HartwigProteinInterpreter { @NotNull public static String interpretProtein(@NotNull String proteinAnnotation) { if (proteinAnnotation.equals(IGNORE_PROTEIN_ANNOTATION)) { return Strings.EMPTY; } String interpretedProteinAnnotation = proteinAnnotation; if (interpretedProteinAnnotation.startsWith("p.")) { interpretedProteinAnnotation = interpretedProteinAnnotation.substring(2); } return AminoAcidFunctions.forceSingleLetterProteinAnnotation(interpretedProteinAnnotation); } private  HartwigProteinInterpreter(); @NotNull static String interpretProtein(@NotNull String proteinAnnotation);  }
@Test public void canInterpretProteinAnnotation() { assertEquals(Strings.EMPTY, HartwigProteinInterpreter.interpretProtein(Strings.EMPTY)); assertEquals(Strings.EMPTY, HartwigProteinInterpreter.interpretProtein(HartwigProteinInterpreter.IGNORE_PROTEIN_ANNOTATION)); assertEquals("V600E", HartwigProteinInterpreter.interpretProtein("V600E")); assertEquals("V600E", HartwigProteinInterpreter.interpretProtein("p.V600E")); assertEquals("V600E", HartwigProteinInterpreter.interpretProtein("Val600Glu")); assertEquals("V600E", HartwigProteinInterpreter.interpretProtein("p.Val600Glu")); }