Morden est située à l'extrême sud du Manitoba dans la vallée de la Pembina près de la frontière américaine. La ville est surtout à vocation agricole et possède d'ailleurs la station de recherche de Morden, une station de recherche fédérale en horticulture. La région comprend également de nombreux fossiles d'animaux préhistoriques. Morden est enclavée par la municipalité rurale de Stanley.