Les trajets en train de nuit présentent quelques inconvénients. Dans la plupart des cas, vous ne pouvez pas réserver de place avant d'arriver au Japon, moment auquel le train pourrait être complet (sauf si un résident au Japon serviable achète les billets pour vous avant votre arrivée). Certains trains de nuit peuvent être également annulés le jour de départ si des intempéries sont prévues le long du parcours.