Le Rembo Bongo est le tributaire le plus important. L’approvisionnement en eau douce est également assuré par de nombreux ruisseaux situés le long de la périphérie de la lagune, par les sources souterraines, les pluies ou par écoulement. L’eau de mer pénètre à l’embouchure et se disperse à travers la majeure partie de sa superficie.