Rapidement, les propriétaires terriens britanniques et la minorité indienne — qui domine le commerce de détail — sont priés de prendre la nationalité kényane ou de quitter le territoire, ce que fait la majorité d'entre eux. Kenyatta procède alors à une redistribution des terres et des postes clés aux Kikuyu et à leurs alliés politiques Meru et Embu. Les désaccords politiques interviennent tout aussi rapidement et de plus en plus fréquemment entre le président Kenyatta et le vice-président Oginga Odinga. Ce dernier reproche au premier de mener une politique de clientélisme et, suite à un amendement à la Constitution ayant dissous le Sénat et les Assemblées provinciales, de centralisation de tous les pouvoirs. Il démissionne en mars 1966 pour former un parti politique d'opposition face au parti unique que compte le jeune État. En 1969, Odinga est arrêté après que Kenyatta et lui-même se soient insultés mutuellement, verbalement et publiquement et le parti politique d'opposition est interdit. Le pays redevient d"e facto" un État de monopartisme.