En 1856, le sultanat de Mascate et d'Oman est divisé en deux et Mombasa tombe dans l'escarcelle du sultanat de Zanzibar jusqu'à la domination sur ce dernier par les Britanniques en 1895. Ceux-ci créent le protectorat de l'Afrique orientale britannique dont Mombasa devient la capitale entre 1898 et 1905. C'est durant cette époque qu'ils construisent le nouveau port de la cité et la ligne de chemin de fer de l'Ouganda qui relia Mombasa à l'Ouganda jusqu'au début du . En 1920, l'Afrique orientale britannique est dissoute et devient la Colonie et protectorat du Kenya. Mombasa devient le chef-lieu du protectorat jusqu'au , date de l'indépendance du Kenya.