Il y a deux lignes de métro qui ne desservent qu'une partie limitée de la ville. La ligne Karasuma orientée nord-sud passe sous la gare de Kyōto, et la ligne Tōzai orientée est-ouest y est connectée près du centre-ville. Les deux sont utiles pour circuler en centre-ville, mais pas vraiment adaptées pour atteindre les temples. La Tōzai est cependant connectée avec la ligne Keihan, qui est parallèle à la rivière Kamo-gawa, et est pratique pour rejoindre "Gion" et le sud de Kyōto; elle vous emmène aussi à une courte distance de marche de nombreux sites dans l'est de Kyōto.