Néanmoins, la résistance s'organise tant à l'intérieur qu'à l'extérieur. Edvard Beneš organise un gouvernement en exil réfugié à Londres qui combat aux côtés des Alliés. En 1942, des résistants assassinent Reinhard Heydrich gouverneur de la Bohème-Moravie. En représailles, l'occupant nazi extermine le village de Lidice. En 1945, les troupes soviétiques entrent dans Prague tandis que les Américains s'avancent jusqu'à Plzeň.