Le 1 avril 1889, le district prit officiellement le nom de « ville de Honjō ». Le 31 mars 1954, la ville fusionna avec les villages de Koyoshi, Otomo, Ishizawa, Minami-utetsu, Kita-utetsu et Matsugazaki. Puis, le 22 mars 2005, la ville de Honjō fusionna encore avec 7 autres petites villes des alentours pour devenir la ville de Yurihonjō.