يعود تاريخ إنشاء مدينة الداخلة إلى سنة 1884، حيث كانت حينها مستعمرة إسبانية تحمل اسم "فيلا سيسنيروس"، ويرجح أن هذا الاسم مُستمد من اسم "فرانسيسكو خيمينيز دي سيسنيروس"، وهو كاردينال إسباني عاش في القرن السادس عشر ميلادي.