Le soja est une source importante de protéines et prend de nombreuses formes, notamment avec la soupe miso (, misoshiru) servie avec de nombreux plats, mais aussi le "tōfu" () et l'omniprésente sauce soja ( "shōyu"). Les fruits de mer sont très présents dans la cuisine japonaise, incluant non seulement les créatures de la mer, mais aussi également de nombreuses variétés d'algues, et un repas complet est toujours complété par des tsukemono (, aliments macérés).