Le substratum rocheux du parc se compose de quartzite et d'ardoise des périodes précambrienne à ordovicienne, ainsi que du granite de la période dévonienne. Toutes ces roches, en particulier le quartzite, ont une teneur élevée en silice et fournissent de faibles quantités de nutriments aux sols qui s'y développent. L'ardoise, cependant, est à grain fin et produit un sol limoneux qui donne ses nutriments plus rapidement que les loams sableux caillouteux et les sables limoneux trouvés sur les roches à gros grains. La plupart des loams slaty se trouvent autour du lac Kejimkujik. Les sables et graviers profonds de délavage forment une bande à l'ouest du lac. Ailleurs, le paysage pédologique est dominé par le granite ou le quartzite pavé, souvent peu profond. Les podzols sous-tendent la plupart des zones bien drainées. Les gleysols et les tourbières dominent là où le drainage est insuffisant. Le parc reçoit des pluies acides et ses sols contiennent peu de minéraux tampons les acides. Une forte acidité est donc la règle pour les sols et les eaux, même de grandes étendues d'eau comme le lac Kejimkujik.