Du premier orgue construit dans l'église on ne sait que peu de chose, sinon qu'il a probablement été joué par le compositeur Georges Muffat, élève du collège des Jésuites en 1671. Comptant parmi les dernières œuvres de Silbermann, cet instrument de 22 jeux illustre son ultime conception de l'orgue. Il est en effet le seul en Alsace à posséder un clavier d'écho complet de quatre octaves. Constitué de trois tourelles, le buffet possède des ailes représentant des instruments de musique, qui, bien qu'anciennes, ne sont pas dues à Silbermann. Le fleuron de la tourelle centrale représente une roue emblème héraldique de la cité. 