Contig { public static int parseId(String contig) { return CONTIG_MAP.getOrDefault(contig, 0); } private  Contig(); static int parseId(String contig);  }
@Test void unknownOrAlternateScaffold() { assertThat(Contig.parseId("."), equalTo(0)); assertThat(Contig.parseId("wibble"), equalTo(0)); }
@Test void testAutosomes() { for (int i = 1; i < 23; i++) { assertThat(Contig.parseId(String.valueOf(i)), equalTo(i)); assertThat(Contig.parseId("chr" + i), equalTo(i)); } assertThat(Contig.parseId("1"), equalTo(1)); assertThat(Contig.parseId("chr1"), equalTo(1)); assertThat(Contig.parseId("22"), equalTo(22)); assertThat(Contig.parseId("chr22"), equalTo(22)); }
@Test void testX() { assertThat(Contig.parseId("23"), equalTo(23)); assertThat(Contig.parseId("chr23"), equalTo(23)); assertThat(Contig.parseId("X"), equalTo(23)); assertThat(Contig.parseId("chrX"), equalTo(23)); }
@Test void testY() { assertThat(Contig.parseId("24"), equalTo(24)); assertThat(Contig.parseId("chr24"), equalTo(24)); assertThat(Contig.parseId("Y"), equalTo(24)); assertThat(Contig.parseId("chrY"), equalTo(24)); }
@Test void testM() { assertThat(Contig.parseId("25"), equalTo(25)); assertThat(Contig.parseId("chr25"), equalTo(25)); assertThat(Contig.parseId("M"), equalTo(25)); assertThat(Contig.parseId("MT"), equalTo(25)); assertThat(Contig.parseId("chrM"), equalTo(25)); }