بل إن خطورة هذا التحالف تكمن أيضا في تدبيره لملف الجهاديين والمجموعات الإرهابية؛ فاذا كان الجميع يعلم أن النظام العسكري الجزائري أجهض تجربة ديمقراطية وأشعل حربا أهلية خلفت أكثر من 250 ألف قتيل في ما يعرف بالعشرية السوداء في تسعينات القرن الماضي؛ حيث التحلق الفارون من جهنم العسكر إلى الجنوب بجماعة "القاعدة في بلاد المغرب" وعلاقتهم بجماعة "بوكو حرام"، فإن هاجس هجرة المتشددين من تيار الإسلام السياسي والجهاديين التونسيين جنوبًا، بعد حل البرلمان وأغلبيته من حزب النهضة الإسلامي، وكذا الجهاديين في كل من سوريا وليبيا؛ حيث يفوق عددهم 5000، فلا أحد يعرف مصيرهم، خاصة إذا عرفنا السياسة اللينة التي اتخذها معهم الرئيس قيس سعيد في أول الأمر، واستقباله لستة أطفال في يناير 2021 قتل آباؤهم في عمليات جهادية بليبيا سنة 2016، وهو الاستقبال الذي أثار جدلا سياسيًا وحقوقيًا وأمنيًا كبيرا، مع استحضار العمليات الإرهابية ضد الأجانب بتونس، خاصةً بمتحف البارود في مارس 2015 وسوسة في يونيو 2015.