اتجه جمعة في مرحلة لاحقة إلى خوض حروب طاحنة ضد التيارات السلفية قبل توليه الإفتاء في عام 2003، وكان يخوض معهم حربا فقهية شرسة، ما أدى إلى هروب قطاع كبير من جمهوره المنتمين لـ"الإخوان" وبعض السلفيين، وظهور تيارات من الصوفية في دروسه وخطبه مكانهم.. ما دفع قيادات التيار السلفي إلى شن حرب عليه وصلت إلى حد الطعن في علمه وتجهيله.