La municipalité de Boischatel est située sur la rive nord du fleuve Saint-Laurent et sur la rive est de la rivière Montmorency. Elle est entourée par l'arrondissement Beauport de la ville de Québec, ainsi que par la municipalité de L'Ange-Gardien et de la municipalité régionale de comté de L'Île d'Orléans (en face). Du côté du fleuve, la limite municipale s'étire sur trois kilomètres, entre la chute Montmorency à l'ouest et la municipalité de L'Ange-Gardien à l'est. Le territoire municipal comporte des plateaux aménagés en escaliers et en valons sablonneux entre les Laurentides au nord et le fleuve Saint-Laurent. La chute Montmorency est située en partie dans Boischatel.