À Tokyo, les bus Willer partent du Terminal de bus de Shinjuku ("Basuta Shinjuku"), au dessus des voies de la JR de la gare de Shinjuku, qui est desservie par de nombreuses compagnies d'autocars du Japon. Notez que Willer vend également des tickets pour d'autres opérateurs de bus sur son site web, mais ils ne sont pas valides avec le Japan Bus Pass de Willer.