Dépendant de la seigneurie de Gex, Pregny a subi dès la Renaissance les mêmes soubresauts que le reste du Pays de Gex : souveraineté savoyarde (1353-1536), conquête bernoise et introduction de la Réforme (1536-1567), restitution savoyarde (1567-1590), brève conquête par Genève (1590-1601), rattachement à la France et retour au catholicisme (1601-1814), occupation par les Autrichiens (1814-1815), Contre-Réforme au , tumultes de la Révolution, rattachement à la Suisse (1815), puis rattachement au canton de Genève (1816).