La ville de Gongju proprement dite est traversée d'est en ouest par la rivière Geumgang; sur sa rive sud la forteresse Gongsan est le foyer à partir duquel la ville s'est développée. D'un autre côté, la région administrative de Gongju-si, plus grande, s'étend considérablement plus au sud, englobant la totalité du Parc national de Gyeryongsan, et quelques petites villes coincées entre la réserve et Daejeon au sud-ouest.