Sous la présidence de Karimov, tous les partis d'opposition (dont les plus influents sont Erk (Volonté) et Birlik (Unité)) sont interdits, le moindre courant dissident - réprimé. Il n'existe que des partis aux nuances peu compréhensibles aux observateurs occidentaux, mais qui soutiennent tous l'action du président. Les médias et tous les aspects de la vie sociale, politico-économique et même culturelle se trouvent sous une étroite tutelle et censure de l'appareil d'État. En 1999 et 2004, le pays subit les vagues d'attentats terroristes attribués aux islamistes radicaux. Le , le gouvernement ouzbek réprime dans le sang une insurrection populaire dans la ville d'Andijan, c'est le massacre d'Andijan qui fait des centaines de victimes.