Les premiers chapitres de l'histoire d'Unzen remontent à l’époque de Nara, au tout début du VIIIe siècle, quand le prêtre bouddhiste "Gyoki-Daijyoin" y construit le "Manmyo-ji". Le temple est devenu au fil des siècles un lieu de retraite pour moines bouddhistes très célèbre au Japon.