Alors que la plupart des îles d'Okinawa ont un climat subtropical, les îles Yaeyama ont un climat tropical. Cela se traduit par une température en hiver supérieure de 2 plus élevée que sur l'île d'Okinawa et que sur les autres îles de la partie nord de l'archipel d'Okinawa. Même en janvier et en février, la température moyenne haute est de , faisant de cette région une escapade hivernale populaire, bien que le temps soit souvent nuageux et venteux en raison de la mousson d'hiver, et donc un peu trop frais pour bronzer. Le printemps, autour de mars et d'avril, est un excellent moment pour visiter. La saison des pluies commence au début de mai et se poursuit jusqu'en juin. Contrairement à la saison des pluies dans les îles principales du Japon, il ne pleut ni tous les jours ni toute la journée dans les îles Yaeyama. L'été y est chaud et humide, mais cela reste tout de même la haute saison touristique, tandis que septembre apporte une succession de violents typhons. Octobre (hors typhons) et novembre sont encore de bonnes périodes pour venir, ni trop froids ni étouffants de chaleur.