Xác định mức ưu đãi thuế như thế nào khi dự án đầu tư đáp ứng được các mức ưu đãi khác nhau?
Căn cứ pháp lý cho câu trả lời bao gồm:
Điều 20 Nghị định 31/2021/NĐ-CP

Theo Điều 20 Nghị định 31/2021/NĐ-CP quy định về nguyên tắc áp dụng ưu đãi đầu tư như sau:
Nguyên tắc áp dụng ưu đãi đầu tư
....
5. Đối với dự án đầu tư đáp ứng điều kiện hưởng các mức ưu đãi đầu tư khác nhau trong cùng một thời gian thì nhà đầu tư được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi cao nhất.
...

Với câu hỏi: Xác định mức ưu đãi thuế như thế nào khi dự án đầu tư đáp ứng được các mức ưu đãi khác nhau?

Ta có kết luận: Theo đó nếu dự án đầu tư đáp ứng được điều kiện của các mức ưu đãi thuế khác nhau thì sẽ áp sụng mức ưu đãi thuế cao nhất
Điều 20 Nghị định 31/2021/NĐ-CP
Điều 20 Nghị định 31/2021/NĐ-CP hướng dẫn Luật Đầu tư mới nhất
Nguyên tắc áp dụng ưu đãi đầu tư
1. Dự án đầu tư quy định tại khoản 3 Điều 19 Nghị định này được hưởng ưu đãi đầu tư như quy định đối với dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.
2. Dự án đầu tư tại vùng nông thôn sử dụng từ 500 lao động trở lên và dự án sử dụng lao động là người khuyết tật quy định tại các điểm b và c khoản 4 Điều 19 Nghị định này được hưởng ưu đãi đầu tư như quy định đối với dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn.
3. Dự án đầu tư thuộc ngành, nghề ưu đãi đầu tư thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn được hưởng ưu đãi đầu tư như quy định đối với dự án đầu tư thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.
4. Mức ưu đãi cụ thể đối với dự án đầu tư quy định tại các khoản 1, 2 và 3 Điều này được áp dụng theo quy định của pháp luật về thuế, kế toán và đất đai.
5. Đối với dự án đầu tư đáp ứng điều kiện hưởng các mức ưu đãi đầu tư khác nhau trong cùng một thời gian thì nhà đầu tư được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi cao nhất.
6. Ưu đãi, hỗ trợ đầu tư đặc biệt đối với dự án đầu tư quy định tại khoản 2 Điều 20 Luật Đầu tư được áp dụng như sau:
a) Mức ưu đãi, thời hạn áp dụng ưu đãi đặc biệt về thuế thu nhập doanh nghiệp, tiền thuê đất, thuê mặt nước thực hiện theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và pháp luật về đất đai;
b) Ưu đãi, hỗ trợ đầu tư đặc biệt được áp dụng đối với Trung tâm Đổi mới sáng tạo Quốc gia do Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập và toàn bộ cơ sở trực thuộc đặt ngoài trụ sở chính của Trung tâm;
c) Nhà đầu tư đề xuất áp dụng ưu đãi đầu tư đặc biệt phải cam kết đáp ứng các điều kiện về ngành, nghề đầu tư, tổng vốn đăng ký đầu tư, mức vốn giải ngân, thời hạn giải ngân quy định tại các điểm a và b khoản 2 Điều 20 Luật Đầu tư và các điều kiện khác ghi tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư hoặc thỏa thuận bằng văn bản với cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ;
d) Thủ tướng Chính phủ quyết định mức, thời gian ưu đãi đầu tư đặc biệt theo các tiêu chí về công nghệ cao, chuyển giao công nghệ, doanh nghiệp Việt Nam tham gia chuỗi, giá trị sản xuất trong nước đối với các dự án đầu tư quy định tại khoản 2 Điều 20 Luật Đầu tư.
7. Ưu đãi đầu tư trong trường hợp chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình tổ chức kinh tế (sau đây gọi chung là tổ chức lại tổ chức kinh tế); chia, tách, sáp nhập và chuyển nhượng dự án đầu tư được áp dụng như sau:
a) Tổ chức kinh tế được hình thành trên cơ sở tổ chức lại tổ chức kinh tế hoặc nhà đầu tư nhận chuyển nhượng dự án đầu tư được kế thừa các ưu đãi đầu tư áp dụng đối với dự án đầu tư (nếu có) trước khi tổ chức lại hoặc nhận chuyển nhượng nếu vẫn đáp ứng các điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư;
b) Dự án đầu tư được hình thành trên cơ sở chia, tách dự án đáp ứng điều kiện hưởng mức ưu đãi đầu tư nào thì được hưởng mức ưu đãi đầu tư đó cho thời gian hưởng ưu đãi còn lại của dự án trước khi chia, tách;
c) Dự án đầu tư được hình thành trên cơ sở sáp nhập dự án được tiếp tục áp dụng ưu đãi đầu tư theo các điều kiện hưởng ưu đãi của từng dự án trước khi sáp nhập nếu vẫn đáp ứng điều kiện. Trường hợp dự án được sáp nhập đáp ứng các điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư khác nhau thì nhà đầu tư được hưởng ưu đãi đầu tư theo từng điều kiện khác nhau đó cho thời gian hưởng ưu đãi còn lại.
8. Trường hợp khu công nghiệp, khu chế xuất đã được thành lập theo quy định của Chính phủ được cấp có thẩm quyền phê duyệt đưa ra khỏi quy hoạch hoặc chấp thuận chuyển đổi sang mục đích sử dụng khác hoặc dự án đầu tư xây dựng và kinh doanh kết cấu hạ tầng khu công nghiệp, khu chế xuất chấm dứt hoạt động theo quy định của pháp luật về đầu tư thì các dự án đầu tư thực hiện trong khu công nghiệp, khu chế xuất được tiếp tục hưởng ưu đãi đầu tư theo quy định tại Giấy phép đầu tư, Giấy phép kinh doanh, Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, Giấy chứng nhận đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, văn bản quyết định chủ trương đầu tư, Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư hoặc văn bản khác của cơ quan nhà nước có thẩm quyền có quy định về ưu đãi đầu tư (nếu có một trong các loại giấy tờ đó) hoặc theo quy định của pháp luật có hiệu lực tại thời điểm đầu tư vào khu công nghiệp, khu chế xuất (trong trường hợp không có các loại giấy tờ đó).
Chính phủ
26/03/2021
31/2021/NĐ-CP
Nguyễn Xuân Phúc
Nghị định
Nguyên tắc áp dụng ưu đãi đầu tư
1. Dự án đầu tư quy định tại khoản 3 Điều 19 Nghị định này được hưởng ưu đãi đầu tư như quy định đối với dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.
2. Dự án đầu tư tại vùng nông thôn sử dụng từ 500 lao động trở lên và dự án sử dụng lao động là người khuyết tật quy định tại các điểm b và c khoản 4 Điều 19 Nghị định này được hưởng ưu đãi đầu tư như quy định đối với dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn.
3. Dự án đầu tư thuộc ngành, nghề ưu đãi đầu tư thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn được hưởng ưu đãi đầu tư như quy định đối với dự án đầu tư thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.
4. Mức ưu đãi cụ thể đối với dự án đầu tư quy định tại các khoản 1, 2 và 3 Điều này được áp dụng theo quy định của pháp luật về thuế, kế toán và đất đai.
5. Đối với dự án đầu tư đáp ứng điều kiện hưởng các mức ưu đãi đầu tư khác nhau trong cùng một thời gian thì nhà đầu tư được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi cao nhất.
6. Ưu đãi, hỗ trợ đầu tư đặc biệt đối với dự án đầu tư quy định tại khoản 2 Điều 20 Luật Đầu tư được áp dụng như sau:
a) Mức ưu đãi, thời hạn áp dụng ưu đãi đặc biệt về thuế thu nhập doanh nghiệp, tiền thuê đất, thuê mặt nước thực hiện theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và pháp luật về đất đai;
b) Ưu đãi, hỗ trợ đầu tư đặc biệt được áp dụng đối với Trung tâm Đổi mới sáng tạo Quốc gia do Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập và toàn bộ cơ sở trực thuộc đặt ngoài trụ sở chính của Trung tâm;
c) Nhà đầu tư đề xuất áp dụng ưu đãi đầu tư đặc biệt phải cam kết đáp ứng các điều kiện về ngành, nghề đầu tư, tổng vốn đăng ký đầu tư, mức vốn giải ngân, thời hạn giải ngân quy định tại các điểm a và b khoản 2 Điều 20 Luật Đầu tư và các điều kiện khác ghi tại Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư hoặc thỏa thuận bằng văn bản với cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ;
d) Thủ tướng Chính phủ quyết định mức, thời gian ưu đãi đầu tư đặc biệt theo các tiêu chí về công nghệ cao, chuyển giao công nghệ, doanh nghiệp Việt Nam tham gia chuỗi, giá trị sản xuất trong nước đối với các dự án đầu tư quy định tại khoản 2 Điều 20 Luật Đầu tư.
7. Ưu đãi đầu tư trong trường hợp chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình tổ chức kinh tế (sau đây gọi chung là tổ chức lại tổ chức kinh tế); chia, tách, sáp nhập và chuyển nhượng dự án đầu tư được áp dụng như sau:
a) Tổ chức kinh tế được hình thành trên cơ sở tổ chức lại tổ chức kinh tế hoặc nhà đầu tư nhận chuyển nhượng dự án đầu tư được kế thừa các ưu đãi đầu tư áp dụng đối với dự án đầu tư (nếu có) trước khi tổ chức lại hoặc nhận chuyển nhượng nếu vẫn đáp ứng các điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư;
b) Dự án đầu tư được hình thành trên cơ sở chia, tách dự án đáp ứng điều kiện hưởng mức ưu đãi đầu tư nào thì được hưởng mức ưu đãi đầu tư đó cho thời gian hưởng ưu đãi còn lại của dự án trước khi chia, tách;
c) Dự án đầu tư được hình thành trên cơ sở sáp nhập dự án được tiếp tục áp dụng ưu đãi đầu tư theo các điều kiện hưởng ưu đãi của từng dự án trước khi sáp nhập nếu vẫn đáp ứng điều kiện. Trường hợp dự án được sáp nhập đáp ứng các điều kiện hưởng ưu đãi đầu tư khác nhau thì nhà đầu tư được hưởng ưu đãi đầu tư theo từng điều kiện khác nhau đó cho thời gian hưởng ưu đãi còn lại.
8. Trường hợp khu công nghiệp, khu chế xuất đã được thành lập theo quy định của Chính phủ được cấp có thẩm quyền phê duyệt đưa ra khỏi quy hoạch hoặc chấp thuận chuyển đổi sang mục đích sử dụng khác hoặc dự án đầu tư xây dựng và kinh doanh kết cấu hạ tầng khu công nghiệp, khu chế xuất chấm dứt hoạt động theo quy định của pháp luật về đầu tư thì các dự án đầu tư thực hiện trong khu công nghiệp, khu chế xuất được tiếp tục hưởng ưu đãi đầu tư theo quy định tại Giấy phép đầu tư, Giấy phép kinh doanh, Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, Giấy chứng nhận đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, văn bản quyết định chủ trương đầu tư, Quyết định chấp thuận chủ trương đầu tư hoặc văn bản khác của cơ quan nhà nước có thẩm quyền có quy định về ưu đãi đầu tư (nếu có một trong các loại giấy tờ đó) hoặc theo quy định của pháp luật có hiệu lực tại thời điểm đầu tư vào khu công nghiệp, khu chế xuất (trong trường hợp không có các loại giấy tờ đó).
Điều 20 Nghị định 31/2021/NĐ-CP hướng dẫn Luật Đầu tư mới nhất