Une fois au port de Shimabara, deux compagnies de ferry permettent de rejoindre le port de Kumamoto : Kyusho Ferry et Kumamoto Ferry. Avec la première, le ticket coûte pour un adulte et le trajet dure, environ, . Avec la seconde, le ticket coûte et dure 60 minutes. Enfin, une fois au port de Kumamoto, une navette gratuite (en montrant le ticket de ferry) est disponible pour vous amenez à la gare en 25 minutes.