Situé au beau milieu du fjord, à au sud du centre-ville, l'aéroport d'Akureyri est l'un des quatre aéroports internationaux d'Islande. Plusieurs vols sont proposés chaque jour à destination de Reykjavik avec la compagnie Air Iceland. Des vols sont aussi proposés pour Grímsey, Þórshöfn et Vopnafjörður.