L'occupation nazie au cours de la Seconde Guerre mondiale, fut la période la plus noire de l'histoire du quartier. Après avoir chassé beaucoup de Juifs de la ville à partir de mai 1940, les nazis firent construire en mars 1941 un ghetto au sud de Kazimierz, de l'autre côté de la Vistule, dans le quartier de Podgórze, où furent entassés jusqu'à Juifs de la ville et des environs. 