text: /**
   * @file
   *
   * @author jeff.daily@pnnl.gov
   *
   * Copyright (c) 2015 Battelle Memorial Institute.
   *
   * This file was converted to C code from the raw file found at
   * ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/software/blast/matrices/PAM310, the
   * Center for Bioinformatics, Peking University, China.
   */
  #ifndef _PARASAIL_PAM310_H_
  #define _PARASAIL_PAM310_H_
  
  #include "parasail.h"
  #include "pam_map.h"
  
  #ifdef __cplusplus
  extern "C" {
  #endif
  
  /* # */
  /* # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] */
  /* # */
  /* # PAM 310 substitution matrix, scale = ln(2)/4 = 0.173287 */
  /* # */
  /* # Expected score = -0.779, Entropy = 0.238 bits */
  /* # */
  /* # Lowest score = -9, Highest score = 22 */
  /* # */
  
  static const int parasail_pam310_[] = {
  /*        A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   B   Z   X   * */
  /* A */   2, -1,  0,  0, -2,  0,  0,  1, -1,  0, -2, -1, -1, -4,  1,  1,  1, -6, -4,  0,  0,  0,  0, -9,
  /* R */  -1,  6,  0, -1, -4,  1, -1, -2,  2, -2, -3,  4,  0, -5,  0,  0, -1,  3, -4, -2,  0,  0, -1, -9,
  /* N */   0,  0,  2,  2, -4,  1,  2,  1,  2, -2, -3,  1, -2, -4,  0,  1,  0, -4, -2, -2,  2,  1,  0, -9,
  /* D */   0, -1,  2,  4, -5,  2,  4,  1,  1, -2, -4,  0, -2, -6, -1,  0,  0, -7, -5, -2,  3,  3, -1, -9,
  /* C */  -2, -4, -4, -5, 15, -6, -6, -3, -4, -2, -6, -6, -6, -4, -3,  0, -2, -9,  1, -2, -5, -6, -3, -9,
  /* Q */   0,  1,  1,  2, -6,  4,  3, -1,  3, -2, -2,  1, -1, -5,  0,  0, -1, -5, -4, -2,  2,  3,  0, -9,
  /* E */   0, -1,  2,  4, -6,  3,  4,  1,  1, -2, -3,  0, -2, -6,  0,  0,  0, -7, -5, -2,  3,  3, -1, -9,
  /* G */   1, -2,  1,  1, -3, -1,  1,  5, -2, -2, -4, -1, -3, -5,  0,  1,  0, -8, -6, -1,  1,  0, -1, -9,
  /* H */  -1,  2,  2,  1, -4,  3,  1, -2,  7, -2, -2,  0, -2, -2,  0, -1, -1, -3,  0, -2,  1,  2,  0, -9,
  /* I */   0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2,  4,  3, -2,  3,  1, -2, -1,  0, -5, -1,  4, -2, -2, -1, -9,
  /* L */  -2, -3, -3, -4, -6, -2, -3, -4, -2,  3,  7, -3,  4,  3, -3, -3, -2, -2,  0,  2, -3, -3, -1, -9,
  /* K */  -1,  4,  1,  0, -6,  1,  0, -1,  0, -2, -3,  5,  0, -5, -1,  0,  0, -3, -5, -2,  1,  1, -1, -9,
  /* M */  -1,  0, -2, -2, -6, -1, -2, -3, -2,  3,  4,  0,  6,  1, -2, -2, -1, -4, -2,  2, -2, -2, -1, -9,
  /* F */  -4, -5, -4, -6, -4, -5, -6, -5, -2,  1,  3, -5,  1, 11, -5, -4, -3,  1,  9, -1, -5, -5, -2, -9,
  /* P */   1,  0,  0, -1, -3,  0,  0,  0,  0, -2, -3, -1, -2, -5,  6,  1,  1, -6, -5, -1,  0,  0,  0, -9,
  /* S */   1,  0,  1,  0,  0,  0,  0,  1, -1, -1, -3,  0, -2, -4,  1,  1,  1, -3, -3, -1,  1,  0,  0, -9,
  /* T */   1, -1,  0,  0, -2, -1,  0,  0, -1,  0, -2,  0, -1, -3,  1,  1,  2, -6, -3,  0,  0,  0,  0, -9,
  /* W */  -6,  3, -4, -7, -9, -5, -7, -8, -3, -5, -2, -3, -4,  1, -6, -3, -6, 22,  0, -7, -6, -6, -4, -9,
  /* Y */  -4, -4, -2, -5,  1, -4, -5, -6,  0, -1,  0, -5, -2,  9, -5, -3, -3,  0, 12, -2, -4, -4, -2, -9,
  /* V */   0, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2,  4,  2, -2,  2, -1, -1, -1,  0, -7, -2,  4, -2, -2,  0, -9,
  /* B */   0,  0,  2,  3, -5,  2,  3,  1,  1, -2, -3,  1, -2, -5,  0,  1,  0, -6, -4, -2,  3,  2,  0, -9,
  /* Z */   0,  0,  1,  3, -6,  3,  3,  0,  2, -2, -3,  1, -2, -5,  0,  0,  0, -6, -4, -2,  2,  3,  0, -9,
  /* X */   0, -1,  0, -1, -3,  0, -1, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2,  0,  0,  0, -4, -2,  0,  0,  0, -1, -9,
  /* * */  -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9, -9,  1
  };
  
  static const parasail_matrix_t parasail_pam310 = {
      "pam310",
      parasail_pam310_,
      parasail_pam_map,
      24,
      22,
      -9,
      NULL
  };
  
  #ifdef __cplusplus
  }
  #endif
  
  #endif /* _PARASAIL_PAM310_H_ */
  
  