Le site de Duppigheim est probablement occupé depuis très logtemps. En effet, le nom de la commune est mentionné sur une carte, exposée au Musée préhistorique de Strasbourg, répertoriant les tumuli en Alsace. Duppigheim est cité pour la première fois en 951, les frères Wizerich et Asso donnant certains de leurs biens immobiliers à l'église de Strasbourg. L'église Saint-Thomas de Strasbourg y possède également des biens, cités en 1163, tout comme l'abbaye de Murbach, mentionnée en 1211. Le village est ensuite donné en fief au langrave de basse Alsace qui y installe les seigneurs de Hohenstein et Landsberg. Subissant comme d'autres la guerre des Evêques, la guerre de Trente ans et la bataille d'Entzheim, Duppigheim est entièrement détruit par trois fois au cours de cette période. À partir de 1715, les terres de Dupigheim passent aux mains des Flachlanden qui les conservent jusqu'à la Révolution. Au XIX ème siècle, les activités sont encore essentiellement agricoles. Les habitants pratiquent également de nombreux travaux artisanaux à domicile, comme le tissage du chanvre. La commune abrite des fabriques de sucre et de pommes de terre, d'amidon, de moutarde, de fécule et de tuiles, activités désormais disparues.