La lagune de Ndougou s’étend sur plus de 50 000 hectares et comprend quelques 380 îles plus ou moins grandes. Les profondeurs d’eau mesurées à ce jour vont en moyenne de 2 à 5 mètres tout au long du chenal principal. Les plus grandes profondeurs atteignent les 28 mètres au nord de l’île en amont de Pitonga. 