La ville, désormais connue sous le nom de Koutatissi, continue à se dégrader au début du VIe siècle. Toutefois, en 541, les Perses, qui occupaient déjà la Géorgie orientale, s'avancent à l'ouest et commencent à annexer la Lazique, au détriment de Byzance. Bientôt, Koutatissi fut prise par les envahisseurs qui fortifièrent l'ancienne citadelle en 550. Le conflit se termine avec une victoire byzantine qui rend la Lazique à Constantinople, mais Koutatissi sort de sa sombre période pour se développer.