Il n'existe pas de transport en commun propre à la ville. Cependant, comme partout au Kenya, l'offre en matatu (Mombasa en compte ), en "tuk-tuks" (tricycles à moteur doté d'une cabine pour les passagers, en "pikipiki" (cyclomoteurs-taxis) et en "boda-boda" (vélos-taxis) est largement suffisante pour satisfaire toutes les demandes. Si vous êtes téméraire et que vous aimez les poussées d'adrénaline, un parcours urbain en "pikipiki" ou en "boda-boda" est une expérience à tenter : frissons garantis ! En 2015, un trajet en matatu coûte, selon la distance parcourue, entre 40 et 160 KES. Certaines lignes, dépassant largement les limites suburbaines, relient Mombasa à Malindi en deux heures de trajet pour un prix d'environ 200 KES. Le prix d'un trajet en "tuk-tuk" varie entre 70 et environ 100 KES, celui d'un "pikipiki" est d'environ 60 KES et celui d'un "boda-boda" d'environ 20 KES.