Mostar a considérablement souffert de la guerre (1992-1995). Trois camps se sont affrontés à Mostar de 1992 à 1995 : tandis que les Serbes tenaient les hauteurs, les Croates avaient parqué les Bosniaques (Slaves musulmans) dans le ghetto de la vieille ville, sur la rive Est de la Neretva. Le , un obus croate a abattu le Stari Most, le « vieux pont » ottoman, symbole de la ville.