L'érection civile de la municipalité de Saint-Élie date du 12 avril 1865. Elle a été constituée à partir de trois territoires non-organisés. Le 15 janvier 2005, la municipalité de Saint-Élie devient Saint-Élie-de-Caxton. En 2015, Saint-Élie-de-Caxton célébrait ses 150 ans d'histoire.