Comme le reste du pays, Kyoto a quatre saisons. Le printemps est très fleuri et en automne les feuilles prennent de belles couleurs, ces deux saisons attirant des hordes de touristes. Kyoto est particulièrement humide en été étant donné que la ville se trouve dans une cuvette. La saison des pluies a lieu de mi-juin à la fin juillet, et donc les voyageurs essayent d'éviter cette période. Le type de pluie va de la bruine aux averses intermittentes. Il y a une saison des typhons fin août et septembre. Les hivers sont généralement froids mais sans chutes de neige. Ils ne démarrent généralement pas avant fin décembre et durent jusqu'à mars avec la floraison des pruniers suivie de celle des cerisiers.