وانتقد الحسيني جامعة الأخوين، إذ قال بشأنها ''جامعة الأخوين، رغم الأموال التي أنفقت عليها، وتكاليفها الباهظة، تصنف في التقارير الدولية الخاصة بالجامعات في مراتب متأخرة''. كما أبر أن الجامعات الدولية الموجودة في المغرب، رغم علاقات التعاون التي تربطها بدول أجنبية، فهي ليست في المستوى المطلوب، لأن علاقاتها مع الجامعات الدولية مطبوعة بالمجاملة، وليس بالصرامة.