L'endroit est habité par les Inuits depuis au moins ans. Il est même cru qu'Ivujivik a été le point de départ des migrations inuites dans le Nord du Québec. En 1610, les îles Digges au large d'Ivujivik furent le site de la première rencontre entre les Européens (Henry Hudson) et les Inuits du Nunavik.