Alat utama lain dalam diagnosis penyakit menular adalah mikroskopik. Hampir semua teknik budaya yang dibahas di atas bergantung, pada beberapa titik, pada pemeriksaan mikroskopis untuk identifikasi definitif dari agen menular. Mikroskopi dapat dilakukan dengan instrumen sederhana, seperti mikroskop cahaya majemuk, atau dengan instrumen yang rumit seperti mikroskop elektron. Sampel yang diperoleh dari pasien dapat dilihat langsung di bawah mikroskop cahaya, dan sering kali dapat dengan cepat mengarah ke identifikasi. Mikroskopi sering kali juga digunakan bersamaan dengan teknik pewarnaan biokimia, dan dapat dibuat sangat spesifik bila digunakan dalam kombinasi dengan teknik berbasis antibodi. Misalnya, penggunaan antibodi yang dibuat secara artifisial berfluorescent antibodi (fluorescent label) dapat diarahkan untuk mengikat dan mengidentifikasi antigen tertentu yang ada pada patogen. Mikroskop fluoresensi kemudian digunakan untuk mendeteksi antibodi berlabel fluoresensi yang terikat pada antigen internal dalam sampel klinis atau sel-sel berbudaya. Teknik ini khususnya berguna dalam diagnosis penyakit virus, di mana mikroskop cahaya tidak mampu mengidentifikasi virus secara langsung.
Apa antibodi dengan fluoresensi buatan tidak bisa dilakukan?
mengikat dan mengidentifikasi antigen tertentu yang ada pada patogen