Au Moyen Âge, à l'instar de Miribel, la commune semble avoir fait partie du royaume de Bourgogne jusqu'en 943 puis du comté de Mâcon pour enfin être intégré à la maison de Chalon. Il n'y eut jamais de seigneurie à Saint-Maurice-de-Beynost : le village dépendait de la seigneurie de Montluel. Le 5 janvier 1334, Jean le Bon cède les terres seigneuriales de Montluel (dont Saint-Maurice-de-Beynost) à Amédée VI de Savoie. Cette cession est entérinée par le traité de Paris de 1355. Le 17 janvier 1601, par le traité de Lyon, Henri IV annexe les possessions savoyardes de la région à la France. Saint-Maurice-de-Beynost est alors entièrement française.