Manuver militer awal dimulai pada bulan September 1806. Dalam surat yang terkenal untuk Marshal Soult merinci rencana untuk kampanye, Napoleon menjelaskan fitur penting perang Napoleon dan memperkenalkan frase le bataillon-carré ('square batalion'). Dalam sistem bataillon-carré, berbagai korps Grande Armée akan berbaris seragam dalam jarak dekat mendukung. Jika korps tunggal diserang, yang lain bisa cepat muncul ke tindakan dan tiba untuk membantu. Napoleon menyerang Prusia dengan 180.000 tentara, dengan cepat berbaris di tepi kanan Sungai Saale. Seperti kampanye sebelumnya, tujuan utamanya adalah untuk menghancurkan satu lawan sebelum bala bantuan dari yang lain bisa membalikkan keseimbangan perang. Setelah mengetahui keberadaan tentara Prusia, orang Prancis berenang ke arah barat dan menyeberangi Saale dengan kekuatan yang luar biasa. Pada pertempuran kembar Jena dan Auerstedt, yang terjadi pada 14 Oktober, Prancis dengan meyakinkan mengalahkan orang Prusia dan menimbulkan banyak korban. Dengan tewasnya beberapa komandan besar atau lumpuh, raja Prussia terbukti tidak mampu secara efektif memimpin pasukan, yang mulai hancur dengan cepat. Menurut sejarawan Richard Brooks, Prancis berhasil menangkap 140.000 tentara, lebih dari 2.000 meriam dan ratusan gerobak amunisi, semuanya dalam satu bulan. Sejarawan David Chandler menulis tentang pasukan Prusia: "Tidak pernah memiliki moral tentara manapun lebih sepenuhnya hancur." Meskipun kekalahan mereka luar biasa, orang Prusia menolak bernegosiasi dengan orang Prancis sampai Rusia mendapat kesempatan untuk ikut berperang.
Berapa banyak pasukan yang Napoleon gunakan untuk invasi Prusia?
180.000 tentara