بحلول 29 مايو 2017؛ أعلنت الشرطة المغربية أنها أوقفت الزفزافي، ونقلت وكالة الأنباء الفرنسية عن مصدر حكومي قوله لقد «أُوقف الزفزافي»، دون أن يضيف أي تفاصيل عن ملابسات أو مكان توقيفه. وظلت قوات الأمن المغربية تبحث عن ناصر الزفزافي منذ يوم الجمعة الموافق لـ 26 مايو/أيار 2017 بتهمة مقاطعة إمام مسجد أثناء إلقائه خطبة الجمعة، واتهمته «بإهانة خطيب» مسجد محمد الخامس و«إلقاء خطاب استفزازي». وأظهر شريط فيديو الزفزافي وهو ينتقد بشدة إمام المسجد وفكرة أن تعمم وزارة الأوقاف خطبة الجمعة على الخطباء. وهاجم الزفزافي الإمام ووصفه بالكاذب، حيثُ ذكر: «يقولون لنا الفتنة .. هناك شباب لا يجدون قوت يومهم وهناك شباب هجروا خارج البلد»، وتابع أن «الفتنة هي مهرجانات الموسيقى – في إشارة لمهرجان موازين ... الفتنة هي الأجساد العارية التي تبث على قنوات الدولة التي تتكلم عن نفسها أنها إسلامية.» وكان وزير الشؤون الإسلامية أحمد التوفيق قال لوكالة الأنباء الفرنسية إن الزفزافي «أثار البلبلة أثناء الصلاة وأهان خطيب مسجد محمد الخامس ... ما قام به صباح اليوم هو عمل غير مسبوق ... إنها جريمة خطرة.» بعد اعتقاله؛ ذكرت الجمعية المغربية لحقوق الإنسان «إن إصرار الإمام على تعبئة المصلين ضد المظاهرات هو الذي أثار غضب ناشطي الحراك الحاضرين وخصوصا ناصر الزفزافي الذي رأى أنه "مستهدف بشكل مباشر بهذه الخطبة.» ويؤكد مؤيدون للزفزافي أن الخطبة كانت مجرد حجة لاعتقاله، إذ إن اسمه كان مطلوبا منذ بروزه قائدًا لحراك الريف وحضوره المستمر في بعض وسائل الإعلام ومواقع التواصل الاجتماعي. وقد اختفى الزفزافي عن الأنظار بعد سعي الشرطة لاعتقاله عقب حادثة خطبة الجمعة، وبث شريط فيديو على موقع فيسبوك دعا فيه السكان إلى «السير إلى جانبه» لكن بطريقة سلمية دائما. جديرٌ بالذكر هنا أنّ الشرطة كانت قد اعتقلت 22 شخصًا يشكلون نواة الحراك حسب أرقام رسمية لكن محاميا تحدث عن اعتقال 70 شخصًا، ونُظمت في مدينة الحسيمة ومدن مغربية أخرى مظاهرات احتجاجية تضامنية مع ناصر الزفزافي وحراك الريف، ووجهت بتدخلات لقوات الشرطة.