Il y a trois sortes de logements à Raja Ampat : les bateaux habitables (liveaboard), les pagodes en bois de bord de mer (homestay) qui propose la pension complète (petit-déjeuner, déjeuner, dîner) dans un confort un peu rustique et enfin les resorts qui proposent des formules un peu plus haut de gamme avec séjours d'une ou deux semaines.