Qui dit richesse, dit convoitise, et Pfaffenheim a payé chèrement cette prodigalité de la nature puisque le village a été détruit à trois reprises : en 1338 par les armées de l'empereur de Bavière en lutte avec l'évêché de Strasbourg, en 1444 par les Armagnacs, et en 1525 au cours de la Guerre des Paysans.