Au XVIIe siècle, un premier comptoir de traite des fourrures a été ouvert au fond de la baie de Godbout; il y resta en exploitation pendant près de deux siècles. La désignation toponymique "Godbout" figure dans les Relations des Jésuites de 1670. Cette localité s'avère la paroisse de naissance de Mgr Napoléon Alexandre Labrie, évêque du diocèse de la Côte-Nord; il était un grand visionnaire, ayant contribué à promouvoir l'éducation et au développement du contexte sociopolitique de la région. Un second personnage légendaire et résidant de Godbout, Napoléon Alexandre Comeau, avait de multiples talents: trappeur, géologue, naturaliste, médecin et un aventurier aimant les exploits. La municipalité a été constituée en 1955.