Comme nombre de villes polonaises, Kazimierz souffrit beaucoup des invasions étrangères à partir du . Après leur départ, la bourgade se reconstruisit rapidement, de nouvelles églises, hors du quartier juif, étant construites. Les villes de Cracovie et de Kazimierz devinrent mitoyennes, la diète, parlement polonais, de 1788-1792 décida que Kazimierz serait intégré à la ville de Cracovie. Malgré l'opposition de la municipalité, la ville devient un quartier de Cracovie en 1801. Simultanément le pouvoir autrichien imposa aux Juifs d'habiter le ghetto, tandis qu'étaient supprimées deux paroisses catholiques locales. C'est au cours de la période 1815-1846 au cours de laquelle Cracovie fut une ville libre indépendante que furent abattus, en 1822, les murs du quartier juif, ce qui permit aux Juifs de s'établir progressivement dans le quartier chrétien. En 1860, l'interdiction faite aux Juifs d'habiter ailleurs que dans le ghetto fut officiellement levée.