La colonisation espagnole commence avec l’arrivée de Miguel López de Legazpi en 1565, qui établit la colonie permanente de San Miguel sur l’île de Cebu. D’autres colonies sont par la suite implantées en se dirigeant vers le nord et atteignant la baie de Manille sur l’île de Luçon en 1571. À Manille, les Espagnols construisent une nouvelle ville et commence alors une période de domination de l’archipel par l'empire espagnol qui dure plus de trois siècles.