ولا يسأل الإسـلام عـن الحروب الأهلية الإسلامية، من دماء الفتنـة الكبرى، إلى آلاف قتلهم سليم الأول حـين غزا مصر. يذكر سلامة موسى في كتـابه "حرية الفكر وأبطالها في التاريخ" أن الدين لا يضطهد أحدا، والذي يضـطهد هو سلطة دينية أو تستعين بـالديـن: «إن الدين للمسيح وإن الكنيسة لبـولس»، وإن المسيحيين اضطهـدوا المسيحيين "بهمة لا تعرف الكلل" نحو ألف عام. ويخلص إلى أن "البابوية والخلافة كلتاهما من أثر المسيحية والإسلام، وإن لم يكونا من بنية المسيح أو محمد".