La navigation de plaisance est autorisée sur une grande partie du lac "Yellowstone" et sur le lac "Lewis". Seuls les engins non motorisés sont autorisés sur la plupart des autres lacs. Pour naviguer, un permis est obligatoire ainsi que la présence d'un gilet de sauvetage approuvé par les gardes-côtes pour chaque personne présente au sein du bateau. Avant d'obtenir son permis, le bateau est inspecté afin d'éviter la prolifération d'espèces aquatiques invasives.