وتوزعت محاور المؤتمر، الذي شارك فيه باحثون من مصر وتونس والإمارات والسودان بالإضافة إلى المغرب، بين "المحور التاريخي وأفق تأثيراته على مستقبل العلاقات المغربية الإفريقية"، و"المحور الديني والدور الجديد للمغرب بإفريقيا المسلمة"، و"المحور الاقتصادي والتجاري والمالي وواقع ومستقبل التعاون".