C'est sans doute ce qui attire le plus les visiteurs à Yonaguni. Par contre, l'emplacement de l'île au milieu de la mer sans récifs pour la protéger fait que les vagues peuvent être hautes et les courants forts, et donc la plongée pratiquée ici est souvent de la plongée en dérive et nombre des sites les plus intéressants ne sont accessibles qu'aux plongeurs expérimentés.