وكما يروي ابن كثير وابن الجوزي، خرج البخاري من نيسابور إلى مدينته بخارى، ولكن الاذى السلفي لاحقه إلى بخارى، حيث ارسل الذهلي رسائل إلى مشايخ بخارى يؤلبهم على البخاري، بتهمة مخالفة السنة (سبحان الله)، فأخذ مشايخ السلفية قرارا من والي بخارى بطرد البخاري منها، فذهب إلى سمرقند متخفيا مع بعض تلامذته، وقد تمكن منه الحزن والأسى، وكان يدعو على نفسه ليل نهار، قائلا: "اللهم ضاقت علي الأرض بما رحبت، فاقبضني عاجلا غير آجل".