Outre le Shinkansen, la JR exploite la principale ligne (ligne Tōkaidō) entre Kyoto, Osaka et Kobe. Le segment Kyoto-Osaka est connu sur le nom de « ligne JR Kyoto », alors que celui entre Osaka et Kobe s'appelle « ligne JR Kobe ». Les trains "Special Rapid" (ou Shin-Kaisoku, ) partent généralement toutes les avec des temps de parcours très rapides. Ceci dit, si vous n'avez pas de JR Pass, la JR peut être plus chère que les compagnies privées.