En 1634, la peste lui fait perdre les deux tiers de sa population. Entre 1651 et 1679, sous le règne de l'électeur Ferdinand-Marie, Munich s'enrichit de monuments de style baroque italien (comme le Theatinerkirche et le château de Nymphenburg...). En 1705, pendant la guerre de Succession d'Espagne, la ville retourne sous le patronage des Habsbourgs. L'Académie bavaroise des sciences est créée en 1759.