JR a été le pionnier en 1964 du train à grande vitesse, connu en japonais sous le nom de "Shinkansen" (), et avec des vitesses allant jusqu'à ( dans un avenir proche), ceux-ci restent souvent la façon la plus rapide de se déplacer à travers le pays. Notez que les "Shinkansen ne circulent pas la nuit", et, par exemple, les derniers départs de Tokyo vers Kyoto et Osaka sont autour de . Le Shinkansen est également connu pour son enviable record de sûreté, n'ayant pas connu le moindre accident mortel depuis ses débuts en 1964.