Vingt-cinq espèces fédéral-protégées se produisent en parc. Le parc est un emplacement significatif pour le pluvier siffleur, avec approximativement 5% de l'emboîtement de côte atlantique entier de population ici. Cape Cod National Seashore soutient également 32 espèces qui sont rares ou mises en danger dans l'état du Massachusetts. Certaines de ces derniers, tel que la estorlet, sont remarquables. Beaucoup moins évident est le crapaud scaphiopodidae qui passe la plupart de sa vie enterrée dans le sable, émergeant seulement des nuits chaudes avec des précipitations torrentielles.