بدأ الكواكبي فصول كتابه بالدين، واستند إلى اتفاق أغلب الباحثين في تاريخ الأديان على أن الاستبداد السياسي ثمرة الاستبداد الديني، "ومن المعلوم أنه لا يوجد في الإسلام نفوذ ديني مطلقا في غير مسائل إقامة شعائر الصلاة… ولكن واأسفاه على هذا الدين الحر"، وقد أدى هذا التحالف إلى نتائج تتناقض وجوهر الدين، فالاستبداد في المسلمين "شوّش تاريخ آل البيت عليهم الرضوان"، كما يكرس كهنة المستبد خداع الشعب، ويجتهدون في تثبيت الأوضاع الظالمة القائمة، ويحبطون كل أسباب التمرد والثورة، بإيهام الناس بأن الاستبداد والفتن "قضاء جاء من السماء لا مرد له، فالواجب تلقيه بالصبر والرضاء، والالتجاء إلى الدعاء.. وليكن وردكم: اللهم انصر سلطاننا". ولن يفيد الدعاء، فالاستبداد "داء أشد وطأة من الوباء، أكثر هولا من الحريق، أعظم تخريبا من السيل، أذل للنفوس من السؤال".