Perkembangbiakan universitas belum tentu merupakan kemajuan yang tetap, karena abad ke - 17 sarat dengan peristiwa - peristiwa yang berdampak buruk terhadap ekspansi universitas. Banyak perang, dan terutama Perang Tiga Puluh Tahun, mengganggu lanskap universitas di seluruh Eropa pada waktu yang berbeda. Perang, wabah, bala kelaparan, pembunuhan massal, dan perubahan dalam kuasa dan struktur agama sering kali berdampak buruk terhadap masyarakat yang menyediakan dukungan bagi universitas. Perselisihan internal dalam universitas sendiri, seperti perkelahian mahasiswa dan profesor absensi, bertindak untuk mendestabilisasi lembaga-lembaga ini juga. Universis juga enggan menyerahkan curricula yang lebih tua, dan kebergantungan yang terus - menerus pada karya Aristoteles menantang kemajuan modern dalam ilmu pengetahuan dan seni. Era ini juga dipengaruhi oleh kebangkitan negara bangsa. Seraya universitas - universitas semakin berada di bawah kendali negara, atau dibentuk di bawah naungan negara bagian itu, model pengelolaan fakultas (begun oleh University of Paris) menjadi semakin menonjol. Meskipun universitas-universitas yang lebih tua masih ada, mereka perlahan-lahan mulai bergerak menuju organisasi struktural ini. Kontrol universitas masih cenderung independen, meskipun kepemimpinan universitas semakin ditunjuk oleh negara.
Bagaimana seseorang menggambarkan kontrol universitas sebelum negara-bangsa di abad ke-18?
lebih tua