Environ la moitié des plus de 120 temples de la ville proposent aux pèlerins l'hébergement, appelé en japonais "shukubō". Les prix varient entre et par nuit et comprennent deux repas. Vous aurez la possibilité de participer à la session de la prière du matin, une expérience hypnotique impliquant chant sutra, de l'encens et des gongs. En dehors de la haute saison, il vous suffit de vous présenter à la station de funiculaire de Kōya et de réserver à partir de là, mais en général les réservations à l'avance sont préférables. Une liste complète est disponible sur le site officiel, mais il faut noter que tous les temples ne sont pas préparés pour accueillir les visiteurs qui ne parlent pas le japonais. Mieux vaut passer par des sites anglophones pour réserver.