Saint-Prosper-de-Champlain fait partie de la rive nord du fleuve Saint-Laurent, soit dans la vaste plaine du Saint-Laurent. Le versant hydrographique du territoire de Saint-Prosper fait surtout partie de la rivière Saint-Anne; néanmoins, une petite zone à la limite de Saint-Stanislas et de Sainte-Geneviève-de-Batiscan fait partie de la Batiscanie.