Kota ini dikuras oleh tiga sungai; Barat, Mill, dan Quinnipiak, dinamai dari barat ke timur. Sungai Barat mengalir ke pelabuhan West Haven, sementara sungai Mill dan Quinnipiak mengalir ke pelabuhan New Haven. Kedua pelabuhan itu adalah pusat dari Long Island Sound. Selain itu, beberapa aliran sungai yang lebih kecil mengalir di lingkungan kota, termasuk Wintergreen Brook, Beaver Ponds Outlet, Wilmot Brook, Belden Brook, dan Prospect Creek. Tidak semua sungai kecil ini terus mengalir sepanjang tahun.
Sungai sebelah timur menyandang nama Suku asli Amerika yang pernah tinggal di New Haven, siapa namanya?
Quinnipiak