القاعة الثالثة مكرسة لما يسمى بالفترة الهرطقة في التاريخ المصري عندما أسس أحكناتن دينًا قائمًا على إله واحد فقط وأسس عاصمة في تل العمرنة في وسط مصر.
الغرفة الثالثة تحتوي على قطع مصنوعة أثناء حكم أحكناتون