Le paludisme est endémique et il faut donc prendre des médicaments préventifs. En 2007, il y a eu quelques cas de dengue et de choléra. En 2008, la situation sanitaire était meilleure. À Mohéli la coopération chinoise mène depuis 2007 avec succès une campagne d'éradication du paludisme. D'après les médecins de cette équipe la prévalence de malaria à Mohéli y est tombé de plus de 80% à moins de 1%. L'aéroport de Mohéli a une équipe sanitaire qui vous imposera de prendre un médicament préventif sur base de artesunate-mefloquine. Les avis des spécialistes sont partagés sur l'efficacité de cette campagne sur le long terme tenant compte du manque de contrôle des visiteurs venant des autres îles telles que les pêcheurs d'Anjouan et de la Grande Comore. Si vous déclarez prendre un autre produit de prévention comme Lariam, Malarone ou autre, vous ne serez pas obligés à prendre de l'Artequick.