I would assume that it is because bad smells are most often things that can negatively affect our health, like feces and rotting food and we should avoid as long as it is around. 

The running shoes example doesn't exactly fit, although that may be due to cultural/evolutionary distance from apes in the same way that sweaty stinky men don't attract women like pheromones do in other animals.

On the other hand, good smells like flowers and fresh fruit are often not directed at humans specifically but other mammals and birds that the plants "want" their seeds/pollen spread by which likely have stronger senses of smell.

(I can expand on it more if it isn't ELI5 enough)
නරක සුවඳ බොහෝ විට අපගේ සෞඛ්‍යයට අහිතකර ලෙස බලපාන, අසූචි සහ කුණු වූ ආහාර වැනි දේ වන අතර එය අවට ඇති තාක් අප වැළකී සිටිය යුතු නිසා යැයි මම උපකල්පනය කරමි. දිවීමේ සපත්තු උදාහරණය හරියටම නොගැලපේ, නමුත් එය වානරයන්ගෙන් සංස්කෘතික/පරිණාමීය දුරස්ථභාවය නිසා විය හැකි නමුත්, දහදිය ගඳ ගහන පිරිමින් වෙනත් සතුන්ගේ ෆෙරමෝන මෙන් කාන්තාවන් ආකර්ෂණය කර නොගනී. අනෙක් අතට, මල් සහ නැවුම් පලතුරු වැනි හොඳ සුවඳ බොහෝ විට මිනිසුන්ට විශේෂයෙන් යොමු නොවන නමුත් අනෙකුත් ක්ෂීරපායින් සහ පක්ෂීන් වෙත යොමු වන්නේ ශාකවලට ඔවුන්ගේ බීජ / පරාග පැතිරීමට &quot;අවශ්‍ය&quot; වන අතර එමඟින් සුවඳ දැනීමේ ශක්තිය වැඩි වේ. (එය ELI5 ප්‍රමාණවත් නොවේ නම් මට එය තවත් පුළුල් කළ හැක)