I think what you meant to ask is why some species have come to lose the ability to synthesize certain amino acids - not proteins. Amino acids are the building blocks of proteins. In the process of digestion, any protein that you consume are actually decomposed into the amino acid building blocks, which are then absorbed by your body for whatever use.

Now, as for why species have come to lose the ability to produce certain amino acids? Well, that's kind of a tricky question to answer. The really unsatisfactory answer is that at some point in our past, our diet had these amino acids in sufficiently consistent and large enough supply that when our genes that conferred us the ability to synthesize the amino acids were damaged or lost, the impact on our fitness was minor enough that it wasn't really a problem.
මම හිතන්නේ ඔබ ඇසීමට අදහස් කළේ ප්‍රෝටීන නොව ඇතැම් ඇමයිනෝ අම්ල සංස්ලේෂණය කිරීමේ හැකියාව සමහර විශේෂයන්ට නැති වී ඇත්තේ මන්දැයි යන්නයි. ඇමයිනෝ අම්ල යනු ප්‍රෝටීන වල ගොඩනැඟිලි කොටස් වේ. ආහාර දිරවීමේ ක්‍රියාවලියේදී, ඔබ පරිභෝජනය කරන ඕනෑම ප්‍රෝටීනයක් ඇත්ත වශයෙන්ම ඇමයිනෝ අම්ල ගොඩනැඟිලි කොටස් බවට දිරාපත් වන අතර, ඒවා ඕනෑම භාවිතයක් සඳහා ඔබේ ශරීරයට අවශෝෂණය වේ. දැන්, සමහර ඇමයිනෝ අම්ල නිපදවීමේ හැකියාව විශේෂයන්ට නැති වී ඇත්තේ ඇයි? හොඳයි, ඒක උත්තර දෙන්න අමාරු ප්‍රශ්නයක්. ඇත්ත වශයෙන්ම අසතුටුදායක පිළිතුර නම්, අපගේ අතීතයේ යම් අවස්ථාවක දී, අපගේ ආහාර වේලෙහි මෙම ඇමයිනෝ අම්ල ප්‍රමාණවත් තරම් ස්ථාවර සහ ප්‍රමාණවත් තරම් විශාල සැපයුමකින් තිබීමයි, ඇමයිනෝ අම්ල සංස්ලේෂණය කිරීමේ හැකියාව අපට ලබා දුන් අපගේ ජාන වලට හානි වූ විට හෝ නැති වූ විට, අපගේ යෝග්‍යතාවයට ඇති බලපෑම. එය ඇත්තෙන්ම ගැටලුවක් නොවන තරමට කුඩා විය.