Mais dès le milieu du , la situation politique se dégrade. Fidèles de la Savoie et partisans des Autrichiens s’affrontent régulièrement, et ce durant plusieurs années. Devant une telle confusion, la ville se place sous la suzeraineté de la Savoie (1452-1477) et renouvelle l’important traité de combourgeoisie passé en 1403 avec Berne qui, pour sa part, rencontre des difficultés avec la Bourgogne. En effet, Charles le Téméraire reçoit en gage de l’Autriche des terres proches de l’Argovie bernoise (1469). Membre de la Ligue des cantons suisses depuis 1353, Berne va entraîner Fribourg dans une guerre contre le Téméraire et la Savoie, son alliée.