Nenek moyang bakteri modern adalah mikroorganisme tunggal yang merupakan bentuk pertama kehidupan muncul di Bumi, sekitar 4 miliar tahun yang lalu. Selama kira - kira 3 miliar tahun, kebanyakan organisme bersifat mikroskopis, dan bakteri serta arkea adalah bentuk kehidupan yang dominan. Pada tahun 2008, fosil makroorganisme ditemukan dan dinamai sebagai biota Prancis. Meskipun fosil bakteri ada, seperti stromatolites, kurangnya morfologi khas mereka mencegah mereka untuk digunakan untuk memeriksa sejarah evolusi bakteri, atau untuk tanggal waktu asal spesies bakteri tertentu. Akan tetapi, urutan gen dapat digunakan untuk merekonstruksi filogeny bakteri, dan penelitian ini menunjukkan bahwa bakteri yang diselaraskan pertama kali dari garis keturunan arcaeal/eukaryotic. Bakteri juga terlibat dalam divergensi evolusi besar kedua, yaitu arkea dan eukaryotes. Di sini, eukaryotes dihasilkan dari masuknya bakteri kuno ke dalam asosiasi endosymbiosis dengan nenek moyang sel eukaryotik, yang mungkin berhubungan dengan Archaea. Ini melibatkan penyerapan oleh sel proto-eukaryotic dari simbiontik alfanproteobantal untuk membentuk baik mitokondria atau hidrogenosomes, yang masih ditemukan di semua Eukarya (kadang-kadang dalam bentuk yang sangat berkurang, mis.g. dalam "amitochondria" protozoa kuno. Kemudian, beberapa eukaryotes yang sudah berisi mitokondria juga menelan cyanobacterial-seperti organisme. Hal ini menyebabkan terbentuknya kloroplas di ganggang dan tanaman. Ada juga beberapa ganggang yang berasal dari peristiwa endosombiotik bahkan belakangan. Di sini, eukaryotes menelan ganggang eukaryotic yang berkembang menjadi "generasi kedua" plastid. Ini dikenal sebagai endosymbiosis sekunder.
Dari kelompok pra-sejarah mana bakteri berkembang?
garis keturunan arcaeal/eukaryotic