À partir du , les paroissiens des différents hameaux se réunissent autour d'une même église paroissiale : Saint-Julien. Au , comme Saint-Maurice-de-Beynost, le village dépend de la seigneurie de Montluel. Le 5 janvier 1334, Jean Le Bon cède les terres ségneuriales de Montluel (dont Beynost) à Amédée VI de Savoie ; cette cession est entérinée par le traité de Paris de 1355. Le 17 janvier 1601, par le traité de Lyon, Henri IV annexe les possessions savoyardes de la région, à la France : Beynost est alors entièrement française.