Le début du a vu plus de développement : l'hôtel de ville a été reconstruit et une école a été construite à côté de l'église. La phase finale des travaux la fortification ont eu lieu au début du , avec la modernisation des bastions et le creusement d'un fossé rempli d'eau. Toutefois, les troubles au sein de l'ancien Royaume de Hongrie au cours de la première moitié du ont entraîné Bardejov dans une période de récession. L'âge d'or de Bardejov s'est terminée à la fin du , lorsque plusieurs guerres, épidémies et autres catastrophes ont touché le pays. Les actions de l'armée de l'empereur contre forces armées anti-Habsbourg rebelles du Royaume de Hongrie entre 1671 et 1711 ont eu des effets négatifs sur la prospérité de la ville. Le pillage de la ville et de ses environs, ainsi que les contributions financières de la ville à l'effort de guerre, à rendu Bardejov autre fois prospère au bord de la pauvreté. La peste de 1710 a rendu la situation encore plus critique. Les populations allemandes et hongroises, décimés par la guerre et la peste, ont été lentement remplacés par une population slovaque. 