Zongo est situé sur la rivière en face de Bangui, la capitale de la République centrafricaine. Comme il n'y a pas de pont entre les villes, Zongo se trouve à l'extrémité du réseau routier de la RDC, où partent les ferries transportant les camions et les voitures entre les deux pays. La ville se trouve également le long de la très difficile route du bassin du Congo reliant le Cameroun, la République centrafricaine, la RDC, le Rwanda et l'Ouganda.