في أواسط الثمانينات من القرن العشرين، أسس قسم للعلوم الزراعية ضمن كلية العلوم في الجامعة. مع تطور القسم وزيادة عدد الطلبة والمحاضرين فيه، انفصل القسم عن كلية العلوم ليشكل كلية الزراعة عام 1991. في أواخر التسعينيات، نقل مقر كلية الزراعة من الحرم القديم للجامعة في شارع عمر بن الخطاب إلى مباني كلية خضوري في طولكرم. وتضم مرافق الكلية حقولاً زراعية وبساتين حمضيات ودفيئات.