Twilight Princess terjadi beberapa abad setelah Ocarina of Time dan Majora's Mask, dan dimulai dengan seorang remaja bernama Link yang bekerja sebagai peternakan tangan di Ordon Village. Suatu hari, desa diserang oleh Bulblin, yang membawa anak-anak desa dengan Link dalam pengejaran sebelum ia bertemu dinding Twilight. Shadow Beast menariknya di luar dinding ke Dunia Twilight, di mana dia berubah menjadi serigala dan dipenjara. Link segera dibebaskan oleh seorang imp-like Twilight bernama Midna, yang tidak menyukai Link tapi setuju untuk membantunya jika ia mematuhinya tanpa syarat. Dia membimbingnya ke Putri Zelda. Zelda menjelaskan bahwa Zant, Raja Twilight, telah mencuri cahaya dari tiga dari empat Roh Cahaya dan menaklukkan Hirule. Untuk menyelamatkan Hirule, Link harus terlebih dahulu mengembalikan Roh Cahaya dengan memasuki daerah tertutup Twilight dan, sebagai serigala, memulihkan cahaya roh yang hilang. Dia harus melakukan ini dengan mengumpulkan beberapa "Tears of Light"; setelah semua air mata cahaya dikumpulkan untuk satu daerah, ia memulihkan area itu Light Spirit. Seraya Ia memulihkan mereka, Roh - Roh Cahaya kembali Link ke bentuk Hylian - Nya.
Siapa yang melepaskan Link dari Realm of Twilight?
Midna