You are correct. But as you might guess the situation was far more complicated than that.

In 1803 the UK and France went back to war. Portugal was a long standing ally of England, but wanted no part of war with Napoleon. So the regent João (later João VI) tried to walk a line of neutrality between them. João was in a precarious position as he was ruling on behalf of his insane mother Maria I, and not by his own authority.

In 1807 Napoleon demanded that Portugual join the continental system, close their ports to the British, and seize British property. João not wanting to piss off his British allies only did part of what Napoleon wanted, stoping short of seizing property. He hoped that would be enough to appease Napoleon while stil not upsetting the British too much. It wasn't enough and by November Napoleon had troops marching on Lisbon.

On November 29th, some 15,000 Portuguese royalty, nobility, and attendants boarded Portuguese and British ships and sailed for Brazil. On December 1st general Jean-Andoche Junot entered Portugal. Portugal was divided into three zones of occupation and the Spanish and French took over rule of the country.

The Portuguese populous didn't take too kindly to the occupation. In 1808 the locals joined in popular uprisings in both Spain and Portugal kicking off the Peninsular war. In 1809 the future Duke of Wellington arrived and drove the French out of Portugal. The French were back in country shortly after, and especially the north of Portugal was invaded and liberated several times. In 1811 Wellington was able to push out of Portugal for good, and the rest of the Peninsular war was fought exclusively in Spain. During these first few years it's hard to say anyone was ruling Portugal, let alone the Portuguese court in distant Rio. Rule either fell to whatever local politicians could hold, or to whichever military officer happened to be closest. 

Before long the British officer, William Beresford was made Marshal and commander in chief of the Portuguese army, in March of 1809. He also acted more or less as the military governor of Portugal throughout the rest of the Napoleonic wars. As time passed this role was made more and more official, but it was largely just the Brazilian court recognizing the power he had already just simply seized. As the years passed, even after the war ended, he made trips every couple of years to Rio where he was consistently invested with more and more power.

The Portuguese were very unhappy with this turn of events. Once the war was over they had expected to see the court return to Lisbon. They wanted a return to preeminent status in the empire, and they wanted their British overlord to go away. So in 1820 when Beresford returned from a visit to the Court in Rio, he found a revolution in progress, and the locals didn't even let him off his ship. The revolutionaries demanded a return of the crown, that Brazil be downgraded back to a colony, and a constitution. By 1822 got everything they wanted. 

So while nominally Portugal was ruled by Brazil for 15 years or so, in practice war and insurrection greatly limited the court's practical control. Functionally Portugal was ruled by no one or everyone depending on local conditions. Little thought was given to the opinions of the far away court in Rio. Most of all it was ruled by a British general who's authority was half appointed and half seized. It's hard to say that there was ever a point that Portugal was essentially ruled from Brazil.
ඔබ හරි. නමුත් ඔබ අනුමාන කළ හැකි පරිදි තත්වය ඊට වඩා බෙහෙවින් සංකීර්ණ විය. 1803 දී එක්සත් රාජධානිය සහ ප්‍රංශය නැවතත් යුද්ධයකට අවතීර්ණ විය. පෘතුගාලය එංගලන්තයේ දිගුකාලීන මිත්‍රයෙකු වූ නමුත් නැපෝලියන් සමඟ යුද්ධයේ කොටසක් අවශ්‍ය නොවීය. එබැවින් රීජන්ට් ජෝඕ (පසුව ජොආඕ VI) ඔවුන් අතර මධ්‍යස්ථ රේඛාවක් ගමන් කිරීමට උත්සාහ කළේය. ඔහුගේ උමතු මව වන මාරියා I වෙනුවෙන් මිස ඔහුගේම අධිකාරියෙන් නොව, ජොආවෝ සිටියේ අවිනිශ්චිත තත්වයක ය. 1807 දී නැපෝලියන් පෘතුගාලයට මහාද්වීපික පද්ධතියට සම්බන්ධ වන ලෙසත්, ඔවුන්ගේ වරායන් බ්‍රිතාන්‍යයන්ට වසා දමන ලෙසත්, බ්‍රිතාන්‍ය දේපළ අත්පත් කර ගන්නා ලෙසත් ඉල්ලා සිටියේය. ඔහුගේ බ්‍රිතාන්‍ය සහචරයින් අවුල් කිරීමට අවශ්‍ය නොවූ ජොආඕ නැපෝලියන්ට අවශ්‍ය දෙයින් කොටසක් පමණක් කළේය, දේපළ අත්පත් කර ගැනීම නතර කළේය. එය නැපෝලියන් සනසන්නට ප්‍රමාණවත් වනු ඇතැයි ඔහු බලාපොරොත්තු වූ අතර බ්‍රිතාන්‍යයන් ඕනෑවට වඩා කලබල නොකළේය. එය ප්‍රමාණවත් නොවූ අතර නොවැම්බර් වන විට නැපෝලියන් ලිස්බන් වෙත හමුදා ගමන් කළේය. නොවැම්බර් 29 වෙනිදා පෘතුගීසි රාජකීයයන්, වංශවත් අය සහ සේවකයෝ 15,000ක් පමණ පෘතුගීසි සහ බ්‍රිතාන්‍ය නැව්වලට නැග බ්‍රසීලය බලා යාත්‍රා කළහ. දෙසැම්බර් 1 වන දින ජෙනරාල් ජීන් ඇන්ඩෝචේ ජූනොට් පෘතුගාලයට ඇතුළු විය. පෘතුගාලය වාඩිලාගැනීමේ කලාප තුනකට බෙදා ඇති අතර ස්පාඤ්ඤ සහ ප්රංශ ජාතිකයන් රටේ පාලනය අත්පත් කර ගත්හ. පෘතුගීසි ජනගහනය වාඩිලෑමට එතරම් කාරුණික නොවීය. 1808 දී ප්‍රදේශවාසීන් ස්පාඤ්ඤයේ සහ පෘතුගාලයේ අර්ධද්වීප යුද්ධය ආරම්භ කරමින් මහජන නැගිටීම්වලට සම්බන්ධ වූහ. 1809 දී අනාගත වෙලින්ටන් ආදිපාදවරයා පැමිණ ප්‍රංශ ජාතිකයන් පෘතුගාලයෙන් පලවා හැරියේය. ප්‍රංශ ජාතිකයන් ටික කලකට පසු නැවත රටට පැමිණි අතර විශේෂයෙන් පෘතුගාලයේ උතුර කිහිප වතාවක්ම ආක්‍රමණය කර නිදහස් කරන ලදී. 1811 දී වෙලින්ටන්ට පෘතුගාලයෙන් යහපත සඳහා තල්ලු කිරීමට හැකි වූ අතර අර්ධද්වීප යුද්ධයේ ඉතිරි කොටස ස්පාඤ්ඤයේ පමණක් සටන් කරන ලදී. මෙම මුල් වසර කිහිපය තුළ ඈත රියෝහි පෘතුගීසි උසාවිය තබා කිසිවෙකු පෘතුගාලය පාලනය කළේ යැයි පැවසීම දුෂ්කර ය. එක්කෝ ප්‍රාදේශීය දේශපාලඥයින්ට තබාගත හැකි ඕනෑම දෙයකට හෝ සමීපතම හමුදා නිලධාරියා වෙතට පාලනය වැටුණි. වැඩි කල් යන්නට මත්තෙන්, බ්‍රිතාන්‍ය නිලධාරියා වූ විලියම් බෙරෙස්ෆර්ඩ් 1809 මාර්තු මාසයේදී මාර්ෂල් සහ පෘතුගීසි හමුදාවේ අණදෙන නිලධාරියා ලෙස පත් කරන ලදී. ඔහු නැපෝලියන් යුද්ධවල ඉතිරි කාලය පුරාම පෘතුගාලයේ හමුදා ආණ්ඩුකාරවරයා ලෙසද අඩු වැඩි වශයෙන් ක්‍රියා කළේය. කාලය ගෙවී යත්ම, මෙම භූමිකාව වඩ වඩාත් නිල බවට පත් කරන ලදී, නමුත් එය බොහෝ දුරට බ්‍රසීලියානු උසාවිය විසින් ඔහු දැනටමත් සරලව අල්ලාගෙන සිටි බලය හඳුනාගෙන ඇත. වසර ගණනාවක් ගෙවී යද්දී, යුද්ධය අවසන් වීමෙන් පසුව පවා, ඔහු සෑම වසර දෙකකට වරක් රියෝ වෙත සංචාරය කළේය, එහිදී ඔහු වැඩි වැඩියෙන් බලය සමඟ නිරතුරුවම ආයෝජනය කළේය. පෘතුගීසිහු මෙම සිදුවීම සම්බන්ධයෙන් දැඩි නොසතුටට පත් වූහ. යුද්ධය අවසන් වූ පසු උසාවිය ලිස්බන් වෙත ආපසු යාමට ඔවුන් බලාපොරොත්තු විය. ඔවුන්ට අධිරාජ්‍යයේ ප්‍රමුඛතම තත්ත්වයට නැවත පැමිණීම අවශ්‍ය වූ අතර ඔවුන්ගේ බ්‍රිතාන්‍ය අධිපතියා ඉවත්ව යාමට ඔවුන්ට අවශ්‍ය විය. එබැවින් 1820 දී බෙරෙස්ෆර්ඩ් රියෝ හි උසාවියට ගොස් ආපසු පැමිණි විට, ඔහු විප්ලවයක් සිදුවෙමින් පවතින බව සොයා ගත් අතර, ප්‍රදේශවාසීන් ඔහුට ඔහුගේ නැවෙන් බැසීමට පවා ඉඩ දුන්නේ නැත. විප්ලවවාදීන් ඉල්ලා සිටියේ ඔටුන්න ආපසු ලබා දෙන ලෙසත්, බ්‍රසීලය යටත් විජිතයක් බවට පත් කරන ලෙසත්, ව්‍යවස්ථාවක් සම්පාදනය කරන ලෙසත් ය. 1822 වන විට ඔවුන්ට අවශ්‍ය සියල්ල ලැබුණි. එබැවින් නාමිකව පෘතුගාලය වසර 15ක් හෝ ඊට වැඩි කාලයක් බ්‍රසීලය විසින් පාලනය කරන ලද අතර, ප්‍රායෝගිකව යුද්ධය සහ කැරැල්ල හේතුවෙන් අධිකරණයේ ප්‍රායෝගික පාලනය බෙහෙවින් සීමා විය. ක්‍රියාකාරී ලෙස පෘතුගාලය පාලනය කරනු ලැබුවේ ප්‍රාදේශීය තත්වයන් මත පදනම්ව කිසිවෙකු හෝ සියල්ලන් විසින් නොවේ. රියෝහි දුර බැහැර උසාවියේ අදහස් ගැන ටිකක් සිතුවේය. සියල්ලටම වඩා එය පාලනය කරනු ලැබුවේ බ්‍රිතාන්‍ය ජෙනරාල්වරයෙකු විසිනි, ඔහුගේ අධිකාරිය අඩක් පත් කර අඩක් අල්ලා ගන්නා ලදී. පෘතුගාලය අත්‍යවශ්‍යයෙන්ම බ්‍රසීලයෙන් පාලනය වූ බව කීමට අපහසුය.