Avec l’arrivée de l’ère Meiji en 1868, le Japon reprit les échanges avec le monde extérieur. L'interdiction du christianisme fut levée en 1872. Pour célébrer cette nouvelle liberté de religion les chrétiens de Nagasaki entreprirent la construction d'une cathédrale dans le quartier d'Urakami, au nord de la ville. Après 30 ans de travaux elle devint en 1925 la plus grande cathédrale d'Asie orientale.