Le nom d'origine d'Otaru dans la langue aïnou locale était «Otarunai» ou «Ota-or-nai», ce qui veut dire «rivière coulant à travers le sable». L'histoire connue de cette zone remonte au , quand un explorateur venant de l'île de Honshū y signala son établissement. Les débuts de l'histoire moderne d'Otaru en tant que ville portuaire ont commencé en 1871, quand le gouvernement Meiji du Japon a ouvert un bureau de colonisation à Sapporo. Un rapide développement suivit avec l'essor du commerce, en particulier après qu'une voie de chemin de fer ait été construite en 1880 entre Otaru et Sapporo, la première sur Hokkaidō. Autrefois forte de son export de charbon et de son commerce avec la Russie, de nos jours Otaru a une industrie touristique florissante. 