La ville fut fondée en 1901 par les Britanniques pour être un arrêt du chemin de fer, entre Mombasa et l'Ouganda. Elle fut baptisée sous de nom de Port Florence, du nom de Florence Preston qui était l'épouse de l'ingénieur ayant fixé, sur le site, le dernier boulon du dernier rail le . Cette appellation n'ayant aucun succès parmi les populations locales et extra locales, la ville reprit officiellement son nom de Kisumu un an plus tard.