Le territoire de la MRC comporte une vingtaine de magnifiques baies sur le littoral du fleuve Saint-Laurent, entre l'embouchure de la rivière Saguenay et Betsiamites, notamment (ouest en est): baie du Moulin à Baude, La Grande Anse, baie des Petites Bergeronnes, baie des Grandes Bergeronnes, baie du Bon-Désir, anse à la Cape, baie des Escoumins, baie de Mille-Vaches, baie Verte, baie Laval, baie Blanche. Plusieurs zones de la côte s'avèrent compliquées pour la navigation de plaisance à cause des zones de grès, notamment entre la baie des Petites Bergeronnes et le Cap de Bon-Désir, ainsi qu'entre Les Escoumins et l'embouchure de la rivière Portneuf.