Il est possible de se rendre à Raja Ampat toute l'année. Attention toutefois, de nombreux centres de plongée cessent leurs activités entre juillet et septembre, car la mer est trop agitée. Pour avoir des eaux calmes et une bonne visibilité, préférez une visite entre novembre et mars. La période où les pluies sont les plus fortes est de mai à octobre, ce qui peut aussi rendre difficile les promenades dans la jungle.