ويعد نزع سلاح المعارضة من أهم بنود الاتفاق، لكونه الأكثر حساسية ولأن التنظيمات المسلحة، وبخاصة "الحركة الوطنية لتحرير أزواد"، تتخذ سلاحها ورقة للضغط على باماكو من جهة، ولتهديد الوساطة الدولية بإجهاض مسار السلام. وتخلي المعارضة عن سلاحها، معناه وضع نهاية لسيطرتها على مناطق الشمال، وهو ما يرفضه "الجناح المتصلب" في المعارضة، الذي لازال يطرح قضية انفصال الشمال. ونجح الجزائريون، في مرحلة المفاوضات التي سبقت توقيع الاتفاق، في إقناع دعاة الانفصال بالتخلي عن هذه الفكرة.