لم يكن من الغريب أن تحدث حالة تزواج بين الأخوة في الأسر المصرية الفرعونية القديمة بهدف الحفاظ على الدم الملكي النبيل، لذا -طبقًا للعادات المصرية الفرعونية الملكية- لم يكن هناك حرج في زواج حتشبسوت من أخيها الملك تحتمس الثاني، وهو الأخ غير الشقيق لحتشبسوت من والدها من امرأة أخرى تسمى نفرت رع، حفاظًا على الدم النبيل. ويبدو أن حتشبسوت قد تزوجته فقط حرصًا على العرش ليس إلا، وأنجبت بنتين وهن "نفرو رع" و "مريت رع حتشبسوت"، ولكنها لم تنجب له ولد، لكن الملك الشاب أنجب ذلك الولد وهو تحتمس الثالث من امرأة اخرى تسمى إيزة، تمامًا مثلما فعل أبوه.