1. Пакеты приложений в репозитории обычно поддерживаются и проверяются владельцами репозитория на совместимость с дистрибутивом. Установленные таким образом приложения могут иметь доступ ко все системе.
2. Flatpak - перспективный формат распространения приложений, где каждое приложение выполняется в изолированной песочнице. Что, с одной стороны, повышает безопасность, а с другой - накладывает ограничения на возможности приложений.
3. Графический установщик приложения в Fedora позволяет искать и устанавливать приложения сразу из RPM и Flatpak репозиториев.

Универсального и "лучшего" способа установки приложений не существует. У каждого способа свои достоинства и недостатки. Рекомендую перед установкой каждого приложений прочитать на официальном сайте приложения рекомендуемый способ установки. 

Например, Visual Studio Code - редактор исходного кода для разработчиков, рекомендуется устанавливать из репозитория разработчиков, а не из репозитория дистрибутива. Причем Flatpak версия данного приложения не рекомендуется к установке потому что имеет ограничения которые могут помешать использованию приложения по прямому назначению - разработке ПО. Также Flatpak версия этого приложения поддерживается добровольцами (то есть это не официальная версия приложения), а не разработчиками приложения, поэтому может содержать дополнительные ошибки.
spam fails_task lang_mismatch pii not_appropriate hate_speech sexual_content quality toxicity humor helpfulness creativity violence