Le camping intérieur peut offrir d'excellentes possibilités d'observation de la faune. L'orignal, la fauvette, le cerf de Virginie, la chouette rayée, le castor, le porc-épic, le pic, la martre et le huard ne sont pas rares, surtout le long des cours d'eau. Les ours noirs, bien que présents dans le parc, sont rarement vus. Les coyotes sont également présents dans ce parc. Le phoque commun et le phoque gris sont souvent observés le long de la côte balnéaire se prélassant sur ses rochers. Il existe plusieurs espèces d'organismes rares qui habitent Kejimkujik. La tortue mouchetée, considérée comme une espèce en voie de disparition en Nouvelle-Écosse, est de taille similaire à la tortue peinte commune; cependant le Blanding est caractérisé par son cou jaune. Les juvéniles mesurent entre 5 et 12 cm de diamètre de la carapace tandis que les femelles adultes peuvent mesurer entre 25 et 35 cm. C'est une tortue très douce qui nidifie fréquemment sur des plages accessibles au public. Pour cette raison, il est important que les visiteurs fassent attention à ne pas déranger les tortues nicheuses et signalent toute observation au centre d'accueil. Le serpent ruban de l'Est est une espèce menacée en Nouvelle-Écosse et vit dans plusieurs régions isolées du parc. Le serpent ruban oriental, à première vue, peut être facilement confondu avec le serpent jarretière commun, mais le serpent ruban oriental est défini par trois bandes jaunes longitudinales sur la face dorsale et une coloration noire ou brun foncé. Les serpents rubans adultes du parc mesurent généralement entre 50 et 70 cm de longueur. Kejimkujik est l'un des deux endroits au Canada où l'on trouve l'Hydrocotyle umbellata ou le pennywort de l'eau.