L'élection présidentielle de 2002 voit une large victoire de Mwai Kibaki et le parti politique Liberal Democratic Party (LDP) de Raila Odinga, un des fils d'Oginga Odinga, devient le premier parti politique du pays tandis que le KANU est jeté dans l'opposition. En 2005, une équipe de constitutionnalistes présente un texte portant révision de la Constitution. Ce texte, connu sous le nom de "Bomas Draft", limite, entre autres, les pouvoirs du président de la République et crée un poste de Premier ministre. Mwai Kibaki rejette ce texte et présente un texte de réforme donnant plus de pouvoirs politiques au chef de l'État. Ce texte connu sous le nom de "Wako Draft" est soumis le , à un référendum national et rejeté par 58,12 % des votants. En réaction, le président Kibaki congédie l'entièreté du gouvernement deux jours après le résultat du référendum et, deux semaines plus tard, forme un nouveau gouvernement qui ne comporte plus aucun membre du LDP. C'est à ce moment que Raila Odinga décide d'être candidat à l'élection présidentielle de décembre 2007 et crée son propre parti politique : l′Orange Democratic Movement (ODM). Son symbole est une orange en référence au symbole visuel qui représentait le « non » lors du référendum (le « oui » était imagé par une banane). Lors de l'élection présidentielle de 2007, Raila Odinga reçoit un soutien massif dans les provinces de Nyanza, occidentale, de la vallée du Rift et de la côte mais aussi de personnalités emblématiques telle Wangari Maathai. Dans la soirée du , le président de la commission électorale déclare Odinga battu par de différence en faveur du président sortant et ce contrairement aux tendances des derniers résultats enregistrés. Controversée par les observateurs de l'Union européenne qui demande un recomptage des bulletins de vote, cette annonce est immédiatement contestée par le camp d'Odinga et entraine la plus grande crise de violence survenue au Kenya. Pendant les deux mois suivants, plus de perdront la vie et environ seront déplacées. Cette crise se termine le , grâce à la médiation de Kofi Annan, l'ancien Secrétaire général des Nations unies. Un accord de partage du pouvoir entre le président Kibaki et Odinga est signé, et entériné à l'unanimité par le Parlement le 18 mars, pour résoudre le problème. Il se matérialise par la nomination de Raila Odinga au poste de Premier ministre le 13 avril suivant. Quatre jours plus tard, il prête serment et un gouvernement de coalition est constitué. Le , le texte de réforme de la Constitution, incluant la Charte des droits et libertés, chère à Odinga — et maintenant soutenu par Kibaki — est accepté par la majorité des 72,1 % de Kényans ayant participé au référendum populaire. Cette nouvelle Constitution entérine, entre autres, la disparition des sept provinces et de la zone spéciale de Nairobi qui sont remplacées par 47 comtés semi-autonomes par rapport au gouvernement central ainsi que la création d'un Sénat national représentant ces 47 comtés. Faisant suite à l'enlèvement d'une touriste britannique et à l'assassinat de son mari le , à l'enlèvement d'une résidente franco-kényane le 1 octobre et enfin, le 13 octobre, à l’enlèvement de deux volontaires humanitaires espagnoles ainsi qu'à l'assassinat de leur chauffeur kényan, des unités militaires des forces armées kényanes entrent en Somalie le 16 octobre à la poursuite des miliciens d'Al-Shabaab. Cette intervention donnera lieu à plusieurs attentats perpétrés sur le sol kényan et attribués au groupe islamiste somalien.