Yonaguni fait partie des endroits habités du Japon les plus éloignés, et y aller est à la fois peu pratique et cher, mais si cela pourrait changer si les liaisons avec Taïwan s'amélioraient. Les vols et les ferrys peuvent être annulés peu avant le départ si les conditions météos sont mauvaises (en particulier lors de la saison des typhons) ; par conséquent faites votre planning en tenant compte de ce risque..