Gongju est l'ancienne capitale du royaume de Baekje, à l’époque des Trois Royaumes. Alors que la dynastie Baekje s'étend sur une période de 678 ans, de -660 à 18 ap. J.-C., Gongju, qui s'appelait à l'époque Ungjin, en est restée la capitale pendant beaucoup plus longtemps, cédant finalement le pouvoir en 538 à Buyeo, pouvoir qui y resta jusqu'à l'unification de la Corée sous la dynastie des Silla du Sud. Les années précédant l'invasion Silla, de nombreux citoyens de Baekje fuirent au Japon.