Les trains allant de Honshū à Hokkaidō passent par le tunnel du Seikan (). D'une longueur de (dont une section de sous le détroit de Tsugaru), il est le 2 plus long tunnel ferroviaire au monde (surpassé en 2016 par tunnel de base du Saint-Gothard en Suisse). Mars 2016 marque le début du passage des trains Shinkansen à travers le tunnel du Seikan, reliant Hakodate à des villes comme Aomori, Morioka, Sendai et Tokyo.