Zanzibar City est desservie par un aéroport international situé à au sud de Stone Town. Des vols réguliers sont opérés toute l'année avec la Tanzanie continentale, le Kenya, l'Afrique du Sud et le Moyen-Orient. Pendant les périodes de vacances d'été et d'hiver, des vols saisonniers réguliers ou nolisés sont opérés avec plusieurs pays de l'Union européenne ainsi qu'avec Israël. Pour le tableau complet des compagnies aériennes et des destinations, voyez la section « En avion » de l'article sur l'archipel de Zanzibar.