Le train est une option plus abordable pour se rendre à Churchill que l'avion, mais prend plus de temps. Via Rail dessert Churchill sur sa ligne de la baie d'Hudson qui commence à Winnipeg. Le voyage en train à partir de Winnipeg dure entre 38 et . Les wagons-lits sont disponibles ainsi que la classe économique. Les billets les moins chers coûtent entre 310 et . Les billets pour les wagons-lits qui incluent également une douche en plus des couchettes coûtent entre et $.