La ligne JR Yamanote (vert clair) passe par la gare de Tōkyō, faisant une boucle autour du centre ville, et la ligne JR Chūō (orange) et la ligne Sōbu (jaune) croisent la boucle horizontalement. Les gares de Yūrakuchō, Akihabara, Kanda (sur la Yamanote) et de Ochanomizu, Yotsuya (sur la Chūō) se trouvent dans l'arrondissement. Les trains Narita Express venant de l'aéroport de Narita s'arrêtent à Tōkyō (, ) sur les plates-formes Sōbu. La ligne JR Keiyo dessert la gare de Tokyo et transporte les passagers vers des destinations comme le parc Kasai Rinkai, Tokyo Disney Resort, le Makuhari Messe et des destinations sur la péninsule de Boso. Les trains circulent aussi fréquemment sur la ligne Musashino jusqu'à Saitama et l'ouest de Tokyo, bien que certaines de ces zones soient desservies plus rapidement par d'autres lignes. Cependant, les quais sont situés au sud du complexe de la gare principale. La construction a été construite pour une nouvelle ligne de Shinkansen, c'est pourquoi elle s'est faite à égale distance entre les gares de Tokyo et de Yurakuchō. Cela peut être une longue marche pour rejoindre le reste des lignes de train (et encore plus pour changer pour la ligne Tozai à Otemachi!), donc 