Des missionnaires occidentaux qui se sont établis très tôt dans cette nouvelle cité convertirent une part de la population japonaise locale au christianisme. L'influence grandissante de cette religion dans le sud du Japon ne fut pas vue d'un très bon œil par le shogun Hideyoshi Toyotomi, arrivé au pouvoir en 1587, qui expulsa les missionnaires occidentaux et ordonna la persécution des citoyens de confession chrétienne. Les marchands occidentaux étant toujours autorisés à rester, la ville continua toutefois à prospérer.