Setelah mendapatkan Pedang Master, Link dibersihkan dari sihir yang membuatnya dalam bentuk serigala, mendapatkan Shadow Crystal. Sekarang mampu menggunakannya untuk beralih antara kedua bentuk sesuai keinginan, Link dipimpin oleh Midna ke Cermin Twilight terletak jauh di dalam Gurun Gerudo, satu-satunya gerbang dikenal antara Twilight Realm dan Hirule. Namun, mereka mendapati bahwa cermin itu rusak. The Sages di sana menjelaskan bahwa Zant mencoba untuk menghancurkannya, tapi ia hanya bisa menghancurkannya menjadi fragmen; Hanya penguasa sejati Twili dapat benar-benar menghancurkan Cermin Twilight. Mereka juga mengungkapkan bahwa mereka menggunakannya satu abad yang lalu untuk mengusir Ganondorf, pemimpin Gerudo yang mencoba untuk mencuri Triforce, untuk Realm Twilight ketika mengeksekusi dia gagal. Dibantu oleh kelompok perlawanan bawah tanah yang mereka temui di Castle Town, Link dan Midna berangkat untuk mengambil pecahan cermin yang hilang, mengalahkan mereka yang terinfeksi. Setelah portal telah dipulihkan, Midna terungkap menjadi penguasa sejati dari Twilight Realm, merebut kembali oleh Zant ketika ia mengutuknya ke dalam bentuk saat ini. Menghadapi Zant, Link dan Midna mengetahui bahwa kudeta Zant dimungkinkan ketika ia memalsukan perjanjian dengan Ganondorf, yang meminta bantuan Zant untuk menaklukkan Hirule. Setelah Link mengalahkan Zant, Midna memulihkan bayangan Fued, tapi menghancurkan Zant setelah belajar bahwa hanya kematian Ganondorf yang bisa membebaskannya dari kutukannya. Kembali ke Hyrule, Link dan Midna menemukan Ganondorf di Istana Hirule, dengan Zelda tak bernyawa tergantung di atas kepalanya. Ganondorf melawan Link dengan merasuki tubuh Zelda dan akhirnya dengan berubah menjadi binatang buas, tapi Link mengalahkannya dan Midna mampu membangkitkan Zelda.
Tubuh siapa yang digunakan sebagai proxy oleh Ganondorf untuk melawan Link?
Zelda