السلطان سليمان الأول رخصت بالمشروع بعد وفاة الوزير الأعظم. تم تعيينه إلى كبير المهندسين المعماريين العثمانيين، معمار سنان. صمم سنان عددًا من المساجد العظيمة خلال حياته المهنية التي استمرت عقودًا، بما في ذلك مسجد السليمانية ومسجد السليمية. ومع ذلك، كان مسجد رستم باشا فريدًا من نوعه بين مساجد سنان، والتي نادرًا ما تتميز بتصميمات داخلية مزخرفة مثل هذا المسجد. كما يجعله البلاط متميزًا عن المساجد الأخرى في المنطقة. لم يتم تحديد سبب هذا الاختلاف بشكل قاطع، على الرغم من أن رستم باشا ربما أمر ببلاط إزنيق المميز للمسجد من أجل دعم مصمم البلاط كارا ميمي، الذي اشتهر بتصميمات الأزهار الأنيقة. توفي رستم باشا في يوليو 1561 وشيد المسجد بعد وفاته مابين 1561 حتى 1563.