L'île de Mombasa d'une superficie de ne comporte, en elle-même, aucun cours d'eau. Elle est située entre les criques de Port Reitz, alimentée par le Mwachi et le Shimba, à l'ouest et de Tudor, alimentée par le Kombeni et le Tsalu, au nord et à l'est qui la protègent des rigueurs de l'océan et forment une passe dans la barrière de corail permettant la circulation des bateaux. L'eau y est suffisamment profonde pour permettre l'amarrage de très gros navires. Un troisième fleuve, le Lwandani, alimentant la crique de Mtwapa, constitue la limite nord de l'agglomération.