Les gares de Dole-Ville, de Mouchard et de Lons-le-Saunier sont quotidiennement desservies par des en provenance de Paris, Besançon ou Lyon. Il existe également des liaisons fréquentes à partir des gares de Besançon-Viotte et de Lyon-Part-Dieu vers les gares de Lons-le-Saunier et de Saint-Claude. Il est possible de se rendre aux gares de Dole-Ville et de Mouchard à partir de en provenance de Dijon-Ville ou de Besançon-Viotte.