Pratiquement tous les ferries en direction du sud vers les îles Amami ou d'Okinawa passent par Kagoshima. Les principaux opérateurs sont A-Line Ferry, alias "Maru-A" (マルエー) et Marix Line, les deux circulant entre Kagoshima et Naha (Okinawa) en alternance un jour sur deux. Le voyage complet depuis Naha prend environ et coûte en 2e classe et — on n'économise pas beaucoup par rapport à un billet d'avion.