Les limites de la MRC de Manicouagan s'étendent de la rivière Betsiamites (à l'ouest) jusqu'à la limite nord-est de la municipalité de Baie-Trinité (à l'est). Sa limite nord englobe presque la totalité du réservoir de Manicouagan (Manic 5); au sud, sa limite s'avère une ligne séparative au milieu du fleuve Saint-Laurent.