Plusieurs navettes relient le "Ferry Building", situé sur Embarcadero, tout au bout de Market Street, ou depuis les "Piers", aux banlieues situées au nord de la ville ou de l'autre côté de la baie. Jusqu'à la construction du Golden Gate Bridge et du Oakland Bay Bridge dans les années 1930, ces liaisons étaient la seule façon de transporter les gens et les marchandises (y compris des trains de marchandises) entre la ville et les comtés de Marin, Contra Costa et Alameda.