Les invasions mongoles n'épargnèrent pas la région, en 1241, une bataille eut lieu à Jasov à de Košice. Le roi Béla IV de Hongrie, après ces invasions, repeupla le pays dévasté en faisant appel à des colons allemands, qui jouissaient d’un statut particulier. En 1250, les dominicains installèrent leur premier couvent sur le territoire de l'actuelle Slovaquie. L'église qui fut construite à l'époque est le plus ancien bâtiment de la ville encore visible de nos jours et le couvent qui jouxte l'église est toujours occupé par cet ordre. De nouvelles fortifications furent entreprises vers 1270 sous le règne d'Étienne V et en 1290, André III était en possession d'une place forte de , ce qui en fit la localité fortifiée la plus orientale de l'Europe civilisée. C'est cette année-là que fut conféré le statut de ville.