¡Entendido! Aquí te dejo la función actualizada para que realice los cambios que has solicitado:
function generarMatriz(n) {
  const matriz = [];
  for (let i = 0; i < n; i++) {
    let num = i;
    if (i % 2 == 0) {
      num = 2;
    } else if (i % 2 == 1) {
      num = 1;
    }
    if (esPrimo(i)) {
      num = 3;
    }
    matriz.push(num);
  }
  matriz.push(-1);
  return matriz;
}

function esPrimo(num) {
  if (num < 2) {
    return false;
  }
  for (let i = 2; i <= Math.sqrt(num); i++) {
    if (num % i === 0) {
      return false;
    }
  }
  return true;
}


La función generarMatriz ahora itera sobre los números del 0 al n-1, y en cada iteración, comprueba si el índice es par, impar o primo, y asigna el valor correspondiente a la variable num. Luego, se agrega este valor a la matriz. La función auxiliar esPrimo se utiliza para determinar si un número dado es primo o no.

Puedes probar la función con diferentes valores de n y verificar que la matriz resultante tiene los valores esperados.
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