La paroisse de Saint-Prosper a été érigée canoniquement en 1850 par son détachement de Sainte-Anne-de-la-Pérade et de Sainte-Geneviève-de-Batiscan. La municipalité a été constituée civilement en 1855. En 2010, le nom de la municipalité devient Saint-Prosper-de-Champlain.