وأوضح المركز أن الموقف الذي تأجج لاحقًا في مجلس الأمن الدولي برسالة يمنية تُبلِغ المجلس بانتهاك الإمارات لسيادتها، ورد من الدولة بعد سحب القوات العسكرية من الجزيرة باعترافها بسيادة اليمن على سقطرى، هو واحد فقط من عِدة مشكلات بين الحكومة اليمنية وأبوظبي، أبرزها: السجون السرية التي تديرها الدولة في المحافظات الجنوبية، وعددها 18 سجنًا سريًّا، حيث قام الكونجرس الأمريكي بطلب من وزارة الدفاع الأمريكيّة بإجراء تحقيقات في تلك السجون، إذ إن أبوظبي التي تعتبر حليفًا لواشنطن هي من تديرها، مع اتهامات بضلوع جنود تابعين للولايات المتحدة في عمليات التعذيب الوحشية، فضلًا عن أن الإمارات، تدعم ميليشيات محلية بدلًا من قوات الأمن الحكومية في المحافظات المحررة من الحوثيين، إلى جانب سلطة موازية للحكومة اليمنية (مثل المجلس الانتقالي الجنوبي) وتدعو هذه السلطة والميليشيات المحلية إلى الانفصال، ولا تعترف بشرعية الرئيس "عبد ربه منصور هادي"، صاحب تفويض العمليات العسكرية وتواجد الإمارات في البلاد، في نفس الوقت تدعم الدولة، عائلة علي عبدالله صالح، الرئيس اليمني الراحل الذي قتله حلفاؤه الحوثيون في ديسمبر الماضي، وتسعى العائلة التي أزيحت من السلطة عام 2011، إلى العودة مجددًا، حيث تدعم القوات الإماراتية قوات "طارق صالح"، الذي رفض الاعتراف بالحكومة الشرعية مع قيادة حملة عسكرية دربتها ومولتها الدولة للانتقام لمقتل "عمه".