L'aéroport international Adisucipto (JOG) de Yogyakarta est situé à à l'est de la ville. Rénové et agrandi en 2005, il accueille essentiellement des vols domestiques, assurés par pas moins de 9 compagnies, vers les principales villes de Java, Sumatra, Kalimantan et des Sulawesi. Les vols internationaux sont à destination de Kuala Lumpur en Malaisie et Singapour.