L'arrivée, au début du , des Portugais, s'accaparant le contrôle du commerce, met un frein à la prospérité économique des Zanzibarites jusqu'au et la prise du fort Jesus à Mombasa par les Omanais qui reprennent ainsi leur domination sur toute la région. À cette époque, Unguja et Pemba vivent essentiellement de la culture de la datte et, dans une moindre mesure, de la canne à sucre et du giroflier. Ces cultures exigeant une nombreuse main-d’œuvre, la traite négrière s'intensifie. Ainsi, grâce aux registres des perceptions douanières, nous savons qu’entre 1830 et 1873, environ furent officiellement vendus sur le seul marché de Zanzibar City qui était situé à l'emplacement de l'actuelle cathédrale du Christ et que entre 65 et 90 % de la population d'Unguja et de Pemba étaient des esclaves. Malgré le traité anglo-zanzibarite, de , abolissant officiellement la traite des esclaves sur l'archipel celle-ci perdura encore, de façon clandestine, de nombreuses années pendant lesquelles les esclaves étaient cachés dans des endroits comme "Slaves Chamber".