Mombasa est un nœud important pour toutes les voies de communication. Elle est le point terminal de la route transafricaine n° 8 vers Lagos, la plus grande ville du Nigeria, et de la ligne de chemin de fer vers l'Ouganda. Elle possède un aéroport international, l'aéroport international Moi, et un port maritime, le port de Kilindini, qui est le plus important de l'Afrique de l'Est et constitue l'entrée maritime non seulement du Kenya mais aussi de pays sans accès à la mer comme l'Ouganda, dont 90 % de ses importations transitent par Kilindini, le Burundi ou le Rwanda.