مع الوقت، ظهرت أعلام مختلفة في النزاع السوري، بعضها يمثّل مكوّنات قومية وبعضها دينية، إلا أن الجدل الأبرز في الظاهر، يتمركز حول علمين أحدهما علم "الاستقلال"، والثاني العلم الذي يتبناه الدستور السوري الحالي الذي أقره النظام، والصادر عام 2012.