غالبًا ما يصيب القلاع الأطفال والأشخاص الأصحاء بدون أمراض أخرى، ومايزال سببه مجهولًا حتى الآن، ويعتقد أن للوراثة دورًا في ظهوره، كما أن لاضطرابات الجهاز المناعي دورًا أيضًا، إذ يعد القلاع أحد أمراض المناعة الذاتية، وهناك بعض الحالات التي تعتبر محرضة على ظهور القلاع الفموي، مثل: الضغوط النفسية، بعض الأطعمة كالجوز واللوز والبندق والبهارات والتوابل والخردل والحمضيات والعسل، استعمال فراشي الأسنان القاسية، وجود أجهزة تقويم سنية، وجود أجهزة تعويضات سنية كالبدلات، التعب الشديد، الحيض عند النساء (اضطراب الهرمونات).