Un autre événement va avoir des répercussions importantes sur la cité et même bien au-delà : en 1152, la duchesse Aliénor d’Aquitaine, dont le mariage avec le roi de France a été annulé, épouse en secondes noces le comte d’Anjou Henri Plantagenêt. En 1154, quand celui-ci accède au trône d’Angleterre, c’est toute l’Aquitaine qui passe sous influence anglaise. La ville en tire une grande prospérité. Le port de Bayonne exporte les produits de l’arrière-pays (vins, résine, pastel) vers les îles Britanniques. Le roi-duc laisse à ses possessions continentales une grande autonomie en matière de gouvernance et de fiscalité. Quelques années plus tard, une révolte des barons locaux, au premier rang desquels Arnaud Bertrand, vicomte de Bayonne, est matée par Richard Cœur de Lion. En guise de représailles, Bayonne est soustraite à l’autorité des vicomtes du Labourd. L’administration est confiée à un « prévôt-maire » (pour la ville elle-même) et à un « bailli » (pour la banlieue).