Le centre de la cité est situé entre deux cours d'eau, la rivière Nairobi au nord et la rivière Ngong au sud. Cette dernière, après avoir reçu la rivière Motoine (parfois aussi appelée, à tort, rivière Nairobi), est aussi un affluent de la première qui, elle-même, est un affluent de la rivière Athi. Plus au sud, on trouve la rivière Mbagathi qui longe le sud du parc national de Nairobi, tout en recevant tous ses petits cours d'eau, avant de se jeter dans la rivière Athi.