Les deux principaux transporteurs aériens du Japon desservent . JAL et ANA offrent des vols directs de l'aéroport de Haneda à Tokyo et de celui d'Itami à Osaka. ANA propose également des vols directs vers Nagasaki depuis le nouvel aéroport Centrair de Nagoya et depuis l'aéroport de Naha à Okinawa, alors que JAL opère à partir de l'aéroport Komaki de Nagoya. En 2005, une nouvelle compagnie , SNA (Skynet Asia Airways, maintenant appelée Solaseed), a commencé à proposer des vols de l'aéroport Haneda de Tokyo, avec des billets moins chers que chez les grands transporteurs. Une autre compagnie , Peach Aviation, relie l'aéroport de Nagasaki à l'aéroport international du Kansai d'Osaka pour des tarifs très bas.