Le Japon dispose d'un excellent réseau ferroviaire (des TGV avec des fréquences de métro), et il est possible de se rendre dans la majorité des sites touristiques en train. La principale compagnie de transport ferroviaire est la JR (Japan Railways), autrefois un opérateur public, qui s'étend sur la quasi totalité de l'archipel. Il existe aussi un très grand nombre de compagnies dites « privées », régionales ou locales. Il est parfois possible de se rendre à une destination donnée avec la JR, ou avec une compagnie privée, ou bien avec les deux. Il se peut que certaines gares accueillent les lignes de plusieurs compagnies (JR et/ou privées), ou bien que les gares des différentes compagnies se trouvent côte à côte, à une poignée de minutes à pied.