Banyak museum terkenal, seperti Museum Seni San Diego, Museum Sejarah Alam San Diego, Museum Man San Diego, Museum of Photographic Arts, dan Museum Udara & Luar Angkasa San Diego terletak di Taman Balboa, yang juga merupakan lokasi Kebun Binatang San Diego. Museum Seni Kontemporary San Diego (MCASD) terletak di La Jolla dan memiliki cabang yang terletak di pusat kota Santa Fe Depot. Kantor cabang pusat kota terdiri dari dua bangunan di dua jalan yang berlawanan. Kota pusat kota Columbia merupakan rumah bagi pameran kapal bersejarah milik Museum Maritim San Diego, yang berjudul Star of India, serta Museum Pesawat San Diego Carrier yang tidak berhubungan dengan kapal induk USS Midway.
Museum apa yang tidak memiliki cabang di Santa Fe Depot?
Kebun Binatang San Diego