كانت وفاة ابن زهر مثل أبيه، بـ "النغلة" سنة 557 هـ (1162 م)، ذلك المرض المستعصي على البرء الذي كان قد أتى على وصفه في "التيسير" فقال والنغلات هي "أورام تكون تحت الكتف، غائرة إلى الداخل، تعرض في اليمين وفي الشمال وإنما تعرض لمن أسن، وأكثر ما تكون إذا عرضت للإنسان أنكاد وكان يكثر الفكرة وتتوالى عليه الهموم.." ودفن عبد الملك بن زهر بإشبيلية خارج باب الفتح، رحمه الله ونفعنا بعلمه..