Deux affluents de la rive est de la rivière Richelieu passent dans le territoire agricole de Saint-Charles-sur-Richelieu: la rivière Amyot (partie nord du territoire municipal) et la rivière des Hurons (au sud-est). L'île de Jeannotte (longueur: ) et l'île aux Cerfs () sont situées dans un coude de rivière dans le territoire de Saint-Charles-sur-Richelieu, soit face à la décharge du Le Grand Ruisseau (venant de l'ouest).