Klasifikasi berupaya menggambarkan keragaman spesies bakteri dengan menamai dan mengelompokkan organisme berdasarkan kesamaan. Bakteri dapat digolongkan berdasarkan struktur sel, metabolisme sel atau perbedaan komponen sel, seperti DNA, asam lemak, pigmen, antigen dan kina. Meskipun rancangan ini memungkinkan identifikasi dan klasifikasi strain bakteri, tidak jelas apakah perbedaan ini menggambarkan variasi antara spesies yang berbeda atau antara jenis spesies yang sama. Ketidakpastian ini disebabkan kurangnya struktur khas pada kebanyakan bakteri, serta transfer gen lateral antara spesies yang tidak berhubungan. Karena transfer gen lateral, beberapa bakteri yang erat terkait dapat memiliki morfolologi dan metabolisme yang sangat berbeda. Untuk mengatasi ketidakpastian ini, klasifikasi bakteri modern menekankan sistematik molekular, menggunakan teknik genetik seperti rasio cytosin guanine determinasi, hibridisasi genom-genom, serta mengurutkan gen yang belum mengalami transfer gen lateral yang luas, seperti gen RRNA. Klasifikasi bakteri ditentukan oleh publikasi dalam International Journal of Systematik Bacteriology, dan Manual Sistemat Bakteriologi Bergey. Komite Internasional pada Bakteriikologi Sistematik (ICSB) mempertahankan aturan internasional untuk penamaan bakteri dan kategori taksonomis dan untuk peringkat mereka dalam Kode Nomenklatif Bakteria Internasional.
Apa yang mendukung ketidakpastian dalam klasifikasi antara jenis bakteri yang sama?
kurangnya struktur khas pada kebanyakan bakteri,