ساعدت القاعدة الجماعة الإسلامية (JI) ، وهي منظمة ناشئة برئاسة الإسلاميين الإندونيسيين مع خلايا متناثرة في جميع أنحاء ماليزيا وسنغافورة وإندونيسيا والفلبين.
القاعدة كانت لها يد في مساعدة الجماعة الإسلامية