La Monnaie de Kratovo a cessé ses activités vers 1660. Cependant, sept mines étaient toujours en activité dans la ville et ses environs jusqu'à ce que les forces des Habsbourg, après avoir pris temporairement la ville, ne se soient retirées et les aient brûlées. L'activité minière dans la région s'est ensuite déplacée vers Probištip et Zletovo. Cette activité ne s'est rétabli à Kratovo que vers le début des années 1800, mais à une plus petite échelle. Sa population était d'environ à . Après la fermeture définitive des mines en 1882, la population est tombée à personnes, dont la moitié étaient des Turcs. Après la prise de Kratovo par l'armée serbe en 1912, une grande partie de la population turque est partie, laissant la ville avec moins de .