Pada tahun 1939, Biro mulai menyusun daftar penahanan kustodian dengan nama orang - orang yang akan ditahan sewaktu perang dengan bangsa - bangsa Axis. Sebagian besar nama-nama dalam daftar itu adalah milik para pemimpin komunitas Issei, sebagai penyelidikan FBI yang dibangun pada sebuah indeks Intelijen Naval yang ada yang berfokus pada Amerika Jepang di Hawaii dan Pantai Barat, namun banyak warga Jerman dan Italia juga menemukan jalan mereka ke daftar rahasia. Robert Shivers, kepala kantor Honolulu, memperoleh izin dari Hoover untuk mulai menahan orang-orang pada daftar pada tanggal 7 Desember 1941, sementara bom masih jatuh di atas Pearl Harbor. Penangkapan massal dan pencarian rumah (dalam kebanyakan kasus dilakukan tanpa surat perintah) dimulai beberapa jam setelah serangan itu, dan selama beberapa minggu berikutnya lebih dari 5.500 Issei pria dibawa ke tahanan FBI. Pada tanggal 19 Februari 1942, Presiden Franklin Roosevelt mengeluarkan Perintah Eksekutif 9066, menyetujui penghapusan Amerika Jepang dari Pantai Barat. Direktur FBI Hoover menentang pemindahan massal dan kurungan Amerika Jepang disahkan di bawah Perintah Eksekutif 9066, tapi Roosevelt menang. Sebagian besar mengikuti perintah eksklusi berikutnya, tetapi dalam beberapa kasus di mana orang Amerika Jepang menolak untuk mematuhi peraturan militer baru, agen FBI menangani penangkapan mereka. Biro melanjutkan pengawasan terhadap Amerika Jepang sepanjang perang, melakukan pemeriksaan latar belakang pada pelamar untuk pemukiman kembali di luar kamp, dan memasuki kamp-kamp (biasanya tanpa izin Pejabat Otoritas Relokasi Perang) dan mengurus informan untuk memantau para pembangkang dan "pembuat masalah." Setelah perang, FBI ditugaskan untuk melindungi warga Amerika Jepang yang kembali dari serangan oleh komunitas kulit putih yang bermusuhan.
Kelompok apa yang FBI terus awasi?
Amerika Jepang