En 1636, alors que la guerre entre Français et Caraïbes fait rage, ces derniers se fixent principalement à Capesterre. Alors pour les y déloger, Longvillier de Poincy (gouverneur Général des Îles depuis 1637) chargea le sieur Sabouilly avec 264 hommes afin d'assister la colonisation de la Guadeloupe en février 1640. La guerre est féroce et après plus de d'une résistance presque fanatique, les Caraïbes quitte l'île depuis Capesterre pour Marie-Galante et la Dominique. C'est en 1644 que Charles Houël du Petit-Pré, gouverneur de la Guadeloupe (1643-1664) et fondateur de Basse-Terre en 1649) impulse durablement la naissance du bourg de Capesterre, en effet, il développe ses alentours par l'introduction de la canne à sucre et l'édification du premier moulin. Vers 1654, des hollandais juifs et protestants s'installent à Capesterre et valorisent son territoire par le défrichement du Carbet, de Bois-Riant, de Carengaise, de Changy et de Sainte-Marie et 1659, le gouverneur érige à Sainte-Marie, 'le fort de Cabesterre'. En avril 1661, Louis XIV fait de cette Sainte-Marie et de ses environs un marquisat.