إنَّ تناول القهوة على معدة فارغة يؤدي إلى حدوث مشاكل في الجهاز الهضمي، مثل: عسر الهضم وحموضة المعدة؛ لأنَّ القهوة غنية بمضادات الأكسدة والتي لها القدرة على تحفيز المعدة لإطلاق حمض الهيدروليك، وفي حال عدم تناول طعام سيؤثر هذا الحمض على جدار المعدة نفسه وبالتالي يسبب حموضة المعدة وآلامها، وعلى المدى البعيد قد يسبب قرحة المعدة.