Qaqortoq possède un climat subpolaire océanique et bénéficie de températures parmi les plus douces du Groenland. En effet, la ville est localisée à une latitude comparable à celle de villes comme Oslo et Saint-Pétersbourg en Europe. C'est aussi un des endroits les plus humides de l’île, avec des précipitations annuelles de l'ordre de 850 mm. Celles-ci tombent tout au long de l'année, un peu plus en été – sous forme de pluie. Même si la ville se situe dans une zone de douceur, les tempêtes de neige font également rage en février. Les orages quant à eux sont assez rares et on en compte 4,5 par an en moyenne.