Comme la plus grande partie de la région de Chūgoku, l'histoire d'Iwakuni commence avec la Bataille de Sekigahara en 1600. Le clan Mōri choisit le mauvais camp et comme punition fut banni et vit son territoire réduire de trois-quarts. Une famille, les Kikkawa, construisit un château pour marquer leur nouveau siège, mais il fut détruit sur édit impérial seulement 7 ans après. Néanmoins, les seigneurs féodaux d'Iwakuni continuèrent à jouir du pouvoir et de la prospérité pendant presque trois siècles, entourés de samouraïs subordonnés loyaux.