It goes to a service called "Fedwire". Everyone has different banks, so the backbone is a service provided by the Fed that "clears" transactions. 
You swipe your card and Target's bank infrastructure, say its Chase, needs your money from BoA. The data is sent about transaction to Fedwire over internet/phone lines when you swipe on the scanner since they need BoA to release your money. This is handled digitally through Fedwire, which is why it is known as an "Automated Clearing House". It simply allows the banks to interact digitally. 

The idea of having this central structure, rather than each bank communicating each individual transaction to each other digitally is known as clearing. There are enormous amounts that cancel out. If Chase needs $150 from a BoA account, but other transactions are happening (other people swiping) that result in BoA needing $100 from Chase, BoA will only actually send $50 to Chase, the net amount. It is easier and cheaper to transfer the net amount rather than the total amounts twice (one transaction vs two).
EDIT: this is for debit
ඒක යන්නේ &quot;Fedwire&quot; කියන Service එකට. සෑම කෙනෙකුටම විවිධ බැංකු ඇත, එබැවින් කොඳු නාරටිය යනු ගනුදෙනු &quot;නිෂ්කාශනය&quot; කරන මහ බැංකුව විසින් සපයනු ලබන සේවාවකි. ඔබ ඔබේ කාඩ්පත සහ Target හි බැංකු යටිතල පහසුකම් ස්වයිප් කරන්න, එහි චේස් කියන්න, BoA වෙතින් ඔබේ මුදල් අවශ්‍යයි. ඔබේ මුදල් මුදා හැරීමට BoA අවශ්‍ය බැවින් ඔබ ස්කෑනරය මත ස්වයිප් කරන විට ගනුදෙනුව පිළිබඳ දත්ත අන්තර්ජාලය/දුරකථන මාර්ග හරහා Fedwire වෙත යවනු ලැබේ. මෙය Fedwire හරහා ඩිජිටල් ලෙස හසුරුවනු ලැබේ, එබැවින් එය &quot;ස්වයංක්‍රීය නිෂ්කාශන නිවසක්&quot; ලෙස හැඳින්වේ. එය සරලව බැංකුවලට ඩිජිටල් ලෙස අන්තර් ක්‍රියා කිරීමට ඉඩ සලසයි. සෑම බැංකුවක්ම එක් එක් ගනුදෙනුව ඩිජිටල් ලෙස එකිනෙකාට සන්නිවේදනය කරනවාට වඩා මෙම මධ්‍යම ව්‍යුහය තිබීමේ අදහස නිෂ්කාශනය ලෙස හැඳින්වේ. අවලංගු කරන අතිවිශාල ප්‍රමාණයක් ඇත. Chase හට BoA ගිණුමකින් ඩොලර් 150ක් අවශ්‍ය වේ නම්, නමුත් වෙනත් ගනුදෙනු සිදුවෙමින් පවතී නම් (අනෙකුත් පුද්ගලයන් ස්වයිප් කිරීම) එහි ප්‍රතිඵලයක් ලෙස BoA හට Chase වෙතින් $100 අවශ්‍ය වේ, BoA විසින් සත්‍ය වශයෙන්ම Chase වෙත එවන්නේ $50ක් පමණි. මුළු මුදල දෙවතාවක් (එක් ගනුදෙනුවක් එදිරිව දෙකක්) වෙනුවට ශුද්ධ මුදල මාරු කිරීම පහසු සහ ලාභදායී වේ. සංස්කරණය: මෙය හර සඳහා වේ