L’origine de Challes-les-Eaux remonte à la fin du et doit son nom à un seigneur de la famille de Challes, famille qui possédait dès le un immense territoire en Bresse. Le comte Amédée V de Savoie, par son mariage avec Sybille, incorpora la Bresse à son comté et par conséquent l’ensemble des terres de Challes. Un siècle plus tard, un des membres de la famille devint seigneur du Puy, village de la paroisse de Triviers. En 1594, les biens du dernier descendant de la famille de Challes, décédé sans héritiers, furent cédés à Louis Milliet, baron de Faverges. Cet illustre personnage, qui fut tour à tour jurisconsulte, président de Savoie, grand chancelier et chargé d’ambassade de France en Suisse auprès de Louis XIV, choisit de changer de nom pour se faire appeler Millet de Challes et ce par une lettre patente du .