Depuis la gare le Ugo-Honjō à Honjō, le train de nuit "Akebono" vient directement de Tokyo, et le train de nuit "Nihonkai" arrive directement de Kyoto. Les gares de Shinkansen les plus proches sont celles du Shinkansen Komachi à Akita et Omagari, et celles du Shinkansen Tsubasa à Shinjo dans le nord de la préfecture de Yamagata. Ces deux lignes de Shinkansen vont à Tokyo. Il y a plusierus trains quotidiens allant au nord et au sud de Honjō. Il y a aussi une ligne privée allant de la gare de Ugo-Honjō à Yashima en passant par Yuri.