Mézières allait y gagner à court terme : la ville fut exemptée d'impôts pendant 6 ans. Par la suite, le pouvoir royal ayant compris l'intérêt d'avoir une forteresse imprenable localisée à la frontière, allait fortifier la cité macérienne. Pendant les guerres de religion, une citadelle fut construite à l'est de la ville, détruisant le faubourg d'entre-deux-portes: près de 1500 habitants furent obligés de quitter leurs habitations. Mais c'est surtout le début du qui allait sonner le déclin de la ville...