وحول العلاقة مع الإمارات التي قالت وسائل إعلام إنها باردة بسبب تشديد السلطات الإماراتية لإجراءاتها في قبول التونسيين الراغبين في الهجرة، نفى السبسي أن تكون هناك أيّ أزمة ، متحدثًا أن الإمارات أخذت إجراءات سيادية في فترة خاصة، وأن حكام الإمارات مثل أبنائه نظرًا لسنه ونظرًا للعلاقة التي جمعته بالشيخ زايد بن سلطان آل نهيان.