Yakushima (d'une circonférence de ) est une petite île de granit, quasi-circulaire qui a une superficie d'environ . Elle est montagneuse et a un certain nombre de montagnes culminant à plus de , dont le Miyanoura-dake à et le Nagata-dake à . (JNTO, 2007). Ces montagnes récupérant beaucoup de précipitations, Yakushima a gagné la réputation d'être l'un des endroits les plus arrosés par la pluie au Japon, avec des précipitations mesurables 50% des jours de l'année.