Le terme "Mécatina" provient du mot innu "makatinau" signifiant « grande montagne ». L'origine de ce toponyme dérive de la rivière Petit Mécatina (longueur: 545 km) laquelle traverse ce TNO du nord au sud; cette dernière se déverse sur la rive nord du golfe du Saint-Laurent, du côté ouest de l'île Petit Mécatina. Cette rivière tire sa source à l'est du lac Aticonac, soit tout juste au sud de la frontière interprovinciale, entre les versants hydrographiques de l'Atlantique et du Saint-Laurent; cette région fait aussi l'objet d'un contentieux frontalier entre le Québec et le Labrador. Ainsi, dans la nature de ce contentieux, les frontières officielles de Petit-Mécatina telles que revendiquées par le Québec incluent une partie du territoire du Labrador.