Le site est occupé dès l'époque mérovingienne, ce dont témoignent quelques découvertes faites au sud de l'actuel cimetière. Dans sa donation de vignes et de terres en faveur de l'église Saint-Thomas de Strasbourg vers 920, l'évêque Richwin (913-933) fait mention de la localité alors appelée "Argeresheim marca". Plusieurs autres institutions religieuses possèdent des biens dans le village, où une léproserie est attestée en 1387, dans une charte au bénéfice de la collégiale de Haslach. En tant qu'ancienne possession épiscopale, Ergersheim est particulièrement touché lors de la guerre des Evêques. Une estimation des dégâts dressée en 1593 par le bailli de Dachstein y recense le destruction de 63 maisons, 46 granges, 37 pressoirs et 161 étables. En 1662, le village est à nouveau pillé et les maisons incendiées. À la suite de ces évènements, les finages des localités disparues d'Altbronn et de Rimlenheim sont incorporés au ban communal. Situé sur la rive gauche du canal de la Bruche, le village fait partie de l'Ackerland, mais son vignoble et son type d'habitation lui confèrent les caractéristiques des communes du vignoble de Molsheim.