Le centre historique (Grand et Petit Bayonne) concentre un grand nombre de boutiques, réparties au gré de rues piétonnes telles que la rue d'Espagne, la rue Port-Neuf ou encore la rue Victor-Hugo. On y trouve les commerces les plus divers, du plus spécialisé au plus « grand public ». Près des quais de Nive, les halles accueillent le principal marché de la ville chaque jour (du lundi au vendredi de , le samedi de et le dimanche de ). Les autres marchés se tiennent place de la République (le vendredi de ), rue Sainte-Catherine (le dimanche de à midi), place du Polo (le vendredi de ), place du Marquisat (le vendredi de ) et place des Gascons (le mercredi de et le samedi de ). 