Le est marqué par l’occupation allemande. Elle dure jusqu’au . La veille, les troupes allemandes prennent bien soin de dynamiter une vingtaine de navires ancrés au port. Le 23 août, les représentants du Gouvernement provisoire de la République Française prennent possession de la ville, enfin libre après ces années sombres. La paix revenue, la ville voit apparaître de nouveaux quartiers, issus des grandes campagnes des années 1960 et 1970. De grandes barres d’immeubles conçues pour être « fonctionnelles » permettent de loger de nombreuses personnes. Des quartiers résidentiels se développent et forment une vaste conurbation, et un tissu urbain continu avec Anglet et Biarritz. En 1975, Bayonne devient ville universitaire avec la création de l’IUT des Pays de l’Adour (composante de l’université de Pau).