Montini dan Angelo Roncalli dianggap sebagai teman, tetapi ketika Roncalli, sebagai Paus John XXIII mengumumkan sebuah dewan Ecumenical baru, Kardinal Montini bereaksi dengan rasa tidak percaya diri dan berkata kepada Giulio Bevilacqua: "Anak tua ini tidak tahu apa sarang lebah dia mengaduk." Dia ditunjuk untuk Komisi Persiapan Pusat pada tahun 1961. Selama Dewan, temannya Paus John XXII memintanya untuk tinggal di Vatikan. Dia adalah anggota Komisi Urusan Luar Biasa tapi tidak terlibat banyak ke dalam perdebatan lantai pada berbagai isu. Penasihat utamanya adalah Monsignore Giovanni Colombo, yang belakangan ditunjuk untuk menjadi penerusnya di Milan Komisi sangat dibayangi oleh desakan John XXIII agar Dewan menyelesaikan semua pekerjaannya dalam satu sesi sebelum Natal 1962, hingga 400 tahun Dewan Trent, sebuah desakan yang mungkin juga dipengaruhi oleh pengetahuan Paus baru-baru ini bahwa ia menderita kanker.
Kelompok apa yang menentang reformasi Montini?
dewan Ecumenical baru