الزراعة الإنكاية هي جانب غامض آخر من حضارتهم. لقد وضعوا أنظمة تدريجية متطورة، مثل تلك الموجودة في الوادي المقدس، مما يمكن من زراعة الأراضي على ارتفاعات مختلفة ومنع تآكل التربة. تقنيات الزراعة الإنكاية سمحت لهم بالازدهار في مناطق بيئية متنوعة، مما يظهر فهمهم العميق للأرض.