Dalam Bab II, Darwin menyatakan bahwa perbedaan antara spesies dan varietas adalah sewenang-wenang, dengan para ahli tidak setuju dan mengubah keputusan mereka ketika bentuk baru ditemukan. Dia menyimpulkan bahwa "beragam yang ditandai dengan baik mungkin tepat disebut spesies incipient" dan bahwa "spesies hanya kuat ditandai dan permanen varietas" Dia berpendapat untuk berbagai variasi di alam. Para sejarawan telah mengamati bahwa para naturalis telah lama menyadari bahwa individu - individu dari suatu spesies berbeda satu sama lain, tetapi pada umumnya menganggap variasi - variasi tersebut terbatas dan menyimpang dari pola dasar setiap spesies, pola dasar itu tetap ideal dalam pikiran Allah. Darwin dan Wallace membuat variasi di antara individu dari spesies yang sama pusat untuk memahami dunia alam.
Apa yang Darwin berteori tentang spesies yang berbeda sehubungan dengan keragaman?
"spesies hanya kuat ditandai dan permanen varietas"