Le pays possède un réseau hydrographique peu développé. La rivière Medjerda, d'une longueur totale de , naît en Algérie, mais s'étend, sur les trois quarts de son parcours, sur le territoire tunisien, avant de se jeter dans la mer au nord de Tunis. L'unique lac d'eau douce est le lac de Bizerte, tandis que, dans le désert du sud, on trouve les deux lacs salés du Chott el Jerid (dont la partie orientale est parfois considérée comme un bassin séparé et est également appelée Chott el-Fejaj) et du Chott El Gharsa, dont la partie occidentale est en territoire algérien. Leurs bassins sont à sec pendant une partie de l'année, ou boueux et couverts de sel, en sorte qu'il s'agit de "sebkha", ou déserts de sel.