أصبحت سان خوان أيضًا مركزًا لتبشير الكنيسة الكاثوليكية للعالم الجديد ؛ تم إنشاء العديد من الكنائس والديرات والديرات في جميع أنحاء الجزيرة للمساعدة في هذا الجهد.
الكنيسة الكاثوليكية لها وجود في سان خوان، بورتوريكو.