Un port sur le Lez (situé sur la commune de Lattes) accueille les plaisanciers à vingt minutes du centre-ville. Il est en liaison avec la mer après franchissement d'une écluse. Les plaisanciers peuvent aussi accéder aux ports de Palavas-les-Flots, Carnon et La Grande-Motte à partir desquels ils rejoindront Montpellier par bus. La liaison maritime la plus proche est à Sète (Îles Baléares, Maghreb et Corse).