La lagune de Ndougou reçoit un niveau élevé de rayonnement solaire en raison de sa proximité à l'équateur. Le climat est chaud et humide. La température varie entre 17 °C et 23 °C pendant la saison sèche et entre 25 °C et 32 °C pendant la saison de pluie, avec des températures plus élevées survenant généralement entre Mars et mai.