Very much an over simplified answer from a person unqualified to give much more: the liver (which produces cholesterol within your body)  &  genetics. 

As for how we got this wrong for so long:
*Snarky answer:* as humans we've been getting things wrong for thousands of years. 
*Serious answer:* my understanding is that dietary intake does play some role in cholesterol levels. However that role is significantly smaller than the role of other variables.
තවත් බොහෝ දේ ලබා දීමට සුදුසුකම් නොලබන පුද්ගලයෙකුගෙන් ඉතා සරල කළ පිළිතුරක්: අක්මාව (ඔබේ ශරීරය තුළ කොලෙස්ටරෝල් නිපදවන) සහ ජාන විද්‍යාව. මෙතරම් කාලයක් අපට මෙය වැරදුනේ කෙසේද යන්න සම්බන්ධයෙන්: *උමතු පිළිතුර:* මිනිසුන් වශයෙන් අපි වසර දහස් ගණනක් තිස්සේ වැරදි කරමින් සිටිමු. *බරපතල පිළිතුර:* මගේ අවබෝධය නම් ආහාර ගැනීම කොලෙස්ටරෝල් මට්ටම් සඳහා යම් කාර්යභාරයක් ඉටු කරන බවයි. කෙසේ වෙතත් එම භූමිකාව අනෙකුත් විචල්‍යයන්ගේ භූමිකාවට වඩා සැලකිය යුතු තරම් කුඩා වේ.