Le système de chemin de fer de banlieue (le logo est un grand S vert sur fond bleu ) comprend une ligne spéciale connue sous le nom de "Passante ferroviario", considérée comme une autre ligne de métro de Milan (même si les trains ne circulent que toutes les 6-), et huit autres lignes, chacune identifiée par un numéro (S1, S2, S5, S6, S12, S13 par Passante Ferroviario et S3, S4, S8, S9, S11 par d'autres chemins de fer), reliant les villes de la région métropolitaine avec Milan. Les trains de banlieue fonctionnent moins souvent que les rames de métro (habituellement toutes les ou ) mais, comme certaines lignes partagent des voies et des gares, on peut compter jusqu'à 10 trains par heure dans le centre de Milan entre les gares Lancetti et Porta Vittoria. Les lignes 'S' des lignes de chemin de fer de banlieue sont généralement marquées en bleu sur les cartes de métro. La Passante n'est pas très utilisée par les Milanais et, en dehors des heures de pointe, les gares peuvent être désertes, donc peu recommandées pour les voyageurs solitaires (surtout les femmes).