Short answer:
Each lobster has color pigments (red, blue, yellow), that determine the color of the shell. 

Specific mutations change the amount of pigment and thus the color.

Some mutations that influence (for example) blue pigment naturally appear more often than others, that is why blue lobsters appear more often than yellow ones.


Source  &  cool additional info and more accurate than my short description is here:
_URL_0_
කෙටි පිළිතුර: සෑම පොකිරිස්සෙකුටම කවචයේ වර්ණය තීරණය කරන වර්ණ වර්ණක (රතු, නිල්, කහ) ඇත. විශේෂිත විකෘති වර්ණක ප්‍රමාණය වෙනස් කරන අතර එමඟින් වර්ණය වෙනස් වේ. (උදාහරණයක් ලෙස) නිල් වර්ණකයට බලපාන සමහර විකෘති ස්වභාවිකවම අනෙක් ඒවාට වඩා බොහෝ විට දිස් වේ, එම නිසා නිල් පොකිරිස්සන් කහ ඒවාට වඩා බොහෝ විට පෙනේ. මූලාශ්‍ර සහ සිසිල් අමතර තොරතුරු සහ මගේ කෙටි විස්තරයට වඩා නිවැරදි මෙහි ඇත: _URL_0_