Kê khai chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu bị sót thì xử lý như thế nào?
Căn cứ pháp lý cho câu trả lời bao gồm:
Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019

Căn cứ theo Công văn 5847/TCT- KK năm 2023 hướng dẫn về kê khai chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu bị sót như sau:
Căn cứ điểm đ khoản 6 Điều 1 Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào;
Căn cứ khoản 3 Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế;
Căn cứ điểm b khoản 4 Điều 7 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định về hồ sơ khai thuế.
Căn cứ các quy định nêu trên, trường hợp Công ty TNHH 1TV cao su Huy Anh Phong Điền (sau đây gọi là “Công ty”) năm 2019 có chứng từ nộp tiền ở khâu nhập khẩu nhưng không kê khai trên tờ khai thuế GTGT. Sau đó, Công ty đã nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế cho kỳ tính thuế từ tháng 01/2018 đến tháng 03/2021; cơ quan thuế đã thực hiện kiểm tra trước hoàn và ban hành quyết định hoàn thuế thì Công ty không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Công ty thực hiện theo quy định tại điểm đ khoản 6 Điều 1 Luật thuế số 31/2013/QH13 và khoản 3 Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14.

Với câu hỏi: Kê khai chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu bị sót thì xử lý như thế nào?

Ta có kết luận: Thông qua hướng dẫn của Công văn trên, trường hợp doanh nghiệp có chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu hàng hoá nhưng không kê khai trên tờ khai thuế GTGT và đã thực hiện hoàn thuế cũng như được cơ quan thực hiện kiểm tra trước hoàn và ban hành quyết định hoàn thuế thì doanh nghiệp không được kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
Sau khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã ban hành kết luận, quyết định xử lý về thuế sau thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của doanh nghiệp thì việc khai chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu bị sót trong trường hợp này được xử lý như khai bổ sung hồ sơ khai thuế, cụ thể như sau:
- Doanh nghiệp được khai bổ sung hồ sơ khai thuế đối với trường hợp làm tăng số tiền thuế phải nộp, giảm số tiền thuế được khấu trừ hoặc giảm số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn và bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019 và Điều 143 Luật Quản lý thuế 2019.
- Trường hợp người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế có sai, sót nếu khai bổ sung làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được khấu trừ, tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn thì thực hiện theo quy định về giải quyết khiếu nại về thuế.
Điều 142 Luật Quản lý thuế 2019
Điều 142 Luật quản lý thuế 2019 số 38/2019/QH14 mới nhất
Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu
1. Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn bao gồm:
a) Khai sai căn cứ tính thuế hoặc số tiền thuế được khấu trừ hoặc xác định sai trường hợp được miễn, giảm, hoàn thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng các nghiệp vụ kinh tế đã được phản ánh đầy đủ trên hệ thống sổ kế toán, trên các hóa đơn, chứng từ hợp pháp;
b) Người nộp thuế đã lập hồ sơ xác định giá thị trường hoặc đã lập tờ khai giao dịch liên kết nhưng cơ quan quản lý thuế, cơ quan có thẩm quyền khi thanh tra, kiểm tra kết luận số liệu thanh tra, kiểm tra khác với số liệu đã khai của người nộp thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn;
c) Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn để hạch toán giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng người mua hàng hóa, dịch vụ sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp chứng minh được lỗi vi phạm sử dụng hóa đơn không hợp pháp thuộc về bên bán hàng.
2. Người nộp thuế khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu nhưng không thuộc các trường hợp quy định tại khoản 6 và khoản 7 Điều 143 của Luật này thì ngoài việc phải khai bổ sung và nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp, người nộp thuế còn bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế trong trường hợp sau đây:
a) Người nộp thuế tự phát hiện và khai bổ sung sau thời điểm cơ quan hải quan thông báo việc kiểm tra trực tiếp hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đang làm thủ tục hải quan hoặc sau thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan và trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra đối với hàng hóa đã được thông quan;
b) Cơ quan hải quan phát hiện trong quá trình làm thủ tục hải quan; phát hiện khi thanh tra đối với hàng hóa đã thông quan, kiểm tra sau thông quan và cá nhân, tổ chức vi phạm đã tự nguyện khắc phục hậu quả bằng cách nộp đủ số tiền thuế phải nộp theo quy định;
c) Trường hợp không thuộc quy định tại điểm a và điểm b khoản này và cá nhân, tổ chức vi phạm đã tự nguyện khắc phục hậu quả bằng cách nộp đủ số tiền thuế phải nộp.
3. Người nộp thuế khai sai dẫn đến làm thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nếu đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế và tự giác khắc phục hậu quả bằng cách nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện không qua thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế hoặc trước khi cơ quan có thẩm quyền phát hiện thì không bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế.
4. Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, người nộp thuế không bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế nhưng vẫn phải nộp số tiền thuế còn thiếu và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trong các trường hợp sau đây:
a) Người nộp thuế đã khai bổ sung trước thời điểm cơ quan hải quan thông báo việc kiểm tra trực tiếp hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đang làm thủ tục hải quan;
b) Người nộp thuế khai bổ sung trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan và trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra đối với hàng hóa đã được thông quan.
Quốc hội
13/06/2019
38/2019/QH14
Nguyễn Thị Kim Ngân
Luật
Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu
1. Hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn bao gồm:
a) Khai sai căn cứ tính thuế hoặc số tiền thuế được khấu trừ hoặc xác định sai trường hợp được miễn, giảm, hoàn thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng các nghiệp vụ kinh tế đã được phản ánh đầy đủ trên hệ thống sổ kế toán, trên các hóa đơn, chứng từ hợp pháp;
b) Người nộp thuế đã lập hồ sơ xác định giá thị trường hoặc đã lập tờ khai giao dịch liên kết nhưng cơ quan quản lý thuế, cơ quan có thẩm quyền khi thanh tra, kiểm tra kết luận số liệu thanh tra, kiểm tra khác với số liệu đã khai của người nộp thuế dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn;
c) Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn để hạch toán giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nhưng người mua hàng hóa, dịch vụ sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp chứng minh được lỗi vi phạm sử dụng hóa đơn không hợp pháp thuộc về bên bán hàng.
2. Người nộp thuế khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn, không thu đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu nhưng không thuộc các trường hợp quy định tại khoản 6 và khoản 7 Điều 143 của Luật này thì ngoài việc phải khai bổ sung và nộp đủ số tiền thuế, tiền chậm nộp, người nộp thuế còn bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế trong trường hợp sau đây:
a) Người nộp thuế tự phát hiện và khai bổ sung sau thời điểm cơ quan hải quan thông báo việc kiểm tra trực tiếp hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đang làm thủ tục hải quan hoặc sau thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan và trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra đối với hàng hóa đã được thông quan;
b) Cơ quan hải quan phát hiện trong quá trình làm thủ tục hải quan; phát hiện khi thanh tra đối với hàng hóa đã thông quan, kiểm tra sau thông quan và cá nhân, tổ chức vi phạm đã tự nguyện khắc phục hậu quả bằng cách nộp đủ số tiền thuế phải nộp theo quy định;
c) Trường hợp không thuộc quy định tại điểm a và điểm b khoản này và cá nhân, tổ chức vi phạm đã tự nguyện khắc phục hậu quả bằng cách nộp đủ số tiền thuế phải nộp.
3. Người nộp thuế khai sai dẫn đến làm thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được miễn, giảm, hoàn nếu đã khai bổ sung hồ sơ khai thuế và tự giác khắc phục hậu quả bằng cách nộp đủ số tiền thuế phải nộp trước thời điểm cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế hoặc trước thời điểm cơ quan thuế phát hiện không qua thanh tra, kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế hoặc trước khi cơ quan có thẩm quyền phát hiện thì không bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế.
4. Đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, người nộp thuế không bị xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế nhưng vẫn phải nộp số tiền thuế còn thiếu và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước trong các trường hợp sau đây:
a) Người nộp thuế đã khai bổ sung trước thời điểm cơ quan hải quan thông báo việc kiểm tra trực tiếp hồ sơ hải quan đối với hàng hóa đang làm thủ tục hải quan;
b) Người nộp thuế khai bổ sung trong thời hạn 60 ngày kể từ ngày thông quan và trước thời điểm cơ quan hải quan quyết định kiểm tra sau thông quan, thanh tra đối với hàng hóa đã được thông quan.
Điều 142 Luật quản lý thuế 2019 số 38/2019/QH14 mới nhất