رغم الدعم الحكومي، خلال ولايتي البيجيدي، عرفت مؤسسة التعاون الوطني سوء تدبير، وتنامي الصراعات بين المسؤولين، والتضييق على الحريات، وقمع الحركات النقابية، وسط سلسلة من التعيينات، اعتمدت على أطر الحزب الذي يقود الحكومة ، وحركة التوحيد والإصلاح، بدعم من الوزيرة السابقة بسيمة الحقاوي.