L’encéphalite japonaise est une maladie rurale qui touche les humains vivant à proximité des porcheries et des rizières. Elle est actuellement présente dans toute l’Asie du Sud et de l’Est où elle provoque plusieurs dizaines de milliers de cas chaque année avec 25% de décès et 40% de séquelles neurologiques. Le virus infecte de nombreux oiseaux (sauvages ou domestiques) et certains mammifères (dont l’Homme). Le réservoir de virus le plus important est le porc domestique.