وتعد قضية الصحراء المغربية أبرز الملفات الشائكة أمام تطبيع العلاقات بين المغرب والجزائر، ففي الوقت الذي تؤكد المملكة أنها لن تفرط في وحدتها الترابية، تعترف الجزائر رسميا بجبهة البوليساريو التي تطالب بانفصال جنوب المغرب.