La défaite des Hongrois à la Bataille de Mohács en 1526 fit remonter la frontière turque vers le nord. De nombreux Hongrois fuyant les Turcs s'installèrent dans la région à cette époque. En 1556, un incendie affaiblit la position des catholiques en faveur des protestants, nombreux parmi les populations d'origines allemandes (luthériens) et hongroises (calvinistes) en détruisant de nombreux édifices religieux. Néanmoins, suite à l'occupation de la ville d'Eger, l'évêché est déplacé à Košice en 1597 dans une ville à grande majorité protestante. C'est l'Empereur autrichien Rodolphe II qui entama la reconquête catholique. En 1603, un coup de force de ce dernier pour reprendre la cathédrale aux mains des protestants mena à la révolte d'Étienne II Bocskai, la première des Hongrois contre les Habsbourg. Plus tard, Košice a joué un rôle de bastion pendant les soulèvements contre les Habsbourg, en particulier durant le soulèvement mené par François II Rákóczi dont l'effigie orne les billets hongrois de 500 forints qui éclata en 1703 pour se terminer par la paix de Satu Mare (hongrois : Szatmár) en 1711.