في البداية، اُفتُرِض أن نقل الجينات الأفقي كان عنصرًا غير مهم في عملية النقل الإجمالية، فهو ينقل الوظائف (غير الأساسية) فقط، مثل مقاومة المضادات الحيوية، أما الوظائف الأساسية البيولوجية مثل تكرار الحمض النووي وتخليق البروتين فكان يُعتقد انتقالهما عموديًا، وقد تبيّن لاحقًا وبشكل غير متوقع أن هذا الرأي كان خاطئًا، وأن نقل الجينات الأفقي كان يحدث في كل مكان وقد لطخ الصورة الصافية التي تحاول الداروينية رسمها. يعلّق عالم الأحياء التطوري مايكل روس على طريقة نقل الجينات الأفقي في زعزعة الفكرة البسيطة التقليدية للداروينية فيقول: