تم البدء في البازيليكا السفلى في عام 1228 ، بعد عامين من وفاة فرانسيس وسنة تقديسه ، وتم رسم اللوحات الجدارية في القرن الرابع عشر ، ولكن شرفة عصر النهضة تسبق الآن المدخل الجانبي القوطي.
بعد وفاة فرانسيس بدأت البازيليكا السفلى.