Istilah "bacteria" secara tradisional diterapkan untuk semua mikroskopis, sel tunggal prokaryotes. Akan tetapi, sistematik molekuler memperlihatkan kehidupan prokariotik yang terdiri dari dua domain terpisah, yang semula disebut Eubacteria dan Archaebacteria, tetapi sekarang disebut Bakteri dan Archaea yang berevolusi bebas dari nenek moyang zaman dahulu. Arkea dan eukaryotes lebih dekat satu sama lain daripada keduanya adalah bakteri. Kedua domain ini, bersama dengan Eukarya, adalah dasar dari sistem tiga domain, yang saat ini merupakan sistem klasifikasi yang paling luas digunakan dalam mikrobiolologi. Akan tetapi, karena diperkenalkannya molekul sistematis yang relatif baru - baru ini dan meningkat pesatnya jumlah urutan genom yang tersedia, klasifikasi bakteri masih merupakan bidang yang berubah dan berkembang. Sebagai contoh, beberapa ahli biologi berpendapat bahwa Archaea dan Eukaryotes berevolusi dari bakteri Gram-positif.
Sistem domain apa yang biasanya digunakan sekarang untuk mengklasifikasikan mikroorganisme?
sistem tiga domain