Puedes usar la biblioteca 'os' nativa de Python para fusionar dos archivos PDF en uno. Aquí hay un ejemplo de código:

import os
 
# Nombres de los archivos que se van a fusionar
files_to_merge = ["file1.pdf", "file2.pdf"]
 
# Fusionar los archivos
os.system("pdftk {} cat output merged_file.pdf".format(" ".join(files_to_merge)))

Esto fusionará los dos archivos PDF en un solo archivo con el nombre "merged_file.pdf".
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