Sans traitement, la maladie peut devenir chronique mais également amener de l'hypertension artérielle pulmonaire, des lésions du système nerveux central, de l'appareil génital (surtout chez la femme) ou de l'appareil locomoteur, pouvant aller jusqu'à la paraplégie. Ces lésions sont dues à des granulomes présents dans le cerveau ou dans la moelle épinière qui est le siège des œufs extra-utérins et un nœud important de la transmission des messages du cerveau vers le reste du corps.