Les nombreux lacs et rivières forment des voies navigables intérieures qui étaient d'importantes routes de canotage entre la baie de Fundy et l'Atlantique pour les ancêtres des Premières Nations Mi'kmaq. Le parc contient également les pétroglyphes laissés par ces habitants. Le nom mi'kmaq du lac a été traduit par «tentative de fuite» ou «eaux gonflées», peut-être lié aux barrages de pêche placés sur le lac. La position officielle du parc est que Kejimkujik est un mot mi'kmaq qui signifie «muscles fatigués».