En dépit des ruines et des épidémies – la peste fait de nombreux ravages à cette époque – la ville se relève et entame la construction d’une nouvelle cathédrale dans le style gothique flamboyant. Alors qu’elle est presque achevée, les Guerres de Religion viennent mettre un frein à cette entreprise : les armées protestantes mettent le chantier à sac en 1568. Les finances étant au plus bas, la principale église du diocèse sera reconstruite « à l’économie ». Au , une citadelle vient remplacer l’ancien château comtal sur les hauteurs du Capitole. Démantelée par Richelieu, qui, échaudé par de multiples révoltes à Royan et Saint-Jean-d’Angély, se méfie des habitants, il en reste le logis du Gouverneur. 