Quand Tokugawa Ieyasu unifie le Japon, en 1603, et établit le shogunat Tokugawa, avec son quartier général à Edo (aujourd'hui Tokyo), il installe les membres de son propre clan Tokugawa comme chefs de Mito et de seulement deux autres domaines, les actuelles Nagoya et Wakayama. Ces trois branches (connues sous le nom de Gosanke 御三家) étaient éligibles à la succession, au cas où un shogun régnant ne pourrait avoir d'héritier. Ils étaient donc parmi les plus fidèles aux Tokugawa. Cependant, l'École de Mito (et ses érudits confucéens, farouchement chauvins) contribua également à redéfinir la nation japonaise, en fournissant la base idéologique au renforcement de la puissance impériale, pendant la restauration Meiji et ses suites.