تفترض الطفرة أن التطور ينتج عن طفرات كبيرة وليست خطوات تدريجية صغيرة. تفند هذه الآلية الفكرة القائلة بأن التدرج الدارويني والانتقاء الطبيعي هما القوة المحركة الرئيسة وراء التغيير التطوري. وبالرغم من استبعاد الطفرة منذ عشرات السنين، إلا أنه في السنوات الأخيرة قدّم عالم الأحياء التطوري: ماساتوشي ني -وهو عالم معروف وقدير وحائز على عدة جوائز، ويستفاد من عمله على نطاق واسع في علم الوراثة السكانية- نسخة منقحة من الطفرة، ويوضح كتابه: (التطور الناتج عن الطفرة)، كيف تفند التطورات في علم الأحياء الجزيئي التنبؤات الداروينية؟ وكيف يمكن لنظرية جديدة أن تنجح أكثر منها؟ ويعارض "ني" بقوة الهيمنة الداروينية والإيمان الراسخ بها فيقول: