Au , le roi Louis XIV consolide les frontières de son royaume et fait de Bayonne une place-forte imprenable. Vauban est chargé d’imaginer une série de fortifications comprenant remparts, bastions, fossés, demi-lunes, le tout couronné par une citadelle campée sur les hauteurs de Saint-Esprit. Au siècle suivant, la ville connaît un nouvel âge d’or marqué par le commerce avec les colonies, la pêche à la morue ou à la baleine et le développement de chantiers navals. Le port exporte les vins de Bordeaux et importe les grains et laines venues du reste de l’Europe. Une bourse du commerce est créée en 1726. En 1792, la révolution sépare Saint-Esprit du reste de Bayonne. La ville est intégrée au département des Basses-Pyrénées, Saint-Esprit, érigée en commune, au département des Landes.