Trois lignes de train JR Kyūshū passent par la gare de Ōita, située en centre ville: la Nippō Honsen, la Hōhi Honsen et la Kyūdai Honsen. La Nippō Honsen pourrait être considérée comme la principale vers Ōita, les trains Sonic de JR Kyūshū venant de la gare de Hakata et allant aussi loin au sud que Miyazaki. Les trains Sonic Express prennent environ pour rejoindre la gare de Hakata. Cette ligne dessert également Nakatsu, Usa, Hiji, Beppu, Usuki et Saiki. La Kyūdai Honsen est une ligne locale allant vers l'ouest à Yufuin et Hita et allant jusqu'à la préfecture de Saga. Enfin, la Hōhi Honsen a des trains locaux et express passant par Bungo-ōno et allant à la ville de Kumamoto, dans la préfecture de Kumamoto.