Le toponyme de la réserve faunique évoque la seigneurie du même nom concédée en 1636 par la Compagnie de la Nouvelle-France à Jacques Leneuf de La Poterie. Les premiers colons Portneuviens s'établirent vers 1636 près du port à l'embouchure de la rivière "port neuf" (signifiant "port nouveau"). Leneuf de La Poterie y aurait ajouté la dernière syllabe au toponyme usuel former le mot Portneuf. Sur le plan toponymique, le nom usuel Portneuf s'applique à 14 entités ou lieux notamment: la seigneurie, la MRC, la réserve faunique, la ville, l'ancien comté du Québec, un lac et trois rivières.