Il ne faut pas confondre la cité de Mombasa ( "Mombasa City") et le comté de Mombasa ( "Mombasa County"). Ce sont deux niveaux de pouvoir différents. Leurs compétences étant distinctes, chacun a son administration propre. L'administration régionale étant responsable de l’infrastructure routière, de la police, des hôpitaux, des pompiers, de l'éducation scolaire, des finances et du tourisme, le non-résident devra le plus souvent s'adresser à celle-ci.