Saint-Zotique est situé au sud-ouest de la péninsule du Suroît. Sa limite municipale au sud-est au milieu du fleuve Saint-Laurent est de 8.4 km, partagée avec Sainte-Barbe. Sa limite riveraine s'étire sur 8.9 km. Hormis la zone de Pointe au Foin, cette rive est relativement en ligne droite. En cas de grosses vagues, sur le lac Saint-François, les plaisanciers peuvent se réfugier dans les canaux. Hormis des zones forestières dans la partie sud, le reste du territoire est principalement à vocation agricole.