En raison de son altitude, Lichinga bénéficie d'un climat tropical modéré. La saison sèche va de mai à septembre et les températures sont plutôt fraîches, puisque la température moyenne est de en juillet. La saison humide dure d'octobre à avril et le mois le plus chaud est novembre avec une température moyenne de . Les pluies sont abondantes de décembre à mars, le total annuel étant de .