Dans tous les trains à grande vitesse et "limited express", il y a un espace pour bagages au dessus des sièges où l'on peut mettre des effets personnels et des bagages jusqu'à une certaine taille. Il y a également un espace limité à l'arrière de chaque voiture pouvant accueillir quelques gros valises, même si apporter de gros bagages est généralement découragé pour des raisons d'espace personnel et de confort, autant pour vous que pour les autres voyageurs. L'alternative est de faire appel à un service de livraison de bagages qui au Japon sont un moyen de transporter ses bagages très efficace et au prix raisonnable. Par exemple, une valise de ne mesurant pas plus de au total en longueur, largeur et hauteur coûtera environ pour être transportée de Tokyo à Kyoto avec le service « Ta-Q-Bin » ("takkyūbin", ) de la compagnie Yamato pour une livraison le lendemain. Pour les longues distances (ex : Tokyo-Fukuoka), cela peut prendre 2 jours et un jour de plus doit être ajouté pour une livraison à un aéroport. La plupart des hôtels et supérettes peuvent s'en occuper et encaisser le payement.