La ville a été construite avec l'aide des États-Unis dans les années 1950 pour reloger les Inuits qui furent exilés de force lors de la construction de la Base aérienne de Thulé sur leurs terres ancestrales, et qui se trouve à une centaine de kilomètres plus au sud. Qaanaaq porta d'ailleurs également le nom de Thulé ou de Nouvelle Thulé.