双方是有存在纠纷的。
纠纷主要表现在以下几个方面：
第一，大陆架主张。马来西亚1964年加入1958年日内瓦海洋法会议通过的《大陆架公约》，并在1966年通过《大陆架法案》。根据这两个文件及1982年《联合国海洋法公约》，马方不断提起大陆架划界申请，并逐步将管辖区域向南海断续线内延伸。2009年5月，马来西亚和越南联合向联合国提交南海南部地区的外大陆架划界申请，其中部分主张进入中国断续线内。2019年12月12日，马来西亚又以此向联合国大陆架界限委员会提交外大陆架划界申请，此次主张范围最北到达北纬13度20分、东经116度30分位置，距中国中沙群岛黄岩岛仅约125海里。据粗略估测，马方主张的大陆架范围有超过30万平方公里与中国断续线内面积重叠。

第二，专属经济区主张。马方于1984年通过《专属经济区法案》，并在2006年出台《领海基线法案》，在南海采用直线基线，主张200海里专属经济区。但马方迄今并未真正宣布划设领海基线，也没有向联合国提交领海基点坐标清单、图标等信息。在实践中，马政府1979年公布的“领海”和“大陆架”的边界仍是其推定领海基线的主要依据。马方在南海主张的“专属经济区”范围大都与中国主张的管辖海域重叠。据初步估计，两国在面积约20万平方公里的海域存在争议。马方认为中国依据断续线和历史性权利提出的主张是“荒谬”的，或明或暗地拒绝承认两国存在“主张重叠区”。


第三，南沙群岛部分岛礁领土主权主张。马方依据大陆架和专属经济区制度对南海岛礁提出领土主权主张，认为凡是在其“大陆架”和“专属经济区”内的岛礁皆为其所有。20世纪70年代末期马方开始在公开出版的地图中将中国南沙群岛的南海礁、司令礁、安波沙洲一线以南部分岛礁划入其管辖版图。此后，伴随着1982年《联合国海洋法公约》的通过，马方陆续占据了南海部分岛礁。目前，马来西亚在中国南沙群岛弹丸礁、光星仔礁、南海礁、榆亚暗沙、簸箕礁非法建有永久设施并驻军，在光星礁和琼台礁（南康暗沙一部分）树立所谓“主权碑”，还对安波沙洲、司令礁、柏礁、曾母暗沙、南康暗沙和北康暗沙、南通礁等提出主权主张。
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