Sejak tahun 1990-an, pendekatan utama untuk membangun filogenis untuk tanaman hidup telah molekul filogenetik, yang menggunakan karakter molekuler, terutama urutan DNA, bukan karakter morfologis seperti kehadiran atau ketiadaan duri dan areol. Perbedaannya adalah bahwa kode genetik itu sendiri digunakan untuk memutuskan hubungan evolusi, bukannya digunakan secara tidak langsung melalui karakter itu menimbulkan. Clive Stace menggambarkan ini sebagai "akses langsung ke dasar genetik evolusi." Sebagai contoh sederhana, sebelum digunakannya bukti genetika, fungi dianggap sebagai tanaman atau lebih berkaitan erat dengan tanaman ketimbang binatang. Bukti genetika menunjukkan bahwa hubungan evolusi organisme multisel yang benar adalah sebagaimana diperlihatkan dalam cladogram di bawah ini adalah lebih dekat dengan binatang daripada tanaman.
Apakah jamur lebih seperti tanaman atau hewan?
dekat dengan binatang