Padoue est située à l'est de la vallée du Pô, à environ au nord des Collines Euganéennes et à environ à l'ouest de la lagune de Venise. Le territoire communal est réparti sur des espaces complètement plats et sillonnés par diverses voies navigables qui ont donné forme et protection à la ville au cours des siècles. Elle est traversée par les rivières Brenta et Bacchiglione.