 تشمل عيوب الأطعمة المعدلة وراثياً الآثار الصحية السلبية المحتملة والتأثيرات البيئية والمخاوف الأخلاقية. وتشمل بعض المخاطر الشائعة: القليل من القيمة الغذائية بسبب التركيز على تحقيق أقصى عوائد، وزيادة استخدام الأعشاب الضارة والمبيدات الحشرية، والأضرار المحتملة للكائنات غير المستهدفة، وإمكانية انتشار الجينات المعدلة السكان البرية، و إمكانية التدخل في النظم الإيكولوجية الطبيعية.
 ما هي عيوب الأطعمة المعدلة وراثياً؟