Les deux collines sont séparées par la Saône, tandis que le Rhône longe la Croix-Rousse sur son flanc est. Les deux cours d'eau bordent la presqu'île dans le prolongement de la colline de la Croix-Rousse et se rejoignent pour former le confluent. À l'est, la plaine était une zone marécageuse (Brotteaux), inondée par les crues du Rhône jusqu'à la construction de la digue du parc de la Tête d'or.