Certaines de ces universités participent à des programmes d'échange d'étudiants notamment via le programme Mundus ACP II qui favorise les échanges entre les universités des pays de l'Union européenne et celles des Pays ACP. La coordination du programme a été confiée par l'Union Européenne à l'Université de Porto. Deux universités francophones européennes sont impliquées dans le programme : l'Université de Liège et l'Université Lille 1 tandis que quatre universités francophones africaines le sont : l'Université Cheikh Anta Diop, l'Université d'Antananarivo, l'Université de Yaounde 1 et l'Université Marien Ngouabi