L'aéroport est relié directement à Nairobi, deux fois par jour, par la compagnie nationale kényane Kenya Airways et la compagnie à bas prix Fly540. Les compagnies East African Safari Air Express, Fly-Sax, Jambojet et JetLink Express exécutent également des vols réguliers au départ de Nairobi. Le vol entre Nairobi et Kisumu dure environs trois quarts d'heure, juste le temps de prendre une boisson rafraîchissante en survolant les lacs Naivasha et Nakuru. Des vols réguliers en provenance de Mwanza (Tanzanie), Entebbe (Ouganda) et Juba (Soudan du Sud) existent aussi.