تساهم الفطريات المفيدة في بعض الدورات البيولوجية، مثل تحلل الحيوانات الميتة والنباتات، وتحويلها إلى مغذيات تمتصها النباتات الحية، حيث تنمو بعض الفطريات المفيدة مع الخلايا الجذرية للنباتات الخضراء وتنشأ علاقة تكافلية بينها، فجذور معظم النباتات المزروعة كالذرة، وفول الصويا، والقطن، والتبغ، والبازلاء وغيرها لديها علاقات تكافلية مع فطريات التربة، وغالباً ما تكون هذه العلاقات ضرورية لتحقيق النمو الأمثل لمختلف أنواع النباتات، وهناك أيضاً بعض الفطريات المفيدة مثل تلك التي تنتمي إلى جنس الشَّعرِيَّات الآدِمَة (بالإنجليزية:Trichoderma)، فهي تعمل على مكافحة الفطريات الممرضة للنباتات بيولوجياً، في حين أن البعض الآخر مثل الفَيصول -جنس من الفطور الناقصة- (بالإنجليزية: Arthrobotrys dactyloides) يحمي من النيماتودا المسببة للأمراض النباتية.[٢]