وتدرج الشافعي، في المناصب العلمية والإدارية بكلية دار العلوم والأزهر الشريف والجامعات العربية والإسلامية، بالإضافة إلى عضوية المجلس الأعلى للشؤون الإسلامية، ومجمع اللغة العربية الذي تولى رئاسته عام 2012م، ومجمع البحوث الإسلامية، وعضوية هيئة كبار العلماء في تشكيلها الأول حين عودتها عام 1433ه/ 2012م، ومجلس حكماء المسلمين، وله إسهامات علمية رصينة متنوعة بالتأليف والتحقيق والترجمة في الفلسفة الإسلامية وعلوم اللغة العربية، بالإضافة إلى المقالات والبحوث والمشاركات العلمية محليًا وإقليميًا وعالميًا.