Les eaux transparentes autour de l'île sont remplies de récifs de corail, faisant de la plongée sous-marine l'activité numéro un à Ishigaki. En particulier, Manta Scramble (), juste au large de la cote du nord de l'île, est un endroit légendaire pour voir des raies manta: vous aurez quasiment la garantie d'en voir des groupes en automne. Il y a un grand nombre de sociétés de plongée et les tarifs sont plus ou moins standardisés à environ pour deux plongées en bateau (location d'équipement non-comprise).