ولم يخل التدبير المالي للوكالة، تضيف المصادر ذاتها، من مشاكل، خاصة ما تعلق بالعديد من الصفقات أثير حولها جدل، إلى جانب بعض البرامج، التي ظلت حبرا على ورق، ولم تعرف إتمامها، في ظل نزاعات مع الأطراف الشريكة، والتي كان المدير يلجأ إلى إلغائها، بدل التدخل لمعالجة المشاكل، التي صاحبت تنزيلها. والأكثر من ذلك، تضيف المصادر ذاتها، أن تدبير الموارد البشرية من قبل المدير، كان إحدى النقط التي أفاضت الكأس، بسبب ما أسمته بعض المصادر، محاولة ضرب وحدة الموظفين، بمحاباة أطراف بالمنح، واستهداف أخرى بالاستفسارات والإنذارات، ما سبب جوا مشحونا داخل الوكالة أثر على دورها المنصوص عليه، في قانون 12.99.