تم اقتراح عدد من نماذج سلسلة ماركوف المختلفة لتطور تسلسل الحمض النووي تختلف نماذج الاستبدال هذه من حيث المعايير المستخدمة لوصف النسب التي يستبدل فيها أحد النوكليوتيدات مكان الآخر خلال التطور وكثيرا ما تستخدم هذه النماذج في تحليلات التطور الجزيئية النسالة الجزيئية على وجه الخصوص يتم استخدامها أثناء حساب احتمالية الشجرة في استدلال بايزي تقدير الاحتمال ويتم استخدامها لتقدير المسافة التطورية بين التسلسلات من الاختلافات المرصودة بينها المقدمة هذه النماذج هي وصف لظاهرة تطور الحمض النووي كسلسلة لأربعة أحداث منفصلة نماذج ماركوف هذه لا تصف آلية حدوث الطفرات والانتخاب الطبيعي بل يصفون المعدلات النسبية للتغييرات المختلفة على سبيل المثال من المحتمل أن تكون التحيزات الطفرية وتنقية الاختيار التي تفضل التغييرات المتحفظة مسؤولة عن المعدل المرتفع نسبيا للتحولات انتقال وراثة مقارنة تبدال في التسلسلات المتطورة ومع ذلك فإن نموذج كيمورا الموضح أدناه يحاول فقط التقاط تأثير كلتا القوتين في معاملات تعكس المعدل النسبي للانتقالات إلى التحولات يتم إجراء التحليلات التطورية للتسلسلات على مجموعة واسعة من المقاييس الزمنية وبالتالي فمن الملائم التعبير عن هذه النماذج من حيث معدلات التغيير الآنية بين الدول المختلفة المصفوفات أدناه إذا تم منحنا حالة البداية السلف في موضع واحد فإن مصفوفة للنموذج وطول الفرع تعبر عن العدد المتوقع للتغييرات التي حدثت منذ السلف ثم يمكننا بعد ذلك معرفة احتمالية التسلسل التنازلي في كل حالة من الحالات الأربع التفاصيل الرياضية لهذا التحول من مصفوفة المعدل   إلى مصفوفة الاحتمالات   موضحة في قسم رياضيات نماذج الاستبدال      في صفحة نموذج الاستبدال   من خلال التعبير عن النماذج من حيث معدلات التغيير الآني يمكننا تجنب تقدير عدد كبير من المعايير لكل فرع على شجرة التطور أو كل مقارنة إذا كان التحليل يتضمن العديد من المقارنات المتتالية تصف النماذج الموضحة في هذه الصفحة تطور موقع واحد داخل مجموعة من التسلسلات وغالب ما يتم استخدامها لتحليل تطورموقع كروموسومي كامل من خلال افتراض مبسط بأن المواقع المختلفة تتطور بشكل متغيرات مستقلة ومتشابهة التوزيع هذا الافتراض قد يكون له ما يبرره إذا كان من الممكن افتراض أن المواقع تتطور بشكل محايد إذا كان التأثير الأساسي للانتخاب الطبيعي على تطور التتابعات هو تقييد بعض المواقع فيمكن استخدام نظرية التطور الجزيئي المحايدة يسمح هذا النهج للمرء بتقدير مصفوفة واحدة فقط لمعايير الاستبدال النسبية ومجموعة أخرى من المعايير التي تصف التباين في المعدل الإجمالي للإستبدال عبر المواقع تطور الحمض النووي كسلسلة ماركوف الزمنية المتواصلة سلاسل ماركوف المستمرة تشتمل سلسلة ماركوف المستمرة على المصفوفات الانتقالية المعتادة والتي يتم تحديدها من خلال الوقت على وجه التحديد إذا  سوف تتغير إلى حالة مثال نرغب في تصميم عملية الاستبدال في تسلسلات الحمض النووي بطريقة مستمرة ستبدو مصفوفات الانتقال المقابلة كما يلي حيث تتطابق  العلوية والسفلية اليمنى مع احتمالات الانتقال وتتوافق  العلوية اليمنى واليمنى اليسرى مع احتمالات الانقلاب افتراض إذا في وقت سوف يكون في الحالة نظرية مصفوفات الانتقال الزمنية المستمرة تلبي ملاحظة يوجد هنا خلط محتمل بين معنيين لكلمة انتقال في مصطلح سلاسل ماركوف فإن الانتقال هو المصطلح العام للتغيير بين حالتين  في مصطلح التغيرات النيوكليوتيدية في تسلسلات الحمض النووي يعتبر الانتقال مصطلح محدد للتبادل بين اثنين من البيورين أو إثنين من البيرمدين للحصول على تفاصيل إضافية راجع مقالة حول انتقال وراثة على النقيض من ذلك يسمى تبادل بين بيورين واحد وبيريميدين واحد انظر أيضا استبدال الحشوة مراجع مزيد من القراءة تصنيف علم الوراثة العرقي تصنيف علم تطور السلالات الحاسوبي تصنيف معلوماتية حيوية تصنيف نماذج ماركوف