La mer Méditerranée est à au nord-ouest (pour rallier Isola Rossa, par exemple). Le fleuve Coghinas coule à une dizaine de kilomètres à vol d'oiseau du centre d'Aggius, au sud-ouest. Signalons le Lago Santa Degna (Laghetti di Aggius), un petit étang situé à quelques centaines de mètres à l'ouest du centre-ville.