Le seul aéroport d'importance dans les îles est celui d'Ishigaki, qui propose des liaisons fréquentes avec Naha et Miyako et certains vols directs vers la plupart des grandes villes japonaises comme Tokyo (). Les tarifs normaux réguliers sur les plus long de ses itinéraires sont assez chers. Même en réservant à l'avance, ils sont généralement à plus de l'aller simple, et donc cela fait une excellente occasion d'utiliser le tarif «Visit Japan» si vous le pouvez. La société à bas prix Peach Airlines propose aussi des trajets Osaka-Ishigaki, avec des tarifs promotionnels pouvant descendre à .