Bayonne dispose d'une gare SNCF située dans le quartier Saint-Esprit (à à pied du centre-ville). Elle accueille des , des trains grandes lignes (Intercités) et des trains du réseau Aquitaine. Elle dispose du service « Accès Plus » pour les personnes à mobilité réduite. Ancienne gare de la sur la ligne Paris-Bordeaux-Irun, elle offre au visiteur une façade monumentale avec tour-horloge s'inspirant de la gare de Lyon à Paris.