Le port de Niigata a été établi au , après quoi la ville a prospéré. En 1858, quand le traité d'amitié et de commerce Japon-États-Unis fut signé, Niigata fut désignée comme l'un des 5 ports au Japon à faire du commerce avec le monde extérieur. Le port international de Niigata fut par la suite ouvert en 1868. Le 1889, Niigata obtint formellement le statut de ville.