Utiliser le Bus Pass a quelques petits inconvénients: vous ne pouvez emprunter que les bus ayant quatre places par rangée, alors qu'il y a des offres avec trois sièges (voir ci-dessus). Vous ne pouvez pas utiliser le Bus Pass pendant les principales périodes de vacances du Japon (nouvel an, Golden Week, Obon) et certains autres week-ends, contrairement aux passes ferroviaires (Japan Rail Pass), qui n'ont pas de telle exclusion.