Il n'existe aucune protection prophylactique ou thérapeutique par médicament contre le virus. Cependant, depuis 2016, existe un vaccin mis au point par les laboratoires Merck, le rVSV-ZEBOV, disponible en cas de flambée de la maladie et qui devrait être disponible dans le commerce avant fin 2017, c'est à dire être en phase IV des essais cliniques. Un autre vaccin protégeant à la fois contre la rage et contre la maladie à virus Ebola avec, pour intérêt, l'avantage de traiter à la fois les victimes humaines et le réservoir animal du virus Ebola ainsi qu'un médicament antiviral basé sur le favipiravir qui est un inhibiteur de l'ARN polymérase ARN-dépendante (c'est-à-dire de l'enzyme qui catalyse la réplication de l') sont également en phase III des essais cliniques mais à un stade moins avancés.