Phương pháp khấu trừ thuế GTGT được quy định như thế nào?
Căn cứ pháp lý cho câu trả lời bao gồm:
điểm k khoản 1 Điều 7 
khoản 1 Điều 10 Luật Thuế giá trị gia tăng 2008
Khoản 4 Điều 1 Luật thuế giá trị gia tăng sửa đổi năm 2013

Tại khoản 1 Điều 10 Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 được sửa đổi bởi Khoản 4 Điều 1 Luật thuế giá trị gia tăng sửa đổi năm 2013 có quy định các phương pháp khấu trừ thuế GTGT như sau:
Phương pháp khấu trừ thuế
1. Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng được quy định như sau:
a) Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp khấu trừ thuế bằng số thuế giá trị gia tăng đầu ra trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ;
b) Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ bán ra ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng.
Thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng bằng giá tính thuế của hàng hoá, dịch vụ chịu thuế bán ra nhân với thuế suất thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ đó.
Trường hợp sử dụng chứng từ ghi giá thanh toán là giá đã có thuế giá trị gia tăng thì thuế giá trị gia tăng đầu ra được xác định bằng giá thanh toán trừ giá tính thuế giá trị gia tăng xác định theo quy định tại điểm k khoản 1 Điều 7 của Luật này;
c) Số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ bằng tổng số thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng của hàng hóa nhập khẩu và đáp ứng điều kiện quy định tại Điều 12 của Luật này.
....

Với câu hỏi: Phương pháp khấu trừ thuế GTGT được quy định như thế nào?

Ta có kết luận: Như vậy, phương pháp khấu trừ thuế GTGT được quy định như sau:
- Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp khấu trừ thuế = số thuế giá trị gia tăng đầu ra - số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ;
- Số thuế giá trị gia tăng đầu ra = tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ bán ra ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng.
Thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng = giá tính thuế của hàng hoá, dịch vụ chịu thuế bán ra x thuế suất thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ đó.
Trường hợp sử dụng chứng từ ghi giá thanh toán là giá đã có thuế giá trị gia tăng thì thuế giá trị gia tăng đầu ra được xác định = giá thanh toán - giá tính thuế giá trị gia tăng xác định theo quy định tại điểm k khoản 1 Điều 7  Luật Thuế giá trị gia tăng 2008;
- Số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ = tổng số thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng của hàng hóa nhập khẩu và đáp ứng điều kiện theo quy định.
điểm k khoản 1 Điều 7  khoản 1 Điều 10 Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 Khoản 4 Điều 1 Luật thuế giá trị gia tăng sửa đổi năm 2013
Khoản 1 Điều 10 Luật thuế giá trị gia tăng 2008 số 13/2008/QH12 mới nhất
Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng được quy định như sau:
a) Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp khấu trừ thuế bằng số thuế giá trị gia tăng đầu ra trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ;
b) Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng;
c) Số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ bằng tổng số thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng của hàng hóa nhập khẩu và đáp ứng Điều kiện quy định tại Điều 12 của Luật này.
Quốc hội
03/06/2008
13/2008/QH12
Nguyễn Phú Trọng
Luật
Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng được quy định như sau:
a) Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp khấu trừ thuế bằng số thuế giá trị gia tăng đầu ra trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ;
b) Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng;
c) Số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ bằng tổng số thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng của hàng hóa nhập khẩu và đáp ứng Điều kiện quy định tại Điều 12 của Luật này.
Khoản 1 Điều 10 Luật thuế giá trị gia tăng 2008 số 13/2008/QH12 mới nhất
Khoản 4 Điều 1 Luật thuế giá trị gia tăng sửa đổi năm 2013 số 31/2013/QH13 mới nhất
Điều 10 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 10. Phương pháp khấu trừ thuế
Quốc hội
19/06/2013
31/2013/QH13
Nguyễn Sinh Hùng
Luật
Điều 10 được sửa đổi, bổ sung như sau:
“Điều 10. Phương pháp khấu trừ thuế
Khoản 4 Điều 1 Luật thuế giá trị gia tăng sửa đổi năm 2013 số 31/2013/QH13 mới nhất