Ce territoire municipal comporte deux villages: le village principal de Rivière-Saint-Jean (situé à l'embouchure de la rivière Saint-Jean) et le hameau Magpie (situé face à la baie de Magpie et du côté ouest de l'embouchure de la rivière Magpie). Ces villages font face à l'extrémité ouest de l'Île d'Anticosti dont la distance la plus courte est à 38,3 km, soit à la hauteur de la pointe à Robin, à l'embouchure de la rivière Saint-Jean, versus la Pointe Wakerham sur l'Île d'Anticosti. Rivière-Saint-Jean est composé des cantons de Fornel et de Rocamadour.