Les contrôles douaniers peuvent également se produire là où il n'y a aucune frontière nationale, comme à l'entrée et à la sortie d'une zone de port franc. Les contrôles douaniers, souvent ponctuels, peuvent également se produire à l'intérieur d'un pays, par exemple l'Allemagne vérifie fréquemment des véhicules (notamment des camions étrangers) sur les autoroutes. Les liaisons ferroviaires internationales entre les pays européens sont un lieu de prédilection pour les fonctionnaires de l'immigration pour faire des contrôles de visas, même si il n'y a pas de contrôle formel de l'immigration.