Para el itinerario que propones he encontrado estas opciones:

En tren:
Salida: Madrid-Chamartín-Clara Campoamor a las 19:00
LLegada: Alcalá de Henares a las 19:25

En autobus:
Salida: Intercambiador Avenida de América de 8:00 a 22:00 cada 20 minutos.
LLegada: Alcalá de Henares Autobuses interurbanos.

Ten en cuenta que que los horarios podrían variar según las fechas.
Te recomiendo consultar las web de los transportistas antes de hacer el viaje.
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