وعاد الإمام الراحل إلى المشيخة مرة ثانية عقب فشل الثورة العرابية وعمل على إصلاح شؤون الأزهر وسَنَّ قانونًا لتنظيم الامتحان، ولم يستمر كثيرًا في منصبه فعندما علم الخديو باجتماع الإمام المهدي وعدد من العلماء للحديث في السياسة والتعبير عن سخطهم على الاحتلال البريطاني، وفي أحد المناسبات قال له الخديو: «الأجدر بالإنسان أن يشتغل بأمور نفسه ولا يتدخل فيما لا يعنيه ويجمع الجمعيات بداره»، فرد الشيخ المهدي: «إنني ضعفت عن حمل أثقال الأزهر، وأرجو أن تعفوني منه»، فرد الخديو: ومن الإفتاء أيضًا؟ قال له الإمام الراحل: «نعم، ومن الإفتاء أيضًا»، وعلى خلفية ذلك عين الخديو، الشيخ الإنبابي لمشيخة الأزهر، ومحمد البنا في الإفتاء.