Bandara komersial utama kota itu adalah Bandara Internasional San Diego (SAN), yang juga dikenal sebagai Lindbergh Field. Ini adalah bandara tunggal tersibuk di Amerika Serikat. Ia melayani lebih dari 17 juta penumpang pada tahun 2005, dan menghadapi jumlah yang semakin besar setiap tahunnya. Pulau ini terletak di Teluk San Diego 4,8 kilometer dari pusat kota. Bandara Internasional San Diego mempertahankan jadwal penerbangan ke Amerika Serikat lainnya termasuk Hawaii, serta Meksiko, Kanada, Jepang, dan Inggris. Hal ini dioperasikan oleh lembaga independen, San Diego Regional Airport Authority. Selain itu, kota itu sendiri mengoperasikan dua bandara avitasi umum, Montgomery Field (MYF) dan Brown Field (SDM). Pada 2015, Terminal Tijuana Cross-border di Otay Mesa akan memberikan akses langsung ke Bandara Internasional Tijuana, dengan penumpang berjalan melintasi perbatasan AS.
Apa dua bandara penerbangan umum dioperasikan oleh Otoritas Bandara San Francisco Regional?
Montgomery Field (MYF) dan Brown Field (SDM)