Un grand nombre des temples principaux du pays se trouvent à Kyōto, comme les temples Hongan-ji et le temple Chion-in. À Kyōto se trouvent aussi 5 temples du systèmes des cinq grands temples Zen (Tenryu-ji Shokoku-ji, Kennin-ji, Tofuku-ji, et Manju-ji), ainsi que le temple Nanzen-ji qui se trouve à la tête de tous les temples en dehors de ceux du système des 5 temples. Contrairement à ce que laisse croire son nom, il y a "cinq" temples à Kyōto et cinq à Kamakura. Les temples de Kamakura sont les temples Kenchō-ji, Engaku-ji, Jufuku-ji, Jōchi-ji, et Jōmyō-ji. Le temple Eiheiji est aussi un temple Zen de premier plan, même s'il n'a jamais fait partie du système des cinq temples.