تواجه إدارة الطوارئ الفيدرالية أيضًا تحديات خاصة تتعلق بالمهمة، بما في ذلك توفير الاستجابات في الوقت المناسب لطلبات المساعدة في حالات الكوارث، ومنع أو الحد من الأضرار والخسائر الناجمة عن الكوارث المستقبلية من خلال جهود التخفيف الفعالة من حيث التكلفة، والعمل بفعالية مع البرامج الفيدرالية والولائية والمحلية الأخرى.
لدى إدارة الطوارئ التحديات المتعلقة بالمهمة التي هي فريدة من نوعها.