En 1419 Stockholm est proclamée capitale de la Suède. Sa position stratégique, ainsi que son poids économique en font une place importante dans les relations entre les rois danois de l'union de Kalmar et le mouvement d'indépendance suédois pendant le 15 siècle. Elle verra de nombreuses batailles se dérouler, notamment la bataille de Brunkeberg gagnée contre le roi du Danemark Christian Ier par Sten Sture le Vieil en 1471, et le bain de sang de Stockholm qui aura lieu en 1520 sous les ordres de Christian II de Danemark, mettant un terme à l'union de Kalmar.