La partie terrestre du territoire de Sainte-Anne-de-Beaupré est formée de deux rectangles contiguës, le seconde étant plus petit. Au sud-est, la limite municipale s'étire sur sur la rive du chenal de l'Île d'Orléans; au sud-ouest, la limite partagée avec Château-Richer est de , comportant un crochet vers l'est de ; au nord, la municipalité partage une limite de avec le territoire non organisé de Lac-Jacques-Cartier; au nord-est, avec le parc du Mont Saint-Anne; à l'est, avec la municipalité de Beaupré.