ولكن في السنة الثانية عشر من حكم إخناتون , إختفت الملكة نفرتيتي فجأة في ظروف غامضة , لم تعد تظهر في المناسبات الملكية , ولم يعد إسمها يُذكر في الكتابات الفرعونية , لم يستطع العلماء حتى هذا الوقت تفسير ما حدث للملكة الجميلة , هل حكمت من وراء الستار , أم حكمت بهوية مختلفة , أم ماتت بشكل غامض ؟