وبدأ خاشقجي بالتغريد عن مرسي عند إعلان الأخير ترشحه للانتخابات الرئاسية، وما صاحب ذلك من جدل حول نية عبد المنعم أبو الفتوح، القيادي السابق في الجماعة، الترشح، ليعلق خاشقجي: "لو كنت مصريا لاخترت مرسي، فهي ليست انتخاب فرد، وإنما مشروع".