Il existe aussi un réseau de bus et des lignes maritimes qui sont exploitées par l'organisation qui gère le métro (le MBTA). Ces lignes maritimes desservent les îles de la baie et permettent de traverser le port (par exemple, une ligne va de l'Aquarium au Navy Yard de Charlestown pour le prix d'un jeton de métro). Il existe aussi un service de navettes qui relie le centre (le "waterfront" près du ) à l'aéroport (environ par personne).