Le ministère de la Forêt, de la Faune et des Parcs (MFFP) et le ministère de l'Énergie et des ressources naturelles (MERN) s'occupent de la gestion des ressources naturelles sur le territoire de la réserve faunique du Saint-Maurice. La gestion et l'utilisation des ressources naturelles de cette réserve, notamment la forêt et la faune, sont basées sur une vocation légale de conservation et de mise en valeur de la faune des réserves fauniques. La forêt de cette réserve est exploitées par des sociétés forestières ayant une entente de récolte avec le MFFP, selon les plans d'aménagement forestier intégré (PAFI) tactiques et opérationnels à l'échelle de chaque unité d'aménagement. Ainsi, l'aménagement forestier des réserves fauniques s'avère intégré faune-forêt-récréotourisme. Dans la réserve faunique du Saint-Maurice, des travaux d'aménagement faunique sont effectués en visant à restaurer la population de truites indigènes de certains lacs notamment par l'aménagement de frayères.