Ayant été une île coupée du reste du monde pendant une longue période (avec des exceptions restreintes avec la Chine et la Corée), le Japon est très homogène. Près de 99% de la population est d'ethnicité japonaise. La population du Japon a commencé à décroître depuis les années 2010 à cause d'un faible taux de natalité et d'une immigration faible. La plus grande minorité sont les Coréens, forts d'environ 1 million de personnes, beaucoup étant de la 3 ou 4 génération. Il y a aussi d'importantes populations de chinois, de philippins et de brésiliens, beaucoup étant d'origine japonaise. Bien que largement assimilée, la population chinoise résidente maintient une présence dans les trois quartiers chinois du Japon à Kobe, Nagasaki et Yokohama. Les minorités ethniques autochtones comprennent les Aïnous à Hokkaidō, progressivement entraînés vers le nord au cours des siècles, et qui comptent aujourd'hui environ personnes (bien que le nombre varie grandement selon la définition exacte utilisée), et les habitants des îles Ryūkyū (préfecture d'Okinawa).