Pendant toute la Guerre de Cent ans, jalouse de ses prérogatives et consciente de ses intérêts, Bayonne reste fidèle aux rois-ducs anglais. En 1451, alors que les armées anglo-aquitaines essuient défaite sur défaite et que les Français campent aux portes de la ville, il faut toute l’ingéniosité de l’évêque pour dénouer la situation en évoquant un « miracle » : une croix et des fleurs de lys seraient apparues dans le ciel, « signe divin » en faveur des Français (les fleurs de lys étant le symbole de la monarchie capétienne). Les Bayonnais ouvrent alors toutes grandes les portes de la ville aux armées de Dunois le 20 août. Cette nouvelle donne ne va pas sans provoquer des grincements de dents. Le roi de France revient sur les privilèges de la cité et, quelque peu méfiant, fait ériger une nouvelle forteresse dans le quartier du Petit Bayonne : le Château-Neuf. La nature se charge de créer de nouvelles difficultés : le cours de l’Adour, fleuve capricieux, se modifie et le port s’ensable progressivement. Peu à peu, le commerce périclite. La solution trouvée est radicale et en 1575, l’ingénieur Louis de Foix entame de grands travaux (digues, canaux) et « fixe » pour de bon l’embouchure de l’Adour. La prospérité revient. Le marque également l’introduction à Bayonne, par des Juifs espagnols et portugais réfugiés en France, d’une boisson appelée à un grand avenir : le chocolat, issu du Nouveau Monde. 