I believe the question being asked is if there are any African nations that owe their shape and/or territory to native institutions (cultural or legal), or if they owe it to colonial politicking and treaties.

I don't think Egypt is too proper an example. Its territory had been reduced and culturally developed through numerous invasions prior to the European colonial period.  
මම විශ්වාස කරන ප්‍රශ්නය වන්නේ ස්වදේශික ආයතනවලට (සංස්කෘතික හෝ නෛතික) ඔවුන්ගේ හැඩය සහ/හෝ භූමි ප්‍රදේශය ණය වී සිටින අප්‍රිකානු ජාතීන් සිටීද, නැතහොත් ඔවුන් යටත් විජිත දේශපාලනයට සහ ගිවිසුම්වලට ණයගැතිද යන්නයි. මම හිතන්නේ ඊජිප්තුව එතරම් සුදුසු උදාහරණයක් නොවේ. යුරෝපීය යටත් විජිත සමයට පෙර බොහෝ ආක්‍රමණ හරහා එහි භූමි ප්‍රදේශය අඩු වී සංස්කෘතික වශයෙන් දියුණු වී තිබුණි.  