Cette municipalité est enclavée entre les montagnes qui ont été formées du côté nord par l'impact du grand météorite de l'astroblème de Charlevoix. Saint-Aimé-des-Lacs est limitrophe à la ville La Malbaie, à la ville de Clermont (Charlevoix-Est), à Notre-Dame-des-Monts et au territoire non organisé du Mont-Élie (canton Lacoste). Son territoire est traversé par la route 138 qui longe la rive nord du fleuve Saint-Laurent; néanmoins, le segment de route entre Baie-Saint-Paul et La Malbaie se distance du fleuve. En sus, le chemin du pied-des-Monts qui débute à la rue Principale (au nord du lac Brûlé), mène au Parc national des Grands-Jardins (entrée Est) en remontant le cours de la rivière du Gouffre et en passant près du Lac du Rat Musqué, du Lac Long, du Lac des Bonnes Gens et du lac Nice. 