Le parc marin du Saguenay–Saint-Laurent est situé entièrement en zone marine sur la moitié nord du fleuve Saint-Laurent, entre le Gros cap à l'Aigle à La Malbaie (MRC de Charlevoix-Est) et en amont de la pointe Rouge aux Les Escoumins (MRC La Haute-Côte-Nord), ainsi que sur le cours inférieur de la rivière Saguenay, entre Sainte-Rose-du-Nord (en aval du Cap de l'Est) et Tadoussac. Ce parc est adjacent par sa portion terrestre au parc national du Fjord-du-Saguenay et à la réserve nationale de faune des îles de l'Estuaire. En somme, 19 municipalités bordent son territoire.