ولكن في حالات قليلة يكون القلاع الفموي ناجمًا عن مشكلة صحية ما، مثل: جدري الماء، العدوى بفيروس كوكساكي ب، العدوى بفيروس الحلأ البسيط، مشاكل التغذية كعوزبعض الفيتامينات والمعادن مثل ب1، ب2، ب6، ب12، الفيتامين سي، حمض الفوليك، الحديد، الكلس، والزنك، الداء الزلاقي، داء كرون، متلازمة بهجت، الفقاع الفقاعي، الحروق (الدرجة الاولى)، تقرحات الآكلة (بطانة التجويف الفموي)، أمراض اللثة، متلازمة نقص المناعة المكتسبة، الطلوان (ظهور بقع رمادية أو بيضاء اللون على سطح اللسان)، داء الحزاز المتصلب، داء الذئبة الحمامية، أورام التجويف الفموي، سرطان الجلد، مرض الزهري عند النساء، القرحة الهضمية، استخدام بعض الأدوية كالنيكورانديل والنيكوتين الفموي ومضادات الالتهاب.