En 1608, Samuel de Champlain dénonça cet endroit comme "Malle Baye" (la mauvaise baie) lorsqu'il ne trouva aucun mouillage convenable pour ses navires. Cela n'a pas aidé que la baie soit sèche à marée basse. La région où la rivière Malbaie rencontre le Saint-Laurent est une destination de voyage depuis 1760, une époque où les seigneurs féodaux écossais John Nairne et Malcolm Fraser possédaient une grande partie des terres de la région. Les 8 et 9 juin 2018, La Malbaie a accueilli le Premier ministre canadien Justin Trudeau et des dirigeants mondiaux au Sommet du G7.