Alais a pris une importance nationale à partir du . En effet, les huguenots, protestant cévenols, se sont réfugiés dans les Cévennes pour échapper aux dragons du roi. Alais fut alors la capitale informelle des protestants cévenols et reste marquée par cette période dont les événements principaux sont la paix d'Alais, les guerres des camisards et les dragonnades. Aujourd'hui, le fort Vauban trône toujours au centre de la cité, mais la région reste encore en grande partie de confession et de culture huguenote.