Karatsu, comme de nombreuses municipalités au Japon, est en fait issue de la fusion de plusieurs petites villes et villages des environs, ce qui a eu lieu ici en 2005. La commune de Genkai a été la seule exclue de cette fusion, profitant seule des revenus de sa centrale nucléaire. Le nom de « Karatsu », formé avec les racines « kara » / (Chine, ou Asie de l'Est continentale en général) et « tsu » / (port), marque son importance historique en tant qu'ancien port de commerce du Japon avec la Chine et la Corée.