L'agglomération dispose d'un aéroport de niveau régional, situé pour partie sur les communes d'Anglet et de Biarritz. Rayonnant sur les départements des Pyrénées-Atlantiques et des Landes, il présente la particularité d'être géré par un syndicat mixte comprenant tout à la fois la chambre de commerce et d'industrie de Bayonne-Pays basque, l'agglomération Côte Basque-Adour, le département des Pyrénées-Atlantiques, le département des Landes et la commune de Saint-Jean-de-Luz. Son trafic (1,084 millions de passagers en 2012) en fait le 19ème aéroport français en termes de fréquentation. L'aéroport de Biarritz-Anglet-Bayonne est complété par l'aéroport de San Sebastián, situé à une trentaine de kilomètres plus au sud.