En 1793, le Nord de la Vendée se révolte contre la République. La Roche-sur-Yon reste républicaine, mais le les insurgés vendéens prennent la ville. Après les Guerres de Vendée et le passage des colonnes infernales, la ville n'était plus qu'un petit bourg en grande partie détruit. Le décret impérial du (5 prairial de l'an XII) pris par Napoléon Bonaparte alors premier consul de la République, prévoit le transfert de la préfecture de la Vendée de Fontenay-le-Comte, ancienne capitale du Bas-Poitou, à la Roche-sur-Yon. Naît alors une ville moderne dessinée par les ingénieurs Cormier et Valot, dont la singularité première réside en son tracé géométrique en forme de pentagone, son maillage en forme de grille (ou damier) et sa division en quatre quartiers organisés autour d'une grande place centrale.