La ville adopte le nom de Bourg Mahé en 1804, en hommage à Mahé de la Bourdonnais, puis celui de Mahébourg, du 1er février 1804 au 1er octobre 1806. Fugitivement baptisée Port Impérial par le général Decaen, nommé par Napoléon Bonaparte, la ville est dotée de casernes, de fortifications et d'entrepôts. Elle voit, en 1810, s'affronter les flottes française et anglaise, lors de la bataille navale de Grand Port, remportée par la France. La même année, le général Abercrombie, commandant la flotte anglaise, débarque 10 000 hommes au nord de l'île. L’Isle de France devient l'île Maurice et Mahébourg reprend son nom.