تحركت قوات هولاكو من همدان بإتجاه بغداد. في طريقه الى بغداد للقضاء على الخلافة العباسية، بقي هولاكو لفترة من الوقت في مدينة "خانقين"، قبل الإلتحاق بقواته التى كانت متوجهة نحو بغداد لإحتلالها. ضربت قوات هولاكو حصاراً على المدينة،حيث ركّز المغول هجومهم على برج العجمي المجاور لبرج الحلية الذي كان يقع بالقرب من مرقد الشيخ عبد القادر الكيلاني . دخل المغول بغداد في سنة 1258 ميلادية وإرتكب هولاكو وجنوده مجازر رهيبة بحق سكان بغداد. حيث تمّ قتل وغرق عدد كبير من المقاتلين التابعين للدولة العباسية. هكذا دخل الغزاة بغداد وفتكوا بأهلها، دون أن يميّزوا بين رجال ونساء وأطفال، ولم ينجُ من سكان مدينة بغداد من الموت إلا أعداد قليلة. قام المغول، بعد دخولهم المدينة بتخريب المساجد، سعياً للإستبلاء على ذهب قبابها، وهدموا القصور، بعد أن سلبوا ما فيها من تحف ومقتنيات نفيسة، وأتلفوا أعداداً كبيرة من الكتب القيّمة، وأهلكوا أهل العلم فيها. إستمرت عمليات القتل و التخريب و النهب لفترة تقرب من أربعين يوماً. عندما كان المغول ينتهون من تمشيط منطقة ما من مناطق بغداد، كانوا يقومون بعد ذلك بإشعال النيران فيها و التي كانت تلتهم كل ما يصادفها. كما قامت قوات هولاكو بتخريب و هدم مقام الإمام موسى الكاظم و جامع الخليفة العباسي، المستعصم بالله و قبور الخلفاء، حيث نهبت ذخائرها و أحرقت البيوت و الكتب أوألقتتها في البرك والاوحال وفي نهر دجلة، و هكذا إستباحت المدينة بأكملها.