Certains des sites les plus sacrés sont constitués de grands complexes au sommet des montagnes, dont le Mont Kōya (endroit le plus prestigieux du Japon où être inhumé, et temple principal du bouddhisme Shingon), le mont Hiei (établi ici quand Kyōto est devenue la capitale pour éliminer le bouddhisme de la politique; le siège de la secte Tendai du bouddhisme), et le Mont Osore (considéré comme la « Porte de l'enfer », il dispose de nombreux monuments et tombes dans un paysage volcanique).