وتم بناء مسجد الشافعي عام 1250 ميلادية، أي ما يقرب من ثمانية قرون، على يد أحد ملوك الأيوبيين في اليمن، الملك المظفر سليمان بن سعد الدين الثاني، والذي كان شافعي المذهب، وعلى هذا الأساس جرى تسميته بالشافعي، ثم جرى تجديد بناء المسجد عام 1533 ميلادية على يد تاجر هندي يدعى الخواجة محمد علي ، إلا أن التجديد لم يشمل مئذنة المسجد.