ظل قلمه معارضًا لاستبداد مبارك، وعندما وصلت جماعة الإخوان المسلمين، اعتبر جلال عامر أن «مكتب الإرشاد هو المكمل للجنة السياسات، التابعة للحزب الوطني المنحل»، بل وأعلنها صراحة أنهم «يريدون حكمًا ظاهره الإسلام، لكن باطنه القهر والسلطة والثروة، والضحية 80 مليون مصري طيب غلبان».