La ligne principale qui structure le réseau est la ligne Bratislava-Čierna nad Tisou déservant 7 des 10 plus grandes villes du pays : Trnava, Trenčín, Žilina, Martin (Vrútky), Poprad et Košice. Le tronçon entre Bratislava et Trenčín est le seul qui permette des vitesses jusqu'à . La majorité des autres lignes principales sont électrifiées et permettent des vitesses jusqu'à . Les petites lignes non électrifiées sont souvent beaucoup plus lentes et les trains circulent souvent sur les tronçons dont la vitesse est limitée à 60 voire .