Funchal vient du mot funcho qui signifie fenouil en Portugais. En effet, lorsque les premiers Portugais ont découvert l'île de Madère au XVe siècle (João Gonçalves Zarco, Tristão Vaz Teixeira et Bartolomeu Perestrelo dont l'une des filles épousa Christophe Colomb), du fenouil sauvage poussait abondamment à l'emplacement de la ville actuelle .