 يمكن تقسيم الشعاب المرجانية إلى ثلاثة موائل رئيسية: الشعاب المرجانية الضحلة والشعاب المرجانية المتوسطة والشعاب المرجانية العميقة. الشعاب المرجانية الضحلة هي النوع الأكثر شيوعًا ، وتوجد في المياه الضحلة بالقرب من الشاطئ. توجد الشعاب المرجانية المتوسطة في المياه التي تصل إلى 200 متر في العمق وتعرف أيضًا باسم "المنطقة الحمراء". توجد الشعاب المرجانية العميقة في المياه التي تزيد عن 200 متر وتتميز بالأودية والواديين والجدران العميقة.
 صنف موائل الشعاب المرجانية المختلفة.