عانى خليل مرسي في نهاية حياته مع زوجته، بسبب تأييدها لجماعة الإخوان الارهابية، وقال في مقابلة صحفية إن "بداية الخلاف كانت بعد أن شارك يوم 30يونيو في التظاهرات لإسقاط الإخوان في ميدان التحرير، فوّض الفريق أول عبد الفتاح السيسي لمحاربة الإرهاب، وهو ما تسبب في غضب زوجته منه".