اشتغل أبو مروان أول الأمر مع أمراء دولة المرابطين وأصابه من أميرها "علي بن يوسف بن تاشفين" ما أصاب والده من قبله من محنة، فسجن نحواً من عشر سنوات" في مراكش، وبعد زوال الدولة المرابطية وقيام الدولة الموحدية، اشتغل ابن زهر طبيباً ووزيراً مع عبد المؤمن مؤسس الدولة فشمله برعايته، مما مكنه من تأليف أفضل كتبه.