En juin 1964, la Grande-Bretagne accepte les propositions de création d'un gouvernement autonome élu démocratiquement au Botswana. En 1965, le siège du gouvernement est transféré depuis Mahikeng en Afrique du Sud vers Gaborone nouvellement créée. La constitution de 1965 mène aux premières élections générales et à l'indépendance, le . Seretse Khama, un chef de file du mouvement pour l'indépendance, est élu premier président de la République du Botswana. Réélu à deux reprises, il meurt en fonction en 1980. La présidence est transmise au vice-président, Quett Masire, qui a été élu dans son propre droit en 1984 et réélu en 1989 et 1994. Masire a pris sa retraite de son poste en 1998. La présidence a été transmise au vice-président, Festus Mogae, qui remporte ensuite l'élection de 1999 et est réélu en 2004. Le président suivant est le lieutenant-général Seretse Khama Ian Khama qui entre en fonction 2008, en prévision des élections de 2009. Il est le fils du premier président du Botswana, et un ancien chef de l'armée du Botswana (BDF).