انتقل الأب مع نجله الموهوب إلى القاهرة عام 1928، تيمّنا بأم كلثوم التي كان والدها صديقا له، والتحق السنباطي بمعهد الموسيقى العربية، حيث أثار ذهول أساتذته وقرروا تعيينه أستاذا لآلة العود والأداء بالمعهد، وذاع صيته في ندوات وحفلات المعهد واشتُهر بعزفه المميز، يقول السنباطي "كانت معلومات العزف على آلة العود التي لدي، والتي تعلمتها من والدي أكثر بكثير من معلومات الأساتذة في المعهد".