Les moteurs de recherche d'itinéraires sont des outils fantastiques, que vous commenciez tout juste à planifier un voyage ou que vous soyez déjà dans le pays. Navitime et Jorudan permettent de rechercher des horaires et des tarifs, mais ne permettent pas de sélectionner les itinéraires en fonction des passes touristiques comme le JR Pass. Google Maps est bon pour se déplacer en métro et en train urbain, mais pour les trajets longue distance ses options de recherche et les itinéraires qu'il présente sont beaucoup moins utiles. L'équivalent en version papier est le "Daijikokuhyō" (), un répertoire de la taille d'un annuaire téléphonique disponible dans toutes les gares et dans la plupart des hôtels, mais il est un peu difficile à utiliser puisque le contenu est entièrement en japonais microscopique. Une version plus légère qui ne comprend que des trains express, des trains couchettes et des trains à grande vitesse est disponible dans les bureaux à l'étranger de l'Organisation nationale japonaise du tourisme. Les horaires en anglais sont disponibles sur les sites web de JR Hokkaido, JR East, JR Central et JR Kyushu. Les horaires des Shinkansen Tokaido, San'yo et Kyushu peuvent également être consultés en anglais sur Tabi-o-ji. Celui-ci permet d'exclure les trains Nozomi, Mizuho, et Hayabusa, non-couverts par le Japan Rail Pass (voir ci-dessous).