Les principaux villages/hameaux de l'Isle-aux-Coudres sont Saint-Bernard-sur-Mer (village principal, situé face au passage de l'Île aux Coudres), Cap aux Pierres, La Baleine (côté sud-est, comportant le Cap à la Baleine), Isle-aux-Coudres (côté sud-ouest, comportant deux baies) et Cap-à-la-Branche (extrémité ouest de l'île). La fusion des trois municipalités s'est effectuée en 2000: Saint-Bernard, Saint-Louis et La Baleine.