Pourtant les deux villes ne sont pas semblables, et si les archéologues ont bien du mal à reconstruire le détail de l’histoire de chacune d’elles, Choquequirao, plus rustique et nettement plus grande que le Machu Picchu, semble plus vieille. Et elle aurait servi, entre autres, de refuge aux derniers Incas, fuyants devant les bains de sang espagnols.