Le pays est traversé par le grand rift oriental qui sépare la plaque nubienne, à l'ouest, de la plaque somalienne, à l'est, et coupe, du sud au nord, le tiers occidental du pays au reste du territoire. La largeur du rift varie entre 45 et . Si sa profondeur maximale est d'environ au gradin oriental bordant le lac Bogoria, il est difficile de le distinguer du désert avoisinant à hauteur du delta de la rivière Turkwel lorsqu'elle se jette dans le lac Turkana.