وكذلك العلماء، فهم لا يستخدمون التفسيرات الطبيعية إلا عندما يشرعون في تقديم حسابات عن كيفية عمل العالم، ويُعرف هذا بـ: المذهب الطبيعي المنهجي، أو الطبيعانية المنهجية، وجميع العلماء طبيعانيون منهجيون؛ وهذا يعني أنهم يشيرون فقط إلى الأسباب الطبيعية والنتائج الطبيعية، ولا يجوز التذرع بالإله في العلوم وفقًا لقاعدة الطبيعانية المنهجية، ولكن هذا لا يعني أن الإله غير موجود، ويسلط عالم الأحياء التطورية سكوت تود الضوء على هذه النقطة: