Matsue est située dans la partie nord de Chūgoku, appelée San'in. Le climat y est très différent de la partie sud, appelée San'yo (où se trouve notamment Hiroshima) puisqu'il y pleut davantage, avec de fréquentes chutes de neige en hiver. Les été sont chauds et humides, accompagnés d'importantes précipitations de juin à mi-juillet, et les hivers relativement froids. Les meilleures périodes pour visiter la région sont donc au printemps et en automne.