C'est la Seconde Guerre mondiale qui a finalement amené le développement moderne de la baie. En effet, en 1941, une station météo du nom de code de Cristal II a été construite par l'Armée de l'air américaine pour aider la planification des vols transatlantiques. Une grande base aérienne a été construite par les États-Unis l'été suivant. Elle servait le ravitaillement en destination de l'Europe. Après la guerre, le Canada l'a acheté pour 6,8 millions de dollars. La baie de Frobisher fut un lieu important tout au long de la Guerre froide à partir de la construction de la première station radar en 1953 jusqu'à la fermeture du détachement canadien du Commandement aérien en 1983.