Cependant, l'île a été confrontée à une guerre civile de 10 ans avec le reste de la Papouasie-Nouvelle-Guinée, des groupes sécessionnistes souhaitant que l'île soit totalement indépendante. L'Australie et l'Indonésie ont soutenu la Papouasie-Nouvelle-Guinée, tandis que les îles Salomon et Fidji ont soutenu les groupes sécessionnistes. Les deux belligérants ont accepté la paix en 1998 et, depuis, Bougainville est devenue autonome. Cependant, un référendum a été organisé et 98 % des habitants de Bougainville ont voté pour l'indépendance totale. Il est prévu que Bougainville devienne totalement indépendant d'ici 2027.