Les chemins de fer privés sont souvent moins chers que la JR pour un trajet équivalent (quand l'offre existe). Cependant ce n'est pas toujours le cas, étant donné que changer d'un réseau à un autre augmente généralement le prix. La plupart des compagnies privées sont liées à des chaînes de grands magasins portant le même nom (par exemple Tokyu à Tokyo) et participent bien à combler les trous dans les banlieues des grandes villes. Il se peut que les chemins de fer privés organisent leurs types de lignes (omnibus, express…) et les tarifs associés différemment de la JR, certaines lignes express pouvant ne pas demander de frais supplémentaires.