Yokosuka a longtemps joué un rôle dans l'histoire navale du Japon. L'arrivé du commodore Matthew Perry dans cette zone dans les années 1850 a lancé la modernisation du pays et de nos jours on y trouve un important site naval des forces des États-Unis et du Japon. Durant la Seconde guerre mondiale, elle fut épargnée par les lourds bombardements qui touchèrent de nombreuses villes japonaises, étant donné que les militaires états-uniens l'avaient déjà choisie comme endroit pour une base d'après-guerre.