Bangsa ini hampir langsung jatuh ke dalam perang sipil yang melibatkan berbagai faksi berkelahi satu sama lain; Faksi-faksi ini sering dibedakan oleh loyalitas klan. Lebih dari 500.000 penduduk melarikan diri selama masa ini karena penganiayaan, meningkatnya kemiskinan dan peluang ekonomi yang lebih baik di Barat atau di bekas republik Soviet lainnya. Emomali Rahmon berkuasa pada tahun 1992, mengalahkan mantan perdana menteri Abdumik Abdullajanov dalam pemilihan presiden November dengan 58% suara. Pemilu berlangsung tidak lama setelah perang berakhir, dan Tajikistan berada dalam keadaan hancur total. Diperkirakan tewas berjumlah lebih dari 100.000 orang. Sekitar 1.2 juta orang menjadi pengungsi di dalam dan di luar negeri. Pada tahun 1997, gencatan senjata dicapai antara Partai Rahmon dan oposisi di bawah bimbingan Gerd D. Merrem, Perwakilan Khusus untuk Sekretaris Jenderal, hasilnya secara luas dipuji sebagai inisiatif perdamaian PBB yang sukses. Gencatan senjata dijamin 30% posisi menteri akan pergi ke oposisi. Pemilu diadakan pada tahun 1999, meskipun mereka dikritik oleh pihak oposisi dan pengamat asing sebagai tidak adil dan Rahmon terpilih kembali dengan 98% suara. Pemilu pada tahun 2006 sekali lagi dimenangkan oleh Rahmon (dengan 79% suara) dan dia memulai masa jabatannya yang ketiga di kantor. Beberapa pihak oposisi memboikot pemilu 2006 dan Organisasi Keamanan dan Kerja Sama di Eropa (OSCE) mengkritiknya, meskipun para pengamat dari Negara Bagian Persemakmuran mengklaim pemilu itu sah dan transparan. Administrasi Rahmon mendapat kritik lebih lanjut dari OSCE pada bulan Oktober 2010 karena penyensoran dan penindasan media. OSCE menyatakan bahwa Pemerintah Tajik menyensor Tajik dan situs-situs asing dan menetapkan inspeksi pajak pada rumah-rumah percetakan independen yang menyebabkan penghentian kegiatan pencetakan untuk sejumlah surat kabar independen.
Pemilu terjadi tak lama sebelum awal dari apa?
perang