En 1808, c’est à Bayonne qu’a lieu l’acte d’abdication du roi d’Espagne Charles IV en faveur de Napoléon, prélude à une sanglante guerre qui marquera le début de la fin pour l’empereur. En 1814, les armées de Wellington mettent le siège devant la citadelle. Le maréchal Soult résiste, mais finit par capituler le 5 mai. La ville renoue avec la prospérité à partir de la seconde moitié du siècle, avec l’arrivée du chemin de fer qui, d’une part, favorise les échanges commerciaux, et, d’autre part, fait de la côte basque un lieu de villégiature réputé.