Le poste d'accueil de la RNF du Cap-Tourmente est situé à au nord-est du Centre-ville de Québec, sur la rive nord-ouest du fleuve Saint-Laurent, soit face à l'extrémité nord-est de l'Île d'Orléans. Le territoire de la réserve est entouré par (sens horaire): la municipalité de Saint-Joachim (dans laquelle est située la réserve), la municipalité de Saint-Tite-des-Caps (côté nord) et le territoire non organisé de Sault-au-Cochon (côté est). Cette réserve est localisée à la confluence de l’estuaire supérieure et fluvial du Saint-Laurent. Son territoire est situé à la jonction du Bouclier canadien, des Basses-Terres du Saint-Laurent et des Appalaches. 