text: #!/usr/bin/env python
  from __future__ import print_function
  from optparse import OptionParser
  
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  # make_encode_beds.py
  #
  # Extract names for samples from the files.txt descriptions.
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  # main
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  def main():
      usage = 'usage: %prog [options] arg'
      parser = OptionParser(usage)
      #parser.add_option()
      (options,args) = parser.parse_args()
  
      beds_out = open('encode_beds.txt', 'w')
  
      for line in open('encode/files.txt'):
          a = line.split('\t')
  
          bedfile = 'encode/%s' % a[0]
          bedfile = bedfile.replace('Huh7.5', 'Huh75')
  
          attrs = a[1].split(';')
          for i in range(len(attrs)):
              at = attrs[i].strip()
              if at.startswith('cell='):
                  cell = at[5:]
              elif at.startswith('treatment='):
                  treat = at[10:]
                  if treat.find('_') != -1:
                      treat = treat[:treat.find('_')]
                  if treat != 'None':
                      cell += '_%s' % treat
  
          cell = cell.replace('_RO01746','')
          cell = cell.replace('Adult_','')
          cell = cell.replace('_Mobilized','')
  
          print('%s\t%s' % (cell, bedfile), file=beds_out)
  
      beds_out.close()
  
  ################################################################################
  # __main__
  ################################################################################
  if __name__ == '__main__':
      main()
  