وإذا كانت المدينة نالت نصيبًا من أذى إسماعيل السفاك هذا؛ فإنها قد تعطلّ مسجدُها ثانيةً على يد الثائريْن العلوييْن محمّد وعلي ابنيْ الحسين ابن جعفر الصادق، فقد اقتحما بجيشهما المدينة المنوّرة سنة 271هـ وعاثا فيها فسادًا، وقال ابن كثير الدمشقي في "البداية والنهاية": "فقتلا خلقا من أهلها وأخذا أموالا جزيلة، وتعطلت الصلوات في المسجد النبوي أربع جُمَع لم يحضر الناس فيه جمعة ولا جماعة.