Après guérison, 2 à 5 % des individus continuent à héberger des "Salmonella typhi", essentiellement au niveau de la vésicule biliaire, qui sont excrétées épisodiquement dans les selles et qui peuvent être donc à l’origine de cas secondaires. En cas de très forte bactériémie dans la circulation sanguine, les bactéries peuvent atteindre les poumons provoquant une pneumonie, ou l'enveloppe du cerveau (méningite), les os (ostéomyélite), les valves du cœur (endocardite), les reins (glomérulonéphrite), l'appareil génital ou urinaire, ou les muscles. Une hépatite est aussi possible. Sans traitement, de 10 à 15 % des patients décèdent surtout s'ils ont moins de 15 ans ou plus de 60 ans.