الفرق الرئيسي بين عدوى الالتهاب المهبلي الجرثومي وعدوى الخميرة هو الميكروب المحدد الذي يسببها، حيث أنّ التهاب المهبل البكتيري هو عدوى بكتيرية، بينما عدوى الخميرة هي عدوى فطرية، وتشير الدراسات الطبية أنّ هو عدم التوازن بين البكتيريا الطبيعية والخميرة هو سبب رئيسي لالتهاب المهبل، وهي أشكال من التهاب المهبل ناتج عن فرط نمو الكائنات الحية الدقيقة الطبيعية الموجودة في منطقة المهبل، ويحدث التهاب المهبل الجرثومي بسبب فرط نمو بكتيريا، وتشترك هاتان الحالتين في العديد من الأعراض، ولكن لديهما بعض الاختلافات الواضحة، إذ يمكن أن يسبب كلاهما إفرازات غير طبيعية من المهبل وتغير في الرائحة وتهيجًا.[4]