Probably not.  Many of the indigenous languages at that point were only spoken languages and were not written, which is why you aren't finding many, if any, sources in an indigenous language.  You should be fine if you focus on one of the European languages (French or Spanish if you are studying an area colonized by the Spanish).  In the unlikely event that you need an indigenous language for your area of research, your future advisor will tell you and help you find a way to learn it.
නොවෙන්නත් පුළුවන්. එම අවස්ථාවේ දී බොහෝ දේශීය භාෂා කතා කරන භාෂා පමණක් වන අතර ඒවා ලියා නොතිබුණි, එබැවින් ඔබට ස්වදේශීය භාෂාවකින් මූලාශ්‍ර බොහොමයක් සොයා නොගන්නේ එබැවිනි. ඔබ යුරෝපීය භාෂාවන්ගෙන් එකකට අවධානය යොමු කරන්නේ නම් (ඔබ ස්පාඤ්ඤ විසින් යටත් විජිතයක් බවට පත් වූ ප්රදේශයක් අධ්යයනය කරන්නේ නම් ප්රංශ හෝ ස්පාඤ්ඤ) ඔබ හොඳින් විය යුතුය. ඔබේ පර්යේෂණ ක්ෂේත්‍රය සඳහා ඔබට දේශීය භාෂාවක් අවශ්‍ය යැයි සිතිය නොහැකි අවස්ථාවක, ඔබේ අනාගත උපදේශකයා ඔබට පවසන අතර එය ඉගෙන ගැනීමට මාර්ගයක් සොයා ගැනීමට ඔබට උපකාර කරනු ඇත.