Le département du Jura est directement desservit par l'aéroport régional de Dole-Jura ; il bénéficie également de la proximité de plusieurs aéroports nationaux et internationaux : l'aéroport de Genève-Cointrin, l'aéroport de Lyon-Saint-Exupéry et l'aéroport de Dijon Bourgogne - Longvic.