Cerita ini berfokus pada seri protagonis Link, yang mencoba untuk mencegah Hirule dari ditelan oleh yang rusak paralel dimensi dikenal sebagai Realm Twilight. Untuk melakukannya, ia mengambil bentuk dari Hylian maupun serigala, dan dibantu oleh makhluk misterius bernama Midna. Permainan berlangsung ratusan tahun setelah Ocarana of Time dan Majora's Mask, dalam garis waktu alternatif dari Wind Waker.
Garis cerita ini mengambil tempat alternatif dari apa garis cerita?
dari Wind