Une ligne de train régional (CEVA) reliant la Gare Cornavin à la ville française de Annemasse en passant par le quartier des Eaux-Vives est en construction. La fin des travaux est prévue en 2019. Durant les travaux, la Gare des Eaux-Vives, qui sera entièrement reconstruite, est fermée. Le bus de remplacement numéro 61 part de la gare Cornavin et a son terminus à la gare d'Annemasse (liste des arrêts intermédiaires). Depuis Annemasse (à des Eaux Vives), il existe de nombreuses connexions vers Thonon et Evian, Annecy et la Roche sur foron, Bellegarde et St Julien (puis Lyon) et vers Bonneveille, Cluses et St Gervais les bains le fayet (à St Gervais, trains vers Chamonix).