Son territoire le long du littoral nord du fleuve Saint-Laurent s'étend de la Montagne des Boies (limite nord-est de La Malbaie et côté sud-ouest du hameau Port-au-Persil), jusqu'au Le Gros Ruisseau (côté sud-ouest de La Malbaie) qui délimite Saint-Irénée et La Malbaie. Le territoire de La Malbaie comporte plusieurs villages ou hameaux, chacun offrant un cachet pittoresque: