධිරාජ්‍යයා සමඟ ඉතා සමීප සම්බන්ධතාවයක් සහතික කළ අතර එමඟින් ඔවුන්ගේ ස්වෛරීභාවය සහතික කළ අතර අසල්වැසි ප්‍රධානීන්ට ඇතුළත් වීමෙන් ආරක්ෂා විය. අධිරාජ්‍ය ආණ්ඩුක්‍රම ව්‍යවස්ථාව මගින් අධිරාජයා අධිපති සහ පරමාධිපත්‍යයක් ලෙස නියම කරන ලද අතර, ඔහු තම තනතුරුවලට වඩා ඔහුගේ මාතෘකාවෙන් ලබාගත් සැලකිය යුතු බලයක් දරයි. අධිරාජ්‍යයාගේ &#39;ශුද්ධ, විශ්වීය&#39; මවාපෑම් සීමා නොකිරීමට ඔහුගේ වරප්‍රසාද හිතාමතාම නොපැහැදිලි විය. කෙසේ වෙතත්, දැවෙන ගැටළු සමඟ කටයුතු කිරීමේ අවශ්යතාව අධිරාජ්යය සහ ඔහුගේ යටත්වැසියන් අතර සම්බන්ධය නිර්වචනය කිරීමට බල කෙරුනි. නෝට්ටුවේ අධිපතීන් රීච්ස්ටැග් හෝ අධිරාජ්‍ය ආහාර වේලෙහි නියෝජනය සුරක්ෂිත කර ගත් අතර, අධිරාජ්‍ය වතු ලෙස පිළිගනු ලැබූ අතර, එය එසේ නොවූ අයට වඩා ප්‍රමුඛත්වය ලබා දුන්නේය. Reichstag මූලික වශයෙන් ප්‍රෝටෝ-පාර්ලිමේන්තුවක් වූ අතර, එය රාජ්‍ය කාරණා සම්බන්ධයෙන් ඔහුගේ සැලකිය යුතු විෂයයන් සමඟ සාකච්ඡා කිරීමට අධිරාජ්‍යයාගේ වගකීම හරහා නියෝජනය කිරීමේ මූලධර්මය මූර්තිමත් කළේය. නමුත් මේ අපි කතා කරන ශුද්ධ රෝම අධිරාජ්‍යය, එය * වඩාත් සංකීර්ණ විය යුතුයි. රීච්ස්ටැග් සමඟ උපදේශන වෙනම විද්‍යාල තුනක සිදු විය - ඉලෙක්ටර්ස් විද්‍යාලය, නගර විද්‍යාලය සහ කුමාර විද්‍යාලය. සෑම විද්‍යාලයක්ම බහුතර ඡන්දයෙන් තීරණයක් ගත් නමුත් ඊට පෙර සෑම නියෝජිතයෙක්ම දැඩි ප්‍රමුඛතාවයකට අනුව කතා කළේය. විද්‍යාල තුනම වෙන වෙනම තීරණයකට පැමිණි පසු, ඔවුන් යුගල වශයෙන් එකිනෙකාගෙන් උපදෙස් ලබා ගත්හ. කුමාරවරුන් සහ නගරාධිපතිවරුන් සමඟ කථා කරන ඡන්දදායකයන් යනාදිය. මෙම සම්පූර්ණ ක්‍රියාවලිය අවසන් වූ පසු, එම තීරණය අධිරාජ්‍යයාට පිළිගැනීමට හෝ ප්‍රතික්ෂේප කිරීමට හැකි නිර්දේශයක් ලෙස ඉදිරිපත් කරන ලදී. අධිරාජ්‍යයාට රීච්ස්ටැග් උපදෙස් ලබා ගැනීමට අවශ්‍ය නොවූවත්, එය මහජන මතය පරීක්ෂා කිරීමට සහ අධිරාජ්‍ය නීත්‍යානුකූලභාවය තවදුරටත් ඔප්පු කිරීමට ප්‍රයෝජනවත් මෙවලමක් විය. අපහසු වුවත්, අධිරාජ්‍යයන් බොහෝ විට රීච්ස්ටැග් සැසියට කැඳවා ඇත, විශේෂයෙන්ම එය සමස්ත අධිරාජ්‍යය පිළිබඳ කාරණා සම්බන්ධයෙන්. **TL;DR:** අධිරාජ්‍යයා ස්වෛරී වූ අතර, රාජ්‍ය කාරණා සම්බන්ධයෙන් තීරණය කිරීම සඳහා ඇතැම් විට ප්‍රොටෝ-පාර්ලිමේන්තුවකට සම්බන්ධ වූ, වෙනම සහ අතිච්ඡාදනය වන අධිකාරීන් සමඟින් සිය ගණනක් වත්කම් පාලනය කළ අඩු අධිපතීන්ට පාලනය පවරන ලදී. මූලාශ්‍රය: Peter H. Wilson: The Thirty Years&#39; War - Europe&#39;s Tragedy PS: මගේ මූලාශ්‍රය තිස් අවුරුදු යුද්ධය පිළිබඳ පොතක් වුවද, අධිරාජ්‍යයේ දේශපාලන සංවිධානය පිළිබඳ දැවැන්ත පෙරවදනක් එයට ඇතුළත් වේ. සංස්කරණය කරන්න: ඔහ්, මෙය ඔබගේ ප්‍රශ්නයට පිළිතුරු නොදෙන්නේ නම් සහ ඔබට වඩාත් නිවැරදි පිළිතුරක් අවශ්‍ය නම්, පසු විපරම් ප්‍රශ්නයක් ඇසීමට නිදහස් වන්න. 