Hakodate a été une des plus grandes colonies des explorateurs de l'île de Hokkaidō pendant et après l'ère Meiji, après les quelques années de la Réplique d'Ezo (voir ci-contre). Seulement séparée de Honshū, la principale île du Japon, par le détroit de Tsugaru () large de , la ville a naturellement été perçue comme le point d'entrée pour Hokkaidō. C'était la 2 plus grande ville de Hokkaidō jusque dans les années 1950 et reste toujours la 3 avec habitants, seulement surpassée par Sapporo et Asahikawa.