Pada tahun 1565, pangeran kuat Rinbung digulingkan oleh salah satu menteri mereka sendiri, Karma Tseten yang bergaya dirinya sebagai Tsangpa, "salah satu dari Tsang", dan mendirikan basis kekuasaan di Shigatse. Penerus kedua dari raja Tsang pertama ini, Karma Phuntsok Namgyal, mengambil alih seluruh Central Tibet (#-Tsang), yang berkuasa dari 16111621. Meskipun demikian, para pemimpin Lhasa masih mengklaim kesetiaan mereka kepada Phagmodru serta Gelug, sementara raja Tsang bersekutu dengan Karmapa. Ketegangan meningkat antara penguasa nasionalistik-Tsang dan Mongol yang menjaga mereka Mongol Dalai Lama di Lhasa. Dalai Lama keempat menolak untuk memberikan penonton kepada raja #-Tsang, yang memicu konflik sebagai yang terakhir mulai menyerang biara Gelug. Chen menulis tentang spekulasi atas kematian misterius Dalai Lama keempat dan plot raja #-Tsang untuk memiliki dia dibunuh untuk "menghukum" dia dengan penyakit, meskipun Chen menulis bahwa pembunuhan kemungkinan besar hasil dari perebutan kekuasaan feodal. Pada tahun 1618, hanya dua tahun setelah Yonten Gyatso meninggal, Gelug dan Karma Kargyu pergi berperang, Karma Kargyu didukung oleh seorang raja sekuler / Tsang. Penguasa Tsang memiliki sejumlah besar Gelugpa lamas dibunuh, diduduki biara mereka di Drepung dan Sera, dan dilarang setiap upaya untuk menemukan lain Dalai Lama. Pada tahun 1621, raja Tsang meninggal dan berhasil oleh anak mudanya Karma Tenkyong, sebuah peristiwa yang menstimulasi upaya perang sebagai yang terakhir menerima Lozang Gyatso enam tahun sebagai Dalai Lama yang baru. Terlepas dari upaya diplomatik Dalai Lama yang baru untuk mempertahankan hubungan bersahabat dengan penguasa baru # Tsang, Sonam Rapten (1595), kepala pengurus dan bendahara Dalai Lama di Drepang, berupaya menggulingkan raja yang lain. Pada tahun 1633, Gelugpas dan beberapa ribu pengikut Mongol mengalahkan pasukan raja Tsang dekat Lhasa sebelum negosiasi damai diselesaikan. Goldstein menulis bahwa dalam "Mongols lagi memainkan peran penting dalam urusan Tibet, kali ini sebagai lengan militer Dalai Lama."
Siapa yang punya aliansi dengan raja Tsang?
Karmapa