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  NAME
  	DNAmino.py
  
  VERSION
  	[1.0]
  
  AUTHOR
  	[Jose Rodelmar Ocampo Luna] <joserodelmar@gmail.com>
  	[Other authors]: [Modifications]
  
  
  DESCRIPTION
  	[Programa que traduce una secuencia de RNA en los aminoacidos
  	que codifica, en formato de una letra]
  
  CATEGORY
  	[Analisis de Secuencias]
  
  USAGE
  	[DNAmino.py][-options/arguments]
  
  ARGUMENTS
  	[seq]  [Se usa en la funcion DNAonly para tratar la cadena
  	        de RNA para ser traducida]
  
  FUNCTIONS
      [DNAonly]  [seq]
  
  INPUT
  	[Secuencia de RNA]
  
  NOT WORKING INPUT
      [Si el string de la secuencia de RNA no tiene un largo que sea
      multiplo de 3, el programa no funciona]
  
  OUTPUT
      [Tripletes o codones de DNA, junto con aminoacidos codificados]
  
  EXAMPLES
      [input="AUGGCCAUGGCGCCCAGAACUGAGAUCAAUAGUACCCGUAUUAACGGGUGA"
      programa va a tratar con DNAonly la cadena para pasarla a DNA
      y dividirla en tripletes
      output=
      Estos serian tus tripletes como codones de DNA: ['ATG', 'GCC', 'ATG', 'GCG', 'CCC', 'AGA', 'ACT', 'GAG',
       'ATC', 'AAT', 'AGT', 'ACC', 'CGT', 'ATT', 'AAC', 'GGG', 'TGA']
      Este seria el aminoacido que codifican: ['M', 'A', 'M', 'A', 'P', 'R', 'T', 'E', 'I', 'N', 'S', 'T', 'R', 'I',
      'N', 'G', '_']]
  
  GITHUB
      [https://github.com/Rodel-OL/python_class/blob/master/templates/DNAmino.py]
  
  '''
  # Se le pide al usuario una cadena de RNA cuyo largo sea divisible entre 3
  # y esa cadena se guarda en amino
  print("Dame una cadena de RNA cuyo largo sea multiplo de 3")
  amino = input()
  # aminofinal almacenara los aminoacidos codificados en la secuencia
  aminofinal = []
  # DNA almacenara la cadena amino tratada para ser traducida
  DNA = []
  # en gencode se tienen los tripletes de DNA, y el aminoacido que
  # codifican, es un diccionario
  gencode = {
      'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M', 'ACA':'T',
      'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T', 'AAC':'N', 'AAT':'N',
      'AAA':'K', 'AAG':'K', 'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R',
      'AGG':'R', 'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',
      'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P', 'CAC':'H',
      'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q', 'CGA':'R', 'CGC':'R',
      'CGG':'R', 'CGT':'R', 'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V',
      'GTT':'V', 'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
      'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E', 'GGA':'G',
      'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G', 'TCA':'S', 'TCC':'S',
      'TCG':'S', 'TCT':'S', 'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L',
      'TTG':'L', 'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'_', 'TAG':'_',
      'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'_', 'TGG':'W'}
  # Funcion DNAonly que trata la cadena de RNA para su traduccion
  def DNAonly(seq):
      # Las U se reemplazan por T, para pasar de RNA a DNA, que es
      # lo que usa gencode
      seq2 = seq.replace("U", "T")
      # lon nos da el largo de la secuencia
      lon = len(seq2)
      # En el for, lo que se quiere es que en intervalos de 3, la
      # secuencia de DNA se vaya guardando en la lista DNA
      for i in range(0, lon, 3):
          # En codon se van guardando los tripletes o codones
          codon = seq2[i:i + 3]
          DNA.append(codon)
      return
  # La secuencia amino es tratada con la funcion DNAonly
  DNAonly(amino)
  
  # Para cada elemento o triplete en lista DNA, se va a buscar el
  # "value" correspondiente, es decir, el aminoacido que codifica
  # y este se ira anadiendo a la lista aminofinal
  for triplets in DNA:
      # cod va guardando el aminoacido codificado
      cod = gencode.get(triplets)
      aminofinal.append(cod)
  
  # Se le imprimen a pantalla al usuario, sus codones de DNA
  # y el aminoacido que codifican
  print("Estos serian tus tripletes como codones de DNA:", DNA)
  print("Este seria el aminoacido que codifican:", aminofinal)
  