Dès la sortie de l', une guerre opposa l'Azerbaïdjan et l'Arménie à propos du territoire du Haut-Karabagh. Cette guerre du Haut-Karabagh fut gagnée par l'Arménie, et le Haut-Karabagh est devenu "de facto" indépendant. En mai 1994, quand le cessez-le-feu est déclaré, les Arméniens contrôlent non seulement le Haut-Karabagh mais aussi une partie de l'Azerbaïdjan proprement dit.