La présence de deux compagnies de bus différentes à Kyōto peut cependant prêter à confusion: un numéro de ligne donné peut correspondre à deux lignes différentes, chacune sur un des deux réseaux. Les verts et blancs de Kyoto City Bus (市 "shi-basu") circulent dans l'enceinte de la ville, et sont les plus utiles pour les touristes; tous les bus cités dans ce guide sont ceux de ce réseau (sauf mention explicite). Les rouges et blancs de Kyoto Bus circulent vers les banlieues et sont généralement beaucoup moins utiles.