En 1390, Kratovo fut repris par les Ottomans. Il restera dans l'Empire ottoman pendant les cinq siècles suivants. Au 16ème siècle, il était l'un des plus importants centres miniers de l'Europe ottomane. Y vivait de nombreux hommes riches et instruits. La Monnaie de Kratovo, ouverte à la fin du XVe siècle, est devenue le deuxième producteur de pièces de monnaie de l’empire. Certaines de ces pièces sont exposées au musée d'archéologie de Skopje.