Annecy est desservie par plusieurs directs (5 Aller/Retour par jour en moyenne en 2006) depuis Paris Gare de Lyon, par Corail Lunéa depuis Paris Austerlitz (1 Aller/Retour journalier en 2006, également direct) et par de nombreuses liaisons depuis Lyon Part-Dieu (10 A/R journaliers directs en moyenne, et possibilités de desserte via Chambéry ou Aix-Les-Bains ), Chambéry, Challes-les-Eaux et Aix-les-Bains le Revard (A/R nombreux). Le train express régional, nommé CEVA, permet une laison directe entre Annecy et Genève et son aéroport