La Bastide-Clairence accueille peu à peu une population commerçante venue du sud-ouest de la France puis de réfugiés d'Espagne fuyant l'inquisition, et des Basques des villes et villages aux alentours. Une autre version concernant l'origine de la ville existe. Celle-ci aurait été peuplée de colons issus d'horizons divers et notamment de pèlerins de Saint-Jacques-de-Compostelle appelés les francos.