Le clan Mogami (issue du clan Shiba) dirigea ce qui est la préfecture actuelle de Yamagata (moins la zone d'Okitama au sud) pendant la période Sengoku. Les Mogami se rangèrent du côte de l'Armée de l'Est pendant la bataille de Sekigahara, et donc purent non seulement conserver leurs terres, mais furent récompensés et devinrent le 5 domaine le plus riche du pays sous Mogami Yoshiaki qui construisit le château de Yamagata. Après sa mort, les Mogami eurent des difficultés à établir un successeur convenable et en 1622 le domaine fut prit par le shogunat et divisé en trois parties. La ville de Yamagata fit partie de la région de Murayama et le clan Torii fut choisi comme dirigeants, mais la région continua à avoir des problèmes de commandement, voyant une succession de 13 dirigeants pendant une très courte période.