L'aéroport le plus proche est à Shendi, à environ au Sud-ouest. L’aéroport de Shendi n’a pas de vols commerciaux réguliers, mais des vols charters peuvent être organisés depuis Khartoum. Mais comme Méroé est facilement accessible depuis Khartoum par la route, ce moyen de locomotion est principalement destiné aux personnes pressées et/ou aux poches bien remplies. Si vous payez pour un vol charter, vous devez demander au pilote de survoler Méroé, vous offrant ainsi des vues aériennes panoramiques pouvant justifier la dépense.