En plus des ruines, Yonaguni est également célèbre auprès des plongeurs japonais pour ses requins marteaux, qui se rassemblent autour de l'île et peuvent être aperçus lors de la plupart des plongées lors de la saison d'hiver froide (décembre-février). Yonaguni est également à peu près le seul endroit du Japon où il est possible d'apercevoir le gérant requin baleine, le plus large d'entre eux, même si c'est assez rare.