الغرفة الثالثة مكرسة لما يسمى بالفترة الهرطقة في التاريخ المصري عندما أسس أحكناتن دينًا قائمًا على إله واحد فقط وأسس عاصمة في تل العمرنة في وسط مصر.
الغرفة الثالثة مكرسة لتاريخ الفترة البدعة حيث الدين القائم على إله واحد كان شائعاً