Un conflit armé a également éclaté dans le district d'Abyei, riche en pétrole, mais contrôlé par le Soudan, mais à la frontière entre le Soudan du Sud. L'Armée populaire de libération du Soudan-Nord, qui a combattu aux côtés de l'Armée populaire de libération du Soudan qui dirige maintenant le Sud-Soudan, continue de se battre dans les provinces soudanaises du Nil bleu et du Kordofan du Sud, avec la sympathie et l'aide militaire prétendument fournies par le gouvernement du Soudan du Sud.