Kobe, Kyoto, Nagoya, Osaka, Sapporo, Sendai, Fukuoka, Tokyo et Yokohama ont également des métros (souterrains). Dans nombre d'entre elles il existe des passes à la journée (souvent entre 500 et pour les adultes), utiles pour se rendre aux différents sites touristiques. Tokyo dispose de plusieurs types de passes à la journée, couvrant certaines lignes de métro mais pas les autres lignes. Le passe complet de métro à Tokyo (n'incluant pas la ligne JR Yamanote) coûte .