La plupart des visiteurs arrivent par Naha, la capitale d'Okinawa, qui est également bien desservie par les compagnies comme Skymark et Jetstar. Des vols intérieurs relient également directement les grandes villes japonaises à d'autres îles d'Okinawa comme Miyako et Ishigaki, mais les prix peuvent être élevés; par exemple, le prix d'un aller simple en éco entre Tokyo et Ishigaki atteint la somme de ! L'utilisation d'un passe aérien international peut permettre de faire économies considérables: le Welcome to Japan Fare de la JAL permet de prendre des vols intérieurs au Japon pour (comprenant la TVA, mais pas les frais de certains aéroports) et le ANA Experience JAPAN Fare a des tarifs de à selon les trajets.