Mais Nagasaki est surtout tristement célébré aujourd'hui pour avoir été la deuxième ville à subir l'explosion d'une bombe atomique à la fin de la Deuxième Guerre Mondiale. Le à 11H02, trois jours après Hiroshima, la bombe surnommée "Fatman" explosa à quelques centaines de mètres au dessus du quartier d'Urakami. Elle tua selon les estimations entre et personnes (sur le coup et suite aux blessures) et détruit toute une partie de la ville.