En 1698, les Omanais reprennent le contrôle de l'ensemble de l'archipel de Zanzibar et, immédiatement, débutent la construction du fort actuel pour se défendre des attaques incessantes des Portugais voulant reprendre pied sur l'archipel. La ville de Zanzibar devient alors, avec Kilwa Kisiwani et Mogadiscio, l'un des trois plus importants marchés d'esclaves de l'Afrique de l'Est ainsi qu'une plaque tournante pour l'exportation des esclaves vers le Moyen-Orient et l'Ouest du sous-continent indien. En 1840, Sa‘id bin Sulṭān, le sultan de Mascate et Oman, celui-là même dont le dernier enfant né en 1844 est Sayyida Salme (alias Emily Ruete), transfère sa capitale de Mascate à Zanzibar City. Bien que, en , le traité anglo-zanzibarite abolit officiellement la traite des esclaves sur l'archipel, celle-ci perdurera encore plus ou moins clandestinement pendant de nombreuses années. Ainsi, on estime que Tippu Tip, le plus célèbre des esclavagistes et trafiquant d'ivoire swahili, possédait, en 1895, sept plantations où œuvraient environ . Dès l'année 1873 et l'abolition de l'esclavagisme, , l’évêque anglican de Zanzibar, fait raser le marché aux esclaves – il n'en subsiste que les deux cachots de transit – et fait ériger à sa place la cathédrale du Christ.