أقيم المسجد على عمودين لتزداد أعمدته لاحقًا إلى 4 أعمدة نظرًا للتجديدات التي لحقت به، ويضم المسجد محراب يقال أنه أقيم مع المسجد العمري بقوص الذي أسس أيام الدولة الفاطمية، ونقش بمسمار صغير على محرابه خوفًا على ضياع هويته أثناء التجديد، حمل النقش تاريخ 1221 هجرية، أي ما يزيد عن 200 عام، ويتكون المحراب من أجزاء مختلفة قابلة للتفكيك والتركيب نظرًا لصغر باب المسجد وسهولة التحكم فيه.