Quand la période féodale prit fin, la ville de Yamagata devint sa propre préfecture, mais cinq ans après en 1876 elle fut combinées avec les zones environnantes (également « préfectures » à l'époque) pour former la préfecture moderne de Yamagata avec la ville comme capitale. Yamagata obtint le statut officiel de ville en 1889 et gagna celui de « ville spéciale » (ayant des fonctions administratives étendues) en 2001.