Bab IX membahas fakta bahwa catatan geologis muncul untuk menunjukkan bentuk-bentuk kehidupan tiba-tiba muncul, tanpa jumlah fosil transisi diharapkan dari perubahan bertahap. Darwin meminjam Charles Lyell apos; argumen s dalam Prinsip Geologi bahwa catatan sangat tidak sempurna sebagai fosilisasi adalah sangat jarang terjadi, menyebar selama periode waktu yang luas; Karena hanya sedikit daerah yang telah dijelajahi secara geologis, hanya ada sebagian pengetahuan tentang pembentukan geologi, dan koleksi fosil yang sangat miskin. Varietas lokal berkembang yang bermigrasi ke daerah yang lebih luas tampaknya muncul tiba-tiba spesies baru. Darwin tidak berharap untuk dapat merekonstruksi sejarah evolusi, namun penemuan yang terus menerus memberinya harapan yang kuat bahwa penemuan baru kadang-kadang akan mengungkapkan bentuk transisi. Untuk memperlihatkan bahwa sudah cukup waktu bagi seleksi alam untuk bekerja perlahan - lahan, ia menyebutkan lagi Prinsip - prinsip Geologi dan pengamatan - pengamatan lain yang didasarkan atas sedimentasi dan erosi, termasuk perkiraan bahwa erosi terhadap The Weald telah memakan waktu 300 juta tahun. Penampilan awal dari seluruh kelompok organisme yang dikembangkan dengan baik pada lapisan-lapisan fosil tertua, sekarang dikenal sebagai ledakan Kambrium, menimbulkan masalah. Darwin tidak ragu bahwa laut sebelumnya telah dikerumuni dengan makhluk hidup, tetapi menyatakan bahwa ia tidak memiliki penjelasan yang memuaskan atas kurangnya fosil. Fosil bukti kehidupan pra-Kambian sejak ditemukan, memperpanjang sejarah kehidupan kembali selama miliaran tahun.
Argumen siapa yang Darwin pinjam bahwa catatan geologi sangat tidak sempurna, karena fosilisasi jarang terjadi?
Charles Lyell