Le roi de France Louis XI occupe la ville à partir de 1463, et annexe le Roussillon, mais la population se révolte contre la garnison française en 1473. La ville change de mains à plusieurs reprises et en 1493, Perpignan et le Roussillon réintègrent la couronne d’Aragon : de sa résistance contre les Français, elle tire son surnom de « "Fidelissima Vila de Perpinyà" » (fidèle ville de Perpignan), octroyé par les souverains aragonais. Avant-poste du royaume d’Espagne au cours des siècles suivants, elle est dotée de fortifications solides sous Charles Quint et Philippe II. Prise par les armées françaises de Louis XIII en 1642, elle est annexée pour de bon au royaume de France par le traité des Pyrénées, signé en 1659. Vauban est chargé de renforcer ses fortifications afin de les rendre « imprenables ». Au , Augustin-Joseph de Mailly, lieutenant-général du Roussillon, entreprend de grands travaux afin de moderniser la ville. En 1793, l’exécution du roi Louis XVI conduit à l’entrée en guerre des armées espagnoles et portugaises contre la France révolutionnaire : c’est la « guerre du Roussillon » ou « de la Convention ». Le général Luc Siméon Dagobert est chargé de la défense de Perpignan. La résistance inattendue des armées françaises conduit les attaquants espagnols à signer la paix en 1795. 