La plupart des lacs ont une faune piscicole relativement pauvre en raison de la jeunesse du pays. L'omble de fontaine (Salvelinus fontinalis) est le plus répandu, surtout dans le nord du parc. L'Isaiah, le French et le Bérubé se trouvent à des altitudes plus basses, là où les lacs ont la plus grande biodiversité, ainsi que des populations d'épinoches (Pungitius pungitius) et de chabot spatule (Cottus ricei). Les lacs abritent également la seule population française d'ombles (Salvelinus alpinus) du parc. Cette population a été menacée par l'introduction au début du siècle de plusieurs espèces de poissons envahissantes, comme le chevesne (Semotilus atromaculatus). 19 espèces de poissons ont été introduites par l'homme au cours des 19e et 20e siècles.