Le récif juste au large fait partie du grand récif mésoaméricain, le deuxième plus grand système de récifs au monde et le plus grand de l'hémisphère occidental. En 1998, le récif en face de Puerto Morelos est devenu un parc marin national protégé, préservant sa riche biodiversité et faisant de cette zone l'une des mieux préservées du Grand Récif Mésoaméricain. Les bâtiments de Puerto Morelos sont limités à trois étages par les règlements locaux, afin de préserver son caractère de village. 