ومن أشهر كتب بدوي "تاريخ الإلحاد في الإسلام" الذي تطرق فيه إلى تاريخ المشككين في التاريخ الإسلامي مثل الفيلسوف الراوندي وعالم البصريات الحسن بن الهيثم إبان العصر العباسي، وكتابي "نيتشه" و"التراث اليوناني في الحضارة الإسلامية".