Il existe trois gares de chemin de fer desservant Manhattan depuis l’extérieur de la ville. La plus grande, Pennsylvania Station, située dans Midtown, est empruntée par le réseau Amtrak, lequel s’étend hors de l’État ; par le Long Island Rail Road de Long Island et le New Jersey Transit dessert bien entendu le New Jersey. Grand Central Terminal, chef-d’œuvre architectural du style des Beaux-Arts, est utilisé par le réseau du Metro-North Railroad qui connecte la ville à plusieurs gares du sud de l’État de New York et du sud du Connecticut. De nombreux trains provenant de Grand Central Terminal desservent également Harlem/125ème Rue, une station intéressante pour qui se rend à Harlem ou ailleurs dans le nord du borough (Upper Manhattan). 