Enclavée, la Moldavie est une steppe en pente progressive au sud vers la mer Noire. Le relief culmine à 430 m (pic de Miron dans les collines de Bălănești, dans le centre du pays, au nord-ouest de Chișinău et au nord-est d'Ungheni) et descend jusqu'au Dniestr (). Le centre et le nord du pays, soulevés depuis le Pliocène, forment le plateau du Codru et la plaine vallonnée de Bălți, tandis qu'au sud se trouve la plaine de Bessarabie ou Bugeac. La grande majorité des rivières ont creusé de larges vallées orientées nord-ouest/sud-est, et quelques-unes, telles le Răut, ainsi que le fleuve Nistru dans son cours supérieur, sont encaissées dans des canyons dus au soulèvement Pliocène. Hormis ces canyons, il n'y a pas de reliefs abrupts en Moldavie, ni de cuestas ou autres plissements, et la plupart des formes sont douces. Dans son cours inférieur, le Nistru développe des marécages. La terre arable représente 53 % de la surface, où des sols de bonne qualité (tchernozioms) alternent avec de médiocres podzols.