Si vous venez de Nagasaki, le bateau est surement la meilleure option. Prendre le ferry implique de voyager via Shimabara. Prenez la ligne JR Nagasaki vers Isahaya, puis changez pour la ligne privée Shimabara vers Shimabarako (i.e. le port). Ce n'est pas une ligne JR, mais ne sortez pas de la gare pour l’atteindre. Suivez les panneaux vous indiquant la voie dans la gare. Les tickets sont à acheter sur une machine automatique (en japonais mais un personnel de gare est là si vous n’y arrivez pas). Suivant le train choisi entre Nagasaki et Isahaya, le prix du trajet vers le port coûte entre et , et sa durée est entre 30 minutes et .