Le paludisme est très présent au Bénin surtout pendant la saison des pluies. Il est nécessaire de se protéger (moustiquaire, produits répulsifs) dès la tombée du jour et la nuit, et de prendre un traitement anti-paludéen préventif à se faire prescrire par un médecin. Sur la côte cependant (Grand-Popo), une brise quasi-permanente fait fuir les moustiques.