Le va sonner la fin de cette heureuse période. En 1523 tout d’abord, Sauveterre subit le passage des Espagnols à la reconquête de la Navarre, puis en 1569, Jeanne d’Albret, mère du Roi Henri IV, va instaurer le protestantisme en Béarn, source de conflit avec les Basques très catholiques de l’autre côté du gave. La ville connaît de nombreuses dégradations qui la laissent meurtrie et lui font perdre son rôle stratégique.