Cet apogée vit sa fin au XVIIe siècle: Frédéric-Maurice de La Tour d'Auvergne ayant participé à une conspiration contre le roi Louis XIII, ce dernier envoit une armée sur la principauté. Le seigneur de Sedan demande et obtient l'aide du Saint-Empire Germanique. La bataille dit de la Marfée eut lieu le 6 juillet 1641 sur les hauteurs de Sedan et, bien que la victoire fut sedanaise, Frédéric-Maurice de La Tour d'Auvergne fut obligé de se soumettre au roi de France suite au siège de la ville par l'armée royale. L'indépendance de la principauté fut sauvegardée mais cela ne dura pas: suite à une nouvelle conspiration, Frédéric-Maurice de La Tour d'Auvergne fut cette fois-ci obligé de négocier son territoire contre sa propre vie. L'annexion de Sedan au royaume de France eut lieu en septembre 1642.