Le climat de Myconos est très chaud et sec en été. Les deux caractéristiques du climat de l'île sont l'ensoleillement et le vent. Durant l'été, la température moyenne est de , tandis que l'hiver elle est de . L'hiver, l'île subit les vents violents du sud qui apportent souvent avec eux les orages électriques. Le plus célèbre des vents est le Sirocco, chaque printemps, il apporte du sable des déserts du sud et des pluies rouges. L'été, c'est le Meltemi qui domine en juillet et août, soufflant tout au long de la journée et réduisant sa vitesse au cours de la nuit. Les vents de tempête ne sont pas rares.