Les services de trains à Wakkanai sont peu fréquents, avec seulement 6 arrivées et 7 départs par jour. De ceux-là, 3 allers-retours sont des trains limited express: le «Super Soya» reliant à Sapporo (, , 1 fois par jour) et le «Sarobetsu» reliant à Asahikawa (, , 2 fois par jour, changement pour Sapporo). Ces trains sont couverts par le Japan Rail Pass.