Le conquistador Francisco Pizarro y captura l’Inca Atahualpa, qui, bien qu’il eût payé la rançon promise, fut assassiné. Dès lors, les conquistadors redessinèrent la ville dans le style espagnol. Aujourd’hui encore, sont conservées des constructions coloniales comme la Cathédrale, les églises de San Francisco, de Belén et de la Recoleta, ainsi que des demeures et des monuments. 