Dans ce rift, qui comporte un linéament occidental suivant — grosso-modo — le parallèle sud, se logent plusieurs lacs qui sont du sud au nord : le lac Magadi, le lac Naivasha, le lac Elementaita, le lac Nakuru, le lac Bogoria, le lac Baringo et le lac Turkana. Comparativement aux lacs du rift occidental, ceux du rift oriental ont une profondeur maximale relativement faible avec un maximum de pour le lac Turkana. Le golfe de Winam constitue la partie ouest du linéament occidental qui est appelé rift de Kavirondo. Le lac Victoria, qui est avec une surface de la deuxième plus grande étendue d'eau fraîche au monde, n'est pas un lac d'origine directement tectonique mais consécutif à la cuvette qui s'est formée entre les deux branches du grand rift.