Seperti klasifikasi bakteri, identifikasi bakteri semakin menggunakan metode molekuler. Diagnosa menggunakan alat berbasis DNA, seperti reaksi berantai polimerase, semakin populer karena spesifik dan kecepatan mereka, dibandingkan dengan metode berbasis budaya. Metode-metode ini juga memungkinkan deteksi dan identifikasi dari sel-sel "viable but nonculturable" yang aktif secara metabolis tapi non-bercerai. Akan tetapi, bahkan menggunakan metode - metode yang lebih baik ini, jumlah total spesies bakteri tidak diketahui dan bahkan tidak dapat diperkirakan pasti. Setelah klasifikasi sekarang, ada kurang dari 9.300 spesies prokaryotes yang dikenal, yang mencakup bakteri dan arkea; tetapi upaya untuk memperkirakan jumlah sebenarnya keanekaragaman bakteri telah berkisar dari 107 sampai 109 spesies total å dan bahkan perkiraan yang beragam ini mungkin tidak sesuai dengan banyak pengaturan besarnya.
Apa lagi yang dapat disingkapkan metode klasifikasi molekuler?
identifikasi dari sel-sel "viable but nonculturable" 