Le territoire de Saint-Aimé-des-lacs est situé dans la partie nord du grand cratère de l'astroblème de Charlevoix. La limite nord du territoire municipal est plus ou moins au pied des montagnes qui forment le rebord de ce grand cratère. Les collines et montagnes du reste du territoire municipale auraient été formées par le rehaussement du sol à l'intérieur du cratère après l'impact du météorite.