text: # RUN WITH /usr/bin/python3 minet.py (python 3.6)
  
  import sys
  import rpy2
  import rpy2.robjects as ro
  import rpy2.robjects.numpy2ri as rn
  import numpy as np
  import xml.dom.minidom as md
  from sklearn.metrics import roc_curve, auc
  from scipy.stats import rankdata
  import pandas as pd
  
  def run_ra(filename, n_genes):
  
      rn.activate()
  
      code = """library(RankAggreg)
  d <- read.table('""" + filename + """')
  d <- as.matrix(d)
  CES <- RankAggreg(d, """ + str(n_genes) + """, method="GA", maxIter=100, verbose=FALSE)
  res <- CES$top.list;
  res;
      """
      f = ro.r(code)
  
      res = list(f)
      
      return res
  
  
  def make_ranked_lists(matrix):
      mat = matrix.copy()
      lst = [list(mat[i].sort_values(ascending=False).index) for i in mat]
      # print(lst)
      return lst
  
  
  def reconsrtuct_df(lst, genes):
      gns = genes.tolist()
      n_genes = len(gns)
      # print(gns, n_genes)
      # print(lst)
      zero_data = np.zeros(shape=(n_genes,n_genes))
      d = pd.DataFrame(zero_data, columns=genes, index=genes)
      for i, gene in enumerate(gns):
          d_gene = np.zeros(shape=(n_genes))
          # print(lst[i])
          d = d.reindex(lst[i])
          # d.index = lst[i]
          for i in range(n_genes):
              d_gene[n_genes - i - 1] = 2 * (i + 1) / (n_genes * n_genes + n_genes)
          d[gene] = d_gene
          # print(d)
          # break
      # d = pd.DataFrame(np.array([0]))
      # print(d.index)
      # print(lst[0])
      d = d.reindex(genes)
      # print(d.index)
      # print(d)
      return d
  
  
  if __name__ == "__main__":
      matrixfiles_num = int(sys.argv[1])
      matrixfiles = [sys.argv[i] for i in range(2, matrixfiles_num + 2)]
      savematrixfile = sys.argv[matrixfiles_num + 2]
      saveresultfile = sys.argv[matrixfiles_num + 3]
      matrices = [pd.read_csv(f, index_col=0, sep='\t') for f in matrixfiles]
      genes = matrices[0].index
      # print(genes)
  
      # print(matrices)
      sz = len(matrices[0])
      for matrix in matrices:
          assert len(matrix) == sz
      # # make_ranked_lists(matrices[0])
      # print(matrices[0])
      # for i in matrices[0]:
      #     # print(matrix.loc[i])
      #     print(matrix[i])
      rankedmatrices = [make_ranked_lists(matrix) for matrix in matrices]
      # print(rankedmatrices[0][0])
      # print(sz)
      res = [None for i in range(sz)]
      for s in range(sz):
          print(s)
          with open(savematrixfile, 'w') as f:
              f.write('\n'.join(['\t'.join(matrix[s]) for matrix in rankedmatrices]) + '\n')
          # print('ready ra')
          res[s] = run_ra(savematrixfile, sz)
      # print(res)
      # res = [['clpP', 'ivbL_ilvBN', 'narK', 'dnaA', 'icdA', 'deoR', 'narL', 'marRAB', 'caiTABCDE', 'fecIR', 'sodA', 'FruR', 'ptsHI_crr', 'nfo', 'caiF', 'ibpAB', 'yhfA', 'tnaLAB', 'nrfABCDEFG', 'fepB', 'dnaKJ', 'cpxAR', 'hflB', 'cytR', 'nagBACD', 'grpE', 'htrA', 'htpG', 'mopB', 'frdABCD', 'crp', 'acs', 'htpY', 'pspABCDE', 'rpoE_rseABC', 'fucPIKUR', 'ecfABC', 'malK_lamB_malM', 'srlAEBD_gutM_srlR_gutQ', 'araBAD', 'melAB', 'aceBAK', 'uppS_cdsA_ecfE', 'araC', 'uhpT', 'xprB_dsbC_recJ', 'ecfH', 'rpoH', 'mopA', 'ompC', 'tsx', 'ansB', 'araJ', 'dmsABC', 'cirA', 'cydAB', 'ppiA', 'fucAO', 'fnr', 'arcA', 'soxS', 'lpxDA_fabZ', 'appY', 'manXYZ', 'ecfG', 'appCBA', 'mglBAC', 'dcuB_fumB', 'cyaA', 'yjdHG', 'malS', 'malI', 'nupG', 'rpoD', 'ecfK', 'fur', 'fhuACDB', 'tonB', 'sdhCDAB_b0725_sucABCD', 'fkpA', 'malEFG', 'cyoABCDE', 'ebgAC', 'araE', 'gntT', 'focA_pflB', 'speC', 'himA', 'ostA_surA_pdxA', 'malT', 'hypABCDE', 'tdcABCDEFG', 'ecfD', 'gltA', 'glgS', 'gntKU', 'lon', 'fixABCX', 'nuoABCEFGHIJKLMN', 'deoCABD'], ['fecIR', 'nfo', 'hflB', 'mopB', 'ppiA', 'uppS_cdsA_ecfE', 'ebgAC', 'deoR', 'htpG', 'tnaLAB', 'fnr', 'grpE', 'malK_lamB_malM', 'mopA', 'glgS', 'ecfH', 'ecfABC', 'ansB', 'mglBAC', 'fepB', 'deoCABD', 'crp', 'speC', 'araC', 'FruR', 'ecfG', 'soxS', 'himA', 'narL', 'fkpA', 'lpxDA_fabZ', 'rpoE_rseABC', 'focA_pflB', 'cirA', 'rpoH', 'ecfK', 'xprB_dsbC_recJ', 'cyaA', 'arcA', 'ostA_surA_pdxA', 'clpP', 'yhfA', 'nupG', 'ibpAB', 'htpY', 'araE', 'caiF', 'acs', 'fucPIKUR', 'araJ', 'sodA', 'sdhCDAB_b0725_sucABCD', 'appCBA', 'rpoD', 'tsx', 'malEFG', 'araBAD', 'aceBAK', 'cpxAR', 'cyoABCDE', 'gntKU', 'cydAB', 'gltA', 'uhpT', 'narK', 'srlAEBD_gutM_srlR_gutQ', 'malS', 'icdA', 'ptsHI_crr', 'malT', 'nuoABCEFGHIJKLMN', 'frdABCD', 'pspABCDE', 'dnaA', 'caiTABCDE', 'dnaKJ', 'marRAB', 'ompC', 'dmsABC', 'ivbL_ilvBN', 'gntT', 'nagBACD', 'tdcABCDEFG', 'melAB', 'tonB', 'ecfD', 'malI', 'htrA', 'fucAO', 'cytR', 'manXYZ', 'yjdHG', 'dcuB_fumB', 'fhuACDB', 'fur', 'lon', 'hypABCDE', 'appY', 'nrfABCDEFG', 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