من ناحيةٍ أخرى، بدأ تنظيم القاعدة في تشكيل "فروع" في مطلع العقد الأول من القرن الواحد والعشرين. في البداية كان داعش يُعرف باسم تنظيم القاعدة في العراق. ومنذ ذلك الحين، أسّس فروعًا في غرب إفريقيا، تُعرف باسم تنظيم القاعدة في بلاد المغرب الإسلامي. وفي اليمن، تُعرف باسم تنظيم القاعدة في شبه الجزيرة العربية، وفي الصومال، تُسمّى حركة الشباب المجاهدين.