La situation géographique de la ville en fait un des principaux nœuds routiers du sud de la région Aquitaine. L'autoroute (dite « autoroute de la Côte basque ») qui la contourne par l'Est la relie à Bordeaux au nord (et au-delà, par l'autoroute , à Paris) et à Irun, à la frontière espagnole, au sud. Son prolongement en territoire espagnol est l'autoroute AP1, qui rejoint San Sebastián. Trois échangeurs routiers (sorties 5 : Bayonne-Sud, 5-1 : Bayonne-Mousserolles et 6 : Bayonne-Nord) permettent de gagner le centre-ville.