ومع بزوغ فجر الاستقلال، نزل بقصر الباهية الملك المؤسس للمغرب الحديث، محمد الخامس طيب الله ثراه، قبل أن يتخذ مقرًّا لمؤسسة التعاون الوطنيّ، كما اتخذه سمو الأمير مولاي عبد الله رحمه الله، نزلاً له، حيث كان لقصر الباهية منذ بنائه، محافظًا مخزنيًّا يقوم على تسييره، إلى أن عهد به جلالة المغفور له الحسن الثاني لوزارة الثقافة.