Au cours des siècles qui suivent, la petite cité prend de l’importance et couvre une superficie de 8 à 10 hectares. Elle est alors un poste de garnison sur les marches de l’Espagne, appartenant à la province de Novempopulanie. Vers 830, elle devient évêché et affirme sa puissance sur la région alentour. En 892, elle subit une violente attaque des Vikings, qui la pillent et la brûlent. En 1023, le roi de Navarre Sanche III le Grand créé la vicomté du Labourd. La dynastie des seigneurs-vicomtes du Labourd commence avec Loup Sanche, qui fait de Bayonne sa capitale. Lui et ses héritiers s’efforcent de moderniser la ville, renforcent ses défenses et entament la construction de ce qui est aujourd’hui le Château-Vieux. Au , l’essor de la population est tel que plusieurs faubourgs sont bâtis « hors-les-murs ». Un « Borc Nau » (Bourg-Neuf, en gascon) – l’actuel quartier du Petit Bayonne - est d’abord établi sur les terres marécageuses situées sur la rive opposée de la Nive. Les maisons sont bâties sur pilotis, et on s’y rend en « galupes » (gabarres traditionnelles) ou en « tilholle » (embarcation rudimentaire servant au transport des marchandises). Ce nouveau quartier est bientôt rejoint par un autre, baptisé « San Espirit dau Cap do Punt » (Saint-Esprit-du-bout-du-Pont), de l’autre côté de l’Adour. La prospérité de la ville fait des envieux chez ses voisins et en 1130, le roi d’Aragon Alphonse Ier le Batailleur en fait le siège, sans succès. 