Malcesine est située au pied de la chaîne du Mont Baldo () à proximité du lac de Garde, qu’elle borde sur sa rive orientale (la Gardesana Orientale, ou Riviera des Oliviers), s’étageant sur un petit promontoire. Presque à la limite de la province de Trente, elle constitua longtemps un des postes avancés les plus septentrionaux de la ville de Vérone, dont elle est distante de .