This is a bit of a throughout history question, so it would be best to narrow it down. In broad strokes though there are advantages in having troops who are specialized in certain aspects of warfare, ready to deploy abroad, and under control of your branch of service. 

For a lot of history in many places naval warfare consisted of mainly trying to ram an enemy ship, or board it and take it over. When it was time for boarding it helped to have people on board whose main job was exactly that. Also the distinction between a combat ship and a transport or merchant ship wasn't always very well defined. You can look at the battle of Dover for a good example of this. 
 
At first the fighters on the ships wouldn't have been marine specialists, but as time moves on and more professionalism and specialization entered the military specific marine units emerged. The tactics and equipment used in boarding an enemy ship would be different from fighting in the field. 

Additionally, from an organizational stand point it's much easier if everyone is in the same organization and chain of command. Joint Operations have issues with inter service rivalry/misunderstanding even today, and a ship would always need a contingent of marines for security, so why should they belong to some wholly separate organization?

As time went on the concept of amphibious warfare became a natural fit for marine units, and the ability to have an expeditionary force trained and equipped for such means that your country has the ability to apply land force anywhere it's navy can get to. 
මෙය ඉතිහාසය පුරා ඇති ප්‍රශ්නයකි, එබැවින් එය පටු කිරීම වඩාත් සුදුසුය. පුළුල් පහරවල් වලදී, යුද්ධයේ ඇතැම් අංගයන් පිළිබඳ විශේෂඥතාවක් ඇති, විදේශයන්හි යෙදවීමට සූදානම්, සහ ඔබගේ සේවා ශාඛාවේ පාලනය යටතේ සිටින භට පිරිස් සිටීමේ වාසි ඇත. බොහෝ ඉතිහාසයේ බොහෝ ස්ථානවල නාවික යුද්ධය සමන්විත වූයේ ප්‍රධාන වශයෙන් සතුරු නැවක් තල්ලු කිරීමට හෝ එයට ගොඩ වී එය අත්පත් කර ගැනීමට උත්සාහ කිරීමෙනි. බෝඩිං කිරීමට කාලය පැමිණි විට එය ප්‍රධාන රැකියාව වූ පුද්ගලයින් නැවේ සිටීම උපකාරී විය. සටන් නැවක් සහ ප්‍රවාහනය හෝ වෙළඳ නැවක් අතර වෙනස සෑම විටම ඉතා හොඳින් අර්ථ දක්වා නැත. මේ සඳහා හොඳ උදාහරණයක් ලෙස ඔබට ඩෝවර් සටන දෙස බැලිය හැකිය. මුලදී නැව්වල සිටි සටන්කාමීන් සමුද්‍ර විශේෂඥයින් නොවනු ඇත, නමුත් කාලය ගෙවී යද්දී වඩාත් වෘත්තීයභාවය සහ විශේෂත්වය හමුදාවට ඇතුළු වූ විට විශේෂිත සමුද්‍ර ඒකක මතු විය. සතුරු නැවකට ගොඩවීමේදී භාවිතා කරන උපක්‍රම සහ උපකරණ ක්ෂේත්‍රයේ සටන් කිරීමට වඩා වෙනස් වනු ඇත. මීට අමතරව, ආයතනික ස්ථාවරයක සිට සෑම කෙනෙකුම එකම සංවිධානයක සහ අණ දෙන දාමයක සිටී නම් එය වඩාත් පහසු වේ. ඒකාබද්ධ මෙහෙයුම් වලට අදටත් අන්තර් සේවා එදිරිවාදිකම්/වැරදි අවබෝධය පිළිබඳ ගැටළු ඇති අතර, නැවකට සෑම විටම ආරක්ෂාව සඳහා නාවික භට කණ්ඩායමක් අවශ්‍ය වනු ඇත, එබැවින් ඔවුන් සම්පූර්ණයෙන්ම වෙනම සංවිධානයකට අයත් විය යුත්තේ ඇයි? කාලයාගේ ඇවෑමෙන් උභයජීවී යුද්ධය පිළිබඳ සංකල්පය සමුද්‍ර ඒකක සඳහා ස්වභාවික යෝග්‍යතාවයක් බවට පත් වූ අතර, ගවේෂණ බලකායක් පුහුණු කර සන්නද්ධ කිරීමට ඇති හැකියාවෙන් අදහස් වන්නේ නාවික හමුදාවට පැමිණිය හැකි ඕනෑම තැනකට ගොඩබිම් බලය යෙදවීමේ හැකියාව ඔබේ රටට ඇති බවයි. 