En 1206, une nouvelle crise éclate quand le roi Alphonse VIII de Castille vient mettre le siège devant la cité, qu’il revendique au nom de sa femme Aliénor d’Angleterre. La population tient bon et, en guise de récompense, une charte communale est octroyée à Bayonne par Jean sans Terre en 1215. Le « corps de ville » est dès lors composé d’un « mayre » (maire) et d’une centaine de pairs (échevins, conseillers). En 1258, un terrible incendie ravage la cathédrale. Des fonds sont levés et on érige un splendide édifice inspiré du gothique champenois, presque incongru dans ces terres méridionales.