Les cars du réseau départemental interurbain « Transports 64 » permettent de rejoindre les principales villes du Pays basque (Hendaye, Saint-Jean-de-Luz, Saint-Palais, Cambo-les-Bains, etc.) ainsi que les villages aux alentours. De plus, étant donné la grande proximité de Bayonne avec le département des Landes, la ville est également desservie par le réseau départemental XL'R et est ainsi connectée aux stations balnéaires landaises comme Capbreton). Enfin, la ville accueille les cars « FlixBus » qui permettent de voyager dans toute l'Europe. Le point d'arrêt est situé au 22 quai de Lesseps, près de la gare SNCF.