That is an EXCELLENT question, and unfortunately there is not a very good answer yet. It's not fully known, but there are some ideas.

It has been proposed that because Archaea use different cofactors in their metabolism, eukaryotes don't provide a good "food source." But this isn't completely satisfactory, as they do use some factors. To make this even less likely, some Archaea do act as commensals in humans, and "host as a food source" is not the only advantage to pathogenesis. So that's kind of out. It may be *a* factor, but it's not *the* factor.

One recent idea has to do with the genetics of pathogenogenesis (not a typo...refers to how pathogens are generated). One of the big ways a nonpathogen becomes a pathogen is via horizontal gene transfer of pathogenic genetic material. A friendly bug picks up a T3S or a Type II pilus gene (biochemical systems used by pathogens to injure host cells). That gene infers some kind of advantage to the friendly bug, and it starts to use it...BANG, pathogen.

A big source of these is mobile genetic elements, like phages. This is Dawkin's selfish gene; eukaryotic viruses (like the common cold) infect eukaryotic cells and thereby increase their number. Prokaryotic pathogenogenic phages *transduce* bacteria, which are in turn induced to invade and colonize eukaryotic hosts and thereby increase the range of the phage genes. From the gene (phage) perspective, this not only gives benefit via direct replication, but also through more opportunities for further transduction. The commensals in the eukaryote are fertile ground, with unsullied genomes.

And therein lies the reason (maybe): It is known that bacterial phages, on the whole, don't infect Archaea and Archaean phages don't infect Bacteria. This largely has to do with specific molecular differences between the two Domains. The result is that there isn't a good way to get those genes to jump from pathogenic bacteria into Archaea. The Arachaens don't have access to the pathogenogenic genetic information accumulated by Bacteria. Or, more accurately, the genetic information in the bacteria doesn't have access to the Archaean genomes.

OK, so why haven't the Archaens developed their own pathogenic mechanisms? Where's the Archaean version of T3S? That's even less known. Maybe it's because Archaens did a lot of early evolutionary development in the absence of eukaryotes, more so than Bacteria. Whatever paths they took are somehow inhibitory or exclusive to pathogenic development. Due to early evolutionary commitments, they are forever excluded from independently developing the pathogenic lifestyle. 

Maybe it's just because the development of this complex system of mobile gene elements takes a lot of evolutionary steps, and Archaea just never have done the correct combination. (Implying that they could, but they've been around eukaryotes just as long as bacteria have. If they can, have had enough time to, yet haven't, why haven't they?)

Maybe it's because there aren't as many Archaean commensals as there are Bacterial, and any putative Archaean pathogenogenic phage that gets in has a hard time finding the Archaean needle in the Bacterial haystack to carry it's genes.

Or, maybe it's a combination of those things (this is where I'd put my money).

EXCELLENT question, though.

(edited for some typos...got a little excited while typing and accidently a fw lttrs words)
එය විශිෂ්ට ප්රශ්නයක් වන අතර, අවාසනාවකට මෙන් තවමත් ඉතා හොඳ පිළිතුරක් නොමැත. එය සම්පූර්ණයෙන්ම නොදන්නා නමුත් සමහර අදහස් තිබේ. Archaea ඔවුන්ගේ පරිවෘත්තීය ක්‍රියාවලියේදී විවිධ cofactors භාවිතා කරන නිසා, eukaryotes හොඳ &quot;ආහාර ප්‍රභවයක්&quot; ලබා නොදෙන බව යෝජනා වී ඇත. නමුත් ඔවුන් සමහර සාධක භාවිතා කරන බැවින් මෙය සම්පූර්ණයෙන්ම සෑහීමකට පත් නොවේ. මෙය ඊටත් වඩා අඩු කිරීමට, සමහර Archaea මිනිසුන් තුළ ආරම්භයක් ලෙස ක්‍රියා කරයි, සහ &quot;ආහාර ප්‍රභවයක් ලෙස සත්කාරකත්වය&quot; ව්යාධිජනකයට ඇති එකම වාසිය නොවේ. ඉතින් ඒක ටිකක් අවුට් වෙලා. එය *a* සාධකය විය හැකි නමුත් එය * සාධකය නොවේ. එක් මෑත කාලීන අදහසක් ව්යාධිජනක ජාන විද්යාව සමඟ සම්බන්ධ වේ (අකුරු දෝෂයක් නොවේ ... ව්යාධිජනක උත්පාදනය වන ආකාරය ගැන සඳහන් කරයි). ව්යාධිජනක නොවන රෝග කාරකයක් රෝග කාරකයක් බවට පත්වන එක් විශාල ක්රමයක් වන්නේ ව්යාධිජනක ජානමය ද්රව්යවල තිරස් ජාන හුවමාරුව හරහාය. මිත්‍රශීලී දෝෂයක් T3S හෝ II වර්ගයේ pilus ජානයක් (රෝගකාරක මගින් ධාරක සෛල වලට හානි කිරීමට භාවිතා කරන ජෛව රසායනික පද්ධති) ලබා ගනී. එම ජානය මිත්රශීලී දෝෂයට යම් ආකාරයක වාසියක් අනුමාන කරයි, එය එය භාවිතා කිරීමට පටන් ගනී ... BANG, ව්යාධිජනක. මේවායේ විශාල ප්‍රභවයක් වන්නේ ෆේජ් වැනි ජංගම ජානමය මූලද්‍රව්‍ය වේ. මෙය ඩෝකින්ගේ ආත්මාර්ථකාමී ජානයයි; යුකැරියෝටික් වෛරස් (සෙම්ප්‍රතිශ්‍යාව වැනි) යුකැරියෝටික් සෛල ආසාදනය කරන අතර එමඟින් ඒවායේ සංඛ්‍යාව වැඩි වේ. ප්‍රෝකැරියෝටික් ව්‍යාධිජනක ෆේජස් බැක්ටීරියාව *පරිවර්තනය කරයි*, ඒවා අනෙක් අතට යුකැරියෝටික් ධාරක ආක්‍රමණය කිරීමට සහ ජනපදකරණයට ප්‍රේරණය වන අතර එමඟින් ෆේජ් ජානවල පරාසය වැඩි කරයි. ජාන (phage) දෘෂ්ටිකෝණයෙන්, මෙය සෘජු ප්‍රතිනිර්මාණය හරහා ප්‍රතිලාභ ලබා දෙනවා පමණක් නොව, වැඩිදුර සම්ප්‍රේෂණය සඳහා වැඩි අවස්ථා හරහාද ලබා දේ. යුකැරියෝටයේ ආරම්භය අපවිත්‍ර ජෙනෝම සහිත සාරවත් භූමියකි. සහ එහි හේතුව (සමහර විට): සමස්තයක් ලෙස බැක්ටීරියා ෆේජස් Archaea ආසාදනය නොකරන බවත් Archaean phages බැක්ටීරියාව ආසාදනය නොකරන බවත් දන්නා කරුණකි. මෙය බොහෝ දුරට වසම් දෙක අතර ඇති විශේෂිත අණුක වෙනස්කම් සමඟ සම්බන්ධ වේ. එහි ප්‍රතිඵලය වන්නේ එම ජාන ව්යාධිජනක බැක්ටීරියා වලින් Archaea වෙත පනින්න හොඳ ක්‍රමයක් නොමැති වීමයි. Arachaens හට බැක්ටීරියා මගින් එකතු වන ව්යාධිජනක ජානමය තොරතුරු වෙත ප්රවේශය නොමැත. එසේත් නැතිනම්, වඩාත් නිවැරදිව, බැක්ටීරියා වල ඇති ජානමය තොරතුරු වලට පුරාවිද්‍යා ජාන වෙත ප්‍රවේශය නොමැත. හරි, එහෙනම් ඇයි Archaens ඔවුන්ගේම ව්යාධිජනක යාන්ත්රණ සංවර්ධනය කර නැත්තේ? T3S හි Archaean අනුවාදය කොහෙද? එය ඊටත් වඩා අඩුවෙන් දන්නා කරුණකි. සමහර විට එය බැක්ටීරියා වලට වඩා යුකැරියෝට නොමැති විට Archaens බොහෝ මුල් පරිණාමීය වර්ධනයක් සිදු කළ නිසා විය හැකිය. ඔවුන් කුමන මාර්ගයක් ගත්තද, කෙසේ හෝ ව්යාධිජනක වර්ධනයට බාධාකාරී හෝ සුවිශේෂී වේ. මුල් පරිණාමීය කැපවීම් හේතුවෙන්, ව්යාධිජනක ජීවන රටාව ස්වාධීනව වර්ධනය කිරීමෙන් ඔවුන් සදහටම බැහැර කරනු ලැබේ. සමහර විට එය ජංගම ජාන මූලද්‍රව්‍යවල මෙම සංකීර්ණ පද්ධතිය සංවර්ධනය කිරීම පරිණාමීය පියවර රාශියක් ගන්නා නිසාත්, Archaea කිසි විටෙකත් නිවැරදි සංයෝජනයක් කර නොමැති නිසාත් විය හැකිය. (ඔවුන්ට හැකි බව අඟවමින්, නමුත් ඔවුන් බැක්ටීරියා ඇති තාක් කල් යුකැරියෝට් වටා සිට ඇත. ඔවුන්ට හැකි නම්, ඒ සඳහා ප්‍රමාණවත් කාලයක් තිබුණි, තවමත් නොතිබුනේ ඇයි?) සමහර විට එය එසේ නොමැති නිසා විය හැකිය. බැක්ටීරියා ඇති බැවින් බොහෝ පුරාවිද්‍යා මූලාරම්භයන් ඇති අතර, ඇතුළු වන ඕනෑම ආචීයන් ව්‍යාධිජනක ෆේජ් වලට බැක්ටීරියා පිදුරු ගොඩේ ඇති පුරාවිද්‍යා ඉඳිකටුවක් එහි ජාන රැගෙන යාමට අපහසු වේ. එසේත් නැතිනම්, සමහර විට එය එම දේවල්වල එකතුවක් විය හැකිය (මම මගේ මුදල් තැබූ ස්ථානය මෙයයි). කෙසේ වෙතත්, විශිෂ්ට ප්රශ්නයක්. (සමහර අකුරු වැරදි සඳහා සංස්කරණය කර ඇත... ටයිප් කිරීමේදී ටිකක් උද්යෝගිමත් වූ අතර අහම්බෙන් කෙටි වචන කිහිපයක්)