La ligne de métro Minato Mirai 21 partant de la gare de Yokohama jusqu'au port et Chinatown est le meilleur moyen d'accéder aux principaux lieux touristiques. La principale ligne de métro est surtout utile pour les déplacements entre le centre de Yokohama et la gare Shinkansen. La ligne JR Negishi (根岸線) est également disponible pour Chinatown et la zone de Minato Mirai. Tous les trains de la ligne Negishi sur la ligne bleue offrent un service direct via la ligne Keihin-Tōhoku. Pour les zones suburbaines, Yokohama a un métro et de nombreuses lignes de trains de banlieue qui sillonnent la ville dans toutes les directions et vers toutes les villes voisines.