علاقة محمد زيان بالمحكمة يشوبها في الغالب الكثير من التوتر سواء كان في موقع المدافع أو المتهم، فقد مثُل أمام هيئة قضائية، بناء على شكاية حركتها النيابة العامة إثر حديثه عن كون ناصر الزفزافي، قائد حراك الريف الذي كان ينوب عنه بمحكمة الاستئناف، أخبره بأنه تلقى مكالمة هاتفية من طرف الأمين العام لحزب الأصالة والمعاصرة إلياس العماري قصد "التآمر ضد الملك"، وهو ما نفاه الزفزافي، وكانت نهاية علاقة زيان بذلك الملف المعقد.