Xử lý số tiền thuế giá trị gia tăng đã bị thu hồi hoàn của cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng điều chỉnh tiền thuế giá trị gia tăng như thế nào?
Căn cứ pháp lý cho câu trả lời bao gồm:
Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC
Điều 3 Thông tư 13/2023/TT-BTC

Căn cứ Điều 3 Thông tư 13/2023/TT-BTC quy định về xử lý số tiền thuế giá trị gia tăng đã bị thu hồi hoàn của cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng điều chỉnh tiền thuế giá trị gia tăng như sau:
Hiệu lực thi hành
1. Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 14 tháng 4 năm 2023.
2. Quy định về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện tại khoản 3 Điều 1 Thông tư này được áp dụng kể từ ngày Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01 tháng 7 năm 2016 của Chính phủ có hiệu lực thi hành theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ.
Trường hợp cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng điều chỉnh tiền thuế giá trị gia tăng, tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ thì việc điều chỉnh thực hiện như sau:
a) Trường hợp cơ quan thuế đã ban hành quyết định thu hồi tiền hoàn thuế, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì cơ quan thuế ra quyết định điều chỉnh theo Mẫu quyết định số 38 ban hành kèm theo Nghị định số 118/2021/NĐ-CP ngày 23 tháng 12 năm 2021 của Chính phủ. Trường hợp cơ sở kinh doanh đã khai bổ sung số thuế giá trị gia tăng thu hồi hoàn thì cơ sở kinh doanh và cơ quan thuế thực hiện theo Mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ Tài chính để điều chỉnh lại số tiền thuế giá trị gia tăng thu hồi hoàn, tiền chậm nộp.
b) Số tiền thuế giá trị gia tăng đã bị thu hồi hoàn (bao gồm trường hợp cơ sở kinh doanh chưa bù trừ số thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn với số thuế giá trị gia tăng phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh và trường hợp cơ sở kinh doanh đã bù trừ số thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn với số thuế giá trị gia tăng phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh), số tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) đã nộp vào ngân sách nhà nước trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành được xử lý theo quy định tại Điều 25 và Mục 2 Chương V Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ Tài chính. Trường hợp hoàn trả số tiền thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn nộp thừa sau khi đã xử lý số tiền thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn theo quy định tại điểm này được thực hiện từ nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng.

Với câu hỏi: Xử lý số tiền thuế giá trị gia tăng đã bị thu hồi hoàn của cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng điều chỉnh tiền thuế giá trị gia tăng như thế nào?

Ta có kết luận: Như vậy, trường hợp cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng điều chỉnh tiền thuế giá trị gia tăng thì số tiền thuế giá trị gia tăng đã bị thu hồi hoàn được xử lý như sau:
+) Trường hợp cơ quan thuế đã ban hành quyết định thu hồi tiền hoàn thuế thì cơ quan thuế ra quyết định điều chỉnh theo Mẫu quyết định số 38 ban hành kèm theo Nghị định 118/2021/NĐ-CP.
Trường hợp cơ sở kinh doanh đã khai bổ sung số thuế giá trị gia tăng thu hồi hoàn thì cơ sở kinh doanh và cơ quan thuế thực hiện theo Mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC.
+) Số tiền thuế giá trị gia tăng đã bị thu hồi hoàn đã nộp vào ngân sách nhà nước trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành được xử lý theo quy định tại Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC và Mục 2 Chương V Thông tư 80/2021/TT-BTC bao gồm cả:
Trường hợp cơ sở kinh doanh chưa bù trừ số thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn với số thuế giá trị gia tăng phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh và trường hợp cơ sở kinh doanh đã bù trừ số thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn với số thuế giá trị gia tăng phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh.
Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC Điều 3 Thông tư 13/2023/TT-BTC
Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế  Nghị định 126/2020/NĐ-CP mới nhất
Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
1. Người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp nộp thừa, tiền phạt nộp thừa (sau đây gọi là khoản nộp thừa) theo quy định tại khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn trả như sau:
a) Bù trừ khoản nộp thừa với số tiền thuế còn nợ, tiền chậm nộp còn nợ, tiền phạt còn nợ (sau đây gọi là khoản nợ) hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phát sinh phải nộp của lần tiếp theo (sau đây gọi là khoản thu phát sinh) trong các trường hợp:
a.1) Bù trừ với khoản nợ của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách với khoản nộp thừa.
a.2) Bù trừ với khoản thu phát sinh của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách với khoản nộp thừa.
a.3) Tổ chức trả thu nhập có số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa thì thực hiện bù trừ theo quy định tại điểm a.1, a.2 khoản này. Số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi quyết toán được xác định bằng (=) số thuế nộp thừa của cá nhân uỷ quyền quyết toán trừ (-) số thuế còn phải nộp của cá nhân uỷ quyền quyết toán; tổ chức trả thu nhập có trách nhiệm trả cho cá nhân uỷ quyền quyết toán số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi tổ chức chi trả quyết toán thuế thu nhập cá nhân.
a.4) Bù trừ với khoản nợ hoặc khoản thu phát sinh có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách của người nộp thuế khác khi người nộp thuế không còn khoản nợ.
a.5) Trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa bằng ngoại tệ thuộc trường hợp khai thuế, nộp thuế bằng ngoại tệ quy định tại
Điều 4 Thông tư này khi thực hiện bù trừ phải quy đổi sang đồng Việt nam theo tỷ giá bán ra đầu ngày của Ngân hàng thương mại cổ phần Ngoại thương Việt Nam tại thời điểm xác định số thuế nộp thừa để bù trừ.
b) Hoàn trả, hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách
Người nộp thuế có khoản nộp thừa sau khi thực hiện bù trừ theo hướng dẫn tại điểm a khoản này mà vẫn còn khoản nộp thừa hoặc không có khoản nợ thì người nộp thuế được gửi hồ sơ đề nghị hoàn trả hoặc hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều 42 Thông tư này. Người nộp thuế được hoàn trả khoản nộp thừa khi người nộp thuế không còn khoản nợ.
c) Thời điểm xác định khoản nộp thừa để xử lý bù trừ hoặc hoàn nộp thừa:
c.1) Trường hợp người nộp thuế tự tính, tự khai và tự nộp thuế theo số thuế đã kê khai, thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế nộp tiền trước khi nộp hồ sơ khai thuế thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế, nếu có hồ sơ khai bổ sung thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày người nộp thuế nộp hồ sơ khai bổ sung.
c.2) Trường hợp người nộp thuế xác định nghĩa vụ thuế theo Thông báo nộp tiền của cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế nộp tiền trước ngày thông báo thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày ban hành thông báo nộp tiền của cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền, nếu có thông báo điều chỉnh, bổ sung thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày ban hành thông báo điều chỉnh, bổ sung.
c.3) Trường hợp người nộp thuế nộp tiền theo Quyết định của cơ quan thuế, Quyết định hoặc Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế nộp tiền trước ngày Quyết định hoặc Văn bản thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày ban hành Quyết định hoặc Văn bản, nếu có nhiều Quyết định hoặc Văn bản thì thời điểm xác định khoản nộp thừa được căn cứ vào Quyết định hoặc Văn bản cuối cùng.
c.4) Trường hợp người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước nhưng sau đó thực hiện theo Bản án, Quyết định của Toà án thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày Bản án, Quyết định có hiệu lực.
2. Trình tự, thủ tục bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
a) Người nộp thuế có khoản nộp thừa bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại điểm a.1, a.2, a.3 khoản 1 Điều này thì không phải gửi hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa đến cơ quan thuế. Cơ quan thuế thực hiện tự động bù trừ trên hệ thống quản lý thuế theo quy định về kế toán nghiệp vụ thuế đối với trường hợp quy định tại điểm a.1, a.2 khoản 1 Điều này và cung cấp thông tin cho người nộp thuế theo quy định tại Điều 69 Thông tư này.
b) Người nộp thuế có khoản nộp thừa bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại điểm a.4 khoản 1 Điều này thì gửi hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa, gồm: Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/DNXLNT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này và các tài liệu liên quan (nếu có) đến cơ quan thuế có thẩm quyền xử lý khoản nộp thừa quy định tại khoản 3 Điều này.
c) Cơ quan thuế thực hiện tiếp nhận, giải quyết hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của người nộp thuế theo quy định tại khoản 3 Điều này. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của người nộp thuế, cơ quan thuế đối chiếu khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế:
c.1) Trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện bù trừ khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo đề nghị của người nộp thuế và thông báo cho người nộp thuế có khoản nộp thừa đề nghị bù trừ và người nộp thuế có khoản nợ, khoản thu phát sinh được bù trừ biết theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.
c.2) Trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế không thuộc trường hợp bù trừ khoản nộp thừa theo quy định tại khoản 1 Điều này thì cơ quan thuế ban hành Thông báo theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này nêu rõ lý do không thực hiện bù trừ khoản nộp thừa gửi cho người nộp thuế.
Trường hợp đề nghị của người nộp thuế không khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế, cơ quan thuế ban hành Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP gửi cho người nộp thuế để giải trình, bổ sung thông tin. Thời gian giải trình, bổ sung thông tin của người nộp thuế không tính vào thời gian giải quyết hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của cơ quan thuế. Sau khi nhận được thông tin giải trình, bổ sung của người nộp thuế, trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế thì thực hiện bù trừ theo quy định tại điểm c.1 khoản này.
Quá thời hạn giải trình, bổ sung theo thông báo của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hoặc người nộp thuế có giải trình, bổ sung nhưng khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế không khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế thì cơ quan thuế ban hành Thông báo theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này nêu rõ lý do không thực hiện bù trừ khoản nộp thừa gửi cho người nộp thuế.
3. Thẩm quyền xử lý bù trừ khoản nộp thừa của cơ quan thuế
a) Cơ quan thuế quản lý trực tiếp thực hiện:
a.1) Bù trừ trên hệ thống quản lý thuế khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh của người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a.1, a.2 khoản 1 Điều này do cơ quan thuế trực tiếp quản lý.
a.2) Tiếp nhận, giải quyết văn bản đề nghị xử lý khoản nộp thừa của người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a.4 khoản 1 Điều này do cơ quan thuế trực tiếp quản lý thu hoặc do cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ quản lý thu theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 3 Thông tư này.
b) Cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước thực hiện:
b.1) Bù trừ trên hệ thống quản lý thuế khoản nộp thừa của người nộp thuế do cơ quan thuế quản lý thu thuộc trường hợp quy định tại điểm a.1, a.2 khoản 1 Điều này.
b.2) Tiếp nhận, giải quyết văn bản đề nghị xử lý khoản nộp thừa của người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a.4 khoản 1 Điều này do cơ quan thuế quản lý thu.
c) Cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 3 Thông tư này thực hiện:
c.1) Bù trừ trên hệ thống quản lý thuế khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh của người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a.1, a.2 khoản 1 Điều này do cơ quan thuế quản lý đối với khoản thu được phân bổ.
c.2) Phối hợp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp xử lý bù trừ khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh do nơi được hưởng khoản thu được phân bổ quản lý thu theo hướng dẫn tại điểm a.4 khoản 1 Điều này.
Bộ Tài chính
29/09/2021
80/2021/TT-BTC
Trần Xuân Hà
Thông tư
Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
1. Người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa, tiền chậm nộp nộp thừa, tiền phạt nộp thừa (sau đây gọi là khoản nộp thừa) theo quy định tại khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế thì được xử lý bù trừ hoặc hoàn trả như sau:
a) Bù trừ khoản nộp thừa với số tiền thuế còn nợ, tiền chậm nộp còn nợ, tiền phạt còn nợ (sau đây gọi là khoản nợ) hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phát sinh phải nộp của lần tiếp theo (sau đây gọi là khoản thu phát sinh) trong các trường hợp:
a.1) Bù trừ với khoản nợ của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách với khoản nộp thừa.
a.2) Bù trừ với khoản thu phát sinh của người nộp thuế có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách với khoản nộp thừa.
a.3) Tổ chức trả thu nhập có số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa thì thực hiện bù trừ theo quy định tại điểm a.1, a.2 khoản này. Số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi quyết toán được xác định bằng (=) số thuế nộp thừa của cá nhân uỷ quyền quyết toán trừ (-) số thuế còn phải nộp của cá nhân uỷ quyền quyết toán; tổ chức trả thu nhập có trách nhiệm trả cho cá nhân uỷ quyền quyết toán số thuế thu nhập cá nhân nộp thừa khi tổ chức chi trả quyết toán thuế thu nhập cá nhân.
a.4) Bù trừ với khoản nợ hoặc khoản thu phát sinh có cùng nội dung kinh tế (tiểu mục) và cùng địa bàn thu ngân sách của người nộp thuế khác khi người nộp thuế không còn khoản nợ.
a.5) Trường hợp người nộp thuế có số tiền thuế nộp thừa bằng ngoại tệ thuộc trường hợp khai thuế, nộp thuế bằng ngoại tệ quy định tại
Điều 4 Thông tư này khi thực hiện bù trừ phải quy đổi sang đồng Việt nam theo tỷ giá bán ra đầu ngày của Ngân hàng thương mại cổ phần Ngoại thương Việt Nam tại thời điểm xác định số thuế nộp thừa để bù trừ.
b) Hoàn trả, hoàn trả kiêm bù trừ thu ngân sách
Người nộp thuế có khoản nộp thừa sau khi thực hiện bù trừ theo hướng dẫn tại điểm a khoản này mà vẫn còn khoản nộp thừa hoặc không có khoản nợ thì người nộp thuế được gửi hồ sơ đề nghị hoàn trả hoặc hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều 42 Thông tư này. Người nộp thuế được hoàn trả khoản nộp thừa khi người nộp thuế không còn khoản nợ.
c) Thời điểm xác định khoản nộp thừa để xử lý bù trừ hoặc hoàn nộp thừa:
c.1) Trường hợp người nộp thuế tự tính, tự khai và tự nộp thuế theo số thuế đã kê khai, thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế nộp tiền trước khi nộp hồ sơ khai thuế thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế, nếu có hồ sơ khai bổ sung thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày người nộp thuế nộp hồ sơ khai bổ sung.
c.2) Trường hợp người nộp thuế xác định nghĩa vụ thuế theo Thông báo nộp tiền của cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế nộp tiền trước ngày thông báo thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày ban hành thông báo nộp tiền của cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền, nếu có thông báo điều chỉnh, bổ sung thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày ban hành thông báo điều chỉnh, bổ sung.
c.3) Trường hợp người nộp thuế nộp tiền theo Quyết định của cơ quan thuế, Quyết định hoặc Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì thời điểm xác định nộp thừa là ngày người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước; trường hợp người nộp thuế nộp tiền trước ngày Quyết định hoặc Văn bản thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày ban hành Quyết định hoặc Văn bản, nếu có nhiều Quyết định hoặc Văn bản thì thời điểm xác định khoản nộp thừa được căn cứ vào Quyết định hoặc Văn bản cuối cùng.
c.4) Trường hợp người nộp thuế đã nộp tiền vào ngân sách nhà nước nhưng sau đó thực hiện theo Bản án, Quyết định của Toà án thì thời điểm xác định khoản nộp thừa là ngày Bản án, Quyết định có hiệu lực.
2. Trình tự, thủ tục bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa
a) Người nộp thuế có khoản nộp thừa bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại điểm a.1, a.2, a.3 khoản 1 Điều này thì không phải gửi hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa đến cơ quan thuế. Cơ quan thuế thực hiện tự động bù trừ trên hệ thống quản lý thuế theo quy định về kế toán nghiệp vụ thuế đối với trường hợp quy định tại điểm a.1, a.2 khoản 1 Điều này và cung cấp thông tin cho người nộp thuế theo quy định tại Điều 69 Thông tư này.
b) Người nộp thuế có khoản nộp thừa bù trừ với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo quy định tại điểm a.4 khoản 1 Điều này thì gửi hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa, gồm: Văn bản đề nghị xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa theo mẫu số 01/DNXLNT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này và các tài liệu liên quan (nếu có) đến cơ quan thuế có thẩm quyền xử lý khoản nộp thừa quy định tại khoản 3 Điều này.
c) Cơ quan thuế thực hiện tiếp nhận, giải quyết hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của người nộp thuế theo quy định tại khoản 3 Điều này. Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của người nộp thuế, cơ quan thuế đối chiếu khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế:
c.1) Trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế, cơ quan thuế thực hiện bù trừ khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh theo đề nghị của người nộp thuế và thông báo cho người nộp thuế có khoản nộp thừa đề nghị bù trừ và người nộp thuế có khoản nợ, khoản thu phát sinh được bù trừ biết theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này.
c.2) Trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế không thuộc trường hợp bù trừ khoản nộp thừa theo quy định tại khoản 1 Điều này thì cơ quan thuế ban hành Thông báo theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này nêu rõ lý do không thực hiện bù trừ khoản nộp thừa gửi cho người nộp thuế.
Trường hợp đề nghị của người nộp thuế không khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế, cơ quan thuế ban hành Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT ban hành kèm theo Nghị định số 126/2020/NĐ-CP gửi cho người nộp thuế để giải trình, bổ sung thông tin. Thời gian giải trình, bổ sung thông tin của người nộp thuế không tính vào thời gian giải quyết hồ sơ đề nghị bù trừ khoản nộp thừa của cơ quan thuế. Sau khi nhận được thông tin giải trình, bổ sung của người nộp thuế, trường hợp khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế thì thực hiện bù trừ theo quy định tại điểm c.1 khoản này.
Quá thời hạn giải trình, bổ sung theo thông báo của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung hoặc người nộp thuế có giải trình, bổ sung nhưng khoản nộp thừa, khoản nợ, khoản thu phát sinh tại văn bản đề nghị của người nộp thuế không khớp đúng với dữ liệu trên hệ thống quản lý thuế thì cơ quan thuế ban hành Thông báo theo mẫu số 01/TB-XLBT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư này nêu rõ lý do không thực hiện bù trừ khoản nộp thừa gửi cho người nộp thuế.
3. Thẩm quyền xử lý bù trừ khoản nộp thừa của cơ quan thuế
a) Cơ quan thuế quản lý trực tiếp thực hiện:
a.1) Bù trừ trên hệ thống quản lý thuế khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh của người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a.1, a.2 khoản 1 Điều này do cơ quan thuế trực tiếp quản lý.
a.2) Tiếp nhận, giải quyết văn bản đề nghị xử lý khoản nộp thừa của người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a.4 khoản 1 Điều này do cơ quan thuế trực tiếp quản lý thu hoặc do cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ quản lý thu theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 3 Thông tư này.
b) Cơ quan thuế quản lý khoản thu ngân sách nhà nước thực hiện:
b.1) Bù trừ trên hệ thống quản lý thuế khoản nộp thừa của người nộp thuế do cơ quan thuế quản lý thu thuộc trường hợp quy định tại điểm a.1, a.2 khoản 1 Điều này.
b.2) Tiếp nhận, giải quyết văn bản đề nghị xử lý khoản nộp thừa của người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a.4 khoản 1 Điều này do cơ quan thuế quản lý thu.
c) Cơ quan thuế quản lý địa bàn nhận phân bổ theo quy định tại điểm b khoản 6 Điều 3 Thông tư này thực hiện:
c.1) Bù trừ trên hệ thống quản lý thuế khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh của người nộp thuế thuộc trường hợp quy định tại điểm a.1, a.2 khoản 1 Điều này do cơ quan thuế quản lý đối với khoản thu được phân bổ.
c.2) Phối hợp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp xử lý bù trừ khoản nộp thừa với khoản nợ, khoản thu phát sinh do nơi được hưởng khoản thu được phân bổ quản lý thu theo hướng dẫn tại điểm a.4 khoản 1 Điều này.
Điều 25 Thông tư 80/2021/TT-BTC hướng dẫn Luật Quản lý thuế  Nghị định 126/2020/NĐ-CP mới nhất
Điều 3 Thông tư 13/2023/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 49/2022/NĐ-CP sửa đổi Nghị định 209/2013/NĐ-CP mới nhất
Hiệu lực thi hành
1. Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 14 tháng 4 năm 2023.
2. Quy định về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện tại khoản 3 Điều 1 Thông tư này được áp dụng kể từ ngày Nghị định số 100/2016/NĐ-CP  ngày 01 tháng 7 năm 2016 của Chính phủ có hiệu lực thi hành theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ.
Trường hợp cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng điều chỉnh tiền thuế giá trị gia tăng, tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ thì việc điều chỉnh thực hiện như sau:
a) Trường hợp cơ quan thuế đã ban hành quyết định thu hồi tiền hoàn thuế, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì cơ quan thuế ra quyết định điều chỉnh theo Mẫu quyết định số 38 ban hành kèm theo Nghị định số 118/2021/NĐ-CP ngày 23 tháng 12 năm 2021 của Chính phủ. Trường hợp cơ sở kinh doanh đã khai bổ sung số thuế giá trị gia tăng thu hồi hoàn thì cơ sở kinh doanh và cơ quan thuế thực hiện theo Mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ Tài chính để điều chỉnh lại số tiền thuế giá trị gia tăng thu hồi hoàn, tiền chậm nộp.
b) Số tiền thuế giá trị gia tăng đã bị thu hồi hoàn (bao gồm trường hợp cơ sở kinh doanh chưa bù trừ số thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn với số thuế giá trị gia tăng phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh và trường hợp cơ sở kinh doanh đã bù trừ số thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn với số thuế giá trị gia tăng phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh), số tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) đã nộp vào ngân sách nhà nước trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành được xử lý theo quy định tại Điều 25 và Mục 2 Chương V Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ Tài chính. Trường hợp hoàn trả số tiền thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn nộp thừa sau khi đã xử lý số tiền thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn theo quy định tại điểm này được thực hiện từ nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng.
Trong quá trình thực hiện, nếu có khó khăn, vướng mắc, đề nghị các đơn vị, cơ sở kinh doanh phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để được giải quyết kịp thời
Bộ Tài chính
28/02/2023
13/2023/TT-BTC
Cao Anh Tuấn
Thông tư
Hiệu lực thi hành
1. Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 14 tháng 4 năm 2023.
2. Quy định về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện tại khoản 3 Điều 1 Thông tư này được áp dụng kể từ ngày Nghị định số 100/2016/NĐ-CP  ngày 01 tháng 7 năm 2016 của Chính phủ có hiệu lực thi hành theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ.
Trường hợp cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng điều chỉnh tiền thuế giá trị gia tăng, tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) theo quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định số 49/2022/NĐ-CP ngày 29 tháng 7 năm 2022 của Chính phủ thì việc điều chỉnh thực hiện như sau:
a) Trường hợp cơ quan thuế đã ban hành quyết định thu hồi tiền hoàn thuế, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính về thuế thì cơ quan thuế ra quyết định điều chỉnh theo Mẫu quyết định số 38 ban hành kèm theo Nghị định số 118/2021/NĐ-CP ngày 23 tháng 12 năm 2021 của Chính phủ. Trường hợp cơ sở kinh doanh đã khai bổ sung số thuế giá trị gia tăng thu hồi hoàn thì cơ sở kinh doanh và cơ quan thuế thực hiện theo Mẫu số 02/KTT ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ Tài chính để điều chỉnh lại số tiền thuế giá trị gia tăng thu hồi hoàn, tiền chậm nộp.
b) Số tiền thuế giá trị gia tăng đã bị thu hồi hoàn (bao gồm trường hợp cơ sở kinh doanh chưa bù trừ số thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn với số thuế giá trị gia tăng phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh và trường hợp cơ sở kinh doanh đã bù trừ số thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn với số thuế giá trị gia tăng phải nộp phát sinh của hoạt động sản xuất kinh doanh), số tiền chậm nộp, tiền phạt vi phạm hành chính về thuế (nếu có) đã nộp vào ngân sách nhà nước trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành được xử lý theo quy định tại Điều 25 và Mục 2 Chương V Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29 tháng 9 năm 2021 của Bộ Tài chính. Trường hợp hoàn trả số tiền thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn nộp thừa sau khi đã xử lý số tiền thuế giá trị gia tăng bị thu hồi hoàn theo quy định tại điểm này được thực hiện từ nguồn kinh phí hoàn thuế giá trị gia tăng.
Trong quá trình thực hiện, nếu có khó khăn, vướng mắc, đề nghị các đơn vị, cơ sở kinh doanh phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để được giải quyết kịp thời
Điều 3 Thông tư 13/2023/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 49/2022/NĐ-CP sửa đổi Nghị định 209/2013/NĐ-CP mới nhất