L'archipel est traversé par le passage du Nord-Ouest, un passage maritime permettant de rejoindre les océans Atlantique et Pacifique. D'ailleurs, ces passages sont une zone contestée puisque le Canada les considère comme des eaux intérieures tandis que d'autres pays dont les États-Unis les considèrent comme des eaux internationales. D'ailleurs, le gouvernement canadien demande à tous les navires qui se rendent dans l'Arctique canadien de le signaler à l'agence du Système de trafic de l'Arctique canadien de la Garde côtiere canadienne.