Au , la Réforme protestante trouve un écho immédiat dans cette région ouverte sur l’océan et dotée de nombreux ports, que fréquentent marins et commerçants d’Europe du Nord. Des hommes tels que Philibert Hamelin (premier pasteur du pays d’Arvert et d’Oléron) viennent organiser les communautés locales, mais se heurtent bien vite à des mesures de répression de la part des autorités, qui condamnent cette « hérésie ». Philibert Hamelin est arrêté en 1557, étranglé puis brûlé. Les fidèles font profil bas, mais se réveillent au moment des Guerres de Religion. Protestants et Catholiques se déchirent. Des églises sont brûlées et les monastères de La Garde et de La Couronne sont mis à sac. Coups de mains et règlements de compte sont monnaie courante. Le prieuré de Buze est détruit lui aussi; non par les hommes mais par la nature. Depuis des siècles, les dunes, portées par les vents d’ouest, se déplacent continuellement. On dit alors « qu’elles marchent en Arvert ». Dans le courant du , elles ont atteint le prieuré et l’ont purement et simplement enseveli. De nos jours, seules quelques pierres de taille éparpillées au milieu de la forêt témoignent de sa présence passée, ainsi que ses fonts baptismaux, aujourd’hui dans l’église des Mathes. 