La ville est aussi connue pour son voisinage volcanique: elle s'étend au pied d'un complexe volcanique volcan très actif et très dangereux, l'Unzen-dake. En 1792, une éruption a forme un immense dôme de lave qui, en s'effondrant sur Shimabara et la cote, a géneré un tsunami dévastateur. plus de personnes périrent dans ce qui est encore aujourd'hui la catastrophe d'origine volcanique la plus meurtrière de l'histoire du Japon. La dernière eruption en date du volcan remonte a 1991. Elle ne fit qu'une quarantaine de victimes, parmi lesquelles les célèbres vulcanologues français Katia et Maurice Krafft, surpris par une nuée ardente causée par l'effondrement d'un dôme de lave.