Les trains arrivent de nombreuses région d'Espagne, du Portugal et de France, y compris des train de nuit de Paris et Lisbonne. Il y a deux gares à San Sebastián: la station RENFE pour les trains nationaux et locaux (à l'extrémité est du pont María Cristina), et la station Euskotren pour le réseau local (Plaza Easo). Le réseau permet un accès facile et direct à la ville française d'Hendaye. De là, des correspondances permettent de rejoindre les villes voisines de Biarritz et de Bayonne, lesquelles coopérent dans de nombreux domaines (y compris les transports) au sein de l'Eurocité basque Bayonne - San Sebastián.