Étant donné que Kyōto est une grande ville, il y a de nombreux cars de jour et de nuit circulant entre Kyōto et d'autres endroits du Japon, ce qui peut être une alternative plus lente mais économique face aux tarifs des Shinkansen. En tant que centre culturel du Japon, les liaisons de bus de Kyoto sont près aussi nombreuses que celles de Tokyo. Des opérateurs proposent des autocars de nuit pour Yamagata, Sendai, Koriyama, Fukushima, Tochigi, Utsunomiya, Saitama (Omiya), Yokohama, Niigata, Karuizawa, Toyama, Hamamatsu, Shizuoka, Numazu, Mishima, Matsue, Izumo, Tokuyama, Yamaguchi, Imabari, Matsuyama, Kōchi, Fukuoka (Hakata), Takeo et Sasebo (Huis Ten Bosch). Il y a des bus faisant le trajet en journée pour Tsu, Yokkaichi, Nagoya, Toyokawa, Toyohashi, Takayama, Okayama, Kurashiki, Tsuyama, Fukuyama, Onomichi et Hiroshima.