En 1942, elle devint la capitale de la Guinée portugaise. Après la déclaration d'indépendance, en 1973, par la guérilla, c'est Madina do Boe qui devint la capitale du nouvel État auto-proclamé, mais Bissau resta la capitale des régions toujours sous contrôle du Portugal. En 1974, lorsque les Portugais reconnurent l'indépendance de la Guinée-Bissau et se retirèrent, Bissau redevint la capitale.