La Baie-Johan-Beetz est localisée directement face au milieu de l'Île d'Anticosti (distance de 58.9 kms entre les rives: de Pointe-à-l'Épinette (Île d'Anticosti) et d'une presqu'île située à 3.9 km au sud-ouest du pont de la route 138 sur la rivière Piashti).