Amtrak arrive à la Station Du Sud ("South Station") pour la plupart de ses services. South Station est située sur la ligne rouge du métro et offre également des correspondances avec la ligne argentée. Vous pouvez prendre les services "Amtrak Northeast Corridor" ou "Acela Express" en partenance de South Station jusqu'à Washington (D.C.) et plus loin encore. Le temps moyen d'Acela de Boston vers New York est de , alors qu'un voyage vers Philadelphie prend environ . Un autre train populaire d'Amtrak est le service "Lake Shore Limited" entre Boston et Chicago (exigeant une halte à Albany). Cela n'offre pas la haute qualité ou la grande vitesse d'Acela, mais à environ le prix est très intéressant. (Notez que vous devriez acheter votre billet quelques semaines à l'avance pour avoir les meilleurs prix.) Presque tous les trains pour South Station s'arrêtent également à la station "Back Bay", qui est beaucoup plus petite, mais plus commode pour les quartiers de Back Bay, Beacon Hill, et South End. Back Bay Station est sur la ligne orange du métro, et sur la plupart des lignes de rail de banlieusard qui se terminent à South Station. 