Le dernier réveil du volcan remonte à novembre 1990, lorsque le volcan est entré en éruption au niveau du Fungen-dake après une série de séismes d'une période d'un an. Des dômes de lave se sont formes au sommet du volcan avant de s'effondrer, provoquant nuées ardentes et dégâts matériels, notamment sur la ville de Shimabara ou certains quartiers entiers ont été ensevelis. Le , une nuée ardente plus forte que prévue détruit plusieurs habitations et tue un groupe de vulcanologues venus étudier l’éruption, dont Katia et Maurice Krafft. Cette éruption a officiellement pris fin en 1996 et le volcan est depuis retombé dans le sommeil.