وحسب المؤرخين، عندما أنشأ الفاطميون مسجد الأزهر كان مذهبهم شيعي وكانت مصر على مذهب السنة وكان الهدف من إنشاء الجامع الأزهر هو نشر المذهب الشيعي في مصر، ولكن ما حدث عكس ذلك فقد عمل علماء السنة والشيعة وقاموا بالتدريس والمناقشة جنبًا إلى جنب في الأزهر، وظل مذهب السنة هو مذهب أهل مصر.