À l'origine, les premiers boda-boda étaient des bicyclettes qui transportaient des biens (surtout du café) ou des personnes de part et d'autre de la frontière entre l'Ouganda et le Kenya dans les environs de la ville transfrontalière de Busia. L'usage de véhicules non motorisés permettait de circuler discrètement via des petits chemins et donc d'éluder les taxes frontalières. On peut donc écrire qu'il s'agissait de contrebande. Selon une explication apocryphe, "boda-boda" (ou "bodaboda") serait une altération du terme "border border" (« frontière frontière »).