ومن ناحية أخرى، هناك المذهب الطبيعي الفلسفي والذي ينص على أن الطبيعة هي كل ما في الوجود وأن الإله غير موجود، ويختلف المذهب الطبيعي المنهجي، عن المذهب الطبيعي الفلسفي، والأول لا يستلزم الثاني، وإنما ينشأ التباس عند البعض عندما يُدمج هذان النوعان من المذهب الطبيعي.