Le réseau JR est vaste comme on peut attendre de ce qui était autrefois le réseau ferroviaire national. Le groupe JR exploite les lignes à grande vitesse "Shinkansen", ainsi que d'une multitude de lignes de transport en commun régionales et urbaines. Dans les campagnes, les sociétés du groupe gèrent également des services de bus pour relier des endroits qui ne disposent pas d'un service ferroviaire. Cependant, le réseau JR n'est pas un monopole et en particulier dans les grandes agglomérations où il y a d'autres réseaux ferroviaires privés.