L'exploitation démarre dans des galeries à flanc de coteau avant que ne soit creusé en 1810 le puits Saint-Louis à Champagney, le premier véritable puits d'extraction du bassin minier. Les couches de charbon s'enfonçant de plus en plus, les puits se succèdent et sont de plus en plus profonds vers le sud jusqu’à ce que la compagnie finisse par creuser deux fois de suite le puits le plus profond de France sur le territoire du Magny-Danigon : le puits du Magny (694 mètres) en 1878 et le puits Arthur-de-Buyer (1 010 mètres) en 1900. À Champagney, le charbonnage le plus productif est le puits Notre-Dame situé au hameau d'Éboulet, exploité pendant 38 ans. L'exploitation se fait également au puits Sainte-Pauline (23 ans) et au puits Sainte-Barbe (12 ans) mais de nombreux autres puits ont une durée de vie plus éphémère (moins de dix ans). Le dernier puits creusé sur la commune est le puits du Tonnet en 1884, c'est aussi le plus profond de Champagney (574 m). Après l'arrêt du puits Notre-Dame en 1896, l'extraction du charbon cesse pendant plusieurs décennies sur la commune, le puits Notre-Dame ne servant plus qu'à l'exhaure.