La ville est occupée par les Espagnols de 1590 à 1598, le duc de Mercœur la leur ayant livrée. Don Juan del Aguila la défend et en fait une escale pour le capitaine Don Cristóbal de Rojas. Il la fortifie également, sous le nom de Fuerte del Aguila (Fort de l’Aigle). La citadelle est à moitié démolie au début du XVIIe siècle, complétée, et enfin achevée en 1642, la citadelle de Port-Louis est l'élément-clé de la défense de la rade.