ويتمحور برنامج المؤتمر حول ستة مواضيع رئيسية: العلوم الطبية ومؤسساتها في التراث، ودراسات ببليوغرافية وتعريفية، وتشغيل النصوص وإحياؤها، ونماذج تطبيقية لمؤسسات أو أفراد في تحقيق النص الطبي، ودراسات حول المخطوط الطبي المغربي.