Même si le Japon est un pays insulaire, les bateaux sont un moyen de transport étonnamment rare; en effet, toutes les grandes îles sont reliées entre elles par des ponts et des tunnels. Bien qu'il existe des ferrys longue distance reliant Okinawa et Hokkaidō à l'île principale, les tarifs sont généralement plus élevés que les billets d'avion à prix réduits et la possibilité de prendre avec soi sa voiture est à peu près le seul avantage.