Seri ini ditetapkan tiga tahun setelah peristiwa Digimon Adventure 02, ketika Digimon yang berubah nakal oleh infeksi misterius muncul untuk mendatangkan malapetaka di Dunia Manusia. Tai dan yang lainnya DigiDestined dari seri asli bersatu kembali dengan mitra mereka dan mulai melawan kembali dengan dukungan dari pemerintah Jepang, sementara Davis, Yolei, Cody dan Ken dikalahkan oleh musuh yang kuat disebut Alphamon dan menghilang tanpa jejak. Tai dan yang lainnya juga bertemu dengan DigiDestined lain yang disebut Meiko Mochizuki dan rekannya Meicoomon yang menjadi teman mereka, sampai Meicoomon berubah menjadi bermusuhan juga dan melarikan diri setelah pertemuan dengan Ken, yang muncul secara tiba-tiba, sekali lagi sebagai Kaisar Digimon. Seri film juga menampilkan beberapa DigiDestined memiliki mitra mereka Digivolve sampai tingkat Mega untuk pertama kalinya, prestasi hanya Tai dan Matt telah mencapai sebelumnya.
Berapa lama setelah seri lain mulai setelah Petualangan Digimon 02?
tiga tahun