Comme le reste de la France, Digne est prise dans les guerres de religion. En 1562, les huguenots pénètrent dans la cathédrale, lacèrent les tableaux et brisent les statues, retirent les reliques et les font brûler avec les ornements du chœur sur le parvis. La ville est attaquée par les protestants en 1574. En 1575, c’est l’église Saint-Jérôme qui est saccagée. Dans les années suivantes, la ville reste sous pression : en 1579, le capitaine d'Archal qui occupe les campagnes alentours.