L'itinéraire du Shinkansen le plus important et le plus emprunté dans le pays est le Tōkaidō Shinkansen, qui relie Tokyo à Nagoya, Kyōto et Osaka. Cette ligne continue de Osaka à Okayama, Hiroshima et Fukuoka (gare de Hakata) en tant que Shinkansen San'yō, puis vers Kumamoto et Kagoshima comme Shinkansen Kyūshū.