La ville est connue des historiens pour la rébellion chrétienne qui y prit place au début du . Les chrétiens japonais s'y sont révoltés contre les mesures discriminatoires établies par le gouvernement japonais soucieux de juguler leur influence grandissante. La rébellion fut matée après 80 années de résistance et 37 000 morts. Ceci entraîna l'expulsion des missionnaires occidentaux de Nagasaki et l'interdiction de la pratique religieuse chrétienne au Japon pendant plus de deux siècles. Elle fut aussi a l'origine de la politique de fermeture du Japon instaurée pendant l' "ère Edo", durant laquelle les échanges entre le Japon et le reste du monde furent tout bonnement interdits.