Les métros quadrillent la ville et sont fréquents. Ils sont principalement utiles pour circuler à l'intérieur de la boucle de la Yamanote. Ils sont parfois le seul choix, par exemple pour Roppongi (loin de la station voisine de JR). Tokyo Metro gère 9 lignes: Ginza, Marunouchi, Hibiya, Tozai, Chiyoda, Yurakucho, Hanzomon, Namboku et Fukutoshin.