Le parc est essentiellement constitué du lac de Skadar (Skadarsko Jezero). Ce dernier a une superficie qui varie entre et en fonction du niveau de l’eau. Il s’agit du plus important lac de la péninsule balkanique. Sa profondeur moyenne est de mais elle peut atteindre les . Environ deux tiers du lac sont situés au Monténégro alors que le dernier tiers appartient à l’Albanie. La superficie du parc est de . Le lac est situé à seulement de la mer Adriatique. Ses eaux s’y déversent par l’intermédiaire du fleuve Bojana.