Les prix courants pour les vols intérieurs sont élevés, mais des rabais importants sont disponibles en achetant à l'avance. Les deux plus grands transporteurs du Japon, Japan Airlines (JAL, "nihon kōkū") et All Nippon Airways (ANA, "zen nippon kūyu", ou juste "zennikkū") proposent des tarifs spéciaux attractifs pour ceux résidant en dehors du Japon et achetant également des billets arrivant et repartant du Japon. Cela permet de prendre un certain nombre de vols domestiques n'importe où dans le pays pour environ (plus les taxes) l'un. C'est particulièrement une bonne affaire pour les trajets vers Hokkaido ou les îles reculées du sud de Okinawa. Attention, si vous réservez sur le site en français d'ANA, celui-ci pourrait vous proposer comme meilleures offres celles pour visiteurs étrangers, alors qu'en passant par le site japonais en anglais (en payant en yens) vous pourriez profiter de tarifs inférieurs disponibles pour une réservation longtemps à l'avance (plus de 75/55/45/… jours à l'avance).