والده هو محمد المختار الشنقيطي رجل من أهل العلم الكبار ، درس –والده– في المدينة النبوية وفي جدة، وكان عالما من سراة الشناقيط، ومن أهل الفضل فيهم، وهو ينتسب – كما حدث قريب للشيخ – إلى الإمام الكبير: المختار بن بونا الجكني، أحد كبار العلماء في بلاد شنقيط.