Le Terminal 1 domestique héberge le groupe JAL (dont Skymark et Skynet), alors qu'au Terminal 2 domestique se trouvent ANA et sa filiale Air Do. En 2010 Haneda a ouvert un nouveau Terminal international et une nouvelle piste. Les vols internationaux concernent un nombre croissant de villes, la plupart partant et arrivant tôt le matin ou tard le soir. Parmi les exceptions se trouvent les vols « city shuttle » pour Séoul-Gimpo, Shanghai-Hongqiao et Taipei-Songshan, et plus récemment le vol quotidien pour Toronto-Pearson. Des bus-navettes gratuits circulent toutes les entre et minuit, reliant le terminal international aux deux terminaux domestiques. Vérifiez bien si votre vol arrive au Terminal 1 ou au Terminal I (« i » pour « international »).