وعلى مستوى منتخب بلاده الأرجنتين، فاز بكأس العالم للشباب سنة 2005 بهولندا ودورة الألعاب الأولمبية بالصين 2008 والتي ترصع فيها بالذهب، في الوقت الذي استعصى فيه ميسي حتى الآن في التتويج بلقب كأس العالم على غرار الراحل مارادونا، ولكنه قاد الأرجنتين للتتويج بكأس كوبا أمريكا الأخيرة في العام الماضي.