اكبر تحد واجهته "الجزيرة" كان تناولها التطورات التي شهدتها ليبيا والتي انتهت بمقتل القذافي بتلك الطريقة البشعة فقد وضعت "الجزيرة" شعار "الراي والري الاخر" جانبا، وتبنت الرؤية الغربية الداعية الى اسقاط القذافي باي ثمن كان فكانت "الجزيرة" تحرض وبشكل ملفت الناتو من اجل غزو ليبيا واستخدمت رجل الدين المصري يوسف القرضاوي، لشرعنه تدخل الناتو واهدار دم القذافي.