Les Îles-de-la-Madeleine est la municipalité couvrant la majeure partie de l'archipel. De plus, son agglomération comprend les pouvoirs équivalents à ceux des municipalités régionales de comté du Québec. Elle a été créée en 2002 par la fusion de toutes les anciennes municipalités de l'archipel, c'est-à-dire Cap-aux-Meules, Fatima, Grande-Entrée, Grosse-Île, Havre-aux-Maisons, L'Étang-du-Nord et L'Île-du-Havre-Aubert. Cependant, la municipalité de Grosse-Île s'est séparée de nouveau en 2006. Ainsi, Grosse-Île (ou "Grosse Isle" en anglais) est aujourd'hui la seule municipalité de l'archipel ne faisant par partie de la municipalité des Îles-de-la-Madeleine.