Un touriste ayant prévu de beaucoup se déplacer à travers le pays devrait envisager d'investir dans un Japan Rail Pass. Celui-ci offre (à part quelques exceptions) des trajets illimités sur tout le réseau Japan Railway (JR) dont les Shinkansen, les trains express et les trains de banlieue. La réservation de sièges se fait sans frais aux comptoirs JR. Les prix démarrent à pour un passe adulte valide 7 jours consécutifs, le prix étant plus important pour les passes de 14 et 21 jours ainsi que pour les « Green Car » (première classe). En comparaison, un aller-retour entre Tokyo et Osaka coûte . Il en coûtera la moitié pour les enfants entre 6 et 11 ans. On peut utiliser ces passes à tous moments de l'année, mais mieux vaut acheter le sien avant d'arriver au Japon (vous recevrez un bon à échanger contre le passe proprement dit une fois au Japon). La JR a commencé à expérimenter la vente de ces passes sur le territoire japonais mais à un prix bien plus élevé.