Influencés par la présence de missionnaires occidentaux notamment dans la ville portuaire de Nagasaki, de nombreux japonais dans la région s’étaient convertis au christianisme. Durant l'ère Edo (1600-1868), les autorités japonaises interdirent la pratique de cette religion et persécutèrent ceux qui gardèrent leur confession. Unzen fut pendant l’ère Edo le théâtre d'exécution de nombreux catholiques. 